Effect of C60 fullerene on the duplex formation of i-Motif DNA with complementary DNA in solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 14, 2010, Pages 4783-4788

  Jin, Kyeong Sik ^a   Shin, Su Ryon ^b   Ahn, Byungcheol ^a   Jin, Sangwoo ^a   Rho, Yecheol ^a   Kim, Heesoo ^c   Kim, Seon Jeong ^b   Ree, Moonhor ^a  

^a Pohang University of Science and Technology (POSTECH)   (South Korea)

^b Hanyang University   (South Korea)

^c Dongguk University College of Medicine   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DICHROISM; DNA; FULLERENES; GENES; HYDROPHOBICITY; MODEL STRUCTURES; X RAY SCATTERING;

ATOMIC SCALE; CIRCULAR DICHROISM; CONFORMATIONAL TRANSITIONS; DNA STRANDS; DUPLEX FORMATION; DUPLEX STRUCTURES; HELICAL CONFORMATION; HYBRID STRUCTURE; HYDROPHOBIC INTERACTIONS; I-MOTIF; I-MOTIF DNA; STRUCTURAL COMPARISON; STRUCTURAL EFFECT; STRUCTURAL MODELS; SYNCHROTRON SMALL-ANGLE X-RAY SCATTERINGS;

PH EFFECTS;

EID: 77950649898     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp9122453     Document Type: Article

References (41)

1. Seeman, N. C. Nature 2003, 421, 427
2. Seeman, N. C. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 119
3. Simmel, F. C.; Dittmer, W. U. Small 2005, 1, 284
4. Liu, H.; Xu, Y.; Li, F.; Yang, Y.; Wang, W.; Song, Y.; Liu, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 2515
5. Mao, C. D.; Sun, W. Q.; Shen, Z. Y.; Seeman, N. C. Nature 1999, 397, 144
6. Yan, H.; Zhang, X.; Shen, Z.; Seeman, N. C. Nature 2002, 415, 62
7. Yurke, B.; Tuberfield, A. J.; Mills, A. P.; Simmel, F. C., Jr.; Neunmann, J. Nature 2000, 406, 605
8. Alberti, P.; Mergny, J. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 1569
9. Tian, Y.; Mao, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11410
10. Dittmer, W. U.; Reuter, A.; Simmel, F. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 3550
11. Li, J. J.; Tan, W. H. Nano Lett. 2002, 2, 315
12. Chen, Y.; Mao, C. D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8626
13. Chen, Y.; Wang, M. S.; Mao, C. D. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 3554
14. Liu, D. S.; Balasubramanian, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2003, 42, 5734
15. Johnson, R. R.; Charlie Johnson, A. T.; Klein, M. L. Nano Lett. 2008, 8, 69
16. Bosi, S.; Da Ros, T.; Spalluto, G.; Prato, M. Eur. J. Med. Chem. 2003, 38, 913
17. Nakamura, E.; Isobe, H.; Tomita, N.; Sawamura, M.; Jinno, S.; Okayama, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 4254
18. Isobe, H.; Sugiyama, S.; Fukui, K.; Iwasawa, Y.; Nakamura, E. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 3364
19. Jin, K. S.; Shin, S. R.; Ahn, B.; Rho, Y.; Kim, S. J.; Ree, M. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 1852
20. Shin, S. R.; Jin, K. S.; Lee, C. K.; Kim, S. I.; Spinks, G. M.; So, I.; Jeon, J.-H.; Kang, T. M.; Mun, J. Y.; Han, S.-S.; Ree, M.; Kim, S. J. Adv. Mater. 2009, 21, 1907
21. Miyoshi, D.; Karimata, H.; Wang, Z. M.; Koumoto, K.; Sungimoto, N. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5919
22. Sawai, H.; Kuroda, K.; Seki, J.; Ozaki, h. Biopolymers 1996, 39, 173
23. Bolze, J.; Kim, J.; Huang, J.-Y.; Rah, S.; Youn, H. S.; Lee, B.; Shin, T. J.; Ree, M. Macromol. Res. 2002, 10, 2 Lee, B.; Shin, T. J.; Lee, S. W.; Yoon, J.; Kim, J.; Youn, H. S.; Lee, K.-B.; Ree, M. Polymer 2003, 44, 2509 Lee, B.; Shin, T. J.; Lee, S. W.; Yoon, J.; Kim, J.; Ree, M. Macromolecules 2004, 37, 4174 Kim, D. Y.; Jin, K. S.; Kwon, E.; Ree, M.; Kim, K. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 8779 Choi, J. M.; Kang, S. Y.; Bae, W. J.; Jin, K. S.; Ree, M.; Cho, Y. J. Biol. Chem. 2007, 282, 9941 Shin, T. J.; Ree, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13894 Heo, K.; Yoon, J.; Jin, K. S.; Jin, S.; Kim, G.; Sato, H.; Ozaki, Y.; Satkowski, M. M.; Noda, I.; Ree, M. J. Appl. Crystallogr. 2007, 40, s594 Heo, K.; Yoon, J.; Jin, K. S.; Jin, S.; Sato, H.; Ozaki, Y.; Satkowski, M. M.; Noda, I.; Ree, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 4571 Lee, J. H.; Kang, G. B.; Lim, H.-H.; Jin, K. S.; Kim, S.-H.; Ree, M.; Park, C.-S.; Kim, S.-J.; Eom, S. H. J. Mol. Biol. 2008, 376, 308 Jin, K. S.; Kim, D. Y.; Rho, Y.; Le, V. B.; Kwon, E.; Kim, K. K.; Ree, M. J. Synchrotron Rad. 2008, 15, 219 Jin, K. S.; Park, J. K.; Yoon, J.; Rho, Y.; Kim, J.-H.; Kim, E. E.; Ree, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9603 Jin, K. S.; Rho, Y.; Kim, J.; Kim, H.; Kim, I. J.; Ree, M. J. Phys. Chem. B. 2008, 112, 15821
24. Lee, B.; Park, Y.-H.; Hwang, Y.-T.; Oh, W.; Yoon, J.; Ree, M. Nat. Mater. 2005, 4, 147
25. Lee, B.; Oh, W.; Hwang, Y.; Park, Y.-H.; Yoon, J.; Jin, K. S.; Heo, K.; Kim, J.; Kim, K.-W.; Ree, M. Adv. Mater. 2005, 17, 696
26. Lee, B.; Park, I.; Yoon, J.; Park, S.; Kim, J.; Kim, K.-W.; Chang, T.; Ree, M. Macromolecules 2005, 38, 4311
27. Lee, B.; Yoon, J.; Oh, W.; Hwang, Y.; Heo, K.; Jin, S. K.; Kim, J.; Kim, K.-W.; Ree, M. Macromolecules 2005, 38, 3395
28. Lee, B.; Oh, W.; Yoon, J.; Hwang, Y.; Kim, J.; Landes, B. G.; Quintana, J. P.; Ree, M. Macromolecules 2005, 38, 8991
29. Heo, K.; Jin, K. S.; Yoon, J.; Jin, S.; Oh, W.; Ree, M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15887
30. Yoon, J.; Kim, K.-W.; Kim, J.; Heo, K.; Jin, K. S.; Jin, S.; Shin, T. J.; Lee, B.; Rho, Y.; Ahn, B.; Ree, M. Macromol. Res. 2008, 16, 625
31. Ree, M.; Ko, I. S. Phys. High Tech. 2005, 14, 2
32. Ree, M.; Nam, S. H.; Yoon, M.; Kim, B.; Kim, K.-R.; Kang, T.-H.; Kim, J.-Y.; Kim, K.-J.; Shin, T. J.; Lee, H.-S.; Park, S.-J.; Kim, N.; Lee, K.-B.; Ko, I.-S.; Namkung, W. Synchrotron Radiat. News 2009, 22, 4
33. Li, W.; Wu, P.; Ohmichi, T.; Sugimoto, N. FEBS Lett. 2002, 526, 77
34. Li, Xi.; Peng, Yinghua; Ren, Jinsong; Qu, Xiaogang. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 19658
35. Li, Y.; Yang, M. J. Sens. Actuators B 2002, 86, 155
36. Marky, L. A.; Breslauer, K. J. Biopolymers 1987, 26, 1601
37. Zhao, X.; Striolo, A.; Cummings, P. T. Biophys. J. 2005, 89, 3856
38. Semenyuk, A. V.; Svergun, D. I. J. Appl. Crystallogr. 1991, 24, 537
39. Svergun, D.; Barberato, C.; Koch, M. H. J. J. Appl. Crystallogr. 1995, 28, 768
40. Svergun, D. I. Biophys. J. 1999, 76, 2879
41. Vladimir, V. V.; Svergun, D. I. J. Appl. Crystallogr. 2003, 36, 860