Characterization of the nanostructure of complexes formed by single- or double-stranded oligonucleotides with a cationic surfactant

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 47, 2010, Pages 15554-15564

  Liu, Xiaoyang ^a   Abbott, Nicholas L ^a  

^a University of Wisconsin Madison   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMMONIUM COMPOUNDS; AMPHIPHILES; APPROXIMATION THEORY; BIOPHYSICS; BROMINE COMPOUNDS; COMPLEXATION; DYES; DYNAMIC LIGHT SCATTERING; ELECTROSTATICS; HYDROPHOBICITY; NANOSTRUCTURES; NEUTRON SCATTERING; OLIGONUCLEOTIDES; SOLUTIONS; X RAY SCATTERING;

AQUEOUS SOLUTIONS; BRAGG PEAKS; CATIONIC AMPHIPHILE; CETYL TRIMETHYL AMMONIUM BROMIDES; CHARGE RATIO; ELECTROSTATIC INTERACTIONS; FORM FACTORS; GLOBULAR MICELLES; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; INTERMOLECULAR INTERACTIONS; MULTI-LAMELLAR VESICLES; NUCLEOTIDE COMPOSITION; NUMBER AND SIZE; SAXS SPECTRA; SMALL ANGLE X-RAY SCATTERING; SMALL-ANGLE NEUTRON SCATTERING; SPACING RATIO;

CATIONIC SURFACTANTS;

EID: 78649518446     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp107936b     Document Type: Article

References (78)

1. Radler, J. O.; Koltover, I.; Salditt, T.; Safinya, C. R. Science 1997, 275, 810
2. Hays, M. E.; Jewell, C. M.; Lynn, D. M.; Abbott, N. L. Langmuir 2007, 23, 5609
3. Melnikov, S. M.; Sergeyev, V. G.; Yoshikawa, K.; Takahashi, H.; Hatta, I. J. Chem. Phys. 1997, 107, 6917
4. Melnikov, S. M.; Sergeyev, V. G.; Yoshikawa, K. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9951
5. Melnikov, S. M.; Sergeyev, V. G.; Yoshikawa, K. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2401
6. Dias, R. S.; Innerlohinger, J.; Glatter, O.; Miguel, M. G.; Lindman, B. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10458
7. Marchetti, S.; Onori, G.; Cametti, C. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3676
8. Rosa, M.; Dias, R.; Miguel, M. D.; Lindman, B. Biomacromolecules 2005, 6, 2164
9. Zhou, S. Q.; Liang, D. H.; Burger, C.; Yeh, F. J.; Chu, B. Biomacromolecules 2004, 5, 1256
10. Dias, R. S.; Lindman, B.; Miguel, M. G. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 12600
11. Lander, R. J.; Winters, M. A.; Meacle, F. J.; Buckland, B. C.; Lee, A. L. Biotechnol. Bioeng. 2002, 79, 776
12. Gustincich, S.; Manfioletti, G.; Delsal, G.; Schneider, C.; Carninci, P. Biotechniques 1991, 11, 298
13. Ishaq, M.; Wolf, B.; Ritter, C. Biotechniques 1990, 9, 19
14. Geck, P.; Nasz, I. Anal. Biochem. 1983, 135, 264
15. Lasic, D. D.; Templeton, N. S. Adv. Drug Delivery Rev. 1996, 20, 221
16. Pinnaduwage, P.; Schmitt, L.; Huang, L. Biochim. Biophys. Acta 1989, 985, 33
17. Dias, R.; Antunes, F.; Miguel, M.; Lindman, S.; Lindman, B. Braz. J. Med. Biol. Res. 2002, 35, 509
18. Ghirlando, R.; Wachtel, E. J.; Arad, T.; Minsky, A. Biochemistry 1992, 31, 7110
19. Miguel, M. G.; Pais, A. A. C. C.; Dias, R. S.; Leal, C.; Rosa, M.; Lindman, B. Colloids Surf., A 2003, 228, 43
20. Nakanishi, H.; Tsuchiya, K.; Okubo, T.; Sakai, H.; Abe, M. Langmuir 2007, 23, 345
21. Bell, P. C.; Bergsma, M.; Dolbnya, I. P.; Bras, W.; Stuart, M. C. A.; Rowan, A. E.; Feiters, M. C.; Engberts, J. B. F. N. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1551
22. Bartsch, M.; Weeke-Klimp, A. H.; Hoenselaar, E. P. D.; Stuart, M. C. A.; Meijer, D. K. F.; Scherphof, G. L.; Kamps, J. A. A. M. J. Drug Targeting 2004, 12, 613
23. Haque, N.; Isacson, O. Exp. Neurol. 1997, 144, 139
24. Zhang, Y.; Zhu, C. N.; Pardridge, W. M. Mol. Ther. 2002, 6, 67
25. Duca, M.; Vekhoff, P.; Oussedik, K.; Halby, L.; Arimondo, P. B. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 5123
26. Knauert, M. P.; Glazer, P. M. Hum. Mol. Genet. 2001, 10, 2243
27. Vasquez, K. M.; Dagle, J. M.; Weeks, D. L.; Glazer, P. M. J. Biol. Chem. 2001, 276, 38536
28. Mclean, I.; Terron, A. J. Invest. Dermatol. 2002, 119, 268
29. WongStaal, F. Adv. Drug Delivery Rev. 1995, 17, 363
30. Elbashir, S. M.; Harborth, J.; Lendeckel, W.; Yalcin, A.; Weber, K.; Tuschl, T. Nature 2001, 411, 494
31. Jeong, J. H.; Mok, H.; Oh, Y. K.; Park, T. G. Bioconjugate Chem. 2009, 20, 5
32. Kumar, P.; Ban, H. S.; Kim, S. S.; Wu, H. Q.; Pearson, T.; Greiner, D. L.; Laouar, A.; Yao, J. H.; Haridas, V.; Habiro, K.; Yang, Y. G.; Jeong, J. H.; Lee, K. Y.; Kim, Y. H.; Kim, S. W.; Peipp, M.; Fey, G. H.; Manjunath, N.; Shultz, L. D.; Lee, S. K.; Shankar, P. Cell 2008, 134, 577
33. Shankar, P.; Manjunath, N.; Lieberman, J. Jama, J. Am. Med. Assoc. 2005, 293, 1367
34. Weiler, J.; Hunziker, J.; Hall, J. Gene Ther. 2006, 13, 496
35. Kota, J.; Chivukula, R. R.; O'Donnell, K. A.; Wentzel, E. A.; Montgomery, C. L.; Hwang, H. W.; Chang, T. C.; Vivekanandan, P.; Torbenson, M.; Clark, K. R.; Mendell, J. R.; Mendell, J. T. Cell 2009, 137, 1005
36. Eisenberg, I.; Eran, A.; Nishino, I.; Moggio, M.; Lamperti, C.; Arnato, A. A.; Lidov, H. G.; Kang, P. B.; North, K. N.; Mitrani-Rosenbaum, S.; Flanigan, K. M.; Neely, L. A.; Whitney, D.; Beggs, A. H.; Kohane, I. S.; Kunkel, L. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 17016
37. Maruyama, T.; Hosogi, T.; Goto, M. Chem. Commun. 2007, 4450
38. McLoughlin, D. M.; O'Brien, J.; McManus, J. J.; Gorelov, A. V.; Dawson, K. A. Bioseparation 2000, 9, 307
39. Santel, A.; Aleku, M.; Keil, O.; Endruschat, J.; Esche, V.; Durieux, B.; Loffler, K.; Fechtner, M.; Rohl, T.; Fisch, G.; Dames, S.; Arnold, W.; Giese, K.; Klippel, A.; Kaufmann, J. Gene Ther. 2006, 13, 1360
40. Yano, J.; Hirabayashi, K.; Nakagawa, S.; Yamaguchi, T.; Nogawa, M.; Kashimori, I.; Naito, H.; Kitagawa, H.; Ishiyama, K.; Ohgi, T.; Irimura, T. Clin. Cancer Res. 2004, 10, 7721
41. Meidan, V. M.; Cohen, J. S.; Amariglio, N.; Hirsch-Lerner, D.; Barenholz, Y. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2000, 1464, 251
42. Jaaskelainen, I.; Sternberg, B.; Monkkonen, J.; Urtti, A. Int. J. Pharm. 1998, 167, 191
43. Weisman, S.; Hirsch-Lerner, D.; Barenholz, Y.; Talmon, Y. Biophys. J. 2004, 87, 609
44. Guo, X.; Li, H.; Zhang, F. M.; Zheng, S. Y.; Guo, R. J. Colloid Interface Sci. 2008, 324, 185
45. Guo, X.; Cui, B.; Li, H.; Gong, Z. Y.; Guo, R. J. Polym. Sci., Part A: Polym. Chem. 2009, 47, 434
46. Meidan, V. M.; Glezer, J.; Amariglio, N.; Cohen, J. S.; Barenholz, Y. Biochim. Biophys. Acta, Gen. Subj. 2001, 1568, 177
47. Pattarkine, M. V.; Ganesh, K. N. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999, 263, 41
48. Jadhav, V. M.; Valaske, R.; Maiti, S. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 8824
49. Santhiya, D.; Maiti, S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7602
50. Ruths, M.; Granick, S. Langmuir 1998, 14, 1804
51. Provencher, S. W. Comput. Phys. Commun. 1982, 27, 229
52. Provencher, S. W. Comput. Phys. Commun. 1982, 27, 213
53. Kjoniksen, A. L.; Nystrom, B.; Lindman, B. Langmuir 1998, 14, 5039
54. Pecora, R. Dynamic Light Scattering: Applications of Photon Correlation Spectroscopy; Plenum Press: New York, 1985.
55. Guinier, A.; Fournet, G. Small Angle X-ray Scattering; John Wiley & Sons: New York, 1995.
56. Porod, G. Small Angle Scattering; Academic Press: London, 1982.
57. Glatter, O.; Bergman, A.; Brunner-Popela, J.; Fritz, G.; Mittelbach, R.; Weyerich, B. GIFT for Windows, 1.01.02 ed.; University of Graz: Graz, Austria, 2000.
58. Kline, S. R. J. Appl. Crystallogr. 2006, 39, 895
59. Pizzey, C. L.; Jewell, C. M.; Hays, M. E.; Lynn, D. M.; Abbott, N. L.; Kondo, Y.; Golan, S.; Tahnon, Y. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5849
60. Scattering Length Density Calculator; NIST Center for Neutron Research Web site. http://www.ncnr.nist.gov/resources/sldcalc.html
61. Kaler, E. W.; Murthy, A. K.; Rodriguez, B. E.; Zasadzinski, J. A. Science 1989, 245, 1371
62. Herrington, K. L.; Kaler, E. W.; Miller, D. D.; Zasadzinski, J. A.; Chiruvolu, S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 13792
63. Pandit, N. K.; Caronia, J. J. Colloid Interface Sci. 1988, 122, 100
64. Kaler, E. W.; Herrington, K. L.; Murthy, A. K.; Zasadzinski, J. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6698
65. Freiberger, N.; Glatter, O. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 14719
66. Winter, R.; Kohling, R. J. Phys.: Condens. Matter 2004, 16, S327
67. Caracciolo, G.; Callipo, L.; De Sanctis, S. C.; Cavaliere, C.; Pozzi, D.; Lagana, A. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2010, 1798, 536
68. Svergun, D. I.; Koch, M. H. J. Rep. Prog. Phys. 2003, 66, 1735
69. Hubbard, F. P.; Abbott, N. L. Langmuir 2007, 23, 4819
70. Cardenas, M.; Dreiss, C. A.; Nylander, T.; Chan, C. P.; Cosgrove, T.; Lindman, B. Langmuir 2005, 21, 3578
71. Ilekti, P.; Martin, T.; Cabane, B.; Piculell, L. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 9831
72. Leal, C.; Moniri, E.; Pegado, L.; Wennerstrom, H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5999
73. Goddard, N. L.; Bonnet, G.; Krichevsky, O.; Libchaber, A. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 2400
74. Seol, Y.; Skinner, G. M.; Visscher, K.; Buhot, A.; Halperin, A. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 158103
75. Zheng, M.; Jagota, A.; Semke, E. D.; Diner, B. A.; Mclean, R. S.; Lustig, S. R.; Richardson, R. E.; Tassi, N. G. Nat. Mater. 2003, 2, 338
76. Zheng, M.; Jagota, A.; Strano, M. S.; Santos, A. P.; Barone, P.; Chou, S. G.; Diner, B. A.; Dresselhaus, M. S.; McLean, R. S.; Onoa, G. B.; Samsonidze, G. G.; Semke, E. D.; Usrey, M.; Walls, D. J. Science 2003, 302, 1545
77. Yu, C.; Chan, K. H. Y.; Wong, K. M. C.; Yam, V. W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 19652
78. Tinland, B.; Pluen, A.; Sturm, J.; Weill, G. Macromolecules 1997, 30, 5763