Theoretical study of neutral, anionic, and cationic uracil-Ag and uracil-Au systems: Nonconventional hydrogen bonds

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 112, Issue 11, 2008, Pages 2408-2414

  Valdespino Saenz, Job ^a   Martínez, Ana ^a,b  

^a UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO   (Mexico)

^b DEPARTAMENTO DE ECOLOGÍA FUNCIONAL Y EVOLUTIVA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC PHYSICS; ATOMS; BINDING SITES; CHEMICAL BONDS; DYES; ELECTRON AFFINITY; ELECTRONS; FLOW INTERACTIONS; GOLD ALLOYS; HYDROGEN; IONS; METALLIZING; METALS; NEGATIVE IONS; SILVER;

AMERICAN CHEMICAL SOCIETY (ACS); ANIONIC SYSTEMS; ATOMIC CHARGES; BOND FORMATIONS; DENSITY-FUNCTIONAL APPROACH; HYDROGEN ATOMS; IN ORDER; IONIZATION ENERGY (I.E.); METAL ATOMS; NEUTRAL SYSTEMS;

HYDROGEN BONDS;

GOLD; SILVER; URACIL;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; QUANTUM THEORY; THERMODYNAMICS;

GOLD; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; QUANTUM THEORY; SILVER; THERMODYNAMICS; URACIL;

EID: 41649094058     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp711217s     Document Type: Article

References (67)

1. Ratner, M.; Ratner, D. Nanotechnology: A Gentle Introduction to the Next Big Idea; Prentice Hall: Upper Saddle River, NJ, 2002.
2. Tour, J. M. Molecular Electronics: Commercial Insights, Chemistry, Devices, Architecture and Programming; World Scientific: River Edge, NJ, 2003.
3. Metal Ions in Biological Systems: Interactions of Metal Ions with Nucleotides, Nucleic Acids and Their Constituents; Sigel, A., Sigel, H., Eds.; Marcel Dekker: New York, 1996; Vol. 32.
4. Al-Jihad, I.; Smets, J.; Ludwik, A. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 2994.
5. Watson, J. D.; Crick, F. H. C. Nature 1953, 171, 737.
6. Zangrando, E.; Pichierri, F.; Randaccio, L.; Lippert, B. Coord. Chem. Rev. 1996, 156, 275.
7. Sponer, J.; Sponer, J. E.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippert, B. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 11406.
8. Muller, J.; Sigel, R. K. O.; Lippert, B. J. Inorg. Biochem. 2000, 79, 261.
9. Berlin, Y. A.; Burin, A. L.; Ratner, M. A. Superlattices Microstruct. 2000, 28, 241.
10. Murphy, C. J.; Arkin, M. R.; Jenkins, Y.; Ghatlia, N. D.; Bossmann, S. H.; Turro, N. J.; Barton, J. K. Science 1993, 262, 1025.
11. Sponer, J.; Sabat, M.; Gorb, L.; Leszczynski, J.; Lippert, B.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7535.
12. Pedersen, D.; Simard, B.; Martínez, A.; Moussatova, A. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6464.
13. Rodgers, M. T.; Armentrout, P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8548.
14. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10272.
15. Noguera, M.; Bertran, J.; Sodupe, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 333.
16. Lippert, B. Coord. Chem. Rev. 2000, 200-202, 487-516.
17. Noguera, M.; Branchadell, V.; Constantino, E.; Ríos-Font, R.; Sodupe, M.; Rodríguez-Santiago, L. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 9823.
18. Sanche, L. Mass Spectrom. Rev. 2002, 21, 249.
19. Boudaïffa, B.; Cloutier, P.; Hunting, D.; Huels, M. A.; Sanche, L. Science 2000, 287, 1658.
20. Martínez, A. J. Chem. Phys. 2005, 125, 024311(9 pp).
21. Hettich, R. L. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 204, 55.
22. Kornilova, S. V.; Miskovsky, P.; Tomkova, A.; Kapinos, L. E.; Hackl, E. V.; Andrushchenko, V. V.; Grigoriev, D. N.; Blagoi, Yu. P. J. Mol. Struct. 1997, 408/409, 219.
23. Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Mass Spectrom. 2003, 38, 265.
24. Bal, W.; Kasprzak, K. S. Toxicol. Lett. 2002, 127, 55.
25. Burda, J. V.; Sponer, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 7250.
26. Cerda, B. A.; Wesdemiotis, C. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11884.
27. Rodgers, M. T.; Armentrout, P. B. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2678.
28. Rodgers, M. T.; Stanley, J. R.; Amunugama, R. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10969.
29. (a) Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 125, 10272.
30. (b) Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1243.
31. Yang, Z.; Rodgers, M. T. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1455.
32. Zhu, W.; Luo, X.; Puah, C. M.; Tan, X.; Shen, J.; Gu, J.; Chen, K.; Jiang, H. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 4008.
33. Das, U.; Raghavachari, K.; Jarrold, C. C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014313(8 pp).
34. Gerhards, M.; Thomas, O. C.; Nilles, J. M.; Zheng, W. J.; Bowen, K. H., Jr. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10247.
35. Hendricks, J. H.; Lyapustina, S. A.; de Clercq, H. L.; Bowen, K. H., Jr. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7788.
36. Kryachko, E. S.; Remacle, F. Nano Lett. 2005, 5, 735.
37. Sharma, P.; Singh, H.; Sharma, S.; Singh, H. J. Chem. Theory Comp. 2007, 2301.
38. Dabkowska, I.; Rak, J.; Gutowski, M.; Nilles. J. M.; Stokes, S. T.; Bowen, K. H., Jr. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6064.
39. Moravec, V. C.; Klopcic, S. A.; Jarrold, C. C. J. Chem. Phys. 1999, 110, 5079.
40. Thomas, O. C.; Zheng, W.; Bowen, K. H., Jr. J. Chem. Phys. 2001, 114, 5514.
41. Vázquez, M. V.; Martínez, A. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 9931.
42. Vázquez, M. V.; Martínez, A. J. Phys. Chem. A 2008, 112, 1033.
43. Kohn, W.; Becke, A. D.; Parr. R. G. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12974.
44. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864.
45. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 140, A1133.
46. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
47. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
48. Mielich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Peuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
49. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
50. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270.
51. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299.
52. Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 284.
53. (a) Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650.
54. (b) Blaudeau, J.-P.; McGrath, M. P.; Curtiss, L. A.; Radom, L. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5016.
55. Shishkin, O. V.; Gorb, L.; Luzanov, A. V.; Elstner, M.; Suhai, S.; Leszczynski, J. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2003, 625, 295.
56. Møller, C.; Plesset, M. S. Phys. Rev. 1934, 46, 1618.
57. Saebo, S.; Almlof, J. Chem. Phys. Lett. 1989, 154, 83.
58. de Oliveira, A. E.; Guadagnini, P. H.; Haiduke, R. L. A.; Bruns, R. E. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 4918.
59. Flükiger, P.; Lüthi, H. P.; Portmann, S.; Weber, J. MOLEKEL, 4.3 ed.; Swiss Center for Scientific Computing: Manno (Switzerland), 2000-2002.
60. Portmann, S.; Lüthi, H. P. Chimia 2000, 54, 776.
61. Müller, N.; Falk, A.; Ball & Stick Molecular Graphics, 3.75 ed.; Johannes Kepler University: Linz 2000.
62. Hay, B. P.; Gutowski, M.; Dixon, D. A.; Garza, J.; Vargas, R.; Moyer, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7925.
63. Verkin, B. I.; Sukodub, L. F.; Yanson, I. K. Dokl. Akad. Nauk SSSR 1976, 228, 1452.
64. (a) Desfrançois, C.; Abdoul-Carime, H.; Schermann, J. P. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7792.
65. (b) Hendricks, J. H.; Lyapustina, S. A.; de Clercq, H. L.; Snodgrass, J. T.; Bowen, K. H. J. Chem. Phys. 1996, 104, 7788.
66. (c) Desfrançois, C.; Periquet, V.; Bouteiller, Y.; Schermann, J. P. J. Phys. Chem. 1998, 102, 1274.
67. (d) Schiedt, J.; Weinkauf, R.; Neumark, D. M.; Schlag, E. W. Chem. Phys. 1998, 239, 511.