Synchrotron small-angle X-ray scattering studies of the structure of porcine pepsin Under various pH conditions

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 49, 2008, Pages 15821-15827

  Jin, Kyeong Sik ^a   Rho, Yecheol ^a   Kim, Jehan ^a   Kim, Heesoo ^b   Kim, Ik Jung ^b   Ree, Moonhor ^a  

^a Pohang University of Science and Technology (POSTECH)   (South Korea)

^b Dongguk University College of Medicine   (South Korea)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MATERIALS; CONFORMATIONS; DENATURATION; DICHROISM; DISTRIBUTION FUNCTIONS; ENZYME ACTIVITY; ENZYMES; MODEL STRUCTURES; OPTICAL PROPERTIES; PHYSIOLOGICAL MODELS; PORT TERMINALS; SCATTERING; X RAY SCATTERING;

ACIDIC CONDITIONS; ANISOMETRY; CIRCULAR DICHROISMS; CONFORMATIONAL CHANGES; CONFORMATIONAL STATES; DENATURING CONDITIONS; DISTANCE DISTRIBUTION FUNCTIONS; ENZYMATIC FUNCTIONS; GLOBULAR CONFORMATIONS; IN FLUORESCENCES; INTERNAL STRUCTURES; MAXIMUM DIMENSIONS; MILD ACIDIC CONDITIONS; PHYSIOLOGICAL ACTIVITIES; PORCINE PEPSINS; RECONSTRUCTED MODELS; SEARCH VOLUMES; SIZE AND SHAPES; STRUCTURAL CHARACTERISTICS; STRUCTURAL EVIDENCES; STRUCTURAL MODELS; SUB DOMAINS; TERMINAL DOMAINS;

CRYSTAL STRUCTURE;

EID: 58149144529     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp805940d     Document Type: Article

References (62)

1. (a) Dill, K. A.; Shortle, D. Annu. Rev. Biochem. 1991, 60. 795.
2. (b) Dobson, C. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1992, 2, 6.
3. (a) Sipe. J. D. Annu. Rev. Biochem. 1992, 61, 947.
4. (b) Prusiner, S. B.; Scott, M, R.; DeArmond, S. J.; Cohen, F. E. Cell 1998, 93. 337.
5. Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 329.
6. (a) Sigler, P. B.; Xu, Z.; Rye, H. S.; Burston. S. G.; Fenton. W. A.; Horwich, A. L. Annu. Rev. Biochem. 1998. 67. 581.
7. (b) Ellis, R. J. Curr. Biol. 1999, 9, R137.
8. (a) Bvchkova, V. E.; Pain. R. H.; Ptitsyn, O. B. FEBS Lett. 1988. 238, 231.
9. (b) Beermann, B. B.; Hinz, H. J.; Hofmann, A.; Huber, R. FEBS Lett. 1998, 423. 265.
10. (a) Privalov, P. L. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989, 18, 47.
11. (b) Udgaonkar, J. B.; Baldwin, R. L. Nature 1988. 335, 694.
12. Matouschek, A.; Kellis, J. T.; Serrano, L.; Fersht, A. R. Nature 1989, 340, 122.
13. Sielecki, A. R.; Fedorov, A. A.; Boodhoo, A.; Andreeva, N. S.; James, N. G. J. Mol. Biol. 1990, 214, 143.
14. Shortle. D. Q. Rev. Biophys. 1992, 25, 205.
15. Dyson. H. J.; Wright, P. E. Annu. Rev. Phvs. Chem. 1996, 47, 369.
16. Dobson, C. M.; Hore, P. J. Nat. Struct. Biol. 1998, 5. 504.
17. Konno. T. Protein Sci. 1998, 7, 975.
18. Davies, D. R. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19, 189.
19. Abad-Zapatero, C; Rydel, T. J.; Erickson, J. Proteins 1990, 8, 62.
20. (a) Antonov. V. K.; Ginodman, L. M.; Kapitannikov, Y. V.; Barshev-skaya, T. N.; Gurova, A. G.; Rumsh, L. D FEBS Lett. 1978, 88, 87.
21. (b) Cornish-Bowden, A. J.; Knowles, J. R. Biochem. J. 1969, 113. 353.
22. (a) Lin, Y.: Fusek. M.; Lin, X.: Hartsuck. J. A.; Kezdy, F. J.: Tang, J. J. Biol. Chem. 1992, 267, 18413.
23. (b) Favilla, R.; Parisoli.'A.; Mazzini. A. Biophys. Chem. 1997, 67. 75.
24. Wang, J. L.; Edelman, G. M. J. Biol. Chem. 1971, 246. 1185.
25. Luis, A. C.; Javier. S. FEBS Lett. 2003, 538. 89.
26. (a) Bolze, J.; Kim, J.; Huang, J.-Y.; Rah, S.; Youn, H. S.; Lee, B.; Shin, T. J.; Ree, M. Macromol. Res. 2002, 10. 2.
27. (b) Lee, B.; Shin, T. J.; Lee, S. W.: Yoon, J.; Kim, J.; Youn, H. S.; Lee, K.-B.: Ree, M. Polymer 2003, 44, 2509.
28. (c) Lee, B.; Shin. T. J.; Lee. S. W.; Yoon. J.; Kim, J.; Ree, M. Macromolecules 2004, 37, 4174.
29. (d) Choi, J. M.; Kang, S. Y.; Bae, W. J.; Jin, K. S.; Ree, M.; Cho, Y. J. Biol. Chem. 2007, 2S2, 9941.
30. (e) Kim, D. Y.; Jin. K. S.; Kwon, E.; Ree. M.; Kim, K. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 8779.
31. (f) Shin, T. J.; Ree, M. J. Phvs. Chem. B 2007, 111, 13894.
32. (g) Heo, K.; Yoon, J.; Jin, K. S.; Jin, S.; Kim, G.; Sato, H.; Ozaki. Y.; Satkowski, M. M.; Noda, I.; Ree, M. J. Appl. Crystallogr. 2007, 40, s594.
33. (h) Jin, K. S.; Kim, D. Y.; Rho, Y.: Le. V. B.; Kwon, E.: Kim, K. K.; Ree, M. J. Synchrotron Radiat. 2008, 15, 219.
34. (i) Lee, J. H.; Kang, G. B.; Lim, H.-H.; Jin, K. S.; Kim, S.-H.; Ree, M.; Park, C.-S.; Kim, S.-J.; Eom, S. H. J. Mol. Biol. 2008. 376, 308.
35. (j) Jin, K. S.; Park. J. K.; Yoon, J.; Rho, Y.; Kim, J.-H.; Kim, E. E.; Ree, M. J. Phvs. Chem. B. 2008, 112, 9603.
36. (k) Heo, K.; Yoon, J.; Jin, K. S.; Jin, S.; Sato, H.; Ozaki, Y.; Satkowski, M. M.; Noda, I.; Ree, M. J. Phys. Chem. B 2008. 112. 4571.
37. Yoon, J.; Kim, K.-W.; Kim, J.; Heo, K.; Jin, K. S.; Jin, S.; Shin, T. J.; Lee, B.; Rho, Y.; Alin, B.; Ree, M. Macromol. Res. 2008, 16, 575.
38. (a) Lee, B.; Park, Y.-H.; Hwang, Y.-T.; Oh, W.; Yoon, J.; Ree, M. Nat. Mater. 2005, 4, 147.
39. (b) Lee, B.; Oh, W.; Hwang, Y.; Park. Y.-H.; Yoon, J.; Jin, K. S.; Heo, K.; Kim, J.; Kim, K.-W.; Ree, M. Adv. Mater. 2005, 17. 696.
40. (c) Lee, B.; Park, I.; Yoon, J.; Park, S.; Kim, J.; Kim, K.- W.; Chang, T.; Ree. M. Macromolecules 2005. 38, 4311.
41. (d) Lee, B.; Yoon. J.; Oh, W.; Hwang, Y.: Heo, K.; Jin, S. K.; Kim, J.: Kim, K.-W.: Ree, M. Macromolecules 2005, 38, 3395.
42. (e) Lee, B.; Oh, W.; Yoon, J.; Hwang, Y.; Kim, J.; Landes, B. G.; Quintana, J. P.; Ree, M. Macromolecules 2005, 38, 8991.
43. (f) Heo, K.; Jin, K. S.; Yoon. J.; Jin. S.; Oh. W.; Ree. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15887.
44. (g) Heo, K.: Park, S.-G.; Yoon, J.; Jin, K. S.; Jin, S.; Rhee, S.-W.; Ree, M. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 10848.
45. (h) Jin, S.; Yoon. J.; Heo, K.; Park. H.-W.; Shin. T. J.; Chang, T.; Ree. M. J. Appl. Crystallogr. 2007, 40. 950.
46. (i) Yoon, J.; Jin, K. S.; Kim, H. C; Kim, G.; Heo, K.: Jin, S.; Kim, J.: Kim, K.-W.; Ree, M. J. Appl. Crystallogr. 2007, 40, 476.
47. (j) Yoon, J.; Yang, S. Y.; Heo, K.; Lee, B.; Joo, W.; Kim, J. K.; Ree. M. J. Appl. Crystallogr. 2007. 40. 305.
48. (k) Yoon. J.; Jung. S. Y.; Ahn, B.; Heo, K.; Jin, S.; Iyoda, T.; Yoshida, H.; Ree, M. J. Phys. Chem.B. 2008, 112, 8486.
49. Kim, G.; Yoon, J.; Kim, J.-S.; Kim, H.; Ree, M. J. Phys. Chem. B. 2008. 112, 8868.
50. (m) Heo. K.; Yoon. J.; Jin. S.; Kim. J.; Kim, K.-W.; Shin, T. J.; Chung, B.: Chang, T.; Ree, M. J. Appl. Crystallogr. 2008, 41, 281.
51. (n) Yoon, J.; Lee, S. W.; Choi, S.; Heo, K.; Jin, K. S.: Jin, S.; Kim, G.; Kim, J.; Kim, K.-W.; Kim. H.; Ree, M. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5338.
52. Ree, M.; Ko, I. S. Phys. High Tech. 2005, 14, 2.
53. Glatter, O. Data treatment In Small Angle X-Ray Scattering; Glatter, O., Kratky, O.. Eds.; Academic; London, 1982; pp 119-196.
54. Roe, R.-J. Methods of X-ray and neutron scattering in polymer science: Oxford University: New York, 2000.
55. (a) Damaschun. G.; Damaschun, H.; Gast. K.; Misselwitz. R.; Muller, J. J.; Pfeil, W.; Zirwer, D. Biochemistry 1993, 32, 7739.
56. (b) Flanagan, J. M.; Kataoka, M.; Shortle, D.; Engelman, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 748.
57. (c) Kataoka, M.; Hagihara, Y.; Mihara, K.; Goto, Y. /. Mol. Biol. 1993, 229, 591.
58. (d) Kataoka, M.; Nishii, I.; Fujisawa, T.; Ueki, T.; Tokunaga, F.; Goto, Y. J. Mol. Biol. 1995, 249, 215.
59. Semenyuk, A. V.; Svergun. D. I. J. Appl. Crystallogr. 1991. 24. 537.
60. Svergun, D. I.; Petoukhov, M. V.; Koch, M. H. J. Biophys. J. 2001, 80, 2946.
61. Vladimir, V. V.; Svergun, D. I. J. Appl. Crystallogr. 2003. 36, 860.
62. Svergun, D.; Barberato, C; Koch, M. H. J. J. Appl. Crystallogr. 1995, 28, 768.