An electrochemical DNA biosensor for the detection of the Apa I polymorphism in the vitamin D receptor gene using meldola's blue as a hybridization indicator

Electroanalysis

Volumn 22, Issue 5, 2010, Pages 590-598

  Aladag, Nilay ^a   Ozkan Ariksoysal, Dilsat ^a   Gezen Ak, Duygu ^b   Yilmazer, Selma ^b   Ozsoz, Mehmet ^a  

^a EGE UNIVERSITY   (Turkey)

^b ISTANBUL UNIVERSITY   (Turkey)

Author keywords

Apa I polymorphism; Biosensors; Electrochemical DNA biosensor; Intercalator; Meldola's blue; Polymorphism; Vitamin D receptor

Indexed keywords

CHEMICAL DETECTION; DNA; ELECTROCHEMICAL BIOSENSORS; GENES; GRAPHITE ELECTRODES; PROBES; VITAMINS;

APA I POLYMORPHISM; ELECTROCHEMICAL DETECTION; ELECTROCHEMICAL DNA BIOSENSORS; HYBRIDIZATION INDICATORS; INTERCALATORS; MELDOLA'S BLUE; NUCLEIC ACID BASIS; RECEPTOR GENES; SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS; VITAMIN D RECEPTOR;

BIOSENSORS;

EID: 77149150939     PISSN: 10400397     EISSN: 15214109     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/elan.200900405     Document Type: Article

References (55)

1. M. Ozsoz, A. Erdem, K. Kerman, D. Ozkan, B. Tugrul, N. Topcuoglu, H. Ekren, M. Taylan, Anal. Chem. 2003, 75, 2181.
2. X. Zhong, R. Reynolds, J. R. Kidd, K. K. Kidd, R. Jenison, R. A. Marlar, D. C. Ward, PNAS 2003, 100, 11559.
3. A. Vignal, D. Milan, M. Sancristobal, A. Eggen, Genet. Sel. Evol. 2002, 34, 275.
4. D. G. Ak, E. Dursun, T. Ertan, H. Hanagasi, H. G rvit, M. Emre, E. Eker, M. Ozturk, F. Engin, S. Yilmazer, J. Tohoku, Exp. Med. 2007, 212, 275.
5. D. G. Ak, H. Kahraman, E. Dursun, B. S. Duman, N. Erensoy, F. Alagol, R. Tanakol, S. Yilmazer, Dis. Markers 2005, 21, 191.
6. H. S. Kim, P. A. Newcomb, C. M. Ulrich, C. L. Keener, J. Bigler, F. M. Farin, R. M. Bostick, J. D. Potter, Biomar. Prev. 2001, 10, 869.
7. M. J. Taverna, J. L. Selam, G. Slama, J. Clin. Endocrinol. Metab. 2005, 90, 4803.
8. M. Guy, L. C. Lowe, D. B. Watt, J. L. Mansi, C. Peckitt, J. Bliss, R. G. Wilson, V. Thomas, K. W. Colston, Clin. Cancer Res. 2004, 10, 5472.
9. A. G. Uitterlinden, Y. Fang, J. B. J. van Meurs, H. A. P. Pols, J. P. T. M. van Leeuwen, Gene 2004, 338, 143.
10. K. Yokoyama, T. Shigematsu, T. Tsukada, Y. Ogura, F. Takemoto, S. Hara, A. Yamada, Y. Kawaguchi, T. Hosoya, Kidney Int. 1998, 53, 454.
11. P. Correa, J. Rastad, P. Schwarz, G. Westin, A. Kindmark, E. Lundgren, G. R. Åkerstro, T. Carling, J. Clin. Endocrinol. Metab. 1999, 84, 1690.
12. M. Mascini, I. Palchetti, G. Marrazza, J Fresenius, Anal. Chem. 2001, 369, 15.
13. F. Lucarelli, S. Tombelli, M. Minunni, G. Marrazza, M. Mascini, Anal. Chim. Acta 2008, 609, 139.
14. D. Ozkan, A. Erdem, P. Kara, K. Kerman, J. J. Gooding, P. E. Nielsen, M. Ozsoz, Electrochem. Commun. 2002, 4, 796.
15. A. Erdem, K. Kerman, B. Meric, U. S. Akarca, M. Ozsoz, Anal. Chim. Acta 2000, 422, 139.
16. S. O. Kelley, J. K. Barton, N. M. Jackson, M. G. Hill, Biocon-jugate Chem. 1997, 8, 31.
17. K. Hashimoto, K. Ito, Y. Ishimori, Anal. Chim. Acta 1994,286,219.
18. D. Ozkan, H. Karadeniz, A. Erdem, M. Mascini, M. Ozsoz, J. Pharm. Biomed. Anal. 2004, 35, 905.
19. S. Takenaka, K. Yamashita, M. Takagi, Y. Uto, H. Kondo, Anal. Chem. 2000, 72, 1334.
20. A. Erdem, M. Ozsoz, Anal. Chim. Acta 2001, 437, 107.
21. K. M. Millan, A. Saraullo, S. R. Mikkelsen, Anal. Chem.1994,66,2943.
22. J. Wang, X. Cai, G. Rivas, H. Shiraishi, P. A. M. Farias, N. Dontha, Anal. Chem. 1996, 68, 2629.
23. A. Erdem, K. Kerman, B. Meric, M. Ozsoz, Electroanalysis,2001,13,219.
24. K. Maruyama, J. Motonaka, Y. Mishima, Y. Matsuzaki, I. Nakabayashi, Y. Nakabayashi, Sens. Actuators B, Chem.2001,76,215.
25. A. B. Steel, T. M. Herne, M. J. Tarlov, Anal. Chem. 1998, 70,4670.
26. E. Palecek, Nature 1960, 188, 656.
27. D. O. Ariksoysal, H. Karadeniz, A. Erdem, A. Sengonul, A. A. Sayiner, M. Ozsoz, Anal. Chem. 2005, 77, 4908.
28. D. Ozkan-Ariksoysal, B. Tezcanli, B. Kosova, M. Ozsoz, Anal. Chem. 2008, 80, 588.
29. G. U. Flechsig, T. Reske, Anal. Chem.2007, 79, 2125.
30. M. Trefulka, V. Ostatna, L. Havran, M. Fojta, E. Palecek, Electroanalysis 2007, 19, 1281.
31. O. P nke, A. Kirbs, F. Lisdat, Biosens. Bioelectron. 2007, 22,2656.
32. F. Patolsky, E. Katz, A. Bardea, I. Willner, Langmuir 1999,15,3703.
33. I. Mannelli, M. Minunni, S. Tombelli, M. Mascini, Biosens. Bioelectron. 2003, 18, 129.
34. R. Wang, S. Tombelli, M. Minunni, M. M. Spiriti, M. Mascini, Biosens. Bioelectron. 2004, 20, 967.
35. S. O. Kelley, E. M. Boon, J. K. Barton, N. M. Jackson, M. G. Hill, Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4830.
36. E. M. Boon, D. M. Ceres, T. G. Drummond, M. G. Hill, J. K. Barton, Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1096.
37. P. Brazdilova, M. Vrabel, R. Pohl, H. Pivonkova, L. Havran, M. Hocek, M. Fojta, Chem. Eur. J. 2007, 13, 9527.
38. H. Cahova, L. Havran, P. Brazdilova, H. Pivonkova, R. Pohl, M. Fojta, M. Hocek, Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 2059.
39. M. Vrabel, P. Horakova, H. Pivonkova, L. Kalachova, H. Cernocka, H. Cahova, R. Pohl, P. Sebest, L. Havran, M. Hocek, M. Fojta, Chem. Eur. J. 2009, 15, 1144.
40. J. Labuda, M. Buckova, L. Heilerova, S. Silhar, I. Stepanek, Anal. Bioanal. Chem. 2003, 376, 168.
41. G. Marrazza, I. Chianella, M. Mascini, Biosens. Bioelectron.1999,14,43.
42. H. Duwensee, M. Jacobsen G.-U. Flechsig, Analyst 2009, 134,899.
43. L. Zhu, J. Zhai, R. Yang, C. Tian, L. Guo, Biosens. Bioelectron. 2007, 22, 2768.
44. A. Vasilescu, S. Andreescu, C. Bala, S. C. Litescu, T. Noguer, J. L. Marty, Biosens. Bioelectron. 2003, 18, 781.
45. Buch-Rasmussen, B. Olsen, J. Kulys, K. Bechgaard, J. Christensen, J. Wang, M. Ozsoz, F. Colin, O. Garcia, Patent WO 92/07263 1992, Application on Use of Benzene Derivatives as Charge Transfer Mediators, International Publication.
46. K. Kerman, D. Ozkan, P. Kara, H. Karadeniz, Z. Ozkan, A. Erdem, F. Jelen, M. Ozsoz, Turk. J. Chem. 2004, 28, 523.
47. P. Kara, B. Meric, A. Zeytinoglu, M. Ozsoz, Anal. Chim. Acta, 2004, 518, 69.
48. K. Kerman, Y. Matsubara, Y. Morita, Y. Takamura, E. Tamiya, Sci. Tech. Adv. Mater. 2004, 5, 351.
49. G. D. Reid, D. J. Whittaker, M. A. Day, D. A. Turton, V. Kayser, J. M. Kelly, G. S. Beddard, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5518.
50. H.-Z. Yu, C.-Y. Luo, C. G. Sankar, D. Sen, Anal. Chem. 2003, 75, 3902.
51. B. Ge, Y.-C. Huang, D. Sen, H.-Z., Yu, J. Electroanal. Chem. 2007, 602, 156.
52. I. Vikholm-Lundin, R. Piskonen, W. M. Albers, Biosens. Bioelectron. 2007, 22, 1323.
53. J. Kafka, O. P nke, B. Abendroth, F. Lisdat Electrochim. Acta 2008, 53, 7467.
54. P. Kara, S. Cavdar, A. Berdeli, M. Ozsoz, Electroanalysis 2007,19,1875.
55. P. Kara, B. Meric, M. Ozsoz, Electroanalysis 2008, 20, 2629.