Halogen-ionic bridges: Do they exist in the biomolecular world?

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 7, 2010, Pages 2225-2241

  Zhou, Peng ^a   Ren, Yanrong ^b   Tian, Feifei ^c,e   Zou, Jianwei ^d   Shang, Zhicai ^a  

^a ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

^b CHONGQING UNIVERSITY OF EDUCATION   (China)

^c CHONGQING UNIVERSITY   (China)

^d ZHEJIANG UNIVERSITY   (China)

^e NONE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 78649525214     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100167w     Document Type: Article

References (93)

1. Hofmeister, F. Arch. Exp. Pathol. Pharmakol. 1888, 24, 247- 260.
2. Marcus, Y. Chem. Rev. 2009, 109, 1346-1370.
3. Zhang, Y.; Cremer, P. S. Curr. Opin. Chem. Biol. 2006, 10, 658-663.
4. Takashima, K.; Riveros, J. M. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 409-430, and references therein.
5. Kovács, A.; Varga, Z. Coord. Chem. Rev. 2006, 250, 710- 727, and references therein.
6. Arshadi, M.; Yamdagni, R.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1970, 74, 1475-1482.
7. Caldwell, G.; Kebarle, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 967- 969.
8. Hiraoka, K.; Mizuse, S.; Yamabe, S. J. Phys. Chem. 1988, 92, 3943-3957.
9. Bogdanov, B.; Peschke, M.; Tonner, D. S.; Szulejko, J. E.; McMahon, T. B. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 187, 707- 725.
10. Klopper, W.; van Duijneveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; van Duijneveldt, F. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2227- 2234.
11. Xantheas, S. S.; Dunning, T. H. Jr J. Phys. Chem. 1994, 98, 13489-13497.
12. Johnson, M. S.; Kuwata, K. T.; Wong, C. K.; Okumura, M. Chem. Phys. Lett. 1996, 260, 551-557.
13. Choi, J. H.; Kuwata, K. T.; Cao, Y. B.; Okumura, M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 503-507.
14. Kim, J.; Lee, H. M.; Suh, S. B.; Majumdar, D.; Kim, K. S. J. Chem. Phys. 2000, 113, 5259-5272.
15. Bogdanov, B.; McMahon, T. B. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7871-7880.
16. Vinogradov, S. N. Int. J. Pept. Protein Res. 1979, 14, 281- 289.
17. Zhang, W.; Piculell, L.; Nilsson, S. Macromolecules 1992, 25, 6165-6172.
18. Washabaugh, M. W.; Collins, K. D. J. Biol. Chem. 1986, 261, 12477-12485.
19. Chen, X.; Yang, T.; Kataoka, S.; Cremer, P. S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12272-12279.
20. Lund, M.; Vrbka, L.; Jungwirth, P. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11582-11583.
21. Ninham, B. W.; Yaminsky, V. Langmuir 1997, 13, 2097- 2108.
22. Böstrom, M.; Tavares, F. W.; Bratko, D.; Ninham, B. W. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 24489-24494.
23. Boström, M.; Lonetti, B.; Fratini, E.; Baglioni, P.; Ninham, B. W. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 7563-7566.
24. Lund., M.; Jungwirth, P.; Woodward, C. E. Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 258105.
25. Lund, M.; Vácha, R.; Jungwirth, P. Langmuir 2008, 24, 3387-3391.
26. Heyda, J.; Hrobárik, T.; Jungwirth, P. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 1969-1975.
27. Meyer, E. Protein Sci. 1992, 1, 1543-1562.
28. Sun, Y.; Kollman, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 6760-6763.
29. Rutenber, E.; Fauman, E. B.; Keenan, R. J.; Fong, S.; Furth, P. S.; Ortiz de Montellano, P. R.; Meng, E.; Kuntz, I. D.; DeCampn, D. L.; Saltoll, R.; Rosb, J. R.; Craik, C. S.; Stroud, R. M. J. Biol. Chem. 1993, 268, 15343-15346.
30. Suresh, C. H.; Vargheese, A. M.; Vijayalakshmi, K. P.; Mohan, N.; Koga, N. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1840- 1849.
31. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
32. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618-622.
33. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules: A Quantum Theory; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1990.
34. Reed, A. E.; Curitss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 889-926.
35. Chesnut, D. B.; Moseley, R. W. Theor. Chim. Acta. 1969, 13, 230-248.
36. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566.
37. Glukhovtsev, M. N.; Pross, A.; Radom, L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2024-2032.
38. Sanov, A.; Faeder, J.; Parson, R.; Lineberger, W. C. Chem. Phys. Lett. 1999, 313, 812-819.
39. Cioslowski, J.; Piskorz, P. Chem. Phys. Lett. 1996, 255, 315- 319.
40. Asaduzzaman, A. M.; Schreckenbach, G. Theor. Chem. Acc. 2009, 122, 119-125.
41. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357- 19363.
42. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M. Jr; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
43. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
44. Comell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620-9631.
45. Wang, J. Wolf, R. M. Caldwell, J. W. Kollman, P. A. Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174.
46. Zhou, P.; Lv, J.; Zou, J.; Tian, F.; Shang, Z. J. Struct. Biol. 2010, 169, 172-182.
47. Zhou, P.; Zou, J.; Tian, F.; Shang, Z. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 2344-2355.
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A. Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2003.
49. Biegler-Konig, F.; Schoenbohm, J. AIM2000, 2nd ed.; Buro fur Innovative Software: Bielefeld, Germany, 2002.
50. Glendening, E. D.; Badenhoop, J K.; Reed, A. E.; Carpente, J. E.; Bohmann, J. A.; Morales, C. M.; Weinhold, F. NBO 5.0; Theoretical Chemistry Institute, University of Wisconsin: Madison, WI, 2001.
51. Krivov, G. G.; Shapovalov, M. V.; Dunbrack, R. L. Jr Proteins 2009, 77, 778-795.
52. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637.
53. Word, J. M.; Lovell, S. C.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1735-1747.
54. Zhou, P.; Tian, F.; Lv, F.; Shang, Z. Proteins 2009, 76, 151- 163.
55. Bas, D. C.; Rogers, D. M.; Jensen, J. H. Proteins 2008, 73, 765-783.
56. Zhao, Y.; Cheng, T.; Wang, R. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 1379-1385.
57. Sanner, M. F.; Olson, A. J.; Spehner, J.-C. Biopolymers 1996, 38, 305-320.
58. Rother, K.; Hildebrand, P. W.; Goede, A.; Gruening, B.; Preissner, R. Nucleic Acids Res. 2009, 37, D393-D935.
59. Tsai, J.; Taylor, R.; Chothia, C.; Gerstein, M. J. Mol. Biol. 1999, 290, 253-266.
60. Shannon, R. D. Acta Crystallogr. 1976, A32, 751-767.
61. Ooi, T.; Oobatake, M.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 3086-3090.
62. Klots, C. E. J. Phys. Chem. 1981, 85, 3585-3588.
63. Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J. Phys. Chem. 2001, 105, 6507-6514.
64. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988.
65. Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Protein Sci. 1994, 3, 211-226.
66. Kumar, S.; Nussinov, R. J. Mol. Biol. 1999, 293, 1241-1255.
67. Naray-Szabo, G.; Ferenczy, G. G. Chem. Rev. 1995, 95, 829- 847.
68. Meot-Ner, M. Chem. Rev. 2005, 105, 213-284.
69. Nakanishi, W.; Hayashi, S.; Narahara, K. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 13593-13599.
70. Wiberg, K. B. Tetrahedron 1968, 24, 1083-1096.
71. Reed, A. E.; Schleyer, P. Inorg. Chem. 1988, 27, 3969-3987.
72. Chesnut, D. B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 1637- 1642.
73. Prabakaran, P.; Singarayan, M. G. Chem. Lett. 2004, 33, 1640-1641.
74. Rajagopal, S.; Vishveshwara, S. FEBS J. 2005, 272, 1819- 1832.
75. Auffinger, P.; Hays, F. A.; Westhof, E.; Ho, P. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 16789-16794.
76. Baldwin, R. L.; Rose, G. D. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 77-84.
77. Tsai, C. J.; Xu, D.; Nussinov, R. Folding Des. 1998, 3, R71- R80.
78. Osawa, S. Annu. Rev. Biochem. 1968, 37, 109-130.
79. Lu, Y.; Wang, R.; Yang, C. Y.;Wang, S. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47, 668-675.
80. Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 14258-14263.
81. Sun, D. P.; Sauer, U.; Nicholson, H.; Matthews, B. W. Biochemistry 1991, 30, 7142-7153.
82. Dao-pin, S.; Anderson, D. E.; Baase, W. A.; Dahlquist, F. W.; Matthews, B. W. Biochemistry 1991, 30, 11521-11529.
83. Waldburger, C. D.; Schildbach, J. F.; Sauer, R. T. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 122-128.
84. Noguchi, T.; Matsuda, H.; Akiyama, Y. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 219-220.
85. Lu, Y.; Shi, T.; Wang, Y.; Yang, H.; Yan, X.; Luo, X.; Jiang, H.; Zhu, W. J. Med. Chem. 2009, 52, 2854-2862.
86. Lu, Y.; Wang, Y.; Xu, Z.; Yan, X.; Luo, X.; Jiang, H.; Zhu, W. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12615-12621.
87. Alzate-Morales, J. H.; Caballero, J.; Jague, A. V.; Nilo, F. D. G. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 886-899.
88. Feldman, R. I.; Wu, J. M.; Polokoff, M. A.; Kochanny, M. J.; Dinter, H.; Zhu, D.; Biroc, S. L.; Alicke, B.; Bryant, J.; Yuan, S.; Buckman, B. O.; Lentz, D.; Ferrer, M.; Whitlow, M.; Adler, M.; Finster, S.; Chang, Z.; Arnaiz, D. O. J. Biol. Chem. 2005, 280, 19867-19874.
89. Word, J. M.; Lovell, S. C.; LaBean, T. H.; Taylor, H. C.; Zalis, M. E.; Presley, B. K.; Richardson, J. S.; Richardson, D. C. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1711-1733.
90. Politzer, P.; Lane, P.; Concha, M. C.; Ma, Y.; Murray, J. S. J. Mol. Model. 2007, 13, 305-311.
91. Clark, T.; Hennemann, M.; Murray, J. S.; Politzer, P. J. Mol. Model. 2007, 13, 291-296.
92. Murray, J. S.; Lane, P.; Politzer, P. J. Mol. Model. 2009, 15, 723-729.
93. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441-451.