Microfluidics for bacterial chemotaxis

Integrative Biology

Volumn 2, Issue 11-12, 2010, Pages 604-629

  Ahmed, Tanvir ^a   Shimizu, Thomas S ^b   Stocker, Roman ^a  

^a Massachusetts Institute of Technology   (United States)

^b FOM INSTITUTE AMOLF   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AGAROSE; PYROXYLIN;

BACTERIUM; CHEMOTAXIS; DEVICE; DIFFUSION; FLOW KINETICS; GENERATOR; HYDRODYNAMICS; MICROFLUIDICS; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; REVIEW;

BACTERIAL PHYSIOLOGICAL PHENOMENA; CHEMOTAXIS; COLLODION; DIFFUSION; DIMETHYLPOLYSILOXANES; ESCHERICHIA COLI; FLUORESCENT DYES; HYDRODYNAMICS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; MICROFLUIDICS; MODELS, BIOLOGICAL; SEPHAROSE; SIGNAL TRANSDUCTION;

BACTERIA (MICROORGANISMS);

EID: 78149242494     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c0ib00049c     Document Type: Review

References (105)

1. G. Drews Photosynth. Res. 2005 83 25 34
2. M. S. Pittman M. Goodwin D. J. Kelly Microbiology 2001 147 2493 2504
3. M. B. Hugdahl J. T. Beery M. P. Doyle Infect. Immun. 1988 56 1560 1566
4. R. Freter P. C. M. O'Brien Infect. Immun. 1981 34 215 221
5. D. L. Englert M. D. Manson A. Jayaraman Appl. Environ. Microbiol. 2009 75 4557 4564
6. R. O'Toole S. Lundberg S. A. Fredriksson A. Jansson B. Nilsson H. Wolf-Watz J. Bacteriol. 1999 181 4308 4317
7. T. Ahmed R. Stocker Biophys. J. 2008 95 4481 4493
8. S. Pandya P. Iyer V. Gaitonde T. Parekh A. Desai Curr. Microbiol. 1999 38 205 209
9. G. Pandey R. K. Jain Appl. Environ. Microbiol. 2002 68 5789 5795
10. F. Azam T. Fenchel J. G. Field J. S. Gray L. A. Meyerreil F. Thingstad Mar. Ecol.: Prog. Ser. 1983 10 257 263
11. N. Blackburn F. Azam A. Hagstrom Limnol. Oceanogr. 1997 42 613 622
12. J. R. Seymour R. Simó T. Ahmed R. Stocker Science 2010 329 342 345
13. R. Stocker J. R. Seymour A. Samadani D. E. Hunt M. F. Polz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 4209 4214
14. F. Azam Science 1998 280 694 696
15. T. Fenchel N. Blackburn Protist 1999 150 325 336
16. F. Azam R. A. Long Nature 2001 414 495 498
17. H. C. Berg D. A. Brown Nature 1972 239 500 504
18. H. Szurmant G. W. Ordal Microbiol. Mol. Biol. Rev. 2004 68 301 319
19. G. H. Wadhams J. P. Armitage Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004 5 1024 1037
20. H. C. Berg, E. coli in motion, Springer-Verlag, 2003
21. J. E. Segall M. D. Manson H. C. Berg Nature 1982 296 855 857
22. V. Sourjik H. C. Berg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12669 12674
23. J. E. Segall S. M. Block H. C. Berg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 8987 8991
24. U. Alon M. G. Surette N. Barkai S. Leibler Nature 1999 397 168 171
25. N. Barkai S. Leibler Nature 1997 387 913 917
26. D. Bray M. D. Levin C. J. Morton-Firth Nature 1998 393 85 88
27. V. Sourjik H. C. Berg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 123 127
28. T. S. Shimizu Y. Tu H. C. Berg Mol. Syst. Biol. 2010 6 382
29. Y. Tu T. S. Shimizu H. C. Berg Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 14855 14860
30. M. J. Schnitzer Phys. Rev. E 1993 48 2553 2568
31. D. A. Clark L. C. Grant Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 9150 9155
32. A. Celani M. Vergassola Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 1391 1396
33. L. Jiang Q. Ouyang Y. Tu PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000735
34. D. Bray M. D. Levin K. Lipkow Curr. Biol. 2007 17 12 19
35. P. G. de Gennes Eur. Biophys. J. 2004 33 691 693
36. N. Vladimirov L. Lovdok D. Lebiedz V. Sourjik PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000242
37. M. J. Schnitzer S. M. Block H. C. Berg E. M. Purcell Symp. Soc. Gen. Microbiol. 1990 46 15 33
38. J. Shioi S. Matsuura Y. Imae J. Bacteriol. 1980 144 891 897
39. Y. Magariyama S. Sugiyama S. Kudo FEMS Microbiol. Lett. 2001 199 125 129
40. M. L. Worku R. L. Sidebotham J. H. Baron J. J. Misiewicz R. P. H. Logan T. Keshavarz Q. N. Karim Eur. J. Gastroenterol. Hepatol. 1999 11 1143 1150
41. J. G. Mitchell K. Kogure FEMS Microbiol. Ecol. 2006 55 3 16
42. J. G. Mitchell L. Pearson A. Bonazinga S. Dillon H. Khouri R. Paxinos Appl. Environ. Microbiol. 1995 61 877 882
43. T. Fenchel R. Thar FEMS Microbiol. Ecol. 2004 48 231 238
44. T. Fenchel Microbiology 1994 140 3109 3116
45. J. P. Armitage R. M. Macnab J. Bacteriol. 1987 169 514 518
46. J. R. Seymour T. Ahmed R. Stocker J. Plankton Res. 2009 31 1557 1561
47. J. R. Seymour Marcos R. Stocker Am. Nat. 2009 173 E15 E29
48. J. R. Seymour T. Ahmed W. M. Durham R. Stocker Aquat. Microb. Ecol. 2010 59 161 168
49. J. Atencia J. Morrow L. E. Locascio Lab Chip 2009 9 2707 2714
50. J. Adler Science 1969 166 1588 1597
51. R. M. Ford B. R. Phillips J. A. Quinn D. A. Lauffenburger Biotechnol. Bioeng. 1991 37 647 660
52. A. M. J. Law M. D. Aitken Appl. Environ. Microbiol. 2005 71 3137 3143
53. H. C. Berg L. Turner Biophys. J. 1990 58 919 930
54. J. Adler Science 1966 153 708 716
55. M. Silverman M. Simon Nature 1974 249 73 74
56. R. K. Jain and J. Pandey, Handbook of Hydrocarbon and Lipid Microbiology, Springer-Verlag, Berlin, 2010
57. D. L. Englert A. Jayaraman M. D. Manson Methods Mol. Biol. 2009 571 1 23
58. R. M. Ford D. A. Lauffenburger Biotechnol. Bioeng. 1991 37 661 672
59. M. A. Rivero R. T. Tranquillo H. M. Buettner D. A. Lauffenburger Chem. Eng. Sci. 1989 44 2881 2897
60. M. G. Vicker Exp. Cell Res. 1981 136 91 100
61. S. Saleh-Lakha J. T. Trevors J. Microbiol. Methods 2010 82 108 111
62. G. M. Whitesides E. Ostuni S. Takayama X. Y. Jiang D. E. Ingber Annu. Rev. Biomed. Eng. 2001 3 335 373
63. C. T. Culbertson S. C. Jacobson J. M. Ramsey Talanta 2002 56 365 373
64. P. Lewus R. M. Ford Biotechnol. Bioeng. 2001 75 292 304
65. S. Wright B. Walia J. S. Parkinson S. Khan J. Bacteriol. 2006 188 3962 3971
66. M. M. Wu J. W. Roberts S. Kim D. L. Koch M. P. DeLisa Appl. Environ. Microbiol. 2006 72 4987 4994
67. D. Irimia M. Toner Lab Chip 2006 6 345 352
68. N. L. Jeon H. Baskaran S. K. W. Dertinger G. M. Whitesides L. Van de Water M. Toner Nat. Biotechnol. 2002 20 826 830
69. W. Saadi S. J. Wang F. Lin N. L. Jeon Biomed. Microdevices 2006 8 109 118
70. H. B. Mao P. S. Cremer M. D. Manson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5449 5454
71. T. M. Keenan A. Folch Lab Chip 2008 8 34 57
72. J. Adler J. Gen. Microbiol. 1973 74 77 91
73. L. M. Lanning R. M. Ford T. Long Biotechnol. Bioeng. 2008 100 653 663
74. I. Strauss P. D. Frymier C. M. Hahn R. M. Ford AIChE J. 1995 41 402 414
75. F. W. Dahlquist R. A. Elwell P. S. Lovely J. Supramol. Struct. 1976 4 329 342
76. R. Jasuja J. Keyoung G. P. Reid D. R. Trentham S. Khan Biophys. J. 1999 76 1706 1719
77. T. Long R. M. Ford Environ. Sci. Technol. 2009 43 1546 1552
78. W. R. DiLuzio L. Turner M. Mayer P. Garstecki D. B. Weibel H. C. Berg G. M. Whitesides Nature 2005 435 1271 1274
79. E. Lauga W. R. DiLuzio G. M. Whitesides H. A. Stone Biophys. J. 2006 90 400 412
80. G. B. Jeffery Proc. Royal Soc. London 1922 120 161 179
81. Marcos R. Stocker Limnol. Oceanogr.: Methods 2006 4 392 398
82. G. M. Walker J. Q. Sai A. Richmond M. Stremler C. Y. Chung J. P. Wikswo Lab Chip 2005 5 611 618
83. J. T. Locsei T. J. Pedley Bull. Math. Biol. 2009 71 1089 1116
84. F. Azam F. Malfatti Nat. Rev. Microbiol. 2007 5 782 791
85. N. Blackburn T. Fenchel J. Mitchell Science 1998 282 2254 2256
86. J. R. Seymour T. Ahmed Marcos R. Stocker Limnol. Oceanogr.: Methods 2008 6 477 488
87. H. Jeon Y. Lee S. Jin S. Koo C. S. Lee J. Y. Yoo Biomed. Microdevices 2009 11 1135 1143
88. F. Dahlquist P. Lovely D. Koshland Nature 1972 236 120 123
89. R. Mesibov G. W. Ordal J. Adler J. Gen. Physiol. 1973 62 203 223
90. J. P. Diao L. Young S. Kim E. A. Fogarty S. M. Heilman P. Zhou M. L. Shuler M. M. Wu M. P. DeLisa Lab Chip 2006 6 381 388
91. S. Y. Cheng S. Heilman M. Wasserman S. Archer M. L. Shuler M. M. Wu Lab Chip 2007 7 763 769
92. Y. V. Kalinin L. L. Jiang Y. Tu M. M. Wu Biophys. J. 2009 96 2439 2448
93. S. M. Block J. E. Segall H. C. Berg J. Bacteriol. 1983 154 312 323
94. B. A. Mello Y. Tu Biophys. J. 2007 92 2329 2337
95. Y. Kalinin S. Neumann V. Sourjik M. M. Wu J. Bacteriol. 2010 192 1796 1800
96. T. Ahmed T. S. Shimizu R. Stocker Nano Lett. 2010 10 3379 3385
97. H. K. Wu B. Huang R. N. Zare J. Am. Chem. Soc. 2006 128 4194 4195
98. V. V. Abhyankar M. W. Toepke C. L. Cortesio M. A. Lokuta A. Huttenlocher D. J. Beebe Lab Chip 2008 8 1507 1515
99. U. Haessler Y. Kalinin M. A. Swartz M. Wu Biomed. Microdevices 2009 11 827 835
100. C. W. Li R. S. Chen M. S. Yang Lab Chip 2007 7 1371 1373
101. B. Mosadegh C. Huang J. W. Park H. S. Shin B. G. Chung S. K. Hwang K. H. Lee H. J. Kim J. Brody N. L. Jeon Langmuir 2007 23 10910 10912
102. S. Paliwal P. A. Iglesias K. Campbell Z. Hilioti A. Groisman A. Levchenko Nature 2007 446 46 51
103. T. Kim M. Pinelis M. M. Maharbiz Biomed. Microdevices 2009 11 65 73
104. M. Adler M. Polinkovsky E. Gutierrez A. Groisman Lab Chip 2010 10 388 391
105. C. Douarche A. Buguin H. Salman A. Libchaber Phys. Rev. Lett. 2009 102 198101