Molecular modeling studies on the human neuropeptide S receptor and its antagonists

ChemMedChem

Volumn 5, Issue 3, 2010, Pages 371-383

  Dal Ben, Diego ^a   Antonini, Ippolito ^a   Buccioni, Michela ^a   Lambertucci, Catia ^a   Marucci, Gabriella ^a   Vittori, Sauro ^a   Volpini, Rosaria ^a   Cristalli, Gloria ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMERINO   (Italy)

Author keywords

Binding sites; Membrane proteins; Molecular modeling; Neuropeptide s receptor; Receptor antagonists

Indexed keywords

ASPARAGINE; ISOLEUCINE; LIGAND; NEUROPEPTIDE RECEPTOR; NEUROPEPTIDE S; NEUROPEPTIDE S RECEPTOR; NEUROPEPTIDE S RECEPTOR ANTAGONIST; OXYTOCIN; PROTEIN INHIBITOR; RHODOPSIN; SOMATOSTATIN RECEPTOR 2; UNCLASSIFIED DRUG; VASOPRESSIN; VASOPRESSIN V1B RECEPTOR;

AMINO ACID SEQUENCE; AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; BILAYER MEMBRANE; BINDING SITE; CONTROLLED STUDY; CRYSTAL STRUCTURE; DRUG BINDING; GENE MUTATION; MEMBRANE; MOLECULAR DOCKING; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; QUANTITATIVE STRUCTURE ACTIVITY RELATION; SEQUENCE HOMOLOGY; SIMULATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BINDING SITES; CATTLE; COMPUTER SIMULATION; HUMANS; LIGANDS; LIPID BILAYERS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PIPERAZINES; PROTEIN BINDING; RECEPTORS, G-PROTEIN-COUPLED; RHODOPSIN; SEQUENCE ALIGNMENT; STRUCTURAL HOMOLOGY, PROTEIN;

EID: 77249130332     PISSN: 18607179     EISSN: 18607187     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cmdc.200900467     Document Type: Article

References (64)

1. R. K. Reinscheid, Y. L. Xu, Neuroscientist 2005, 11, 532- 538.
2. R. K. Reinscheid, Peptides 2007, 28, 830- 837.
3. R. K. Reinscheid, Y. L. Xu, FEBS J. 2005, 272, 5689 -5693.
4. R. K. Reinscheid, Y. L. Xu, O. Civelli, Mol. Interv. 2005, 5, 42-46.
5. Y. L. Xu, R. K. Reinscheid, S. Huitron-Resendiz, S. D. Clark, Z. Wang, S. H. Lin, F. A. Brucher, J. Zeng, N. K. Ly, S. J. Henriksen, L. de Lecea, O. Civelli, Neuron 2004, 43, 487-497.
6. Y. L. Xu, C. M. Gall, V. R. Jackson, O. Civelli, R. K. Reinscheid, J. Comp. Neurol. 2007, 500, 84-102.
7. N. Okamura, R. K. Reinscheid, Stress 2007, 10, 221-226.
8. K. L. Smith, M. Patterson, W. S. Dhillo, S. R. Patel, N. M. Semjonous, J. V. Gardiner, M. A. Ghatei, S. R. Bloom, Endocrinology 2006, 147, 3510-3518.
9. D. E. Gloriam, H. B. Schioth, R. Fredriksson, Biochim. Biophys. Acta Gen. Subj. 2005, 1722, 235-246.
10. T. Laitinen, A. Polvi, P. Rydman, J. Vendelin, V. Pulkkinen, P. Salmikangas, S. Mäkelä, M. Rehn, A. Pirskanen, A. Rautanen, M. Zucchelli, H. Gullstén, M. Leino, H. Alenius, T. Petäys, T. Haahtela, A. Laitinen, C. Laprise, T. J. Hudson, L. A. Laitinen, J. Kere, Science 2004, 304, 300-304.
11. J. Gupte, G. Cutler, J. L. Chen, H. Tian, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 1508-1513.
12. V. Bernier, R. Stocco, M. J. Bogusky, J. G. Joyce, C. Parachoniak, K. Grenier, M. Arget, M. C. Mathieu, G. P. O'Neill, D. Slipetz, M. A. Crackower, C. M. Tan, A. G. Therien, J. Biol. Chem. 2006, 281, 24704-24712.
13. J. Vendelin, V. Pulkkinen, M. Rehn, A. Pirskanen, A. Raisanen-Sokolowski, A. Laitinen, L. A. Laitinen, J. Kere, T. Laitinen, Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 2005, 33, 262-270.
14. Civelli, R. K. Reinscheid, Y. Xu, WO 2005110018, 2005.
15. N. Okamura, K. Hashimoto, M. Iyo, E. Shimizu, A. Dempfle, S. Friedel, R. K. Reinscheid, Prog. Neuropsychopharmacol. Biol. Psychiatry 2007, 31, 1444-1448.
16. M. S. Kormann, D. Carr, N. Klopp, T. Illig, W. Leupold, C. Fritzsch, S. K. Weiland, E. von Mutius, M. Kabesch, Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2005, 171, 1358-1362.
17. E. Melen, S. Bruce, G. Doekes, M. Kabesch, T. Laitinen, R. Lauener, C. M. Lindgren, J. Riedler, A. Scheynius, M. van Hage-Hamsten, J. Kere, G. Pershagen, M. Wickman, F. Nyberg, Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2005, 171, 1089-1095.
18. L. Roth, E. Marzola, A. Rizzi, M. Arduin, C. Trapella, C. Corti, R. Vergura, P. Martinelli, S. Salvadori, D. Regoli, M. Corsi, P. Cavanni, G. Calo, R. Guerrini, J. Biol. Chem. 2006, 281, 20809-20816.
19. T. Tancredi, R. Guerrini, E. Marzola, C. Trapella, G. Calo, D. Regoli, R. K. Reinscheid, V. Camarda, S. Salvadori, P. A. Temussi, J. Med. Chem. 2007, 50, 4501-4508.
20. V. Camarda, C. Trapella, G. Calo, R. Guerrini, A. Rizzi, C. Ruzza, S. Fiorini, E. Marzola, R. K. Reinscheid, D. Regoli, S. Salvadori, J. Med. Chem. 2008, 51, 655- 658.
21. V. Camarda, C. Trapella, G. Calo, R. Guerrini, A. Rizzi, C. Ruzza, S. Fiorini, E. Marzola, R. K. Reinscheid, D. Regoli, S. Salvadori, Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 8841-8845.
22. V. Camarda, A. Rizzi, C. Ruzza, S. Zucchini, G. Marzola, E. Marzola, R. Guerrini, S. Salvadori, R. K. Reinscheid, D. Regoli, G. Calo, J. Pharmacol. Exp. Ther. 2009, 328, 549-555.
23. R. Guerrini, V. Camarda, C. Trapella, G. Calo, A. Rizzi, C. Ruzza, S. Fiorini, E. Marzola, R. K. Reinscheid, D. Regoli, S. Salvadori, J. Med. Chem. 2009, 52, 524-529.
24. K. Fukatsu, Y. Nakayama, N. Tarui, M. Mori, H. Matsumoto, O. Kurasawa, H. Banno, PCT Int. Appl.: WO 2005021555, 2006.
25. N. Okamura, S. A. Habay, J. Zeng, A. R. Chamberlin, R. K. Reinscheid, J. Pharmacol. Exp. Ther. 2008, 325, 893-901.
26. Y. Zhang, B. P. Gilmour, H. A. Navarro, S. P. Runyon, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 4064-4067.
27. E. Gasteiger, A. Gattiker, C. Hoogland, I. Ivanyi, R. D. Appel, A. Bairoch, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3784-3788.
28. K. Palczewski, T. Kumasaka, T. Hori, C. A. Behnke, H. Motoshima, B. A. Fox, I. Le Trong, D. C. Teller, T. Okada, R. E. Stenkamp, M. Yamamoto, M. Miyano, Science 2000, 289, 739-745.
29. V. Cherezov, D. M. Rosenbaum, M. A. Hanson, S. G. Rasmussen, F. S. Thian, T. S. Kobilka, H. J. Choi, P. Kuhn, W. I. Weis, B. K. Kobilka, R. C. Stevens, Science 2007, 318, 1258-1265.
30. S. G. Rasmussen, H. J. Choi, D. M. Rosenbaum, T. S. Kobilka, F. S. Thian, P. C. Edwards, M. Burghammer, V. R. Ratnala, R. Sanishvili, R. F. Fischetti, G. F. Schertler, W. I. Weis, B. K. Kobilka, Nature 2007, 450, 383-387.
31. T. Warne, M. J. Serrano-Vega, J. G. Baker, R. Moukhametzianov, P. C. Edwards, R. Henderson, A. G. Leslie, C. G. Tate, G. F. Schertler, Nature 2008, 454, 486-491.
32. V. P. Jaakola, M. T. Griffith, M. A. Hanson, V. Cherezov, E. Y. Chien, J. R. Lane, A. P. IJzerman, R. C. Stevens, Science 2008, 322, 1211-1217.
33. D. Mustafi, K. Palczewski, Mol. Pharmacol. 2009, 75, 1-12.
34. S. Topiol, M. Sabio, Biochem. Pharmacol. 2009, 78, 11-20.
35. A. Rayan, J. Mol. Model. 2009, DOI: 10.1007/s00894-009- 0533-y.
36. J. C. Mobarec, R. Sanchez, M. Filizola, J. Med. Chem. 2009, 52, 5207-5216.
37. K. H. Ahn, A. C. Bertalovitz, D. F. Mierke, D. A. Kendall, Mol. Pharmacol. 2009, 76, 833-842.
38. S. Costanzi, J. Med. Chem. 2008, 51, 2907-2914.
39. C. de Graaf, N. Foata, O. Engkvist, D. Rognan, Proteins Struct. Funct. Bioinf. 2008, 71, 599-620.
40. J. A. Cuff, M. E. Clamp, A. S. Siddiqui, M. Finlay, G. J. Barton, Bioinformatics 1998, 14, 892-893.
41. K. Lin, V. A. Simossis, W. R. Taylor, J. Heringa, Bioinformatics 2004, 21, 152-159.
42. G. P. S. Raghava, CASP5 2002, A-132: "APSSP2: A combination method for protein secondary structure prediction based on neural network and example-based learning", http://www.imtech.res.in/raghava/ apssp2/ (accessed January 15, 2010).
43. C. Geourjon, G. Deléage, Protein Eng. 1994, 7, 157-164.
44. Y. Guermeur, C. Geourjon, P. Gallinari, G. Deléage, Bioinformatics 1999, 15, 413- 421.
45. J. Garnier, J. F. Gibrat, B. Robson, Methods Enzymol. 1996, 266, 540-553.
46. R. D. King, M. J. Sternberg, Protein Sci. 1996, 5, 2298-2310.
47. G. Deléage, B. Roux, Protein Eng. 1987, 1, 289-294.
48. J. M. Levin, B. Robson, J. Garnier, FEBS Lett. 1986, 205, 303-308.
49. B. Rost, C. Sander, J. Mol. Biol. 1993, 232, 584-599.
50. G. Pollastri, A. McLysaght, Bioinformatics 2005, 21, 1719-1720.
51. D. T. Jones, J. Mol. Biol. 1999, 292, 195-202.
52. J. Cheng, A. Z. Randall, M. J. Sweredoski, P. Baldi, Nucleic Acids Res. 2005, 33, W72-76.
53. T. Okada, Y. Fujiyoshi, M. Silow, J. Navarro, E. M. Landau, Y. Shichida, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 5982-5987.
54. Molecular Operating Environment (MOE), Chemical Computing Group Inc., 1255 University St., Suite 1600, Montreal, QC, H3B 3X3 (Canada).
55. W. Humphrey, A. Dalke, K. Schulten, J. Molec. Graphics 1996, 14, 33-38.
56. A. Evers, G. Klebe, Angew. Chem. 2004, 116, 250- 253;
57. Angew. Chem. Int. Ed. 2004, 43, 248-251.
58. S. Moro, F. Deflorian, M. Bacilieri, G. Spalluto, Curr. Pharm. Des. 2006, 12, 2175-2185.
59. S. D. Clark, H. T. Tran, J. Zeng, R. K. Reinscheid, Peptides 2009, DOI: 10.1016/j.peptides.2009.10.015.
60. G. M. Morris, D. S. Goodsell, R. S. Halliday, R. Huey, W. E. Hart, R. K. Belew, A. J. Olson, J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662.
61. J. Dundas, Z. Ouyang, J. Tseng, A. Binkowski, Y. Turpaz, J. Liang, Nucleic Acids Res. 2006, 34, W116-118.
62. J. J. Stewart, J. Comput. Aided Mol. Des. 1990, 4, 1-105.
63. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, I. R. Gould, K. M. Merz, D. M. Ferguson, D. C. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
64. W. L. Jorgensen, D. S. Maxwell, J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.