Extended morse function model for angle-dependent hydrogen bond in protein-protein interactions

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 114, Issue 8, 2010, Pages 2980-2987

  Choi, Hwanho ^a,b   Kang, Hongsuk ^b   Park, Hwangseo ^a,b  

^a Sejong University   (South Korea)

^b UNIVERSITY OF MARYLAND   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; COMPLEXATION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN; HYSTERESIS MOTORS; PHOSPHATASES; POTENTIAL ENERGY; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; PROTEINS; SULFUR COMPOUNDS;

ANGLE-DEPENDENT; ANGLE-DEPENDENT POTENTIALS; ANGULAR DEPENDENCE; ANGULAR VARIABLES; ENERGY FUNCTIONS; ENERGY VALUE; HIGH-LEVEL DFT; INTER-ATOMIC DISTANCES; LEVEL DENSITY; MORSE FUNCTIONS; POTENTIAL FUNCTION; PROTEIN-PROTEIN COMPLEXES; PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS; SQUARED CORRELATION COEFFICIENTS;

HYDROGEN BONDS;

EID: 77749337755     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp909983y     Document Type: Article

References (47)

1. Pawson, T.; Nash, P. Science 2003, 300, 445-452.
2. Fields, S.; Song, O. Nature 1989, 340, 245-246.
3. Gavin, A. C.; Bösche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Höfert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature 2002, 415, 141-147.
4. Zhu, H.; Bilgin, M.; Bangham, R.; Hall, D.; Casamayor, A.; Bertone, P.; Lan, N.; Jansen, R.; Bidlingmaier, S.; Houfek, T.; Mitchell, T.; Miller, P.; Dean, R. A.; Gerstein, M.; Snyder, M. Science 2001, 293, 2101-2105.
5. Bader, G. D.; Hogue, C. W. B. Bioinformatics 2000, 16, 465-477.
6. Xenarios, I.; Salwinski, L.; Duan, X. J.; Higney, P.; Kim, S. M.; Eisenberg, D. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 303-305.
7. Zanzoni, A.; Montecchi-Palazzi, L.; Quondam, M.; Ausiello, G.; Helmer-Citterich, M.; Cesareni, G. FEBS Lett. 2002, 513, 135-140.
8. Ng, S. K.; Zhang, Z.; Tan, S. H. Bioinformatics 2003, 19, 923-929.
9. Nye, T. M. W.; Berzuini, C.; Gilks, W. R.; Babu, M. M.; Teichmann, S. A. Bioinformatics 2005, 21, 993-1001.
10. Chen, W.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14316-14328.
11. Umeyama, H.; Morokuma, K. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 1316-1332.
12. Morozov, A. V.; Kortemme, T.; Tsemekhman, K.; Baker, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6946-6951.
13. Isaacs, E. D.; Shukla, A.; Platzman, P. M.; Hamann, D. R.; Barbiellini, B.; Tulk, C. A. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 600-603.
14. Dahiyat, B. I.; Gordon, D. B.; Mayo, S. L. Protein Sci. 1997, 6, 1333-1337.
15. Bolon, D. N.; Marcus, J. S.; Ross, S. A.; Mayo, S. L. J. Mol. Biol. 2003, 329, 611-622.
16. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662.
17. Kroon, J.; Kanters, J. A. Nature 1974, 248, 667-669.
18. Baker, E. N.; Hubbard, R. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 1984, 44, 97-179.
19. Vedani, A.; Dunitz, J. D. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7653-7658.
20. Kortemme, T.; Morozov, A. V.; Baker, D. J. Mol. Biol. 2003, 326, 1239-1259.
21. Fabiola, F.; Bertram, R.; Korostelev, A.; Chapman, M. S. Protein Sci. 2002, 11, 1415-1423.
22. McDonald, I. K.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 238, 777-793.
23. Gavezzotti, A.; Filippini, G. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4831-4837.
24. Taylor, R.; Kennard, O.; Versichel, W. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 5761-5766.
25. Choi, H.; Kang, H.; Park, H. J. Comput. Chem. 2010, 31, DOI: 10.1002/jcc.21378.
26. Lommerse, J. P. M.; Price, S. L.; Taylor, R. J. Comput. Chem. 1997, 18, 757-774.
27. Xu, D.; Tsai, C. J.; Nussinov, R. Protein Eng. 1997, 10, 999-1012.
28. Kang, Y. K. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 8321-8326.
29. Morse, P. M. Phys. Rev. 1929, 34, 57-64.
30. Grzybowski, B. A.; Ishchenko, A. V.; DeWitte, R. S.; Whitesides, G. M.; Shakhnovich, E. I. J. Phys. Chem. 2000, 104, 7293-7298.
31. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
32. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
33. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
34. Vargas, R.; Garza, J.; Friesner, R. A.; Stern, H.; Hay, B. P.; Dixon, D. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4963-4968.
35. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-566.
36. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
37. Jeffrey, G. A. An Introduction to Hydrogen Bonding; Oxford University Press: Oxford; 1997.
38. Levenberg, K. Q. Appl. Math. 1944, 2, 164-168.
39. Marquardt, D. SIAM J. Appl. Math. 1963, 11, 431-441.
40. Nooren, I. M.; Thornton, J. M. EMBO J. 2003, 22, 3486-3492.
41. Hasegawa, M.; Noda, H. Nature 1975, 254, 212.
42. Taylor, R.; Kennard, O. Acc. Chem. Res. 1984, 17, 320-325.
43. Platts, J. A.; Howard, S. T.; Bracke, B. R. F. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2726-2733.
44. Ippolito, J. A.; Alexander, R. S.; Christianson, D. W. J. Mol. Biol. 1990, 215, 457-471.
45. Stickle, D. F.; Presta, L. G.; Dill, K. A.; Rose, G. D. J. Mol. Biol. 1992, 226, 1143-1159.
46. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5692-5698.
47. Dash, N.; Chipem, F. A. S.; Swaminathan, F. A. R.; Krishnamoorthy, F. A. G. Chem. Phys. Lett. 2008, 460, 119-124.