Waters contribution to the energetic roughness from peptide dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 6, Issue 9, 2010, Pages 2591-2597

  Johnson, Quentin ^a   Doshi, Urmi ^a   Shen, Tongye ^b,c   Hamelberg, Donald ^a  

^a GEORGIA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF TENNESSEE   (United States)

^c OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 77956587811     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct100183s     Document Type: Article

References (52)

1. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598
2. Wales, D. J. Energy landscapes; Cambridge University Press: Cambridge, UK, New York, 2003.
3. Frauenfelder, H.; Parak, F.; Young, R. D. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1988, 17, 451
4. Chaplin, M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006, 7, 861
5. Zwanzig, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1988, 85, 2029
6. Hyeon, C.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 10249
7. Sagnella, D. E.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7702
8. Lapidus, L. J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 7220
9. Nevo, R.; Brumfeld, V.; Kapon, R.; Hinterdorfer, P.; Reich, Z. EMBO Rep. 2005, 6, 482
10. Ohmine, I.; Saito, S. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 741
11. Speedy, R. J.; Madura, J. D.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. 1987, 91, 909
12. Smith, J. D.; Cappa, C. D.; Wilson, K. R.; Messer, B. M.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. Science 2004, 306, 851
13. Smith, J. D.; Cappa, C. D.; Messer, B. M.; Cohen, R. C.; Saykally, R. J. Science 2005, 308, 793B
14. Nilsson, A.; Wernet, P.; Nordlund, D.; Bergmann, U.; Cavalleri, M.; Odelius, M.; Ogasawara, H.; Naslund, L. A.; Hirsch, T. K.; Glatzel, P.; Pettersson, L. G. M. Science 2005, 308, 793A
15. Chumaevskii, N. A.; Rodnikova, M. N. J. Mol. Liq. 2003, 106, 167
16. Head-Gordon, T.; Johnson, M. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 7973
17. Markovitch, O.; Agmon, N. Mol. Phys. 2008, 106, 485
18. Myneni, S.; Luo, Y.; Naslund, L. A.; Cavalleri, M.; Ojamae, L.; Ogasawara, H.; Pelmenschikov, A.; Wernet, P.; Vaterlein, P.; Heske, C.; Hussain, Z.; Pettersson, L. G. M.; Nilsson, A. J. Phys.: Condens. Matter 2002, 14, L213
19. Wernet, P.; Nordlund, D.; Bergmann, U.; Cavalleri, M.; Odelius, M.; Ogasawara, H.; Naslund, L. A.; Hirsch, T. K.; Ojamae, L.; Glatzel, P.; Pettersson, L. G. M.; Nilsson, A. Science 2004, 304, 995
20. Fenimore, P. W.; Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Parak, F. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 99, 16047
21. Frauenfelder, H.; Chen, G.; Berendzen, J.; Fenimore, P. W.; Jansson, H.; McMahon, B. H.; Stroe, I. R.; Swenson, J.; Young, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 5129
22. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133
23. Fanghanel, J.; Fischer, G. Front. Biosci. 2004, 9, 3453
24. Eberhardt, E. S.; Loh, S. N.; Hinck, A. P.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 5437
25. Ikura, T.; Kinoshita, K.; Ito, N. Protein Eng. Des. Sel. 2008, 21, 83
26. Lu, K. P.; Finn, G.; Lee, T. H.; Nicholson, L. K. Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 619
27. Brandts, J. F.; Halvorson, H. R.; Brennan, M. Biochemistry 1975, 14, 4953
28. Wedemeyer, W. J.; Welker, E.; Scheraga, H. A. Biochemistry 2002, 41, 14637
29. Doshi, U.; Hamelberg, D. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 16590
30. Wang, M. C.; Uhlenbeck, G. E. Rev. Mod. Phys. 1945, 17, 20
31. Hamelberg, D.; Shen, T.; Andrew McCammon, J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 241103
32. Hamelberg, D.; Shen, T.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2006, 125 094905
33. Guillot, B. J. Mol. Liq. 2002, 101, 219
34. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
35. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2001, 114, 363
36. Mark, P.; Nilsson, L. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9954
37. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269
38. Horn, H. W.; Swope, W. C.; Pitera, J. W.; Madura, J. D.; Dick, T. J.; Hura, G. L.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9665
39. Jorgensen, W. L.; Madura, J. D. Mol. Phys. 1985, 56, 1381
40. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910
41. Gillen, K. T.; Douglas, D. C.; Hoch, M. J. R. J. Chem. Phys. 1972, 57, 5117
42. Holz, M.; Heil, S. R.; Sacco, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 4740
43. Price, W. S.; Ide, H.; Arata, Y. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 448
44. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossváry, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10. In AMBER 10; University of California: San Francisco, 2008.
45. Glass, D. C.; Krishnan, M.; Nutt, D. R.; Smith, J. C. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1390
46. Warshel, A.; Aqvist, J.; Creighton, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1989, 86, 5820
47. Warshel, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1978, 75, 5250
48. Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 147
49. Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712
50. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179
51. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
52. Ryckaert, J.; Cicotti, G.; Berendsen, H. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327