Gas-Phase Conformations of Deprotonated and Protonated Mononucleotides Determined by Ion Mobility and Theoretical Modeling

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 46, 2003, Pages 12829-12837

  Gidden, Jennifer ^a   Bowers, Michael T ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATION THEORY; HYDROGEN BONDS; MATHEMATICAL MODELS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

CONFORMERS; ION MOBILITY; PROTONATION;

CONFORMATIONS;

EID: 0344531032     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp035894z     Document Type: Article

References (56)

1. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
2. Fuller, W.; Wilkins, M. H. F.; Wilson, H. R.; Hamilton, L. D.; Arnott, S. D. J. Mol. Biol. 1965, 12, 60.
3. Sutherland, J. C.; Griffen, K. P. Biopolymers 1983, 22, 1445.
4. Pohl, F. M.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol. 1972, 67, 375.
5. Rich, A.; Nordheim, A.; Wang, A. H. J. Annu. Rev. Biochem. 1984, 53, 791.
6. Marini, J. C.; Levene, S. D.; Crothers, D. M.; Englund, P. T. Proc. Natl. Acad. Sci U.S.A. 1982, 79, 7664.
7. Koo, H. S.; Wu, H. M.; Crothers, D. Nature 1986, 320, 501.
8. Wu, H. M.; Crothers, D. Nature 1984, 308, 509.
9. Schultz, S. C.; Shields, G. C.; Steitz, T. A. Science 1991, 253, 1001.
10. Schleif, R. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 119.
11. Felsenfeld, G.; Davies, D. R.; Rich, A. J. Am. Chem. Soc. 1957, 79, 2023.
12. Arnott, S.; Selsing, E. J. Mol. Biol. 1974, 88, 509.
13. Morgan, A. R. Nature 1970, 227, 1310.
14. McGavin, S. J. Mol Biol. 1971, 55, 293.
15. Sen, D.; Gilbert, W. Nature 1988, 334, 364.
16. Sniden, R. R. DNA Structure and Function; Academic Press: San Diego, 1994.
17. Mirkin, S. M.; Lyamichev, V. I.; Drushlyak, K. N.; Dobrynin, V. N.; Filippov, S. A.; Frank-Kamenetskii, M. D. Nature 1987, 330, 495.
18. Kohwi, Y.; Kohwi-Shigematsu, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 3781.
19. Guo, B. C. Anal. Chem. 1999, 71, 333R.
20. Koomen, J. M.; Russel, W. K.; Tichy, S. E.; Russel, D. H. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 357.
21. Kirpekar, F.; Nordhoff, E.; Larsen, L. K.; Kristiansen, K.; Roepstorff, P.; Hillenkamp, F. Nucl. Acids Res. 1998, 26, 2554.
22. Hofstadler, S. A.; Griffey, R. H. Chem. Rev. 2001, 101, 377.
23. Kirpekar, F.; Berkenkamp, S.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1999, 71, 2334.
24. Veenstra, T. D. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1999, 257, 1.
25. Green-Church, K. B.; Limbach, P. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 24.
26. Green-Church, K. B.; Limbach, P. A.; Freitas, M. A.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 268.
27. Freitas, M. A.; Shi, S. D.-H.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10187.
28. Robinson, J. M.; Greig, M. J.; Griffey, R. H.; Mohan, V.; Laude, D. A. Anal. Chem. 1998, 70, 3566.
29. Phillips, D. R.; McCloskey, J. A. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1993, 137, 121.
30. Rodgers, M. T.; Cambell, S.; Marzluff, E. M.; Beauchamp, J. L. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1995, 137, 121.
31. Wan, K. X.; Gross, J.; Hillenkamp, F.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 193.
32. Habibi-Goudarzi, S.; McLuckey, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 102.
33. Giese, B. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 612.
34. Wagenknecht, H. A. Angew. Chem., Intl. Ed. 2003, 42, 2454.
35. Bowers, M. T.; Kemper, P. R.; vonHelden, G.; vanKoppen, P. A. M. Science 1993, 260, 1446.
36. Clemmer, D. E.; Jarrold, M. F. J. Mass Spectrom. 1997, 32, 377.
37. Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1990, 1, 197.
38. vonHelden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1995, 146/147, 349.
39. vonHelden, G.; Hsu, M.-T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 3835.
40. vonHelden, G.; Hsu, M.-T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182.
41. Gotts, N. G.; vonHelden, G.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1995, 149/150, 217.
42. Gidden, J.; Wyttenbach, T.; Batka, J. J.; Weis, P.; Jackson, A. T.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1999, 10, 883.
43. Gidden, J.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5610.
44. Gidden, J.; Bowers, M. T. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 409.
45. Gidden, J.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 161.
46. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York 1988.
47. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Dearden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pittera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman P. A. AMBER 7, University of California, San Francisco, 2002.
48. Wyttenbach, T.; vonHelden, G.; Batka Jr, J. J.; Carlat, D.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 275.
49. Wyttenbach, T.; Witt, M.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3458.
50. Gidden, J.; Jackson, A. T.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 188, 121.
51. Gidden, J.; Jackson, A. T.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4692.
52. Gidden, J.; Jackson, A. T.; Scrivens, J. H.; Bowers, M. T. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 499.
53. Wang, L. S.; Wang, X.; Yang, X.; Vorpagel, E. Private communication.
54. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A.Gaussian 98, revision A.7; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
55. Smets, J.; Houben, L.; Schoone, K.; Maes, G.; Adamowicz, L. Chem. Phys. Lett. 1996, 262, 789.
56. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A.; Jolibis, F. J. Comput. Chem. 1998, 9, 989.