Simulation of two-dimensional ultraviolet spectroscopy of amyloid fibrils

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 37, 2010, Pages 12150-12156

  Jiang, Jun ^a   Abramavicius, Darius ^a   Falvo, Cyril ^a   Bulheller, Benjamin M ^b   Hirst, Jonathan D ^b   Mukamel, Shaul ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b UNIVERSITY OF NOTTINGHAM   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISEASES; GLYCOPROTEINS; INFRARED SPECTROSCOPY; TWO DIMENSIONAL; ULTRAFAST LASERS; ULTRAVIOLET LASERS; ULTRAVIOLET SPECTROSCOPY;

AGGREGATION MECHANISM; ALZHEIMER'S DISEASE; AMYLOID FIBRIL; BIOMOLECULAR SYSTEM; CHARACTERISTIC SIGNATURE; FORMATION KINETICS; INTERMOLECULAR INTERACTIONS; INTRAMOLECULAR INTERACTIONS; MULTIDIMENSIONAL SPECTROSCOPY; NEW OPPORTUNITIES; PROTEIN MISFOLDING; SIMULATION STUDIES; STRUCTURE AND DYNAMICS; ULTRAFAST LASER; ULTRAVIOLET REGION;

PROTEINS;

EID: 77956774033     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp1046968     Document Type: Article

References (47)

1. Tycko, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 96-103
2. Caughey, B.; Lansbury, P. T. Annu. Rev. Neurosci. 2003, 26, 267-298
3. Lester-Coll, N. E.; Riviera, E. J.; Soscia, S. J.; Doiron, K.; Wands, J. R.; de la Monte, S. M. J. Alzheimers Dis. 2006, 9, 13-33
4. Glabe, C.; Kayed, R. Neurology 2006, 66, S74-78
5. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333-336
6. Ferreira, S. T.; Vieira, M. N. N.; Felice, F. G. D. IUBMB Life 2007, 59, 332-345
7. Rishton, G. M. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 159-160
8. Feng, B. Y.; Toyama, B. H.; Wille, H.; Colby, D. W.; Collins, S. R.; May, B. C. H.; Prusiner, S. B.; Weissman, J.; Shoichet, B. K. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 197-199
9. Chiti, F.; Dobson, C. M. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 15-22
10. Fawzi, N. L.; Yap, E.-H.; Okabe, Y.; Kohlstedt, K.; Brown, S.; Head-Gordon, T. Acc. Chem. Res. 2008, 41, 1037-1047
11. Shankar, G. M.; Li, S.; Mehta, T.; N.E. Shepardson, A. G.-M.; Smith, I.; Brett, F.; Farrell, M.; Rowan, M.; Lemere, C.; Regan, C.; Walsh, D.; Sabatini, B.; Selkoe, D. Nat. Med. 2008, 14, 837-842
12. Buchete, N.-V.; Tycko, R.; Hummer, G. J. Mol. Biol. 2005, 353, 804-821
13. Petkova, A. T.; Yau, W. M.; Tycko, R. Biochemistry 2006, 45, 498-512
14. Daggett, V. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 594-602
15. Sunde, M.; Blake, C. C. F. Q. Rev. Biophys. 1998, 31, 1-39
16. Eanes, E. D.; Glenner, G. J. Histochem. Cytochem. 1968, 16, 673-677
17. Chung, H. S.; Ganim, Z.; Jones, K. C.; Tokmakoff, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14237-14242
18. Cho, M. Chem. Rev. 2008, 108, 1331-1418
19. Mukamel, S. Principles of Nonlinear Optical Spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
20. Abramavicius, D.; Palmieri, B.; Voronine, D. V.; Šanda, F.; Mukamel, S. Chem. Rev. 2009, 109, 2350-2408
21. Mukamel, S.; Abramavicius, D.; Yang, L.; Zhuang, W.; Schweigert, I. V.; Voronine, D. Acc. Chem. Res. 2009, 42, 553-562
22. Kim, Y. S.; Liu, L.; Axelsen, P. H.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 7720-7725
23. Strasfeld, D.; Ling, Y.; Shim, S.; Zanni, M. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6698-6699
24. Shim, S.-H.; Strasfeld, D. B.; Ling, Y. L.; Zanni, M. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14197-14202
25. Zhuang, W.; Abramavicius, D.; Voronine, D. V.; Mukamel, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14233-14236
26. Sengupta, N.; Maekawa, H.; Zhuang, W.; Mukamel, S.; Tobias, D.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 12037-12049
27. Bagchi, S.; Falvo, C.; Mukamel, S.; Hochstrasser, R. J. Phys. Chem. 2009, 113, 11260-11273
28. Abramavicius, D.; Jiang, J.; Bulheller, B. M.; Hirst, J. D.; Mukamel, S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7769
29. Tseng, C.; Matsika, S.; Weinacht, T. Opt. Express 2009, 17, 18788-18793
30. Antzutkin, O. N.; Balbach, J. J.; Tycko, R. Biophys. J. 2003, 84, 3326-3335
31. Shashilov, V. A.; Lednev, I. K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 309-317
32. Sikirzhytski, V.; Topilina, N. I.; Higashiya, S.; Welch, J. T.; Lednev, I. K. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 5852
33. Jiang, J.; Abramavicius, D.; Bulheller, B. M.; Hirst, J. D.; Mukamel, S. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 8270
34. Phillips, J.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
35. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
36. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
37. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593
38. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621
39. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9636-9644
40. Aquilante, F.; Vico, L. D.; Ferré, N.; Ghigo, G.; Malmqvist, P.-A.; Neogrády, P.; Pedersen, T. B.; Pitonák, M.; Reiher, M.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L.; Urban, M.; Veryazov, V.; Lindh, R. J. Comput. Chem. 2009, 31, 224-247
41. Frisch, M. J. et al. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
42. Cao, A.; Hu, D.; Lai, L. Protein Sci. 2004, 2, 319-324
43. Bulheller, B. M.; Miles, A. J.; Wallace, B. A.; Hirst, J. D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1866-1874
44. Kalhor, H. R.; Kamizi, M.; Akbari, J.; Heydari, A. Biomacromolecules 2009, 10, 2468-2475
45. Huang, T. H. J.; Yang, D.-S.; Plaskos, N. P.; Go, S.; Yip, C. M.; Fraser, P. E.; Chakrabartty, A. J. Mol. Biol. 2000, 297, 73-87
46. Bulheller, B. M.; Rodger, A.; Hicks, M. R.; Dafforn, T. R.; Serpell, L. C.; Marshall, K.; Bromley, E. H. C.; King, P. J. S.; Channon, K. J.; Woolfson, D. N.; Hirst, J. D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13305-13314
47. Hirota-Nakaoka, N.; Hasegawa, K.; Naiki, H.; Goto, Y. J. Biochem. 2003, 134, 159-164