Free energies of hydration from thermodynamic integration: comparison of molecular mechanics force fields and evaluation of calculation accuracy

Journal of Computational Chemistry

Volumn 18, Issue 4, 1997, Pages 449-462

  Helms, Volkhard ^a   Wade, Rebecca C ^a  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0003241140     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1096-987X(199703)18:4<449::AID-JCC1>3.0.CO;2-T     Document Type: Article

References (59)

1. P. E. Smith and B. M. Pettitt, J. Phys. Chem., 98, 9700 (1994).
2. D. Sitkoff, K. A. Sharp, and B. Honig, J. Phys. Chem., 98, 1978 (1994).
3. J. Tomasi and M. Persico, Chem. Rev., 94, 2027 (1994).
4. W. C. StUl, A. Tempczyk, R. C. Hawley, and T. Hendrickson, J. Am. Chem. Soc., 112, 6127 (1990).
5. V. Mohan, M. E. Davis, J. A. McCammon, and B. M. Pettitt, J. Phys. Chem., 96, 6428 (1992).
6. M. Orozco, W. L. Jorgensen, and F. J. Luque, J. Comput. Chem., 14, 1498 (1993).
7. S. W. Rick and B. J. Berne, J. Am. Chem. Soc., 116, 3949 (1994).
8. H. Liu, F. Müller-Plathe, and W. F. van Gunsteren, J. Chem. Phys., 102, 1722 (1995).
9. U. C. Singh, F. K. Brown, P. A. Bash, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 109, 1607 (1987).
10. B. G. Rao and U. C. Singh, J. Am. Chem. Soc., Ill, 3125 (1989).
11. Y. Sun, D. Spellmeyer, D. A. Pearlman, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 114, 6798 (1992).
12. W. L. Jorgensen and T. B. Nguyen, J. Comput. Chem., 14, 195 (1993).
13. R. W. Zwanzig, J. Chem. Phys., 22, 1420 (1954).
14. W. L. Jorgensen, J. F. Blake, and J. K. Buckner, Chem. Phys., 129, 193 (1989).
15. C. Chipot, C. Millot, B. Maigret, and P. A. Kollman, J. Phys. Chem., 98, 11362 (1994).
16. R. C. Wade, M. H. Mazor, J. A. McCammon, and F. A. Quiocho, J. Am. Chem. Soc., 112, 7057 (1990).
17. D. A. Pearlman and P. A. Kollman, J. Chem. Phys., 94, 4532 (1990).
18. L. Wang and J. Hermans, J. Chem. Phys., 100, 9129 (1994).
19. M. Zacharias, T. P. Straatsma, and J. A. McCammon, J. Chem. Phys., 100, 9025 (1994).
20. T. C. Beutler, A. E. Mark, R. C. van Schaik, P. R. Gerber, and W. F. van Gunsteren, Chem. Phys. Lett., 222, 529 (1994).
21. T. P. Straatsma and J. A. McCammon, J. Chem. Phys., 91, 3631 (1991).
22. W. F. van Gunsteren and H. J. C. Berendsen, Groningen Molecular Simulation (GROMOS) Library Manual, Biomos, Groningen, The Netherlands (1987).
23. A. R. van Buuren, S. J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, J. Phys. Chem., 97, 9206 (1993).
24. A. E. Mark, S. P. van Helden, P. E. Smith, L. H. M. Janssen, and W. F. van Gunsteren, J. Am. Chem. Soc., 116, 6293 (1994).
25. P. H. Huenenberger, A. E. Mark, and W. F. van Gunsteren, J. Mol. biol., 252, 492 (1995).
26. A. E. Mark (personal communication); X. Daura, P. H. Huenenberger, A. E. Mark, E. Quesol, F. X. Avilés, and W. F. van Gunsteren, J. Am. Chem. Soc., 118, 6285 (1996).
27. S. Miyamoto and P. A. Kollman, Proteins, 16, 226 (1993).
28. QUANTA version 4.0 parameter handbook, Molecular Simulation Inc., 200 Fifth Avenue, Waltham, MA 02154 (1992).
29. W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc., 110, 1657 (1988).
30. P. Dauber-Osguthorpe, V. A. Roberts, D. J. Osguthorpe, J. Wolff, M. Genest, and A. T. Hagler, Proteins, 4, 31 (1988).
31. J. W. Essex, C. A. Reynolds, and W. G. Richards, J. Am. Chem. Soc., 114, 3634 (1992).
32. V. Helms, E. Deprez, E. Gill, C. Barret, G. Hui Bon Hoa, R. C. Wade, Biochemistry, 35, 1485 (1996).
33. W. D. Cornell, P. Cieplak, C. I. Bayly, 1. R. Gould, K. M Merz Jr., D. M. Ferguson, D. E. Spellmeyer, T. Fox, J. W. Caldwell, and P. A. Kollman, J. Am. Chem. Soc., 117, 5179 (1995).
34. U. C. Singh and P. A. Kollman, J. Contput. Chem., 5, 129 (1984).
35. B. H. Besler, K. M. Merz, Jr., and P. A. Kollman, J. Comput. Chem., 11, 431 (1990).
36. C. M. Breneman and K. B. Wiberg, J. Comput. Chem., 11, 361 (1990).
37. C. I. Bayly, P. Cieplak, W. D. Cornell, and P. A. Kollman, J. Phys. Chem. 97, 10269 (1993).
38. H. A. Carlson, T. B. Nguyen, M. Orozco, and W. L. Jorgensen, J. Comput. Chem., 14, 1240 (1993).
39. M. Mazor and B. M. Pettitt, Mol. Sim., 6, 1 (1991).
40. F. C. Bernstein, T. F. Koetzle, G. J. B. Williams, E. F. M. J. Smith, M. D. Brice, J. R. Rodgers, O. Kennard, T. Shimanouchi, and T. Tasumi, J. Mol. Biol., 112, 535 (1977).
41. Gaussian 92, Revision A, M. J. Frisch, G. W. Trucks, M. Head-Gordon, P. M. W. Gill, M. W. Wong, J. B. Foresman, B. G. Johnson, H. B. Schlegel, M. A. Robb, E. S. Replogle, R. Gomperts, J. L. Andres, K. Raghavachari, J. S. Binkley, C. Gonzalez, R. L. Martin, D. J. Fox, D. J. Defrees, J. Baker, J. J. P. Stewart, and J. A. Pople, Gaussian, Inc., Pittsburgh, PA (1992).
42. H. J. C. Berendsen, J. R. Grigera, and T. P. Straatsma, J. Phys. Chem., 91, 6269 (1987).
43. K. F. Lau, H. E. Alper, T. S. Thacher, and T. K. Stouch, J. Pliys. Cliem., 98, 8785 (1994).
44. W. L. Jorgensen, J. Chandrasekhar, J. D. Madura, R. W. Impey, M. L. Klein, J. Chew. Phys., 79, 926 (1983).
45. T. l'. Straatsma and J. A. McCammon, f. Couiput. Chem., 11, 443 (1990).
46. J. P. Ryckaert, G. Ciccotti, and H. J. C. Berendsen, J. Cornput. Phys., 23, 327 (1977)
47. H. J. C. Berendsen, J. P. M. Postma, W. F. van Gunsteren, A. DiNola, and J. R. Haak, J. Chcm. Phys., 81, 3684 (1984).
48. T. P. Straatsma, H. J. C. Berendsen, and A. J. Stam, Mol. Phys., 57, 89 (1986).
49. D. A. Pearlman and P. A. Kollman, J. Chcm. Phys., 90, 2460 (1989).
50. M. Orozco, W. L. Jorgensen, and F. J. Luque, J. Comput. Chem., 14, 1498 (1993).
51. V. Helms and R. C. Wade, Biophys., 69, 810 (1995).
52. S. Cabani, P. Gianni, V. Mollica, and L. Lepori, J. Solut. Chem., 10, 563 (1981).
53. S. L. Njo, W. F. van Gunsteren, and F. Müller-Plathe, J. Chem. Phys., 102, 6199 (1995).
54. H. A. Carlson and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem., 99, 10667 (1995).
55. M. P. Datin, Ann. Phys., 5, 218 (1916).
56. N. Ishizaka, Naunyn-Schmiedeberg's Arch. Exp. Pathol. Pharmakol., 75, 194 (1914).
57. G. Kaminski, E. M. Duffy, T. Matsui, and W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem., 98, 13077 (1994).
58. J. Gao, and X. Xia, Science, 258, 631 (1992).
59. M. Waldman and A. T. Hagler, J. Comput. Chem., 14, 1077 (1993).