Explanatory multivariate analysis of ToF-SIMS spectra for the discrimination of bacterial isolates

Analyst

Volumn 134, Issue 11, 2009, Pages 2352-2360

  Vaidyanathan, Seetharaman ^a,c   Fletcher, John S ^a   Jarvis, Roger M ^b   Henderson, Alex ^a   Lockyer, Nicholas P ^a   Goodacre, Royston ^b   Vickerman, John C ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

^c UNIVERSITY OF SHEFFIELD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ARTICLE; BACTERIUM ISOLATE; CANONICAL VARIATES ANALYSIS; ENTEROCOCCUS; ESCHERICHIA COLI; GENETIC ALGORITHM; KLEBSIELLA; MASS SPECTROMETRY; MULTIVARIATE ANALYSIS; NONHUMAN; PARSIMONY ANALYSIS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; PROTEUS MIRABILIS; SPECIES DIFFERENTIATION; TIME OF FLIGHT SECONDARY ION MASS SPECTROMETRY; UNIVARIATE ANALYSIS; URINARY TRACT INFECTION;

EID: 72549116880     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b907570d     Document Type: Article

References (54)

1. ToF-SIMS: Surface Analysis by Mass Spectrometry, ed., J. C. Vickerman, and, D. Briggs, IM Publications, Chichester and Surface Spectra, Manchester, UK, 2001
2. D. Weibel S. Wong N. Lockyer P. Blenkinsopp R. Hill J. C. Vickerman Anal. Chem. 2003 75 1754 1764
3. N. Winograd Anal. Chem. 2005 77 142A 149A
4. J. S. Fletcher N. P. Lockyer S. Vaidyanathan J. C. Vickerman Anal. Chem. 2007 79 2199 2206
5. S. Vaidyanathan J. S. Fletcher R. Goodacre N. P. Lockyer J. Micklefield J. C. Vickerman Anal. Chem. 2008 80 1942 1951
6. J. S. Fletcher A. Henderson R. M. Jarvis N. P. Lockyer J. C. Vickerman R. Goodacre Appl. Surf. Sci. 2006 252 6869 6874
7. H. Jungnickel E. A. Jones N. P. Lockyer S. G. Oliver G. M. Stephens J. C. Vickerman Anal. Chem. 2005 77 1740 1745
8. O. D. Sanni M. S. Wagner D. Briggs D. G. Castner J. C. Vickerman Surf. Interface Anal. 2002 33 715 728
9. M. S. Wagner D. G. Castner Langmuir 2001 17 4649 4660
10. M. E. Wilkie M. K. Almond F. P. Marsh Br. Med. J. 1992 305 1137 1141
11. J. C. Evans Biometrics 1978 34 170 170
12. H. J. H. Macfie C. S. Gutteridge J. R. Norris J. Gen. Microbiol. 1978 104 67 74
13. W. J. Krzanowski, Principles of Multivariate Analysis: A User's Perspective, Oxford University Press, Oxford, 2000
14. D. Broadhurst R. Goodacre A. Jones J. J. Rowland D. B. Kell Anal. Chim. Acta 1997 348 71 86
15. R. Cavill H. C. Keun E. Holmes J. C. Lindon J. K. Nicholson T. M. Ebbels Bioinformatics 2009 25 112 118
16. R. M. Jarvis D. Broadhurst H. Johnson N. M. O'Boyle R. Goodacre Bioinformatics 2006 22 2565 2566
17. R. M. Jarvis R. Goodacre Bioinformatics 2005 21 860 868
18. H. E. Johnson D. Broadhurst R. Goodacre A. R. Smith Phytochemistry 2003 62 919 928
19. R. M. Jarvis R. Goodacre Anal. Chem. 2004 76 40 47
20. S. Vaidyanathan J. S. Fletcher A. Henderson N. P. Lockyer J. C. Vickerman Appl. Surf. Sci. 2008 255 1599 1602
21. M. Hollander and D. A. Wolfe, Nonparametric Statistical Methods, John Wiley& Sons, Inc., NY, 1999
22. D. E. Goldberg, Genetic Algorithms in Search, Optimization and Machine Learning, Kluwer Academic Publishers, Boston, MA, 1989
23. J. H. Holland, Adaptation in Natural and Artificial Systems, University of Michigan Press, Ann Arbor, 1975
24. J. Koza, Genetic Programming: On the Programming of Computers by Means of Natural Selection, MIT Press, Cambridge, MA, 1992
25. M. O'Hara C. A. Mayhew J. Breath Res. 2009 3 027001
26. M. D. Collins D. Jones Microbiol. Rev. 1981 45 316 354
27. R. I. Zalewski Org. Mass Spectrom. 1981 16 328 329
28. D. C. Robacker R. J. Bartelt J. Chem. Ecol. 1997 23 2897 2915
29. X. Cui R. Harling P. Mutch D. Darling Eur. J. Plant Pathol. 2005 111 297 308
30. T. S. Wang D. Smith P. Spanel Int. J. Mass Spectrom. 2004 233 245 251
31. M. Treilhou M. Ferro C. Monteiro V. Poinsot S. Jabbouri C. Kanony D. Prome J. C. Prome J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000 11 301 311
32. C. J. Kristich C. L. Wells G. M. Dunny Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 3508 3513
33. B. Batdorj M. Dalgalarrondo Y. Choiset J. Pedroche F. Metro H. Prevost J. M. Chobert T. Haertle J. Appl. Microbiol. 2006 101 837 848
34. T. Nilsen I. F. Nes H. Holo Appl. Environ. Microbiol. 2003 69 2975 2984
35. C. Eckert M. Lecerf L. Dubost M. Arthur S. Mesnage J. Bacteriol. 2006 188 8513 8519
36. S. Satyanarayana J. S. Grossert S. F. Lee R. L. White Amino Acids 2001 21 221 235
37. W. Haas M. S. Gilmore Med. Microbiol. Immunol. 1999 187 183 190
38. S. Bellais M. Arthur L. Dubost J. E. Hugonnet L. Gutmann J. van Heijenoort R. Legrand J. P. Brouard L. Rice J. L. Mainardi J. Biol. Chem. 2006 281 11586 11594
39. G. J. Patti S. J. Kim J. Schaefer Biochemistry 2008 47 8378 8385
40. P. Chaimbault K. Petritis C. Elfakir M. Dreux J. Chromatogr., A 1999 855 191 202
41. J. S. Robach S. R. Stock A. Veis J. Struct. Biol. 2006 155 87 95
42. C. Collar A. F. Mascaros J. A. Prieto C. B. Debarber Cereal Chem. 1991 68 66 72
43. T. Yamamoto-Osaki S. Kamiya S. Sawamura M. Kai A. Ozawa J. Med. Microbiol. 1994 40 179 187
44. N. Camu T. De Winter K. Verbrugghe I. Cleenwerck P. Vandamme J. S. Takrama M. Vancanneyt L. De Vuyst Appl. Environ. Microbiol. 2007 73 1809 1824
45. P. Hashim J. Selamat S. K. S. Muhammad A. Ali J. Sci. Food Agric. 1998 78 543 550
46. A. Stalmach W. Mullen D. Barron K. Uchida T. Yokota C. Cavin H. Steiling G. Williamson A. Crozier Drug Metab. Dispos. 2009 37 1749 1758
47. A. Gupta M. Dwivedi G. A. N. Gowda A. Ayyagari A. A. Mahdi M. Bhandari C. L. Khetrapal NMR Biomed. 2005 18 293 299
48. H. Nicoloff J. C. Hubert F. Bringel Dairy Sci. Technol. 2001 81 151 159
49. D. Le Rudulier L. Bouillard Appl. Environ. Microbiol. 1983 46 152 159
50. R. C. Wood J. Bacteriol. 1994 176 6131 6133
51. A. Karadeniz S. F. Topcuoglu S. Inan World J. Microbiol. Biotechnol. 2006 22 1061 1064
52. W. Zimmer B. Hundeshagen E. Niederau Can. J. Microbiol. 1994 40 1072 1076
53. R. Daza J. Gutierrez G. Piedrola Int. J. Antimicrob. Agents 2001 18 211 215
54. S. Voisin R. S. Houliston J. Kelly J. R. Brisson D. Watson S. L. Bardy K. F. Jarrell S. M. Logan J. Biol. Chem. 2005 280 16586 16593