Probing structural dynamics of individual calmodulin:Peptide complexes in hydrogels by single-molecule confocal microscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 40, 2004, Pages 15910-15918

  Tang, Jianyong ^a   Mei, Erwen ^a   Green, Clive ^a   Kaplan, Justin ^a   Degrado, William F ^a   Smith III, Amos B ^a   Hochstrasser, Robin M ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BOUND PEPTIDES; CORRELATION CURVES; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; KINETIC MODALS;

DYES; FLUORESCENCE; LIGHT POLARIZATION; MICROSCOPIC EXAMINATION; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; POLYPEPTIDES; PROBES; PROTEINS; SYNCHRONIZATION;

HYDROGELS;

EID: 6444235621     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0480798     Document Type: Article

References (53)

1. Eizenberg, N.; Klafter, J. Chem. Phys. Lett. 1995, 243, 9.
2. Jia, Y.; Sytnik, A.; Li, L.; Vladimirov, S.; Cooperman, B. S.; Hochistrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 7932.
3. Lu, H. P.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877.
4. Nie, S.; Zare, R. N. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 567.
5. Sunney Xie, X. J. Chem. Phys. 2002, 117, 11024.
6. Weiss, S. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 724.
7. Xie, X. S.; Dunn, R. C. Science 1994, 265, 361.
8. Xie, X. S.; Trautman, J. K. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 441.
9. Zhuang, X.; Bartley, L. E.; Babcock, H. P.; Russell, R.; Ha, T.; Herschlag, D.; Chu, S. Science 2000, 288, 2048.
10. Changenet-Barret, P.; Choma, C. T.; Gooding, E. E.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 9322.
11. O'Neil, K. T.; DeGrado, W. F. Trends Biochem. Sci. 1990, 15, 59.
12. Allen, M. W.; Urbauer, R. J. B.; Zaidi, A.; Williams, T. D.; Urbauer, J. L.; Johnson, C. K. Anal. Biochem. 2004, 325, 273.
13. Vetter, S. W.; Leclerc, E. Eur. J. Biochem. 2003, 270, 404.
14. Hoeflich, K. P.; Ikura, M. Cell 2002, 108, 739.
15. Carafoli, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1115.
16. O'Neil, K. T.; Degrado, W. F. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1989, 6, 284.
17. Crivici, A.; Ikura, M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 85.
18. O'Neil, K. T.; Ericksonviitanen, S.; Degrado, W. F. J. Biol. Chem. 1989, 264, 14571.
19. Ikura, M.; Barbato, G.; Klee, C. B.; Bax, A. Cell Calcium 1992, 13, 391.
20. Meador, W. E.; Means, A. R.; Quiocho, F. A. Science 1992, 257, 1251.
21. Vandonselaar, M.; Hickie, R. A.; Quail, J. W.; Delbaere, L. T. J. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 795.
22. Sackett, D. L.; Knutson, J. R.; Wolff, J. J. Biol. Chem. 1990, 265, 14899.
23. Cser, A.; Nagy, K.; Biczok, L. Chem. Phys. Lett. 2002, 360, 473.
24. Dutta, A. K.; Kamada, K.; Ohta, K. J. Photochem. Photobiol., A 1996, 93, 57.
25. Yang, H.; Luo, G. B.; Karnchanaphanurach, P.; Louie, T. M.; Rech, I.; Cova, S.; Xun, L. Y.; Xie, X. S. Science 2003, 302, 262.
26. Yang, H.; Xie, X. S. J. Chem. Phys. 2002, 117, 10965.
27. Dave, B. C.; Dunn, B.; Valentine, J. S.; Zink, J. I. Anal. Chem. 1994, 66, 1120A.
28. Avnir, D.; Braun, S.; Lev, O.; Ottolenghi, M. Chem. Mater. 1994, 6, 1605.
29. Briggs, M. S. J.; Bruce, I.; Miller, J. N.; Moody, C. J.; Simmonds, A. C.; Swann, E. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 1 1997, 1051.
30. Ellerby, L. M.; Nishida, C. R.; Nishida, F.; Yamanaka, S. A.; Dunn, B.; Valentine, J. S.; Zink, J. I. Science 1992, 255, 1113.
31. Brennan, J. D. Appl. Spectrosc. 1999, 53, 106A.
32. Mei, E.; Tang, J. Y.; Vanderkooi, J. M.; Hochstrasser, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 2730.
33. Yang, H.; Xie, X. S. Chem. Phys. 2002, 284, 423.
34. Brown, S. E.; Martin, S. R.; Bayley, P. M. J. Biol. Chem. 1997, 272, 3389.
35. Hou, Y.; Bardo, A. M.; Martinez, C.; Higgins, D. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 212.
36. Abraham, M. H. Chem. Soc. Rev. 1993, 22, 73.
37. Vogel, H. J. Biochem. Cell Biol. 1994, 72, 357.
38. Hiraoki, T.; Vogel, H. J. J. Cardiovasc. Pharmacol. 1987, 10, S14.
39. Gilli, R.; Lafitte, D.; Lopez, C.; Kilhoffer, M. C.; Makarov, A.; Briand, C.; Haiech, J. Biochemistry 1998, 37, 5450.
40. Pedigo, S.; Shea, M. A. Biochemistry 1995, 34, 1179.
41. Jaren, O. R.; Kranz, J. K.; Sorensen, B. R.; Wand, A. J.; Shea, M. A. Biochemistry 2002, 41, 14158.
42. Boukobza, E.; Sonnenfeld, A.; Haran, G. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12165.
43. Brasselet, S.; Peterman, E. J. G.; Miyawaki, A.; Moerner, W. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3676.
44. Berne, B. J.; Pecora, R. Dynamic Light Scattering; John Wiley & Sons: New York, 1976.
45. Carey, C.; Cheng, Y. K.; Rossky, P. J. Chem. Phys. 2000, 258, 415.
46. Datta, A.; Mandai, D.; Pal, S. K.; Bhattacharyya, K. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 10221.
47. Frauenfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598.
48. Persechini, A.; White, H. D.; Gansz, K. J. J. Biol. Chem. 1996, 277, 62.
49. Peersen, O. B.; Madsen, T. S.; Falke, J. J. Protein Sci. 1997, 6, 794.
50. Torok, K.; Whitaker, M. BioEssays 1994, 16, 221.
51. Murase, T.; Iio, T. Biochemistry 2002, 41, 1618.
52. Johnson, J. D.; Snyder, C.; Walsh, M.; Flynn, M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 761.
53. Ehrhardt, M. R.; Urbauer, J. L.; Wand, A. J. Biochemistry 1995, 34, 2731.