Distributed gaussian valence bond surface derived from Ab initio calculations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 5, Issue 4, 2009, Pages 949-961

  Sonnenberg, Jason L ^a   Wong, Kim F ^b   Voth, Gregory A ^b   Schlegel, H Bernhard ^a  

^a WAYNE STATE UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 65249140526     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct800477y     Document Type: Article

References (80)

1. Cook, M. J.; Katritzky, A. R.; Hepler, L. G.; Matsui, T. Tetrahedron Lett. 1976, 31, 2685.
2. Beak, P. Acc. Chem. Res. 1977, 10, 186.
3. Bensaude, O.; Dreyfus, M.; Dodin, G.; Dubois, J.-E. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4438.
4. Guimon, C.; Garrabe, G.; Pfister-Guillouzo, G. Tetrahedron Lett. 1979, 28, 2585.
5. Bensaude, O.; Chevrier, M.; Dubois, J.-E. J. Am. Chem. Soc. 1979, 101, 2423.
6. Brown, R. S.; Tse, A.; Vederas, J. C. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 1174.
7. Scanlan, M. J.; Hillier, I. H.; MacDowell, A. A. J. Am. Chem. Soc. 1983, 105, 3568.
8. Hatherley, L. D.; Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; Pierlot, A. P.; Caminati, W.; Damiani, D.; Melandri, S.; Favero, L. B. J. Phys. Chem. 1993, 97, 46.
9. Held, A.; Pratt, D. W. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9708.
10. Maris, A.; Ottaviani, P.; Caminati, W. Chem. Phys. Lett. 2002, 360, 155.
11. Frey, J. A.; Leist, R.; Tanner, C.; Frey, H.-M.; Leutwyler, S. J. Chem. Phys. 2006, 125, 114308.
12. Hazra, M. K.; Samanta, A. K.; Chakraborty, T. J. Chem. Phys. 2006, 125, 214302.
13. Hazra, M. K.; Chakraborty, T. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 9130.
14. Krebs, C.; Hofmann, H.-J.; Köhler, H.-J.; Weiss, C. Chem. Phys. Lett. 1980, 69, 537.
15. Lledós, A.; Bertrán, J. Tetrahedron Lett. 1981, 22, 775.
16. Schlegel, H. B.; Gund, P.; Fluder, E. M. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 5347.
17. Field, M. J.; Hillier, I. H. J. Chem. Soc., Perkin Trans. II 1987, 617.
18. Moreno, M.; Miller, W. H. Chem. Phys. Lett. 1990, 171, 475.
19. Wong, M. W.; Wiberg, K. B.; Frisch, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 1645.
20. Del Bene, J. E. J. Phys. Chem. 1994, 98, 5902.
21. Barone, V.; Adamo, C. J. Phys. Chem. 1995, 99, 15062.
22. Wang, J.; Boyd, R. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16141.
23. Chou, P.-T.; Wei, C.-Y.; Hung, F.-T. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9119.
24. Dkhissi, A.; Houben, L.; Smets, J.; Adamowicz, L.; Maes, G. J. Mol. Struct. 1999, 484, 215.
25. Dkhissi, A.; Ramaekers, R.; Houben, L.; Adamowicz, L.; Maes, G. Chem. Phys. Lett. 2000, 331, 553.
26. Alkorta, I.; Elguero, J. J. Org. Chem. 2002, 67, 1515.
27. Müller, A.; Losada, M.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 157.
28. Piacenza, M.; Grimme, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 83.
29. Li, Q.-S.; Fang, W.-H.; Yu, J.-G. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3983.
30. Fu, A.; Li, H.; Du, D.; Zhou, Z. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1468.
31. Tsuchida, N.; Yamabe, S. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1974.
32. Esboui, M.; Jainane, N.; Lakhdar, Z. B. Chem. Phys. Lett. 2006, 430, 195.
33. Wolfe, S.; Weinberg, N.; Hsieh, Y.-H. Theor. Chem. Acc. 2007, 118, 265.
34. Hsieh, Y.-H.; Weinberg, N.; Wolfe, S. Can. J. Chem. 2008, 86, 81.
35. Jensen, F. Introduction to Computational Chemistry, 2nd ed.; John Wiley & Sons Ltd.: West Sussex, England, 2007; pp 162-169.
36. Grimme, S. J. Chem. Phys. 2003, 118, 9095.
37. Venkatnathan, A.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 36.
38. Ceotto, M.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 560.
39. Schlegel, H. B.; Sonnenberg, J. L. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 905.
40. Sonnenberg, J. L.; Schlegel, H. B. Mol. Phys. 2007, 105, 2719.
41. Curtiss, L. A.; Raghavachari, K.; Redfern, P. C.; Rassolov, V.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7764.
42. Curtiss, L. A.; Redfern, P. C.; Raghavachari, K. J. Chem. Phys. 2007, 126, 84108.
43. Montgomery, J. A.; Ochterski, J. W.; Petersson, G. A. J. Chem. Phys. 1994, 101, 5900.
44. Martin, J. M. L.; de Oliveira, G. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1843.
45. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 618.
46. Clark, T.; Chandrasekhar, J.; Spitznagel, G. W.; Schleyer, P. v. R. J. Comput. Chem. 1983, 4, 294.
47. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650.
48. Hratchian, H. P.; Schlegel, H. B. J. Chem. Phys. 2004, 120, 9918.
49. Hratchian, H. P.; Schlegel, H. B. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 61.
50. Hratchian, H. P.; Schlegel, H. B. Finding minima, transition states, and follow reaction pathways on ab initio potential energy surfaces. In Theory and Applications of Computational Chemistry: The First Forty Years; Elsevier: New York, 2005; pp 195.
51. Cances, M. T.; Mennucci, B.; Tomasi, J. J. Chem. Phys. 1997, 107, 3032.
52. Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Barone, V. J. Chem. Phys. 2002, 117, 43.
53. Mennucci, B.; Cances, M. T.; Tomasi, J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10506.
54. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Scalmani, G.; Mennucci, B.; Barone, V.; Petersson, G. A.; Caricato, M.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Peralta, J. E.; Izmaylov, A. F.; Kudin, K. N.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Staroverov, V.; Zheng, G.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Sonnenberg, J. L.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Parandekar, P. V.; Ferguson, G. A.; Mayhall, N. J.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Chen, W.; Wong, M. W.; Pople, J. A. Gaussian DV; revision G.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2007.
55. Mathematica; 5.2 ed.; Wolfram Research: Champaign, IL, 2005.
56. Sonnenberg, J. L.; Schlegel, H. B. The Empirical Valence Bond Toolkit for Mathematica. http://chem.wayne.edu/ schlegel/ (accessed November, 2008).
57. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Merz, K. M.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Kolossvary, I.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.; Wu, X.; Brozell, S. R.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M. G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. A. AMBER 10; University of California: San Francisco, 2008.
58. Takahashi, K.; Kramer, Z. C.; Vaida, V.; Skodje, R. T. Phys. Chem. Chem. Phys. 2007, 9, 3864.
59. Villa, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 7887.
60. Balint-Kurti, G. G. AdV. Chem. Phys. 1975, 30, 137.
61. London, F. Z. Elektrochem. 1929, 35, 552.
62. Eyring, H. Trans. Farad. Soc. 1938, 34, 3.
63. Evans, M. G.; Polanyi, M. Trans. Farad. Soc. 1938, 34, 11.
64. Ogg, R. A.; Polanyi, M. Trans. Farad. Soc. 1934, 31, 604.
65. Evans, M. G.; Warhurst, E. Trans. Farad. Soc. 1938, 34, 614.
66. Warshel, A.; Weiss, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 6218.
67. Pross, A.; Shaik, S. S. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 187.
68. Chang, Y.-T.; Miller, W. H. J. Phys. Chem. 1990, 94, 5884.
69. Chang, Y.-T.; Minichino, C.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1992, 96, 4341.
70. Minichino, C.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B. 1997, 101, 4544.
71. Higashi, M.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 790.
72. Albu, T. V.; Corchado, J. C.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8465.
73. Kim, Y.; Cochado, J. C.; Villa, J.; Xing, J.; Truhlar, D. G. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2718.
74. Lin, H.; Pu, J.; Albu, T. V.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4112.
75. Saad, Y.; Schultz, M. H. SIAM J. Sci. Stat. Comput 1986, 7, 856.
76. Pulay, P. Chem. Phys. Lett. 1980, 73, 393.
77. Pulay, P. J. Comput. Chem. 1982, 3, 556.
78. Pulay, P. Direct inversion in interative subspace (DIIS). In Molecular Quantum Mechanics: Analytic Gradients and Beyond; Csaszar, A. G., Fogarasi, G., Schaefer, H. F., III., Szalay, P. G., Eds.; ELTE Institute of Chemistry: Budapest, Hungary, 2007; pp 71.
79. Shaik, S. S.; Schlegel, H. B.; Wolfe, S. Theoretical Aspects of Physical Organic Chemistry: The SN2 Mechanism; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 1992.
80. Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III.; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.