Do anionic gold clusters modify conventional hydrogen bonds? the interaction of anionic Au n (n = 2-4) with the adenine-uracil base pair

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 113, Issue 6, 2009, Pages 1134-1140

  Martínez, Ana ^a  

^a UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO   (Mexico)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIONIC CLUSTERS; ANIONIC GOLD CLUSTERS; BASE PAIRS; DENSITY FUNCTIONAL APPROXIMATIONS; EXPERIMENTAL STUDIES; FUTURE APPLICATIONS; IN-BETWEEN; NITROGEN BASE; STABLE ISOMERS; STABLE STRUCTURES;

BINDING SITES; GOLD; GOLD COMPOUNDS; HYDROGEN;

HYDROGEN BONDS;

ADENINE; DNA; GOLD; URACIL;

ARTICLE; BASE PAIRING; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; DRUG EFFECT; ELECTRON; HYDROGEN BOND;

ADENINE; BASE PAIRING; DNA; ELECTRONS; GOLD; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; URACIL;

EID: 61649126712     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp809395a     Document Type: Article

References (64)

1. Steiner, T. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 48.
2. Pauling, L. The Nature of the Chemical Bond, 3rd ed.; Cornell University Press: 1963.
3. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Biological Structures; Springer: Berlin, 1991.
4. Jeffrey, G. A. An Introduction to Hydrogen Bonding; Oxford University Press: 1997.
5. Desiraju, G. R.; Steiner, T. The Weak Hydrogen Bond in Structural Chemistry and Biology; Oxford University Press: 1999.
6. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
7. Sanche, L. Mass. Spectrom. Rev. 2002, 21, 249.
8. Boudaïffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Huels, M. A.; Sanche, L. Science 2000, 287, 1658.
9. Pedersen, D.; Simard, B.; Martinez, A.; Moussatova, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6464.
10. Martínez, A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 024311.
11. (a) Vazquez, M. V.; Martínez, A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 9931.
12. (b) Vázquez, M. V.; Martínez, A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 1033.
13. Valdespino-Saenz, J.; Martínez, A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 2408.
14. Martínez, A.; Dolgounitcheva, O.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 10399.
15. Hettich, R. L. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 204, 55.
16. Kornilova, S. V.; Miskovsky, P.; Tomkova, A.; Kapinos, L. E.; Hackl, E. V.; Andrushchenko, V. V.; Grigoriev, D. N.; Blagoi, Yu., P. J. Mol. Struct. 1997, 408/409, 219.
17. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Mass. Spectrom. 2003, 38, 265.
18. Bal, W.; Kasprzak, K. S. Toxicol. Lett. 2002, 127, 55.
19. Burda, J. V.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 7250.
20. Cerda, B. A.; Wesdemiotis, C. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11884.
21. Rodgers, M. T.; Armentrout, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2678.
22. Rodgers, M. T.; Stanley, J. R.; Amunugama, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10969.
23. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10272.
24. Yang, Z.; Rodgers, M. T. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1455.
25. Zhu, W.; Luo, X.; Puah, C. M.; Tan, X.; Shen, J.; Gu, J.; Chen, K.; Jiang, H. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4008.
26. Gerhards, M.; Thomas, O. C.; Nilles, J. M.; Zheng, W. J.; Bowen, K. H., Jr J. Chem. Phys. 2002, 116, 10247.
27. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1243.
28. (a) Kryachko, E. S.; Remade, F. Nano Lett. 2005, 5, 735.
29. (b) Kryachko, E. S.; Remade, F. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 22746.
30. (c) Kryachko, E. S.; Remade, F. J. Chem. Phys. 2007, 127, 194305.
31. (d) Kryachko, E. S. J. Mol. Struct. 2008, 880, 23.
32. Sharma, P.; Singh, H.; Sharma, S.; Singh, H. J. Chem. Theory Comput. 2007, 5, 2301.
33. Zangrando, E.; Pichierri, F.; Ranacciao, L.; Lipperte, B. Coord. Chem. Rev. 1996, 156, 275.
34. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippert, B. J. Phys. Chem. A. 1999, 103, 11406.
35. Muller, J.; Sigel, R. K. O.; Lippert, B. J. Inorg. Biochem. 2000, 79, 261.
36. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. Superlattices Microstruct. 2000, 28, 241.
37. Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Jenkins, Y.; Ghatlia, N. D.; Bossmann, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Science 1993, 262, 1025.
38. Sponer, J.; Sabat, M.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippert, B.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B. 2000, 104, 7535.
39. Rodgers, M. T.; Armentrout, P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8548.
40. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10272.
41. Noguera, M.; Bertrán, J.; Sodupe, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 333.
42. Lippert, B. Coord. Chem. Rev. 2000, 200-202, 487-516.
43. Noguera, M.; Branchadell, V.; Constantino, E.; Ríos-Font, R.; Sodupe, M.; Rodríguez-Santiago, L. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 9823.
44. Kumar, A.; Mishra, P. C.; Suhai, S. J. Phys. Chem. A. 2006, 110, 7719.
45. Kohn, W.; Becke, A. D.; Parr, R. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12974.
46. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864.
47. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140, A1133.
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
49. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
50. Mielich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Peuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
51. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
52. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270.
53. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299.
54. Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 284.
55. (a) Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650.
56. (b) Blaudeau, J-P; McGrath, M. P.; Curtiss, L. A.; Radom, L. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5016.
57. Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Luzanov, A. V.; Elstner, M.; Suhai, S.; Leszczynski, J. THEOCHEM 2003, 625, 295.
58. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 1618.
59. Saebo, S.; Almlof, J. Chem. Phys. Lett. 1989, 154, 83.
60. de Oliveira, A. E.; Guadagnini, P. H.; Haiduke, R. L. A.; Bruns, R. E. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4918.
61. Taylor, K.J.; C.L.; Pettiette-Hall, C. L.; Cheshnovsky, O.; Smalley, R. E. J. Chem. Phys. 1992, 96, 3319.
62. Roca-Sanjuán, D.; Merchán, M.; Serrano-Andrés, L.; Rubio, M. J. Chem. Phys. 2008, 129, 095104.
63. Vargas, R.; Garza, J.; Dixon, D. A.; Hay, B. P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4750.
64. Hay, B. P.; Gutowski, M.; Dixon, D. A.; Garza, J.; Vargas, R.; Moyer, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7925.