Signature of the conformational preferences of small peptides: A theoretical investigation

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 35, 2007, Pages 8650-8658

  Dǒslić, Nada ^a   Kovǎcević, Goran ^a   Ljubić, Ivan ^a  

^a RUDER BO KOVI INSTITUTE   (Croatia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANHARMONIC CORRECTIONS; ANHARMONIC FREQUENCY ANALYSES; CONFORMATIONAL PROPENSITY;

AMIDES; CONFORMATIONS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; EXCITATION ENERGY; HYDROGEN BONDS; QUANTUM CHEMISTRY;

PEPTIDES;

AMIDE; DRUG DERIVATIVE; N ACETYLPHENYLALANINE; N-ACETYLPHENYLALANINE; OLIGOPEPTIDE; PHENYLALANINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; PROTEIN CONFORMATION; THERMODYNAMICS;

AMIDES; HYDROGEN BONDING; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; OLIGOPEPTIDES; PHENYLALANINE; PROTEIN CONFORMATION; THERMODYNAMICS;

EID: 34548825409     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp072565o     Document Type: Article

References (58)

1. Robertson, E. G.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1.
2. Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Hockridge, M. R.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1819.
3. Dian, B. C.; Longarte, A.; Mercier, S.; Evans, D. A.; Wales, D. J.; Zwier, T. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10688.
4. Hünig, I.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2650.
5. Bakker, J. M.; Plützer, C.; Hünig, I.; Häber, T.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Kleinermanns, K. ChemPhysChem. 2005, 6, 120.
6. Chin, W.; Mons, M.; Dognon, J.-P.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2700.
7. Chin, W.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1033.
8. Chin, W.; Dognon, J.-P.; Canuel, C.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Mons, M.; Compagnon, I.; von Helden, G.; Meijer, G. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054317.
9. Chin, W.; Compagnon, I.; Dognon, J.-P.; Canuel, C.; Piuzzi, F. Dimicoli, I.; von Helden, G.; Meijer, G.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 1388.
10. Scott, A. P.; Radom, L. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16502.
11. Dian, B. C.; Longarte, A.; Zwier, T. S. Science 2002, 296, 2369.
12. Došlić, N.; Kühn, O. Z. Phys. Chem. 2003, 217, 1507.
13. Antony, J.; van Helden, G.; Meijer, G.; Schmidt, B. J. Chem. Phys. 2005, 123, 014305.
14. Matanović I.; Došlić, N. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 4185.
15. van Mourik, T.; Benoit, D. M.; Price, S. L.; Clary, D. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 1281.
16. Gerber, R. B.; Jung, J. O. Computational Molecular Spectroscopy; Jensen, P., Bunker, P. R., Eds.; John Wiley: New York, 2000; p 365.
17. Gregurick, S. K.; Fredj, E.; Elber, R.; Gerber, R. B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 8595.
18. Roitberg, A. E.; Gerber, R. B.; Elber, R.; Ratner, M. A. Science 1995, 268, 1319.
19. Gerber, R. B.; Brauer, B.; Gregurick, S. K.; Chaban, G. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 5, 142.
20. Barone, V. J. Chem. Phys. 2004, 120, 3059.
21. Barone, V. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014108.
22. Matanović, I.; Došlić, N. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 1367.
23. Kovačević, G.; Hrenar, T.; Došlić, N. Chem. Phys. 2003, 293, 41.
24. Roos, B. O.; Taylor, P. R.; Siegbahn, P. E. M. Chem. Phys. 1980, 48, 157.
25. Andersson, K.; Malmqvist, P.-Å Roos, B. O. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1218.
26. Runge, E.; Gross, E. K. U. Phys. Rev. Lett. 1984, 52, 997.
27. Roos, B. O.; Andersson, K.; Fülscher, M. P.; Serrano-Andrés, L.; Pierloot, K.; Merchán, M.; Molina, V. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 1996, 388, 257.
28. Tozer, D. J.; Amos, R. D.; Handy, N. C.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L. Mol. Phys. 1999, 97, 859.
29. Branden, C.; Tooze, J. Introduction to Protein Structure; Garland: New York, 1991.
30. DeFlores, L. P.; Ganim, Z.; Ackley, S. F.; Chung, H. S.; Tokmakoff, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 18973.
31. Kollman, P.; Dixon, R.; Cornell, W.; Fox, T.; Chipot, C.; Pohirille, A. Computer Simulation of Biomolecular Systems: Theoretical and Experimental Applications; van Gusteren, W. F., Weiner, P. K., Wilkinson, A. J., Eds.; ESCOM: Leiden, The Netherlands, 1997; p 83.
32. Ponder, J. W. TINKER: Software Tools for Molecular Design, 4.1 ed.; Washington University School of Medicine: St. Louis, MO, 2003.
33. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
34. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.;Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
35. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
36. Boatz, J. A.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. 1989, 93, 1819.
37. Finley, J.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 299.
38. Forsberg, N.; Malmqvist, P.-Å. Chem. Phys. Lett. 1997, 274, 196.
39. Ghigo, G.; Roos, B. O.; Malmqvist, P.-Å. Chem. Phys. Lett. 2004, 396, 142.
40. Ljubić I.; Sabljié, A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 1339.
41. Karlström, G.; Lindh, R.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O.; Ryde, U.; Veryazov, V.; Widmark, P.-O.; Cossi, M.; Schimmelpfennig, B.; Neogrady, P.; Seijo, L. Comput. Mater. Sci. 2003, 28, 222.
42. Handy, N. C.; Cohen, A. J. Mol. Phys. 2001, 99, 403.
43. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
44. (a) ADF 2006.01, SCM, Theoretical Chemistry, Vrije Universiteit, Amsterdam, The Netherlands, http://www.scm.com.
45. (b) te Velde, G.; Bickelhaupt, F. M.; van Gisbergen, S. J. A.; Fonseca Guerra, C.; Baerends, E. J.; Snijders, J. G.; Ziegler, T. J. Comput. Chem. 2001, 22, 931.
46. van Gisbergen, S. J. A.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. Comput. Phys. Commun. 1999, 118, 119.
47. (a) Šponer, J.; Hobza, P. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 263.
48. (b) Hoffmann, M.; Rychlewski, J. Comput. Methods Sci. Technol. 2000, 6, 61.
49. Jensen, F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 633.
50. van Mourik, T.; Karamertzanis, P. G.; Price, S. L. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8.
51. Robertson, E. G.; Hockridge, M. R.; Jelfs, P. D.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1819.
52. Barth, A.; Zscherp, C. Q. Rev. Biophys. 2002, 35, 369.
53. Miyazawa, T. J. Chem. Phys. 1960, 32, 1647.
54. Bernhardsson, A.; Forsberg, N.; Malmqvist, P.-Å.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2798.
55. Hiraya, A.; Shobatake, K. J. Chem. Phys. 1991, 94, 7700.
56. Wilkinson, P. G. Can. J. Phys. 1956, 34, 596.
57. Dragomir, I. C.; Measey, T. J.; Hagarman, A. M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 13235.
58. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. Chem. Phys. Lett. 2006, 426, 231 and references therein.