Dissection of USP catalytic domains reveals five common insertion points

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1797-1808

  Ye, Yu ^a   Scheel, Hartmut ^b   Hofmann, Kay ^b   Komander, David ^a  

^a MRC LABORATORY OF MOLECULAR BIOLOGY   (United Kingdom)

^b MILTENYI BIOTEC GMBH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEINASE; SIGNAL PEPTIDE; UBIQUITIN PROTEIN LIGASE; UBIQUITIN SPECIFIC PROTEASE; UBIQUITIN THIOLESTERASE; UBIQUITIN-SPECIFIC PROTEASE; ZINC;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; BIOLOGY; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CHROMOSOME MAP; ENZYME ACTIVE SITE; ENZYMOLOGY; FUNGAL GENE; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PHYLOGENY; PROTEIN CONFORMATION; SEQUENCE ALIGNMENT; TRANSPOSON; YEAST;

AMINO ACID SEQUENCE; CATALYTIC DOMAIN; CHROMOSOME MAPPING; COMPUTATIONAL BIOLOGY; CONSERVED SEQUENCE; DNA TRANSPOSABLE ELEMENTS; ENDOPEPTIDASES; GENES, FUNGAL; HUMANS; INTRACELLULAR SIGNALING PEPTIDES AND PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PHYLOGENY; PROTEIN CONFORMATION; SEQUENCE ALIGNMENT; UBIQUITIN THIOLESTERASE; UBIQUITIN-PROTEIN LIGASES; YEASTS; ZINC;

EID: 72949102636     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b907669g     Document Type: Article

References (72)

1. C. M. Pickart Annu. Rev. Biochem. 2001 70 503 533
2. L. A. Passmore D. Barford Biochem. J. 2004 379 513 525
3. P. Xu D. M. Duong N. T. Seyfried D. Cheng Y. Xie J. Robert J. Rush M. Hochstrasser D. Finley J. Peng Cell (Cambridge, Mass.) 2009 137 133 145
4. C. M. Pickart D. Fushman Curr. Opin. Chem. Biol. 2004 8 610 616
5. F. Ikeda I. Dikic EMBO Rep. 2008 9 536 542
6. A. Hershko A. Ciechanover Annu. Rev. Biochem. 1998 67 425 479
7. Z. J. Chen L. J. Sun Mol. Cell 2009 33 275 286
8. L. Jin A. Williamson S. Banerjee I. Philipp M. Rape Cell (Cambridge, Mass.) 2008 133 653 665
9. A. K. Al-Hakim A. Zagorska L. Chapman M. Deak M. Peggie D. R. Alessi Biochem. J. 2008 411 249 260
10. F. E. Reyes-Turcu K. D. Wilkinson Chem. Rev. 2009 109 4 1495 508
11. S. M. Nijman M. P. Luna-Vargas A. Velds T. R. Brummelkamp A. M. Dirac T. K. Sixma R. Bernards Cell (Cambridge, Mass.) 2005 123 773 786
12. S. C. Johnston S. M. Riddle R. E. Cohen C. P. Hill EMBO J. 1999 18 3877 3887
13. G. A. Cope G. S. Suh L. Aravind S. E. Schwarz S. L. Zipursky E. V. Koonin R. J. Deshaies Science 2002 298 608 611
14. Y. Sato A. Yoshikawa A. Yamagata H. Mimura M. Yamashita K. Ookata O. Nureki K. Iwai M. Komada S. Fukai Nature 2008 455 358 362
15. J. W. Tobias A. Varshavsky J. Biol. Chem. 1991 266 12021 12028
16. R. T. Baker J. W. Tobias A. Varshavsky J. Biol. Chem. 1992 267 23364 23375
17. X. Chen B. Zhang J. A. Fischer Genes Dev. 2002 16 289 294
18. E. Overstreet E. Fitch J. A. Fischer Development (Cambridge, UK) 2004 131 5355 5366
19. C. L. Brooks W. Gu Mol. Cell 2006 21 307 315
20. N. Popov M. Wanzel M. Madiredjo D. Zhang R. Beijersbergen R. Bernards R. Moll S. J. Elledge M. Eilers Nat. Cell Biol. 2007 9 765 774
21. S. C. Sun Nat. Rev. Immunol. 2008 8 501 511
22. M. J. Clague S. Urbe Trends Cell Biol. 2006 16 551 559
23. A. Guterman M. H. Glickman Curr. Protein Pept. Sci. 2004 5 201 211
24. N. Hulo A. Bairoch V. Bulliard L. Cerutti E. De Castro P. S. Langendijk-Genevaux M. Pagni C. J. Sigrist Nucleic Acids Res. 2006 34 D227 230
25. D. Komander C. J. Lord H. Scheel S. Swift K. Hofmann A. Ashworth D. Barford Mol. Cell 2008 29 451 464
26. M. Hu P. Li M. Li W. Li T. Yao J. W. Wu W. Gu R. E. Cohen Y. Shi Cell (Cambridge, Mass.) 2002 111 1041 1054
27. M. Hu P. Li L. Song P. D. Jeffrey T. A. Chenova K. D. Wilkinson R. E. Cohen Y. Shi EMBO J. 2005 24 3747 3756
28. G. V. Avvakumov J. R. Walker S. Xue P. J. Finerty, Jr. F. Mackenzie E. M. Newman S. Dhe-Paganon J. Biol. Chem. 2006 281 38061 38070
29. M. Renatus S. G. Parrado A. D'Arcy U. Eidhoff B. Gerhartz U. Hassiepen B. Pierrat R. Riedl D. Vinzenz S. Worpenberg M. Kroemer Structure (London) 2006 14 1293 1302
30. X. Zhu R. Menard T. Sulea Proteins 2007 69 1 7
31. F. E. Reyes-Turcu J. R. Shanks D. Komander K. D. Wilkinson J. Biol. Chem. 2008 283 19581 19592
32. T. T. Huang S. M. Nijman K. D. Mirchandani P. J. Galardy M. A. Cohn W. Haas S. P. Gygi H. L. Ploegh R. Bernards A. D. D'Andrea Nat. Cell Biol. 2006 8 339 347
33. Z. Li D. Wang E. M. Messing G. Wu EMBO Rep. 2005 6 373 378
34. Z. Li D. Wang X. Na S. R. Schoen E. M. Messing G. Wu Biochem. Biophys. Res. Commun. 2002 294 700 709
35. G. Meroni G. Diez-Roux Bioessays 2005 27 1147 1157
36. K. Hofmann P. Bucher Trends Biochem. Sci. 1996 21 172 173
37. B. L. Bertolaet D. J. Clarke M. Wolff M. H. Watson M. Henze G. Divita S. I. Reed Nat. Struct. Biol. 2001 8 417 422
38. F. E. Reyes-Turcu J. R. Horton J. E. Mullally A. Heroux X. Cheng K. D. Wilkinson Cell (Cambridge, Mass.) 2006 124 1197 1208
39. K. Hofmann L. Falquet Trends Biochem. Sci. 2001 26 347 350
40. Y. Liu W. Chen J. Gaudet M. D. Cheney L. Roudaia T. Cierpicki R. C. Klet K. Hartman T. M. Laue N. A. Speck J. H. Bushweller Cancer Cell 2007 11 483 497
41. D. Ju X. Wang H. Xu Y. Xie Mol. Cell. Biol. 2008 28 1404 1412
42. A. Amerik S. Swaminathan B. A. Krantz K. D. Wilkinson M. Hochstrasser EMBO J. 1997 16 4826 4838
43. M. A. Cohn Y. Kee W. Haas S. P. Gygi A. D. D'Andrea J. Biol. Chem. 2009 284 5343 5351
44. M. A. Cohn P. Kowal K. Yang W. Haas T. T. Huang S. P. Gygi A. D. D'Andrea Mol. Cell 2007 28 786 797
45. B. Crosas J. Hanna D. S. Kirkpatrick D. P. Zhang Y. Tone N. A. Hathaway C. Buecker D. S. Leggett M. Schmidt R. W. King S. P. Gygi D. Finley Cell (Cambridge, Mass.) 2006 127 1401 1413
46. S. Dayal A. Sparks J. Jacob N. Allende-Vega D. P. Lane M. K. Saville J. Biol. Chem. 2009 284 5030 5041
47. K. W. Henry A. Wyce W. S. Lo L. J. Duggan N. C. Emre C. F. Kao L. Pillus A. Shilatifard M. A. Osley S. L. Berger Genes Dev. 2003 17 2648 2663
48. X. Y. Zhang M. Varthi S. M. Sykes C. Phillips C. Warzecha W. Zhu A. Wyce A. W. Thorne S. L. Berger S. B. McMahon Mol. Cell 2008 29 102 111
49. Y. Zhao G. Lang S. Ito J. Bonnet E. Metzger S. Sawatsubashi E. Suzuki X. Le Guezennec H. G. Stunnenberg A. Krasnov S. G. Georgieva R. Schule K. Takeyama S. Kato L. Tora D. Devys Mol. Cell 2008 29 92 101
50. B. K. Hetfeld A. Helfrich B. Kapelari H. Scheel K. Hofmann A. Guterman M. Glickman R. Schade P. M. Kloetzel W. Dubiel Curr. Biol. 2005 15 1217 1221
51. S. S. Krishna N. V. Grishin Cell Cycle 2004 3 1046 1049
52. K. D. Wilkinson FASEB J. 1997 11 1245 1256
53. X. Chen J. A. Fischer Genetics 2000 156 1829 1836
54. S. J. Goldenberg J. L. McDermott T. R. Butt M. R. Mattern B. Nicholson Biochem. Soc. Trans. 2008 36 828 832
55. A. Shanmugham H. Ovaa Curr. Opin. Drug Discovery Dev. 2008 11 688 696
56. K. R. Love A. Catic C. Schlieker H. L. Ploegh Nat. Chem. Biol. 2007 3 697 705
57. K. Ratia S. Pegan J. Takayama K. Sleeman M. Coughlin S. Baliji R. Chaudhuri W. Fu B. S. Prabhakar M. E. Johnson S. C. Baker A. K. Ghosh A. D. Mesecar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 16119 16124
58. C. Y. Chou C. H. Chien Y. S. Han M. T. Prebanda H. P. Hsieh B. Turk G. G. Chang X. Chen Biochem. Pharmacol. 2008 75 1601 1609
59. J. M. Schlaeppi M. Henke M. Mahnke S. Hartmann R. Schmitz Y. Pouliquen B. Kerins E. Weber F. Kolbinger H. P. Kocher Protein Expression Purif. 2006 50 185 195
60. T. U. Consortium Nucleic Acids Res. 2009 37 D169 174
61. D. A. Benson I. Karsch-Mizrachi D. J. Lipman J. Ostell D. L. Wheeler Nucleic Acids Res. 2008 36 D25 30
62. R. C. Edgar Nucleic Acids Res. 2004 32 1792 1797
63. P. Bucher K. Karplus N. Moeri K. Hofmann Comput. Chem. 1996 20 3 23
64. S. Henikoff J. G. Henikoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 10915 10919
65. K. Hofmann Brief. Bioinformatics 2000 1 167 178
66. M. A. Larkin G. Blackshields N. P. Brown R. Chenna P. A. McGettigan H. McWilliam F. Valentin I. M. Wallace A. Wilm R. Lopez J. D. Thompson T. J. Gibson D. G. Higgins Bioinformatics 2007 23 2947 2948
67. P. Emsley K. Cowtan Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2004 60 2126 2132
68. L. A. Kelley M. J. Sternberg Nat. Protocols 2009 4 363 371
69. C. S. Bond Bioinformatics 2003 19 311 312
70. P. Peschard G. Kozlov T. Lin I. A. Mirza A. M. Berghuis S. Lipkowitz M. Park K. Gehring Mol. Cell 2007 27 474 485
71. K. A. Swanson R. S. Kang S. D. Stamenova L. Hicke I. Radhakrishnan EMBO J. 2003 22 4597 4606
72. K. Tomoo Y. Mukai Y. In H. Miyagawa K. Kitamura A. Yamano H. Shindo T. Ishida Biochim. Biophys. Acta 2008 1784 1059 1067