Multiple proton-transfer reactions in DNA base pairs by coordination of Pt complex

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 5, 2007, Pages 1176-1181

  Matsui, Toru ^a   Shigeta, Yasuteru ^a   Hirao, Kimihiko ^a  

^a UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEXATION; COORDINATION REACTIONS; DRUG PRODUCTS; MOLECULAR DYNAMICS; PLATINUM COMPOUNDS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; PROTONS; QUANTUM THEORY;

CISPLATINS; MOLECULAR MECHANICS (MM); PROTON TRANSFER REACTIONS; TRANSPLATINS;

DNA;

EID: 33847033346     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065727     Document Type: Article

References (55)

1. Rosenberg, B.; van Camp, L.; Trosko, J. L.; Mansour, V. H. Nature 1969, 222, 385.
2. Van Garderen, C. J.; Van Houte, L. P. A. Eur. J. Biochem. 1994, 225, 1169.
3. Fuertes, M. A.; Alonso, C.; Pérez, J. M. Chem. Rev. 2003, 103, 645.
4. Yang, X.-L.: Wang, A. H.-J. J. Pharmacol. Ther. 1999, 83, 181.
5. Eastman, A. Biochemistry 1986, 25, 3912.
6. Schepman-Fichtinger, A. M.; van Oosteron, A. T.; Lohman, P. H. M.; Berends, F. Cancer Res. 1987, 47, 3000.
7. Ohndorf, U. M.; Rould, M. A.; He, Q.; Pacbo, C. O.; Lippard, S. J. Nature 1999, 399, 708.
8. Coste, F.; Malinge, J. M.; Serre, L.; Shepard, W.; Roth, M.; Leng, M.; Zelwer, C. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 1837.
9. Gelasco, A.; Lippard, S. J. Biochemistry 1998, 37, 9230.
10. Yang, D.; Van Boom, S. S.; Reedik, J.; van Boom, J. M.; Wang, A. H. Biochemistry 1995, 34, 12912.
11. Basch, H.; Krauss, M.; Stevens, W. J.; Cohen, D. Inorg. Chem. 1985, 24, 3313.
12. Dobrogoriskaia-Mereau, I. A. I.; Nemukhin, A. V. J. Comput. Chem. 2005, 26, 865.
13. Hush, N. S.; Schamberger, J.; Bacskay, G. B. Coord. Chem. Rev. 2005, 249, 299.
14. Roberazzi, A.; Platts, A. J. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1060.
15. Costa, L. A. S.; Rocha, W. R.; De Almeida, W. B.; Dos Santos, H. F. Chem. Phys. Lett. 2004, 387, 182.
16. Burda, J. V.; Zeizinger, M.; Šponer, J.; Leszczynski, J. J. Chem. Phys. 2000, 113, 2224.
17. Carloni, P.; Andreoni, W.; Hutter, J.; Curioni, A.; Giannozzi, P.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1995, 234, 50.
18. Burda, J. V.; Zeizinger, M.; Leszyczynski, J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 907.
19. Iwamoto, M; Mukundan, S., Jr.; Marzilli, L. G. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6238.
20. Leng, M.; Brabec, V. Int. Agency Res. Cancer 1994, 125, 339.
21. Brabec, V.; Šíp, M.; Leng, M. Biochemistry 1993, 32, 11676.
22. Appleton, T. G.; Pescb, F. J.; Weinken, M.; Menzer, S.; Lippard, B. Inorg. Chem. 1992, 31, 4410.
23. Mikola, M.; Arpalahti, J. Inorg. Chem. 1996, 35, 7556.
24. He, Q.; Zhou, L.; Zhang, Z. Chin. J. Chem. 2005, 23, 1355.
25. Baik, M. H.; Frisner, R. A.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14082.
26. Zilberberg, I. L.; Avdeev, V. I.; Zhidomirov, V. I. J. Mol. Struct. (Theochem) 1997, 418, 73.
27. Pelmenschinov, A.; Zilberberg, I. L.; Leszczynski, J.; Famulari, A.; Sinon, M.; Raimondi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 496.
28. Burda, J. V.; Leszczynski, J. Inorg. Chem. 2003, 42, 7162.
29. Zeizinger, M.; Burda, J. V.; Leszczynski, J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 3585.
30. Rabor, J.; Zhu, C.; Eriksson, L. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 11006.
31. Costa, L. A. S.; Hambley, T. W.; Rocha, W. R.; De Almeida, W. B.; Dos Santos, H. F. Int. J. Quantum Chem. 2006, 106, 2129.
32. Löwdin, P.-O. Rev. Mod. Phys. 1963, 35, 724.
33. Florián, J.; Hrouda, V.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1457.
34. Hrouda, V.; Florián, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1542.
35. Guallar, V.; Douhal, A.; Moreno, M.; Lluch, J. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 625.
36. Noguera, M.; Sodupe, M.; Bertrán, J. Theor. Chem. Acc. 2004, 112, 318.
37. Kryachiko, E. S.; Sabin, J. R. J. Quantum Chem. 2003, 91, 695.
38. Kurita, N.; Inoue, H.; Sekino, H. Chem. Phys. Lett. 2003, 370, 161.
39. Ogawa, T.; Kurita, N.; Sekino, H.; Kitao, O.; Tanaka, S. Chem. Phys. Lett. 2003, 374, 271.
40. Šponer, J.; Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 10142.
41. Jurečka, P.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15608.
42. Roberazzi, A.; Platts, J. A. J. Biol. Inorg. Chem. 2005, 10, 854.
43. Roberazzi, A.; Platts, J. A. J. Phys. Chem. 2006, 110, 3992.
44. Burda, J. V.; Sponer, J.; Hrabakova, J.; Zeizinger, M.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 5349.
45. Matsui, T.; Shigeta, Y.; Hirao, K. Chem. Phys. Lett. 2006, 423. 331.
46. Adamo, C.; Barone, V. J. Chem. Phys. 1998, 108, 664.
47. Stevens, W. J.; Basch, H.; Krauss, M. J. Chem. Phys. 1984, 81, 6026.
48. Svensson, M.; Humbel, S.; Froese, R. D. J.; Matsubara, T.; Sieber, S.; Morokuma, K. J. Phys. Chem. 1996, 100, 19357.
49. Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
50. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C., Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03. Revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
51. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
52. Fuentealba, P.; Preuss, H.; Stall, H.; Szentpaly, L. V. Chem. Phys. Lett. 1989, 89, 418.
53. Kitaura, K.; Sawai, T.; Asada, T.; Nakano, T.; Uebayashi, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 312, 319.
54. Ishikawa, T.; Mochizuki, Y.; Nakano, T.; Amari, S.; Mori, H.; Honda, H.; Fujita, T.; Tokiwa, H.; Tanaka, S.; Komeiji, Y.; Fukuzawa, K.; Tanaka, K.; Miyoshi, E. Chem. Phys. Lett. 2006, 427, 159.
55. Shigeta, Y.; Takatsuka, K. J. Chem. Phys. 2005, 123, 131101.