Structural origin of copper Ion containing artificial DNA: A density functional study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 51, 2008, Pages 16960-16965

  Matsui, Toru ^a   Miyachi, Hideaki ^a   Sato, Takeshi ^a   Shigeta, Yasuteru ^b   Hirao, Kimihiko ^a  

^a UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

^b UNIVERSITY OF HYOGO   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANTIFERROMAGNETISM; COPPER; DNA; EXPERIMENTS; FLOW INTERACTIONS; GENES; IONS; METAL IONS; NUCLEIC ACIDS; ORGANIC ACIDS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; SEMICONDUCTOR QUANTUM DOTS; SPIN DYNAMICS; STABILITY; VAN DER WAALS FORCES;

A DENSITIES; ANDERSON; ANTIFERROMAGNETIC; BASE PAIRS; COPPER IONS; EXPERIMENTAL DATUMS; EXPERIMENTAL GROUPS; PAIR INTERACTIONS; PLANAR STRUCTURES; SPIN INTERACTIONS; STACKING ENERGIES; STRUCTURAL ORIGINS; STRUCTURAL STABILITIES;

DENSITY FUNCTIONAL THEORY;

EID: 58149151050     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp8080707     Document Type: Article

References (45)

1. Saito, I.; Nakamura, T.; Nakatani, K.; Yoshioka, Y.; Yamaguchi, K.; Sugiyama, H. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 12686.
2. Giese, B.; Amaudrut, J.; Köhler. A.-K.; Spormann, M.; Wesselv. S. Nature (London) 2001, 412, 318.
3. Cai, Z.; Li, X.; Sevilla, M. D. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2755.
4. Basko, D. M.; Conwell. E. M. Phys. Rev. Lett. 2002, 88, 098102.
5. Shimazaki, T.; Asai, Y.; Yamashita, K. J. Phys. Client. B 2005, 109, 1295.
6. Tsukamoto, T.; Ishikawa, Y.; Natsume, T.; Dedachi, K.; Kurita, N. Chem. Phys. Lett. 2007, 441, 136.
7. Okahata, Y.; Kobavashi, T.; Tanaka. K.; Shimomura, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6165.
8. Hartwich, G.; Caruana. D. J.; de Lumlev-Woodyear, T.; Wu, Y.; Campbell, G. N.; Heller, A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10803.
9. Kelly, S. O.; Boon, E. M.; Barton, J. K.; Jackson, N. M.; Hill, M. G. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4830.
10. Okamoto, A.; Kamei. T.; Tanaka, K.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14732.
11. Tada, T.; Kondo, M.; Yoshizawa, K. ChemPhysChem 2003, 4, 1256.
12. Zilberberg, I. L.; Avdeev, G. M.; Zhidomirov, G. M. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 1997, 418, 73.
13. Hush, N. S.; Schamberger, J.; Bacskay, G. B. Coord. Chem. Rev. 2005, 249, 299.
14. Abrescia. N. G. A.; Malinina, L.; Fernandez, L. G.; Huynh-Dinh. T.; Neidle, S.; Subirana, J. A. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 1593.
15. Baeyens, K. J.; DeBondt, H.; Pardi, A.; Holbrook, S. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996. 93, 12851.
16. Kankia, B. I. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 911.
17. Robinson, H.; Gao, Y.; Sabusgvill, R.; Joachimiak, A.; Wang, A. H. J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 1760.
18. Lee, J. S.; Latimer. L. J. P.; Reid, R. S. Biochem. Cell Biol. 1993, 71, 162.
19. Fuentes-Cabrera, M.; Sumpter, B. G.; Sp̌oner, J.; Sp̌oner, L.; Petit, L.; Wells, J. C. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 870.
20. Miyake, Y.; Togashi, H.; Tashiro, M.; Yamaguchi, H.; Oda, S.; Kudo, M.; Tanaka, Y.; Kondo, Y.; Sawa, R.; Fujimoto, T.; Maehinami, T.; Ono, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2172.
21. Matsui, T.; Shigeta, Y.; Hirao, K. Chem. Phys. Lett. 2006, 423, 331.
22. Matsui, T.; Shigeta, Y.; Hirao. K. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 1176.
23. Zhang, Y.; Huang, K. J. Mol. Struct: THEOCHEM 2007, 812, 51.
24. Voitvuk, A. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 21010.
25. Tanaka, K.; Shionoya, M. J. Org. Chem. 1999, 64, 5002.
26. Meggers, E.; Holland, P. L.; Tolman, W. B.; Romesberg, F. E.; Schultz, P. G. J Am. Chem. Soc. 2000, 122, 10714.
27. Switzer, C.; Sinha, S.; Kim. P. H.; Heuberger, B. D. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 1529.
28. Tanaka, K.; Yamada, Y.; Shionoya, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 8802.
29. Tanaka, K.; Tengeiji, A.; Kato, T.; Toyama, N.; Shionoya, M. Science 2003, 299, 1212.
30. (30)Tanaka, K.; Shionoya. M. Chem. Lett. 2006, 35, 694.
31. Zhang, H. Y.; Calzolari, A.; Di Feilice, R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15345.
32. Jishi, R. A.; Bragin, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 5357.
33. Sato, T.; Tsuneda, T.; Hirao, K. J. Chem. Phxs. 2005, 123, 104307.
34. Boys, S. R; Bemardi, R Mot. Phys. 1970, 19. 553.
35. Andersson, Y.; Langreth. D. C: Lundqvist, B. I. Phys. Rev. Lett. 1996, 76, 102.
36. Kamiva, M.; Tsuneda. T.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2002, 117, 6010.
37. Sato, T.; Tsuneda. T.; Hirao. K. J. Chem. Phys. 2007. 126, 234114.
38. Iikura. H.; Tsuneda, T.; Yanai, T.; Hirao, K. J. Chem. Phxs. 2001, 115, 3540.
39. Song. J.-W.; Hirosawa, T.; Tsuneda. T.: Hirao. K. J. Chem. Phys. 2007, 126, 154105.
40. Frish, M. J.; et al. Gaussian 03, Revision D.02. Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004.
41. Tanaka, K.; Tengeiji, A.; Kato, T.; Toyama, N.; Shiro, M.; Shionoya, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12494.
42. Sp̌oner, J.; Jureèka, P.; Marchan, 1.; Luque, E. J.; Orozco, M.; Hobza, P. Chem.-Eur. J. 2006, 12, 2854.
43. Jureèka, P.; Sp̌oner, J.; Èerny, J.; Hobza, P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2006, 8, 1985.
44. Yamaguchi, K.; Takahara, Y.; Fueno, T. Applied Quantum Chemistry: Smith, V. H., et al., Eds.; D. Reidel Pub.: Boston, 1986; p 155.
45. Yamaguchi, K.; Okumura, M.; Maki, J.; Noro, T.; Namimoto, H.; Nakano, M.; Fueno, T.; Nakasuji. K. Chem. Phys. Lett. 1992, 190, 353.