Accelerated superposition state molecular dynamics for condensed phase systems

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 4, Issue 4, 2008, Pages 560-568

  Ceotto, Michele ^a   Ayton, Gary S ^b   Voth, Gregory A ^b  

^a UNIVERSITY OF MILAN   (Italy)

^b UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149119335     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct7003275     Document Type: Article

References (69)

1. Frenkel, D.; Smit, B. Understanding Molecular simulation: From Algorithms to Applications, 2nd ed.; Academic: Boston, 2002.
2. Allen, M. P.; Tildsley, D. J. Computer Simulations of Liquids; Oxford University Press: New York, 1987.
3. Heermann, D. W. Computer Simulation Methods in Theoretical Physics; Springer: Berlin, 1986.
4. Brunger, A.; Brooks, C. L., III.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1984, 105, 495.
5. Schlick, T.; Barth, E.; Mandziuk, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 181.
6. Schlick, T.; Skeel, R. D.; Brunger, A. T.; Kale, L. V.; Board, J. A.; Hermans, J.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 9.
7. Nose, S. J. Chem. Phys. 1984, 81, 511.
8. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. Mol. Phys. 1996, 87, 1117.
9. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695.
10. Gawrisch, K. The Dynamics of membrane Lipids; CRC Press LLC: Boca Raton, FL, 2005.
11. Daggett, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 160.
12. Mayor, U.; Christopher, M. J.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. 2000, 97, 13518.
13. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
14. Shea, J.-E.; Brooks, C. L., III. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 499.
15. Sheinerman, F. B.; Brooks, C. L., III. Proc. Natl. Acad. Sci. 1998, 95, 1562.
16. Andricioaei, I.; Straub, J. E. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9117.
17. Andricioaei, I.; Straub, J. E. J. Chem. Phys. 2001, 114, 6994.
18. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Lett. B 1991, 267, 249.
19. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 9.
20. Marinari, E.; Parisi, G. Europhys. Lett. 1992, 19, 451.
21. Lyubartsev, A. P.; M, A. A.; Sheykunov, S. V.; Vorontsov-Velyaminov, P. N. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1776.
22. Sugita, Y.; Okamoto, Y. J. Phys. Soc. Jpn. 1999, 65, 1604.
23. Tesi, M.; E, J. J. v. R.; Orlandini, E.; Whittington, S. G. J. Stat. Phys. 1996, 82, 155.
24. Hansmann, U. H. E. Chem. Phys. Lett. 1997, 281, 140.
25. Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc. Jpn. 1996, 65, 1604.
26. Fenwick, M. K.; Escobedo, F. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11998.
27. Jang, S.; S, S.; Pak, Y. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 058305.
28. Affentranger, R.; I, T.; Di Iorio, E. E. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 217.
29. Montalenti, F.; Voter, A. F. J. Chem. Phys. 2002, 116, 4819.
30. Voter, A. F. Phys. Rev. B 1998, 57, 13985.
31. Zagrovic, B.; E, J. s.; Pande, V. J. Mol. Biol. 2001, 313, 151.
32. Uberuaga, B. P.; Anghel, M.; Voter, A. F. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6363.
33. Sorensen, M. R.; Voter, A. F. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9599.
34. Miron, R. A.; Fichthorn, K. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 6210.
35. Voter, A. F. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 3908.
36. Voter, A. F. J. Chem. Phys. 1997, 106, 4665.
37. Corcelli, S. A.; Rahman, J. A.; Tully, J. C. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1085.
38. Hamelberg, D.; Mongan, J.; McCammon, J. A. Protein Sci. 2004, 13, 76.
39. Hamelberg, D.; T, S.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 241103.
40. Steiner, M. M.; Genilloud, P.-A.; Wilkins, J. W. Phys. Rev. B 1998, 57, 10236.
41. Rahman, J. A.; Tully, J. C. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8750.
42. Madun, R. A.; Fichthorn, K. A. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 128301.
43. Xing, C.; Andricioaei, I. J. Chem. Phys. 2006, 124, 034110.
44. Minth, D. D. L.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 154105.
45. Venkatnathan, A.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2004, 1, 36.
46. Grubmuller, H. Phys. Rev. E 1995, 52, 2893.
47. Hamelberg, D.; J, M.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919.
48. MacFadyen, J.; Andricioaei, I. J. Chem. Phys. 2005, 123, 074107.
49. Mella, M. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204106.
50. Hamelberg, D.; de Oliveira, C. A. F.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 155102.
51. de Oliveira, C. A. F.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22695.
52. de Oliveira, C. A. F.; Hamelberg, D.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 2007, 127, 175105.
53. Dellago, C.; Bolhius, P. G.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1998, 108, 9236.
54. Bolhuis, P. G.; Dellago, C.; Geissler, P. L.; Chandler, D. J. Phys.: Condens. Matter 2000, 12, A147.
55. Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291.
56. Prasad, M.; Sinno, T. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8699.
57. Wu, X.; Brooks, B. R. Chem. Phys. Lett 2003, 381, 512.
58. Wu, X.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7238.
59. Wu, X.; Wang, S. J. Chem. Phys. 1999, 110, 9401.
60. Andricioaei, I.; Dinner, A. R.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1074.
61. Bitetti-Putzer, R.; Dinner, A. R.; Yang, W.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2006, 124, 174901.
62. Bussi, G.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 090601.
63. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002, 99, 12562.
64. Micheletti, C.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 170601.
65. Oganov, A. R.; Martonak, R.; Laio, A.; Raiteri, R.; Parrinello, M. Nature 2005, 438, 1142.
66. Durell, S. P.; Brooks, B. R.; Ben-Nairn, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2198.
67. Smih, W.; Forester, T. J. Mol. Graphics 1996, 14, 136.
68. Henkelman, G.; Jonsson, H. J. Chem. Phys. 2001, 115, 9657.
69. Ewald, P. P. Ann. Phys. 1921, 64, 253.