메뉴 건너뛰기




Volumn 30, Issue 11, 2009, Pages 1664-1679

Comparison of three enveloping distribution sampling hamiltonians for the estimation of multiple free energy differences from a single simulation

Author keywords

Cyclodextrin; Enveloping distribution sampling; Free energy calculations; Importance sampling; Ligand binding; Molecular simulation

Indexed keywords

CYCLODEXTRINS; FREE ENERGY; HAMILTONIANS; LIGANDS; WAVE FUNCTIONS;

EID: 67650506895     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.21325     Document Type: Article
Times cited : (41)

References (91)
  • 5
    • 67650443499 scopus 로고    scopus 로고
    • van Gunsteren, W F.; Beutler, T. C.; Fraternali, F.; King, P. M.; Mark, A. E.; Smith, P. E. In Computer Simulation of Biomolecular Systems: Theoretical and Experimental Applications 2; van Gunsteren, W E; Weiner, P. K.; Wilkinson, A. J., Eds.; ESCOM Science publishers B. V.: Leiden, 1993.
    • van Gunsteren, W F.; Beutler, T. C.; Fraternali, F.; King, P. M.; Mark, A. E.; Smith, P. E. In Computer Simulation of Biomolecular Systems: Theoretical and Experimental Applications vol. 2; van Gunsteren, W E; Weiner, P. K.; Wilkinson, A. J., Eds.; ESCOM Science publishers B. V.: Leiden, 1993.
  • 18
    • 47749107217 scopus 로고    scopus 로고
    • Jorgensen, W L.; Thomas, L. L. J Chem Theory Comput 2008, 4, 869.
    • Jorgensen, W L.; Thomas, L. L. J Chem Theory Comput 2008, 4, 869.
  • 30
    • 33750899801 scopus 로고    scopus 로고
    • Rizzo, R. C.; Aynechi, T.; Case, D. A.; Kuntz, I. D. J Chem Theory Comput 2006, 2, 128.
    • Rizzo, R. C.; Aynechi, T.; Case, D. A.; Kuntz, I. D. J Chem Theory Comput 2006, 2, 128.
  • 31
    • 33947397110 scopus 로고    scopus 로고
    • Mobley, D. L.; Dumont, E.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J Phys Chem B 2007, 111, 2242.
    • Mobley, D. L.; Dumont, E.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J Phys Chem B 2007, 111, 2242.
  • 32
    • 65249187748 scopus 로고    scopus 로고
    • Mobley, D. L.; Bayly, C. I.; Cooper, M. D.; Shirts, M. R.; Dill, K. A. J Chem Theory Comput 2009, 5, 350.
    • Mobley, D. L.; Bayly, C. I.; Cooper, M. D.; Shirts, M. R.; Dill, K. A. J Chem Theory Comput 2009, 5, 350.
  • 52
    • 33646203664 scopus 로고    scopus 로고
    • Affentranger, R.; Tavernelli, I.; Di Iorio, E. E. J Chem Theory Comput 2006, 2, 217.
    • Affentranger, R.; Tavernelli, I.; Di Iorio, E. E. J Chem Theory Comput 2006, 2, 217.
  • 58
    • 36449000589 scopus 로고    scopus 로고
    • Escobedo, F. A.; de Pablo, J. J. J Chem Phys 1995, 103, 2703.
    • Escobedo, F. A.; de Pablo, J. J. J Chem Phys 1995, 103, 2703.
  • 73
    • 33947398571 scopus 로고    scopus 로고
    • Chodera, J. D.; Swope, W C.; Pitera, J. W.; Seok, C.; Dill, K. A. J Chem Theory Comput 2007, 3, 26.
    • Chodera, J. D.; Swope, W C.; Pitera, J. W.; Seok, C.; Dill, K. A. J Chem Theory Comput 2007, 3, 26.
  • 75
    • 0009235161 scopus 로고    scopus 로고
    • Pearlman, D. A. J Phys Chem 1994, 98, 1487.
    • Pearlman, D. A. J Phys Chem 1994, 98, 1487.
  • 81
    • 33646940952 scopus 로고    scopus 로고
    • Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C J Comp Phys 1977, 23, 327.
    • Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C J Comp Phys 1977, 23, 327.


* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.