Comparison of ab initio and DFT electronic structure methods for peptides containing an aromatic ring: Effect of dispersion and BSSE

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 50, 2007, Pages 13272-13277

  Shields, Ashley E ^a   Van Mourik, Tanja ^a  

^a UNIVERSITY OF ST ANDREWS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ELECTRONIC STRUCTURE; GEOMETRY;

AROMATIC RING; CONFORMERS; TYROSINE RESIDUES; TYROSINE RING;

PEPTIDES;

EID: 38149037803     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp076496p     Document Type: Article

References (78)

1. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
2. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
3. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
4. Kristyán, S.; Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1994, 229, 175.
5. Hobza, P.; Šponer, J.; Reschel, T. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1315.
6. Pérez-Jordá, J. M.; Becke, A. D. Chem. Phys. Lett. 1995, 233, 134.
7. Kohn, W.; Meir, Y.; Makarov, D. E. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 4153.
8. Tsuzuki, S.; Uchimaru, T.; Tanabe, K. Chem. Phys. Lett. 1998, 287, 202.
9. Millet, A.; Korona, T.; Moszynski, R.; Kochanski, E. J. Chem. Phys. 1999, 111, 7727.
10. Tuma, C.; Boese, A. D.; Handy, N. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 3939.
11. Rappé, A. K.; Bernstein, E. R. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6117.
12. Kurita, N.; Sekino, H. Chem. Phys. Lett. 2001, 348, 139.
13. Tsuzuki, S.; Lüthi, H. P. J. Chem. Phys. 2001, 114, 3949.
14. van Mourik, T.; Gdanitz, R. J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9620.
15. Johnson, E. R.; Wolkow, R. A.; DiLabio, G. A. Chem. Phys. Lett. 2004, 394, 334.
16. van Mourik, T. Chem. Phys. 2004, 304, 317.
17. Crespo-Otero, R.; Montero, L. A.; Stohrer, W.-D.; García de la Vega, J. M. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134107.
18. Cybulski, S. M.; Seversen, C. E. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014177.
19. Dabkowska, I.; Jurecka, P.; Hobza, P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204322.
20. van Mourik, T.; Price, S. L.; Clary, D. C. Chem. Phys. Lett. 2000, 331, 253.
21. Snoek, L. C.; van Mourik, T.; Çarçabal, P.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2003, 5, 4519.
22. van Mourik, T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2827.
23. González, L.; Mó, O.; Yáñez, M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1124.
24. Graham, R. J.; Kroemer, R. T.; Mons, M.; Robertson, E. G.; Snoek, L. C.; Simons, J. P. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9706.
25. Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Hockridge, M. R.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1819.
26. MacLeod, N. A.; Simons, J. P. Chem. Phys. 2002, 283, 221.
27. Snoek, L. C.; van Mourik, T.; Simons, J. P. Mol. Phys. 2003, 101, 1239.
28. Gerhards, M.; Unterberg, C.; Gerlach, A.; Jansen, A. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2682.
29. MacLeod, N. A.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 2878.
30. Çarçabal, P.; Snoek, L. C.; van Mourik, T. Mol. Phys. 2005, 103, 1633.
31. Chin, W.; Dognon, J.-P.; Piuzzi, F.; Tardivel, B.; Dimicoli, I.; Mons, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 707.
32. Simons, J. P. Mol. Phys. 2006, 104, 3317.
33. Toroz, D.; van Mourik, T. Mol. Phys. 2006, 104, 559.
34. Brenner, V.; Piuzzi, F.; Dimicoli, I.; Tardivel, B.; Mons, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 2463.
35. Toroz, D.; van Mourik, T. Mol. Phys. 2007, 105, 209.
36. Vaden, T. D.; de Boer, T. S. J. A.; MacLeod, N. A.; Marzluff, E. M.; Simons, J. P.; Snoek, L. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 2549.
37. Holroyd, L. F.; van Mourik, T. Chem. Phys. Lett. 2007, 442, 42.
38. Werner, H.-J.; Manby, F. R.; Knowles, P. J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8149.
39. Hetzer, G.; Pulay, P.; Werner, H.-J. Chem. Phys. Lett. 1998, 290, 143.
40. Schütz, M.; Hetzer, G.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5691.
41. Hetzer, G.; Schütz, M.; Stoll, H.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9443.
42. Saebø, S.; Tong, W. J. Chem. Phys. 1993, 98, 2170.
43. Hampel, C.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6286.
44. Pedulla, J. M.; Vila, F.; Jordan, K. D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 11091.
45. Hartke, B.; Schütz, M.; Werner, H.-J. Chem. Phys. 1998, 239, 561.
46. Schütz, M.; Rauhut, G.; Werner, H.-J. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5997.
47. Runeberg, N.; Schütz, M.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 1999, 110, 7210-7215.
48. Magnko, L.; Schweizer, M.; Rauhut, G.; Schütz, M.; Stoll, H.; Werner, H.-J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1006.
49. Hrenar, T.; Rauhut, G.; Werner, H.-J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2060.
50. Mata, R. A.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 2006, 125, 184110.
51. Zhao, Y.; Schultz, N. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2004, 123, 161103.
52. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 6908.
53. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5656.
54. Zhao, Y.; Schultz, N. E.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theor. Comput. 2006, 2, 364.
55. Zhao, Y.; Tischenko, O.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 19046.
56. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 6624.
57. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 5121.
58. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theor. Comput. 2006, 2, 1009.
59. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theor. Comput. 2007, 3, 289.
60. Grimme, F. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095.
61. Schütz, M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9986-10001.
62. Schütz, M.; Werner, H.-J. Chem. Phys. Lett. 2000, 318, 370.
63. Schütz, M.; Werner, H.-J. J. Chem. Phys. 2001, 114, 661.
64. Dunning, T. H., Jr. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007.
65. Kendall, R. A.; Dunning, T. H., Jr.; Harrison, R. J. J. Chem. Phys. 1992, 96, 6796.
66. van Mourik, T.; Karamertzanis, P. G.; Price, S. L. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8.
67. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
68. Frisch, M. J. et al. Gaussian 03, Revision B.04 ed.; Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
69. Werner, H.-J.; Knowles, P. J.; Lindh, R.; Manby, F. R.; Schütz, M.; Celani, P.; Korona, T.; Rauhut, G.; Amos, R. D.; Bernhardsson, A.; Berning, A.; Cooper, D. L.; Deegan, M. J. O.; Dobbyn, A. J.; Eckert, F.; Hampel, C.; Hetzer, G.; Lloyd, A. W.; McNicholas, S. J.; Meyer, W.; Mura, M. E.; Nicklass, A.; Palmieri, P.; Pitzer, R.; Schumann, U.; Stoll, H.; Stone, A. J.; Tarroni, R.; Thorsteinsson, T. MOLPRO, a package of ab initio programs, version 2006.1; http://www.molpro.net.
70. NWChem. Version 4.5; High Performance Computational Chemistry Group, Pacific Northwest National Laboratory: Richland, WA, 2003.
71. Jensen, F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 633.
72. Lochan, R. C.; Jung, Y.; Head-Gordon, M. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 7598.
73. Sinnokrot, M. O.; Sherrill, C. D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 10200.
74. Kolář, M.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 5851.
75. Hobza, P.; Sponer, J. J Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11802.
76. Klopper, W.; van Duijneveldt-van de Rijdt, J. G. C. M.; Van, Duijneveldt, F. B. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2227.
77. van Mourik, T.; Wilson, A. K.; Dunning, T. H., Jr. Mol. Phys. 1999, 96, 529.
78. Bendová. L.; Jurečka, P.; Hobza, P.; Vondráš ek, J. J. Chem. Phys. B 2007, 111, 9975.