Properties of the thiobase pairs hydrogen bridges: A theoretical study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 7, 2009, Pages 2128-2134

  Villani, Giovanni ^a  

^a AREA DELLA RICERCA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

SULFUR;

ATOMIC CHARGES; BASE PAIRS; BIOLOGICAL PROPERTIES; DYNAMICAL FEATURES; ENERGETIC EFFECTS; HYDROGEN BRIDGES; HYDROGEN TRANSFERS; SULFUR ATOMS; THEORETICAL STUDIES; UNMODIFIED SYSTEMS;

HYDROGEN;

EID: 65249136510     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp807670f     Document Type: Article

References (42)

1. Krynetskaia, N. F.; Cai, X. J.; Nitiss, J. L.; Krynetski, E. Y.; Relling, M. V. FASEB J. 2000, 14, 2339.
2. Krynetskaia, N. F.; Feng, J. Y.; Krynetski, E. Y.; Garcia, J. V.; Panetta, J. C.; Anderson, K. S.; Evans, W. E. FASEB J. 2001, 15, 1902.
3. Massey, A.; Xu, Y. Z.; Karran, P. DNA Repair 2002, 1, 275.
4. Presta, M.; Belleri, M.; Vacca, A.; Ribatti, D. Leucemia 2002, 16, 1490.
5. Herrlinger, K. R.; Kreisel, W.; Schwab, M.; Schoelmerich, J.; Fleig, W. E.; Ruhl, A.; Reinshagen, M.; Deibert, P.; Fellermann, K.; Greinwald, R.; Stange, E. F. Aliment. Pharmacol. Ther. 2003, 17, 503.
6. Dubinsky, M. C.; Feldman, E. J.; Abreu, M. T.; Targan, S. R.; Vasiliauskas, E. A. Am. J. Gastroenterol. 2003, 98, 1058.
7. Foye, W. O.; Lai-Chen, Y. L.; Patel, B. R. J. Pharm. Sci. 1981, 70, 49.
8. Wang, Z.; Rana, T. Biochemistry 1996, 36, 6491.
9. Darensbourg, D. J.; Frost, B. J.; Derecskei-Kovacs, A.; Reibenspies, J. H. Inorg. Chem. 1999, 38, 4715.
10. Martinez, V. M.; Gill, M. J. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1999, 2, 33.
11. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. Chem. Phys. 2001, 264, 21.
12. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. Biopolym. Nucleic Acid Sci. 2002, 61, 3.
13. Sponer, J.; Burda, J. V.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 17, 61.
14. Krynetskaia, N. F.; Krynetski, E. Y.; Evans, W. E. Mol. Pharmacol. 1999, 56, 841.
15. Ling, Y. H.; Chan, J. Y.; Beattie, K. L.; Nelson, J. A. Mol. Pharmacol. 1992, 42, 802.
16. Bostrom, B.; Erdmann, G. Am. J. Pediatr. Hematol./Oncol. 1993, 15, 80.
17. Karran, P.; Bignami, M. Bioessays 1994, 16, 833.
18. Waters, T. R.; Swann, P. F. Biochemistry 1997, 36, 2501.
19. Karran, P.; Bignami, M. Chem. Biol. 1996, 3, 875.
20. Swann, P. F.; Waters, T. R.; Moulton, D. C.; Xu, Y. Z.; Zheng, Q. G.; Edwards, M.; Mace, R. Science 1996, 273, 1109.
21. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 9489.
22. Kawazahara, S.; Uchimaru, T.; Taira, K.; Sekine, M. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3207.
23. Kawazahara, S.; Uchimaru, T. Eur. J. Org. Chem. 2003, 2577.
24. Gaussian 03, Revision B. 01 : Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li X.;, Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; O. Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
25. Fonseca Guerra, C.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J. ChemPhysChem 2004, 5, 481.
26. Kumar, A.; Knapp-Mohammady, M.; Mishra, P. C.; Suhai, S. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1047.
27. Villani, G. Chem. Phys. 2005, 316, 1.
28. Villani, G. Chem. Phys. 2006, 324, 438.
29. Florián, J.; Hrounda, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1457.
30. Villani, G. Chem. Phys. 2006, 325, 289.
31. Villani, G. Chem. Phys. 2007, 336, 143.
32. Villani, G. J. Chem. Phys. 2008, 128, 114306.
33. Villani, G. Chem. Phys. 2004, 302, 309.
34. Di Donato, M.; Peluso, A.; Villani, G. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3068.
35. Marathias, V. M.; Sawicki, M. J.; Bolton, P. H. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2860.
36. Bohon, J.; de los Santos, C. R. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1331.
37. Spackova, N.; Cubero, E.; Sponer, J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14642.
38. Somerville, L.; Krynetski, E. Y.; Krynetskaia, N. F.; Beger, R. D.; Zhang, W.; Marhefka, C. A.; Evans, W. E.; Kriwacki, R. W. J. Biol. Chem. 2003, 278, 1005.
39. Saenger, W. In Springer Advanced Texts in Chemistry; Cantor C. R., Ed.; Springer-Verlag: New York, 1984; p 185.
40. Watson, J.; Crick, F. H. C. Nature (London) 1953, 171, 737 and 964.
41. Löwdin, P. O. Rev. Mod. Phys. 1963, 35, 724.
42. Löwdin, P. O. Adv. Quantum Chem. 1965, 2, 213.