Modelling the Drosophila embryo

Molecular BioSystems

Volumn 5, Issue 12, 2009, Pages 1549-1568

  Jaeger, Johannes ^a,b  

^a UNIVERSITAT POMPEU FABRA   (Spain)

^b UNIVERSITY MUSEUM OF ZOOLOGY   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMAL; ANIMAL EMBRYO; BIOLOGICAL MODEL; DEVELOPMENTAL BIOLOGY; DROSOPHILA; GENETICS; GENOMICS; METHODOLOGY; PHYSIOLOGY; PRENATAL DEVELOPMENT; REVIEW;

ANIMALS; DEVELOPMENTAL BIOLOGY; DROSOPHILA; EMBRYO, NONMAMMALIAN; GENOMICS; MODELS, GENETIC;

DROSOPHILA MELANOGASTER;

EID: 72949089276     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b904722k     Document Type: Review

References (160)

1. D. W. Thompson, On Growth and Form, Cambridge University Press, Cambridge, 1st edn, 1917
2. L. Von Bertalanffy, General Systems Theory: Foundations, Development, Applications, George Braziller, New York, Revised edn, 1976
3. E. Fox Keller, Making Sense of Life: Explaining Biological Development with Models, Metaphors, and Machines, Harvard University Press, Cambridge, MA, 2003
4. P. A. Lawrence, The Making of a Fly: The Genetics of Animal Design, Wiley-Blackwell, Oxford, 1992
5. A. A. Simcox J. H. Sang Dev. Biol. 1983 97 212 221
6. V. E. Foe B. M. Alberts J. Cell Sci. 1983 61 31 70
7. V. E. Foe Development (Cambridge, UK) 1989 107 1 22
8. C. Nüsslein-Volhard H. G. Frohnhofer R. Lehmann Science 1987 238 1675 1687
9. C. Nüsslein-Volhard E. Wieschaus Nature 1980 287 795 801
10. M. Akam Development (Cambridge, UK) 1987 101 1 22
11. P. W. Ingham Nature 1988 335 25 34
12. L. Wolpert, in Towards a Theoretical Biology, ed., C. H. Waddington, 1968, vol. 1, pp. 125-133
13. L. Wolpert J. Theor. Biol. 1969 25 1 47
14. A. M. Turing Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1952 237 37 72
15. F. Jacob J. Monod J. Mol. Biol. 1961 3 318 356
16. J. Monod F. Jacob Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1962 26 389 401
17. L. Wolpert Development (Cambridge, UK) (Suppl.) 1989 107 3 12
18. L. Wolpert Dev. Genet. 1994 15 485 490
19. L. Wolpert Trends Genet. 1996 12 359 364
20. J. D. Murray, Mathematical Biology. II: Spatial Models and Biomedical Applications, Springer, Berlin, 2002
21. S. A. Kauffman Science 1978 199 259 270
22. B. Bunow J.-P. Kernevez G. Joly D. Thomas J. Theor. Biol. 1980 84 629 649
23. S. A. Kauffman Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1981 295 567 594
24. B. N. Nagorcka J. Theor. Biol. 1988 132 277 306
25. T. C. Lacalli D. A. Wilkinson L. G. Harrison Development (Cambridge, UK) 1988 104 105 113
26. T. C. Lacalli J. Theor. Biol. 1990 144 171 194
27. A. Hunding S. A. Kauffman B. C. Goodwin J. Theor. Biol. 1990 145 369 384
28. T. C. Lacalli Semin. Dev. Biol. 1991 2 107 117
29. M. J. Lyons L. G. Harrison Dev. Dyn. 1992 195 201 215
30. B. C. Goodwin S. A. Kauffman J. Theor. Biol. 1990 144 303 319
31. G. L. Baker and J. P. Gollub, Chaotic Dynamics: An Introduction, Cambridge University Press, Cambridge, 2nd edn, 2008
32. M. Akam Nature 1989 341 282 283
33. N. A. M. Monk Endeavour 2000 24 170 173
34. J. A. Campos-Ortega and V. Hartenstein, The Embryonic Development of Drosophila melanogaster, Springer, Heidelberg, 1985
35. D. St Johnston C. Nüsslein-Volhard Cell (Cambridge, Mass.) 1992 68 201 219
36. S. Surkova D. Kosman K. Kozlov Manu E. Myasnikova A. A. Samsonova A. Spirov C. E. Vanario-Alonso M. Samsonova J. Reinitz Dev. Biol. 2008 313 844 862
37. S. V. Bryant V. French P. J. Bryant Science 1981 212 993 1002
38. V. French P. J. Bryant S. V. Bryant Science 1976 193 969 981
39. M. A. Russell Dev. Biol. 1985 108 269 283
40. S. A. Kauffman B. C. Goodwin J. Theor. Biol. 1990 144 321 345
41. B. C. Goodwin M. H. Cohen J. Theor. Biol. 1969 25 49 107
42. H. Meinhardt J. Cell Sci. 1977 23 117 139
43. H. Meinhardt J. Theor. Biol. 1978 74 307 321
44. H. Meinhardt, Models of Biological Pattern Formation, Academic Press, London, 1982
45. H. Meinhardt J. Cell Sci. (Suppl.) 1986 4 357 381
46. H. Meinhardt Development (Cambridge, UK) (Suppl.) 1988 104 95 110
47. A. Gierer H. Meinhardt Kybernetik 1972 12 30 39
48. W. Driever C. Nüsslein-Volhard Cell (Cambridge, Mass.) 1988 54 83 93
49. B. A. Edgar G. M. Odell G. Schubiger Dev. Genet. 1989 10 124 142
50. C. Tsai J. P. Gergen Development (Cambridge, UK) 1995 121 453 462
51. Y. Yu L. Pick Mech. Dev. 1995 50 163 175
52. Z. Burstein J. Theor. Biol. 1995 174 1 11
53. J. W. Bodnar J. Theor. Biol. 1997 188 391 445
54. J. W. Bodnar M. K. Bradley Cell Biochem. Biophys. 2001 34 153 189
55. R. N. Tchuraev J. Theor. Biol. 1991 151 71 87
56. E. I. Prokudina R. Y. Valeev R. N. Tchuraev J. Theor. Biol. 1991 151 89 110
57. R. N. Tchuraev A. V. Galimzyanov Mol. Biol. (Moscow) 2001 35 1088 1094
58. R. Thomas J. Theor. Biol. 1973 42 563 585
59. R. Thomas and R. D'Ari, Biological Feedback, CRC Press, Boca Raton, FL, 1990
60. R. Thomas J. Theor. Biol. 1991 153 1 23
61. L. Sánchez D. Thieffry J. Theor. Biol. 2001 211 115 141
62. L. Sánchez D. Thieffry J. Theor. Biol. 2003 224 517 537
63. L. Sánchez J. van Helden D. Thieffry J. Theor. Biol. 1997 189 377 389
64. D. Thieffry L. Sánchez Ann. N. Y. Acad. Sci. 2002 981 135 153
65. L. Sánchez C. Chaouiya D. Thieffry Int. J. Dev. Biol. 2008 52 1059 1075
66. S. Kumar K. Jayaraman S. Panchanathan R. Gurunathan A. Marti-Subirana S. J. Newfeld Genetics 2002 162 2037 2047
67. J. Jaeger M. Blagov D. Kosman K. N. Kozlov Manu E. Myasnikova S. Surkova C. E. Vanario-Alonso M. Samsonova D. H. Sharp J. Reinitz Genetics 2004 167 1721 1737
68. E. Mjolsness D. H. Sharp J. Reinitz J. Theor. Biol. 1991 152 429 453
69. J. Reinitz D. H. Sharp Mech. Dev. 1995 49 133 158
70. J. Reinitz and D. H. Sharp, in Integrative Approaches to Molecular Biology, ed., J. Collado-Vides, B. Magasanik, and, T. F. Smith, MIT Press, Cambridge, MA, 1996, pp. 253-272
71. K. W. Chu Y. Deng J. Reinitz J. Comput. Phys. 1999 148 646 662
72. J. Jaeger S. Surkova M. Blagov H. Janssens D. Kosman K. N. Kozlov Manu E. Myasnikova C. E. Vanario-Alonso M. Samsonova D. H. Sharp J. Reinitz Nature 2004 430 368 371
73. T. J. Perkins J. Jaeger J. Reinitz L. Glass PLoS Comput. Biol. 2006 2 e51
74. Y. Fomekong-Nanfack J. A. Kaandorp J. Blom Bioinformatics 2007 23 3356 3363
75. S. Surkova E. Myasnikova H. Janssens K. N. Kozlov A. A. Samsonova J. Reinitz M. Samsonova Fly 2008 2 1 9
76. M. Ashyraliyev J. Jaeger J. G. Blom BMC Syst. Biol. 2008 2 83
77. Manu S. Surkova A. V. Spirov V. Gursky H. Janssens A.-R. Kim O. Radulescu C. E. Vanario-Alonso D. H. Sharp M. Samsonova J. Reinitz PLoS Biol. 2009 7 e1000049
78. Manu S. Surkova A. V. Spirov V. Gursky H. Janssens A.-R. Kim O. Radulescu C. E. Vanario-Alonso D. H. Sharp M. Samsonova J. Reinitz PLoS Comput. Biol. 2009 5 e1000303
79. J. J. Hopfield Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1984 81 3088 3092
80. W. Driever C. Nüsslein-Volhard Cell (Cambridge, Mass.) 1988 54 95 104
81. J. Reinitz, E. Mjolsness and D. H. Sharp, Technical Report LAUR-92-2942, Los Alamos National Laboratory, 1992
82. M. Simpson-Brose J. Treisman C. Desplan Cell (Cambridge, Mass.) 1994 78 855 865
83. J. Reinitz E. Mjolsness D. H. Sharp J. Exp. Zool. 1995 271 47 56
84. J. Reinitz D. Kosman C. E. Vanario-Alonso D. H. Sharp Dev. Genet. 1998 23 11 27
85. G. K. Yasuda J. Baker G. Schubiger Genes Dev. 1991 5 1800 1812
86. V. V. Gursky J. Jaeger K. N. Kozlov J. Reinitz A. M. Samsonov Physica D (Amsterdam) 2004 197 286 302
87. V. V. Gursky K. N. Kozlov A. M. Samsonov J. Reinitz Physica D (Amsterdam) 2006 218 70 76
88. J. Jaeger D. H. Sharp J. Reinitz Mech. Dev. 2007 124 108 128
89. V. V. Gursky K. N. Kozlov A. M. Samsonov J. Reinitz Biophysics 2008 53 164 176
90. E. Poustelnikova A. Pisarev M. Blagov M. Samsonova J. Reinitz Bioinformatics 2004 20 2212 2221
91. A. Pisarev E. Poustelnikova M. Samsonova J. Reinitz Nucleic Acids Res. 2009 37 D560 566
92. M. Hülskamp C. Pfeifle D. Tautz Nature 1990 346 577 580
93. R. Kraut M. Levine Development (Cambridge, UK) 1991 111 611 621
94. D. E. Clyde M. S. G. Corado X. Wu A. Paré D. Papatsenko S. Small Nature 2003 426 849 853
95. J. Jaeger J. Reinitz BioEssays 2006 28 1102 1111
96. J. Jaeger D. Irons N. Monk Development (Cambridge, UK) 2008 135 3175 3183
97. D. H. Sharp J. Reinitz BioSystems 1998 47 79 90
98. N. H. Patel E. Martin-Blanco K. G. Coleman S. J. Poole M. C. Ellis T. B. Kornberg C. S. Goodman Cell (Cambridge, Mass.) 1989 58 955 968
99. G. von Dassow E. Munro J. Exp. Zool. 1999 285 307 325
100. Modularity in Development and Evolution, ed., G. Schlosser, and, G. P. Wagner, The University of Chicago Press, Chicago, 2004
101. G. von Dassow E. Meir E. M. Munro G. M. Odell Nature 2000 406 188 192
102. G. von Dassow G. M. Odell J. Exp. Zool. 2002 294 179 215
103. R. Albert H. G. Othmer J. Theor. Biol. 2003 223 1 18
104. M. Chaves R. Albert E. D. Sontag J. Theor. Biol. 2005 235 431 449
105. K. Willadsen J. Wiles J. Theor. Biol. 2007 249 749 765
106. P. J. Ingram M. P. H. Stumpf J. Stark BMC Genomics 2006 7 108
107. M. Chaves R. Albert J. R. Soc. Interface 2008 5 S71 S84
108. E. Meir E. M. Munro G. M. Odell G. von Dassow J. Exp. Zool. 2002 294 216 251
109. N. T. Ingolia PLoS Biol. 2004 2 0805 0815
110. W. Ma L. Lai Q. Ouyang C. Tang Mol. Syst. Biol. 2006 2 70
111. R. N. Gutenkunst J. J. Waterfall F. P. Casey K. S. Brown C. R. Myers J. P. Sethna PLoS Comput. Biol. 2007 3 1871 1878
112. B. Lemon R. Tjian Genes Dev. 2000 14 2551 2569
113. M. Levine R. Tjian Nature 2003 424 147 151
114. F. Alves R. Dilão J. Theor. Biol. 2006 241 342 359
115. J. Reinitz S. Hou D. H. Sharp ComPlexUs 2003 1 54 64
116. H. Janssens S. Hou J. Jaeger A. R. Kim E. Myasnikova D. Sharp J. Reinitz Nat. Genet. 2006 38 1159 1165
117. S. Gray H. Cai S. Barolo M. Levine Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. B 1995 349 257 262
118. S. Small A. Blair M. Levine EMBO J. 1992 11 4047 4057
119. R. P. Zinzen K. Senger M. Levine D. Papatsenko Curr. Biol. 2006 16 1358 1365
120. R. P. Zinzen D. Papatsenko PLoS Comput. Biol. 2007 3 e84
121. D. Papatsenko M. Levine Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 2901 2906
122. F. J. P. Lopes F. M. C. Vieira D. M. Holloway P. M. Bisch A. V. Spirov PLoS Comput. Biol. 2008 4 e1000184
123. F. J. P. Lopes C. E. Vanario-Alonso P. M. Bisch F. M. C. Vieira J. Theor. Biol. 2005 235 185 198
124. E. Segal T. Raveh-Sadka M. Schroeder U. Unnerstall U. Gaul Nature 2008 451 535 540
125. B. P. Berman Y. Nibu B. D. Pfeiffer P. Tomancak S. E. Celniker M. Levine G. M. Rubin M. B. Eisen Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 757 762
126. B. P. Berman B. D. Pfeiffer T. R. Laverty S. L. Salzberg G. M. Rubin M. B. Eisen S. E. Celniker Genome Biol. 2004 5 R61
127. M. D. Schroeder M. Pearce J. Fak H. Q. Fan U. Unnerstall E. Emberly N. Rajewsky E. D. Siggia U. Gaul PLoS Biol. 2004 2 e271
128. J. Kim X. He S. Sinha PLoS Genet. 2009 5 e10000330
129. D. Lebrecht M. Foehr E. Smith F. J. P. Lopes C. E. Vanario-Alonso J. Reinitz D. S. Burz S. D. Hanes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 13176 13181
130. J. R. McCarrey A. D. Riggs Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 679 683
131. N. E. Buchler M. Louis J. Mol. Biol. 2008 384 1106 1119
132. J. Lewis J. M. W. Slack L. Wolpert J. Theor. Biol. 1977 65 579 590
133. O. Crauk N. Dostatni Curr. Biol. 2005 15 1888 1898
134. H. Jäckle D. Tautz R. Schuh E. Seifert R. Lehmann Nature 1986 324 668 670
135. M. Isalan C. Lemerle L. Serrano PLoS Biol. 2005 3 e64
136. B. Houchmandzadeh E. Wieschaus S. Leibler Nature 2002 415 798 802
137. D. M. Holloway L. G. Harrison D. Kosman C. E. Vanario-Alonso A. V. Spirov Dev. Dyn. 2006 235 2949 2960
138. T. Aegerter-Wilmsen C. M. Aegerter T. Bisseling J. Theor. Biol. 2005 234 13 19
139. M. Howard P. R. ten Wolde Phys. Rev. Lett. 2005 95 208103
140. B. Houchmandzadeh J. Phys.: Condens. Matter 2005 17 S1245 S1258
141. B. Houchmandzadeh E. Wieschaus S. Leibler Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2005 72 061920
142. P. McHale W.-J. Rappel H. Levine Phys. Biol. 2006 3 107 120
143. T. Gregor W. Bialek R. R. de Ruyter van Steveninck D. W. Tank E. F. Wieschaus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 18403 18407
144. S. E. Lott M. Kreitman A. Palsson E. Alekseeva M. Z. Ludwig Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 10926 10931
145. T. Gregor A. P. McGregor E. Wieschaus Dev. Biol. 2008 316 350 358
146. F. He Y. Wen J. Deng X. Lin L. J. Lu R. Jiao J. Ma Dev. Cell 2008 15 558 567
147. T. Gregor E. F. Wieschaus A. P. McGregor W. Bialek D. W. Tank Cell (Cambridge, Mass.) 2007 130 141 152
148. M. Coppey A. M. Berezhkovskii Y. Kim A. N. Boettiger S. Y. Shvartsman Dev. Biol. 2007 312 623 630
149. M. Coppey A. N. Boettiger A. M. Berezhkovskii S. Y. Shvartsman Curr. Biol. 2008 18 915 919
150. E. M. Lucchetta J. H. Lee L. A. Fu N. H. Patel R. F. Ismagilov Nature 2005 434 1134 1138
151. E. M. Lucchetta M. E. Vincent R. F. Ismagilov PLoS One 2008 3 e3651
152. H. Hardway B. Mukhopadhyay T. Burke T. J. Hitchman R. Forman J. Theor. Biol. 2008 254 390 399
153. J. Reinitz Nature 2007 448 418 419
154. H. C. Berg E. M. Purcell Biophys. J. 1977 20 193 219
155. T. Gregor D. W. Tank E. F. Wieschaus W. Bialek Cell (Cambridge, Mass.) 2007 130 153 164
156. S. Strogatz, Nonlinear Dynamics and Chaos, Westview Press, 2001
157. A. D. Lander Cell (Cambridge, Mass.) 2007 128 245 256
158. S. Bergmann O. Sandler H. Sberro S. Shnider E. Schejter B.-Z. Shilo N. Barkai PLoS Biol. 2007 5 e46
159. A. Spirov K. Fahmy M. Schneider E. Frei M. Noll S. Baumgartner Development (Cambridge, UK) 2009 136 605 614
160. I. Hecht W.-J. Rappel H. Levine Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 1710 1715