Modeling an electronic conductor based on natural peptide sequences

Biomacromolecules

Volumn 10, Issue 8, 2009, Pages 2338-2343

  Rodríguez Ropero, Francisco ^a,b   Zanuy, David ^a   Assfeld, Xavier ^b   Alemán, Carlos ^a  

^a UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

^b NANCY UNIVERSITÉ   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BUILDING BLOCKES; CHARGE TRANSFER PROCESS; CONFORMATIONAL PROPERTIES; DELOCALIZATIONS; ELECTRON DEFICIENCY; ELECTRONIC CONDUCTORS; INNER CORE; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NATURAL PEPTIDE; QM/MM CALCULATIONS; QM/MM METHOD; QUANTUM-MECHANICAL CALCULATION; RATIONAL DESIGN; THIENYL;

AMINATION; AMINES; AMINO ACIDS; CHARGE TRANSFER; ION EXCHANGE; MECHANICAL PROPERTIES; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MECHANICS; NANOTUBES; ORGANIC ACIDS;

VIBRATIONS (MECHANICAL);

ALANINE DERIVATIVE; NANOTUBE; NANOWIRE; THIENYLALANINE; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; ELECTRICITY; MATHEMATICAL COMPUTING; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODEL; PRIORITY JOURNAL; QUANTUM MECHANICS; SIMULATION; STEREOSPECIFICITY;

ALANINE; AMINO ACID SEQUENCE; BIOMECHANICS; COMPUTER SIMULATION; ELECTRONS; MATHEMATICAL COMPUTING; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTATION; NANOTUBES, PEPTIDE; PEPTIDE FRAGMENTS; QUANTUM THEORY;

EID: 68849117028     PISSN: 15257797     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bm900524v     Document Type: Article

References (38)

1. Riehemann, K.; Schneider, S. W.; Luger, T. A.; Godin, B.; Ferrari, M.; Fuchs, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 872.
2. Haydena, O.; Agarwalb, R.; Lu, W. Nano Today 2008, 3, 12.
3. Gao, X.; Matsui, H. Adv. Mater. 2005, 17, 2037.
4. Scanlon, S.; Aggeli, A. Nano Today 2008, 3, 22.
5. Sanford, K.; Kumar, M. Curr. Opin. Biotechnol. 2005, 16, 416.
6. Haspel, N.; Zanuy, D.; Alemán, C.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Structure 2006, 14, 1137.
7. Jenkins, J.; Mayans, O.; Pickersgill, R. J. Struct. Biol. 1998, 122, 236.
8. (a) Zheng, J.; Zanuy, D.; Haspel, N.; Tsai, C.-J.; Alemán, C.; Nussinov, R. Biochemistry 2007, 46, 1205.
9. (b) Zanuy, D.; Rodríguez-Ropero, F.; Haspel, N.; Zheng, J.; Nussinov, R.; Alemán, C. Biomacromolecules 2007, 8, 3135.
10. (c) Rodríguez-Ropero, F.; Zanuy, D.; Casanovas, J.; Nussinov, R.; Alemán, C. J. Chem. Inf. Model. 2008, 48, 333.
11. (d) Zanuy, D.; Rodríguez-Ropero, F.; Nussinov, R.; Alemán, C. J. Struct. Biol. 2007, 160, 177.
12. Haspel, N.; Zanuy, D.; Zheng, J.; Alemán, C.; Wolfson, H.; Nussinov, R. Biophys. J. 2007, 93, 245.
13. Campaigne, E.; Bourgeois, R. C.; Garst, R.; McCarthy, W. C.; Patrick, R. L.; Day, H. G. J. Am. Chem. Soc. 1948, 70, 2611.
14. Rodríguez-Ropero, F.; Casanovas, J.; Alemán, C. J. Comput. Chem. 2007, 29, 69.
15. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A.; Vreven, T., Jr.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; C. Strain, M.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision B.02; Gaussian, Inc.: Pittsburgh PA, 2003.
16. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 1372.
17. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1993, 37, 785.
18. McLean, A. D.; Chandler, G. S. J. Chem. Phys. 1980, 72, 5639.
19. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213.
20. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
22. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
23. Alemán, C.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1993, 7, 721.
24. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1982, 79, 926.
25. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
26. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
27. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
28. Maseras, F.; Morokuma, K. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1170.
29. Chass, G. A.; Mirasol, R. S.; Setiadi, D. H.; Tang, T.-H.; Chin, W.; Mons, M.; Dimicoli, I.; Dognon, J.-P.; Viskolcz, B.; Lovas, S.; Penke, B.; Csizmadia, I. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5289.
30. Reynolds, C. A.; Essex, J. W.; Richards, W. G. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9075.
31. Alemán, C.; Casanovas, J. J. Chem. Soc., Perkin Trans 2 1994, 563.
32. Casanovas, J.; Zanuy, D.; Nussinov, R.; Alemán, C. J. Org. Chem. 2007, 72, 2174.
33. Casanovas, J.; Zanuy, D.; Nussinov, R.; Alemán, C. Chem. Phys. Lett. 2006, 429, 558.
34. Tsuzuki, S.; Honda, K.; Azumi, R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12200.
35. Zhang, G.; Pei, Y.; Ma, J.; Yin, K.; Chen, C. L. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6988.
36. Curcó, D.; Alemán, C. J. Comput. Chem. 2007, 28, 1743.
37. Graf, D. D.; Campbell, J. P.; Miller, L. L.; Mann, K. R. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5480.
38. Jacquemin, D.; Perpète, E. A.; Laurent, A. D.; Assfeld, X.; Adamo, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1258.