Quantum mechanical study of secondary structure formation in protected dipeptides

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 12, Issue 18, 2010, Pages 4678-4685

  Aric A ^a   Hrenar, T ^b   Mali, M ^c   Dolic N ^c  

^a Och Spine at New York Presbyterian Hospitals   (United States)

^b UNIVERSITY OF ZAGREB   (Croatia)

^c RUDER BO KOVI INSTITUTE   (Croatia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIPEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; ELECTRON; INFRARED SPECTROPHOTOMETRY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; QUANTUM THEORY;

DIPEPTIDES; ELECTRONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; QUANTUM THEORY; SPECTROPHOTOMETRY, INFRARED;

EID: 77951862765     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b923041f     Document Type: Article

References (43)

1. W. Chin J.-P. Dognon C. Canuel F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons I. Compagnon G. von Helden G. Meijer J. Chem. Phys. 2005 122 054317
2. W. Chin F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1033
3. E. G. Robertson J. P. Simons Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 1
4. L. C. Snoek R. T. Kroemer M. R. Hockridge J. P. Simons Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 1819
5. B. C. Dian A. Longarte S. Mercier D. A. Evans D. J. Wales T. S. Zwier J. Chem. Phys. 2002 117 10688
6. B. C. Dian A. Longarte T. S. Zwier Science 2002 296 2369
7. I. Hünig K. Kleinermanns Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2650
8. J. M. Bakker C. Plützer I. Hünig T. Häber I. Compagnon G. von Helden G. Meijer K. Kleinermanns ChemPhysChem 2005 6 120
9. W. Chin M. Mons J.-P. Dognon F. Piuzzi B. Tardivel I. Dimicoli Phys. Chem. Chem. Phys. 2004 6 2700
10. I. Compagnon J. Oomens G. Meijer G. von Helden J. Am. Chem. Soc. 2006 128 3592
11. V. Brenner F. Piuzzi I. Dimicoli B. Tardivel M. Mons Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 2463
12. W. Chin I. Compagnon J.-P. Dognon C. Canuel F. Piuzzi I. Dimicoli G. von Helden G. Meijer M. Mons J. Am. Chem. Soc. 2005 127 1388
13. M. S. de Vries P. Hobza Annu. Rev. Phys. Chem. 2007 58 585
14. D. Reha H. Valdes J. Vondrasek P. Hobza A. Abu-Riziq B. Crews M. S. de Vries Chem.-Eur. J. 2005 11 6803
15. J. Cerny P. Jurecka P. Hobza H. Valdes J. Phys. Chem. 2007 111 1146
16. H. Valdes V. Spiwok J. Rezac D. Reha A. Abo-Riziq M. de Vries P. Hobza Chem.-Eur. J. 2008 14 4886
17. A. D. Becke J. Chem. Phys. 1993 98 5648
18. N. Dolić G. Kovaević I. Lubić J. Phys. Chem. A 2007 111 8650
19. S. Tsuzuki T. Uchimaru K. Tanabe Chem. Phys. Lett. 1998 287 202
20. C. Tuma A. D. Boese N. C. Handy Phys. Chem. Chem. Phys. 1999 1 3939
21. T. van Mourik P. G. Karamertzanis S. L. Price J. Phys. Chem. A 2006 110 8
22. G. Hetzer P. Pulay H.-J. Werner Chem. Phys. Lett. 1998 290 143
23. A. E. Azhary G. Rauhut P. Pulay H.-J. Werner J. Chem. Phys. 1998 108 5185
24. M. Schütz G. Hetzer H.-J. Werner J. Chem. Phys. 1999 111 5691
25. G. Hetzer M. Schütz H. Stoll H.-J. Werner J. Chem. Phys. 2000 113 9443
26. C. Toniolo Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1980 9 1
27. P. Kollman, R. Dixon, W. Cornell, T. Fox, C. Chipot and A. Pohirille, ESCOM, Leiden, 1997, p. 83
28. J. W. Ponder, Tinker: Software tools for molecular design, 4.1., Washington University School of Medicine, St. Louis, 2003
29. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision B.05), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
30. H.-J. Werner, P. J. Knowles, R. Lindh, F. R. Manby, M. Schütz, P. Celani, T. Korona, A. Mitrushenkov, G. Rauhut, T. B. Adler, R. D. Amos, A. Bernhardsson, A. Berning, D. L. Cooper, M. J. O. Deegan, A. J. Dobbyn, F. Eckert, E. Goll, C. Hampel, G. Hetzer, T. Hrenar, G. Knizia, C. Köppl, Y. Liu, A. W. Lloyd, R. A. Mata, A. J. May, S. J. McNicholas, W. Meyer, M. E. Mura, A. Nicklass, P. Palmieri, K. Pflüger, R. Pitzer, M. Reiher, U. Schumann, H. Stoll, A. J. Stone, R. Tarroni, T. Thorsteinsson, M. Wang and A. Wolf, Molpro, version 2008.3, a package of ab initio programs, 2008
31. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2004 108 6908
32. M. F. de Carvalho R. A. Mosquera R. Rivelino Chem. Phys. Lett. 2007 445 117
33. J. M. Tao J. P. Perdew V. N. Staroverov G. E. Scuseria Phys. Rev. Lett. 2003 91 146401
34. H. Valdes K. Pluhackova P. Hobza J. Chem. Theory Comput. 2009 5 2248
35. S. K. Gregurick E. Fredj R. Elber R. B. Gerber J. Phys. Chem. 1997 101 8595
36. T. van Mourik D. M. Benoitand S. L. Price D. C. Clary Phys. Chem. Chem. Phys. 2000 2 1281
37. G. Kovaević T. Hrenar N. Dolić Chem. Phys. 2003 293 41
38. I. V. Rubtsov J. Wang R. M. Hochstrasser J. Phys. Chem. A 2003 107 3384
39. Z. Popović G. Pavlović V. Roje N. Dolić D. Matković-alogović I. Leban Struct. Chem. 2004 15 587
40. M. Petković J. Novak. N. Dolić Chem. Phys. Lett. 2009 474 248
41. V. Barone J. Chem. Phys. 2004 120 3059
42. V. Barone J. Chem. Phys. 2005 122 014108
43. D. Shemesh A. L. Sobolewski W. Domcke J. Am. Chem. Soc. 2009 131 1374