Adenine deactivation in DNA resolved at the CASPT2//CASSCF/AMBER level

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 19, 2010, Pages 5016-5023

  Conti, Irene ^a   Altoè, Piero ^a   Stenta, Marco ^a   Garavelli, Marco ^a   Orlandi, Giorgio ^a,b  

^a UNIVERSITY OF BOLOGNA   (Italy)

^b INSTM   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ADENINE; DNA;

ARTICLE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

ADENINE; DNA; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

EID: 77951950575     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b926608a     Document Type: Article

References (98)

1. C. E. Crespo-Hernández B. Cohen P. M. Hare B. Kohler Chem. Rev. 2004 104 1977
2. C. T. Middleton K. de La Harpe C. Su Y. K. Law Crespo-Hernández E. Carlos B. Kohler Annu. Rev. Phys. Chem. 2009 60 217
3. D. Onidas D. Markovitsi S. Marguet T. Gustavsson J. Phys. Chem. B 2002 106 11367
4. E. Samoylova H. Lippert S. Ullrich I. V. Hertel W. Radloff T. Schultz J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1782
5. D. C. Lührs J. Viallon I. Fischer Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 1827
6. C. Plützer E. Nir M. S. de Vries K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 5466
7. N. J. Kim H. Kang Y. D. Park S. K. Kim Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2802
8. E. Nir C. Pltzer K. Kleinermanns M. de Vries Eur. Phys. J. D 2002 20 317
9. E. Nir K. Kleinermanns L. Grace M. S. de Vries J. Phys. Chem. A 2001 105 5106
10. I. Hünig C. Pltzer K. A. Seefeld D. Lwenich M. Nispel K. Kleinermanns ChemPhysChem 2004 5 1427
11. Y. Lee M. Schmitt K. Kleinermanns B. Kim J. Phys. Chem. A 2006 110 11819
12. H. Kang B. Jung S. K. Kim J. Chem. Phys. 2003 118 6717
13. H. Kang K. T. Lee B. Jung Y. J. Ko S. K. Kim J. Am. Chem. Soc. 2002 124 12958
14. S. Ullrich T. Schultz M. Z. Zgierski A. Stolow J. Am. Chem. Soc. 2004 126 2262
15. S. Ullrich T. Schultz M. Z. Zgierski A. Stolow Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2796
16. C. Z. Bisgaard H. Satzger S. Ullrich A. Stolow ChemPhysChem 2009 10 101
17. C. Canuel M. Mons F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli M. Elhanine J. Chem. Phys. 2005 122 074316
18. C. Canuel M. Elhanine M. Mons F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 3978
19. T. Gustavsson A. Sharonov D. Onidas D. Markovitsi Chem. Phys. Lett. 2002 356 49
20. B. Cohen P. M. Hare B. Kohler J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13594
21. B. Cohen C. E. Crespo-Hernández B. Kohler Faraday Discuss. 2004 127 137
22. D. Markovitsi D. Onidas T. Gustavsson F. Tablot E. Lazzarotto J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17130
23. H. Satzger D. Townsend M. Z. Zgierski S. Patchkovskii S. Ullrich A. Stolow Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 10196
24. N. J. Kim G. Jeong Y. S. Kim J. Sung S. K. Kim Y. D. Park J. Chem. Phys. 2000 113 10051
25. C. Plützer K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 4877
26. C. E. Crespo-Hernández B. Cohen B. Kohler Nature 2005 436 1141
27. C. E. Crespo-Hernández B. Kohler J. Phys. Chem. B 2004 108 11182
28. I. Buchvarov Q. Wang M. Raytchev A. Trifonov T. Fiebig Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 4794
29. B. Cohen, C. E. Crespo-Hernández, P. M. Hare and B. Kohler, in Ultrafast Molecular Events in Chemistry and Biology, ed., M. Martin, and, J. T. Hynes, Elsevier, Amsterdam, 2004
30. J. Eisinger M. Guéron R. G. Shulman T. Yamane Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1966 55 1015
31. J. P. Ballini M. Daniels P. Vugny Biophys. Chem. 1991 39 253
32. C. E. Crespo-Hernández K. De La Harpe B. Kohler J. Am. Chem. Soc. 2008 130 10844
33. T. Takaya S. C. K. De La Harpe C. E. Crespo-Hernández B. Kohler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 10285
34. C. E. Crespo-Hernández B. Cohen B. Kohler Nature 2006 441 E8
35. D. Markovitsi F. Tablot T. Gustavsson D. Onidas E. Lazzarotto S. Marguet Nature 2006 441 E7
36. R. Plessow A. Brockhinke W. Eimer K. Kohse-Hoinghaus J. Phys. Chem. B 2000 104 3695
37. D. Markovitsi A. Sharonov D. Onidas T. Gustavsson ChemPhysChem 2003 4 303
38. W.-M. Kwok C. Ma D. L. Phillips J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11894
39. Bioorganic Photochemestry, ed., J. Cadet, and, P. Vigny, Wiley, New York, 1990
40. B. P. Ruzsicska and D. G. E. Lemaire, CRC Handbook of Organic Photochemistry and Photobiology, CRC, Boca Raton, 1995
41. P. Vigny and M. Duquesne, Excited States of Biological Molecules, New York, 1976
42. P. R. Callis Annu. Rev. Phys. Chem. 1983 34 329
43. I. Conti M. Garavelli G. Orlandi J. Am. Chem. Soc. 2009 131 16108
44. M. Barbatti H. Lischka J. Am. Chem. Soc. 2008 130 6831
45. F. Santoro V. Barone R. Improta Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 9931
46. G. Olaso-González M. Merchán L. Serrano-Andrés J. Am. Chem. Soc. 2009 131 4368
47. E. Emanuele K. Zakrzewska D. Markovitsi R. Lavery P. Millié J. Phys. Chem. B 2005 109 16109
48. B. Bouvier T. Gustavsson D. Markovitsi P. Millie Chem. Phys. 2002 275 75
49. B. Bouvier J. P. Dognon R. Lavery D. Markovitsi P. Millie D. Onidas K. Zakrzewska J. Phys. Chem. B 2003 107 13512
50. D. Markovitsi T. Gustavsson A. Sharonov Photochem. Photobiol. 2004 79 526
51. D. Onidas T. Gustavsson E. Lazzarotto D. Markovitsi J. Phys. Chem. B 2007 111 9644
52. D. Onidas T. Gustavsson E. Lazzarotto D. Markovitsi Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 5143
53. F.-A. Miannay A. Banyasz T. Gustavsson D. Markovitsi J. Am. Chem. Soc. 2007 129 14574
54. E. Emanuele D. Markovitsi P. Millie K. Zakrzewska ChemPhysChem 2005 6 1387
55. T. Schultz E. Samoylowa W. Radloff I. V. Hertel A. L. Sobolewski W. Domke Science 2004 306 1765
56. A. L. Sobolewski W. Domke C. Hättig Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 17903
57. L. M. Frutos A. Markmann A. L. Sobolewski W. Domke J. Phys. Chem. B 2007 111 6110
58. S. Perun A. L. Sobolewski W. Domke J. Phys. Chem. A 2006 110 9031
59. G. Groenhof L. V. Schäfer M. Boggio-Pasqua M. Goette H. Grubmüller M. A. Robb J. Am. Chem. Soc. 2007 129 6812
60. L. Grob Y. Podolyan P. Dziekonski W. A. Sokalski J. Leszczynsky J. Am. Chem. Soc. 2004 126 10119
61. A. L. Sobolewski W. Domcke Chem. Phys. 2003 294 73
62. A. L. Sobolewski W. Domcke Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2763
63. P. Altoè M. Stenta A. Bottoni M. Garavelli Theor. Chem. Acc. 2007 118 219
64. R. Chandrasekaran A. Raha H. S. Park Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 1995 51 1025
65. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong et al. J. Comput. Chem. 2003 24 1999
66. D. A. Case et al., AMBER 8, University of California, San Francisco, CA, 2004
67. T. E. Cheatham P. Cieplak P. A. Kollman J. Biol. Struct. Dyn. 1999 16 845
68. H. J. C. Berendsen W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak Chem. Phys. 1984 81 3684
69. J. P. Ryckaert G. Ciccotii H. J. C. Berendsen Comput. Phys 1977 23 327
70. T. Darden D. York L. J. Pedersen Chem. Phys. 1993 98 10089
71. H. Lin D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 2007 117 185
72. D. A. Case T. E. Cheatham T. Darden H. Gohlke R. Luo K. M. Merz A. Onufriev C. Simmerling B. Wang R. J. Woods J. Comput. Chem. 2005 26 1668
73. P. A. Malmqvist B. O. Roos L. Serrano-Andrés Chem. Phys. Lett. 1998 288 299
74. M. L. Frisch et al., GAUSSIAN 03, Revision C.02, Gaussian Inc., Wallingford CT, 2004
75. J. W. Krogh and et al., MOLCAS version 6.2, Lund University, Lund, 2003
76. D. A. Case T. E. Cheatham T. Darden H. Gohlke R. Luo K. M. Merz A. Onufriev C. Simmerling B. Wang R. J. Woods J. Comput. Chem. 2005 26 1668
77. P.-Å. Malmqvist B. O. Roos L. Serrano-Andrés Chem. Phys. Lett. 1998 288 299
78. S. Perun A. L. Sobolewski W. Domcke Chem. Phys. 2005 313 107
79. S. Yamazaki S. Kato J. Am. Chem. Soc. 2007 129 2901
80. W. C. Chung Z. Lan Y. Ohtsuki N. Shimakura W. Domcke Y. Fujimura Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 2075
81. L. Serrano-Andrés M. Merchán A. C. Borin Chem.-Eur. J. 2006 12 6559
82. L. Serrano-Andrés M. Merchán A. C. Borin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 8691
83. L. Blancafort J. Am. Chem. Soc. 2006 128 210
84. H. H. Ritze H. Lippert E. Samoylova V. R. Smith I. V. Hertel W. Radloff T. Schultz J. Chem. Phys. 2005 122 224320
85. C. M. Marian J. Chem. Phys. 2005 122 104314
86. S. Perun A. L. Sobolewski W. Domcke J. Am. Chem. Soc. 2005 127 6257
87. Y. Lei S. Yuan Y. Dou Y. Wang Z. Wen J. Phys. Chem. A 2008 112 8497
88. H. Chen S. Li J. Phys. Chem. A 2005 109 8443
89. A. L. Sobolewski W. Domcke C. Dedonder-Lardeux C. Jouvet Phys. Chem. Chem. Phys. 2002 4 1093
90. A. L. Sobolewski W. Domcke Eur. Phys. J. D 2002 20 369
91. C. Ma W.-M. Kwok W. S. Chan P. Zuo J. T. W. Kan P. H. Toy D. L. Phillips J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1427
92. B. Mennucci A. Toniolo J. Tomasi J. Phys. Chem. A 2001 105 4749
93. N. J. Kim H. Kang G. Jeong Y. S. Kim K. T. Lee S. K. Kim J. Phys. Chem. 2000 104 6552
94. L. B. Clark G. G. Peschel I. Tinoco J. Phys. Chem. 1965 69 3615
95. I. Conti E. Di Donato F. Negri G. Orlandi J. Phys. Chem. A 2009 113 15265
96. G. Ge S. Georghiou Photochem. Photobiol. 1991 54 477
97. M. Pope and C. E. Swenberg, Electronic Processes in Organic Crystals and Polymers, Oxford University Press, New York-Oxford, 1999
98. T. Forster, Modern Quantum Chemistry, ed., O. Sinanoglu, Academic Press, New York and London, 1965, vol. III, p. 93