Optimization of capping potentials for spectroscopic parameters in hybrid quantum mechanical/mechanical modeling calculations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 6, 2009, Pages 1490-1498

  Komin, Sittipong ^a   Sebastiani, Daniel ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR POLYMER RESEARCH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 67650070281     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct800525u     Document Type: Article

References (69)

1. Lehn, J.-M. Rep. Prog. Phys. 2004, 67, 249-265.
2. Tolstoy, P. M.; Schah-Mohammedi, P.; Smirnov, S. N.; Golubev, N. S.; Denisov, G. S.; Limbach, H. H. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5621-5634.
3. Meng, S.; Xu, L. F.; Wang, E. G.; Gao, S. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 176104.
4. Chen, B.; Ivanov, I.; Klein, M. L.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 215503.
5. Rapp, A.; Schnell, I.; Sebastiani, D.; Brown, S. P.; Percec, V.; Spiess, H. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13284-13297.
6. Goward, G.; Sebastiani, D.; Schnell, I.; Spiess, H. W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5792-5800.
7. Lee, Y.; Murakhtina, T.; Sebastiani, D.; Spiess, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 12406-12407.
8. Gervais, C.; Dupree, R.; Pike, K. J.; Bonhomme, C.; Profeta, M.; Pickard, C. J.; Mauri, F. J. Phys. Chem. A 2005, 109,6960-6969.
9. Murakhtina, T.; Delle Site, L.; Sebastiani, D. ChemPhysChem 2006, 7, 1215-1219.
10. Rohrig, U.; Guidoni, L.; Laio, A.; Frank, I.; Rothlisberger, U. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15328-15329.
11. Sebastiani, D.; Parrinello, M. ChemPhysChem 2002, 3, 675.
12. Murakhtina, T.; Heuft, J.; Meijer, J.-E.; Sebastiani, D.ChemPhysChem 2006, 7, 2578-2584.
13. Bühl, M.; Grigoleit, S.; Kabrede, H.; Mauschick, F. T. Chem-Eur. J. 2006, 12, 477-488.
14. Hansen, M. R.; Sekharan, S.; Graf, R.; Sebastiani, D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5251-5256.
15. Deng, R. Z.; Martyna, G. J.; Klein, M. L. Phys. Rev. Lett. 1993, 71, 267.
16. Laio, A.; VandeVondele, J.; Roethlisberger, U. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6941.
17. Komin, S.; Gossens, C.; Tavernelli, I.; Röthlisberger, U.; Sebastiani, D. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5225-5232.
18. Wei, D.; Salahub, D. Chem. Phys. Lett. 1994, 224, 291.
19. Stanton, R. V.; Little, L. R.; Merz, K. M. J. Phys. Chem. 1996, 99, 11266.
20. Eichinger, M.; Tavan, P.; Hutter, J.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1999, 21, 10452.
21. Lyne, P.; Hodosceck, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3462.
22. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
23. Zhang, Y.; Lee, T.-S.; Yang, W. J. Phys. Chem. 1999, 110, 46-54.
24. Brancato, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2008, 128, 144501.
25. Cui, Q. J. Chem. Phys. 2002, 117, 4720-4728.
26. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
27. Assfeld, X.; Rivail, J.-L. Chem. Phys. Lett. 1996, 263, 100-106.
28. Jacob, C. R.; Visscher, L. J. Chem. Phys. 2006,125, 194104.
29. Pu, J.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 632-650.
30. Jung, J.; Choi, C. H.; Sugita, Y.; Ten-no, S. J. Chem. Phys. 2007, 127, 204102.
31. Ohta, K.; Yoshioka, Y.; Morokuma, K.; Kitaura, K. Chem. Phys. Lett. 1983, 101, 12-17.
32. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D. J. Chem. Phys. 1996, 105, 1968.
33. Adamovic, I.; Freitag, M. A.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 6725-6732.
34. Netzloff, H. M.; Gordon, M. S. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2711-2714.
35. Adamovic, I.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 10267-10273.
36. Poteau, R.; Ortega, I.; Alary, F.; Solis, A. R.; Barthelat, J.-C.; Daudey, J.-P. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 198-205.
37. Poteau, R.; Alary, F.; Makarim, H. A. E.; Heully, J.-L.; Barthelat, J.-C.; Daudey, J.-P. J. Phys. Chem. A 2001, 105,206-214.
38. Exner, T. E.; Mezey, P. G. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1980-1986.
39. Exner, T. E.; Mezey, P. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 24, 4061-4069.
40. Eckard, S.; Exner, T. E. Z. Phys. Chem. 2006, 220, 927-944.
41. Jardilliera, N.; Goursot, A. Chem. Phys. Lett. 2008, 454, 65-69.
42. Mallik, A.; Taylor, D. E.; Runge, K.; Dufty, J. W. Int. J.Quantum Chem. 2004, 100, 1019-1025.
43. DiLabio, G. A.; Wolkow, R. A.; Johnson, E. R. J. Chem. Phys. 2005, 122, 044708.
44. Slavicek, P.; Martinez, T. J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 084107.
45. DiLabio, G. A.; Hurley, M. M.; Christiansen, P. A. J. Chem. Phys. 2002, 116, 9578-9584.
46. Goedecker, S.; Teter, M.; Hutter, J. Phys. Rev.B1996, 54, 1703.
47. Hartwigsen, C.; Goedecker, S.; Hutter, J. Phys. Rev.B1998, 58, 3641.
48. Rohrig, U. F.; Sebastiani, D. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 1267-1274.
49. von Lilienfeld-Toal, A.; Tavernelli, I.; Rothlisberger, U.; Sebastiani, D. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014113.
50. Brown, S. P.; Spiess, H. W. Chem. Rev. 2001, 101-4125.
51. Spiess, H. W. Macromol. Chem. Phys. 2003, 204, 340-346.
52. Schulz-Dobrick, M.; Metzroth, T.; Spiess, H. W.; Gauss, J.; Schnell, I. ChemPhysChem 2005, 6, 315-327.
53. Ochsenfeld, C.; Brown, S. P.; Schnell, I.; Gauss, J.; Spiess, H. W. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2597-2606.
54. Bühl, M.; Kabrede, H.; Diss, R.; Wipff, G. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 6357-6368.
55. Pickett, W. E. Comput. Phys. Rep. 1989, 9, 115-198.
56. Press, W. H.; Teukoldky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipes, 2nd ed.; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1992.
57. Putrino, A.; Sebastiani, D.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 7102-7109.
58. Putrino, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 176401.
59. Sebastiani, D.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1951.
60. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864.
61. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140, A1133.
62. Jones, R. O.; Gunnarsson, O. Rev. Mod. Phys. 1989, 61, 689-746.
63. Becke, A. D. Phys. Rev.A1988, 38, 3098.
64. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev.B 1988, 37, 785-789.
65. Hutter, J.; Marx, D.; Focher, P.; Tuckerman, M.; Andreoni, W.; Curioni, A.; Fois, E.; Rothlisberger, U.; Giannozzi, P.; Deutsch, T.; Alavi, A.; Sebastiani, D.; Laio, A.; VandeVon- dele, J.; Seitsonen, A.; Billeter, S.; Parrinello, M. Computer Code CPMD, version 3.12; copyright IBM Corp. and MPI- FKF Stuttgart 1990-2007; http://www.cpmd.org.
66. Hutter, J.; Curioni, A. ChemPhysChem 2005, 6, 1788-1793.
67. Sebastiani, D.; Goward, G.; Schnell, I.; Spiess, H. W. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2003, 625, 283-288.
68. Gottlieb, H. E.; Kotlyar, V.; Nudelman, A. J. Org. Chem. 1997, 62, 7512-7515.
69. Ulrich, E. L.; Akutsu, H.; Doreleijers, J. F.; Harano, Y.; Ioannidis, Y. E.; Lin, J.; Livny, M.; Mading, S.; Maziuk, D.; Miller, Z.; Nakatani, E.; Schulte, C. F.; Tolmie, D. E.; Wenger, R. K.; Yao, H.; Markley, J. L. Nucleic Acids Res. 2007, 36,D402-D408.