Experimental approach for deep proteome measurements from small-scale microbial biomass samples

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 24, 2008, Pages 9517-9525

  Thompson, Melissa R ^a,b,d   Chourey, Karuna ^b   Froelich, Jennifer M ^c   Erickson, Brian K ^a,b   VerBerkmoes, Nathan C ^b   Hettich, Robert L ^b  

^a UNIVERSITY OF TENNESSEE   (United States)

^b OAK RIDGE NATIONAL LABORATORY   (United States)

^c MICHIGAN STATE UNIVERSITY   (United States)

^d PFIZER INC   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AS MODELS; BACTERIAL CULTURES; CELL PELLETS; CELLULAR BIOMASSES; CELLULAR MATERIALS; EXPERIMENTAL APPROACHES; LC-MS/MS; MICROBIAL BIOMASSES; MICROBIAL COMMUNITIES; NEW PROTOCOLS; PROTEIN DIGESTIONS; PROTEIN IDENTIFICATIONS; PROTEOME; PROTEOMICS; RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS; SAMPLE PREPARATIONS; SHEWANELLA ONEIDENSIS; SMALL SAMPLES; TECHNOLOGY DEVELOPMENTS; TRADITIONAL TECHNIQUES;

BIOLOGICAL MATERIALS; BIOMASS; CELL CULTURE; MOLECULAR BIOLOGY; PELLETIZING; RENEWABLE ENERGY RESOURCES; SULFUR; TECHNOLOGICAL FORECASTING; WASTEWATER TREATMENT;

EXPERIMENTS;

BACTERIAL PROTEINS; BIOMASS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; MASS SPECTROMETRY; PROTEOME; RHODOPSEUDOMONAS; SHEWANELLA;

EID: 58149139273     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac801707s     Document Type: Article

References (47)

1. Wang, H.; Qian, W.; Mottaz, H. M.; Clauss, T. R. W.; Anderson, D. J.; Moore, R. J.; Camp, D. G., II.; Khan, A. H.; Sforza, D. M.; Pallavici, M.; Smith, D. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 2397-2403.
2. Corbin, R. W.; Paliy, O.; Yang, F.; Shabanowitz, J.; Platt, M., Jr.; Root, K.; McAuliffe, J.; Jordan, M. I.; Kustu, S.; Soupene, E.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 9232-9237.
3. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154-1169.
4. Wan, X. F.; Verberkmoes, N. C.; McCue, L. A.; Stanek, D.; Connelly, H.; Hauser, L. J.; Wu, L.; Liu, X.; Yan, T.; Leaphart, A.; Hettich, R. L.; Zhou, J.; Thompson, D. K. J. Bacteriol. 2004, 186, 8385-8400.
5. Zhu, W.; Reich, C. I.; Olsen, G. J.; Giometti, C. S.; Yates, J. R., III. J. Proteome Res. 2004, 3, 538-548.
6. Ding, Y. H.; Hixson, K. K.; Giometti, C. S.; Stanley, A.; Esteve-Nunez, A.; Khare, T.; Tollaksen, S. L.; Zhu, W.; Adkins, J. N.; Lipton, M. S.; Smith, R. D.; Mester, T.; Lovley, D. R. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1198-1206.
7. Brown, S. D.; Thompson, M. R.; VerBerkmoes, N. C.; Chourey, K.; Shah, M.; Zhou, J.; Hettich, R. L.; Thompson, D. K. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1054-1071.
8. Thompson, M. R.; VerBerkmoes, N. C.; Chourey, K.; Shah, M.; Thompson, D. K.; Hettich, R. L. J. Proteome Res. 2007, 6, 1745-1757.
9. Callister, S. J.; Dominguez, M. A.; Nicora, C. D.; Zeng, X.; Tavano, C. L.; Kaplan, S.; Donohue, T. J.; Smith, R. D.; Lipton, M. S. J. Proteome Res. 2006, 5, 1940-1947.
10. Gutstein, H. B.; Morris, J. S.; Annangudi, S. P.; Sweedler, J. V. Mass Spectrom. Rev. 2008, 27, 316-330.
11. Coleman, S. E.; van de Rijn, I.; Bleiweis, A. S. Infect. Immun. 1970, 2, 563-569.
12. Van Huynh, N.; De Backer, O.; Decleire, M.; Colson, C. Anal. Biochem. 1989, 176, 464-467.
13. Yu, Y. Q.; Gilar, M.; Lee, P. J.; Bouvier, E. S.; Gebler, J. C. Anal. Chem. 2003, 75, 6023-6028.
14. Bosserhoff, A.; Wallach, J.; Frank, R. W. J. Chromatogr. 1989, 473, 71-77.
15. De Leij, L.; Witholt, B. Biochim. Biophys. Acta 1977, 471, 92-104.
16. Guerlava, P.; Izac, V.; Tholozan, J. L. Curr. Microbiol. 1998, 36, 131-135.
17. Woese, C. R. Curr. Biol. 1996, 6, 1060-1063.
18. Schloss, P. D.; Handelsman, J. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 303-310.
19. Handelsman, J.; Rondon, M. R.; Brady, S. F.; Clardy, J.; Goodman, R. M. Chem. Biol. 1998, 5, R245-R249.
20. Torsvik, V.; Ovreas, L. Curr. Opin. Microbiol. 2002, 5, 240-245.
21. Biron, D. G.; Loxdale, H. D.; Ponton, F.; Moura, H.; Marche, L.; Brugidou, C.; Thomas, F. Proteomics 2006, 6, 1712-1715.
22. Paul, D.; Pandey, G.; Pandey, J.; Jain, R. K. Trends Biotechnol. 2005, 23, 135-142.
23. Seshadri, R.; Adrian, L.; Fouts, D. E.; Eisen, J. A.; Phillippy, A. M.; Methe, B. A.; Ward, N. L.; Nelson, W. C.; Deboy, R. T.; Khouri, H. M.; Kolonay, J. F.; Dodson, R. J.; Daugherty, S. C.; Brinkac, L. M.; Sullivan, S. A.; Madupu, R.; Nelson, K. E.; Kang, K. H.; Impraim, M.; Tran, K.; Robinson, J. M.; Forberger, H. A.; Fraser, C. M.; Zinder, S. H.; Heidelberg, J. F. Science 2005, 307, 105-108.
24. James, B. R. Environ. Sci. Technol. 1996, 30, A248-A251.
25. Brakstad, O. G.; Lodeng, A. G. Microb. Ecol. 2005, 49, 94-103.
26. Wilmes, P.; Bond, P. L. Environ. Microbiol. 2004, 6, 911-920.
27. Wilmes, P.; Bond, P. L. Water Sci. Technol. 2006, 54, 217-226.
28. Wilmes, P.; Andersson, A. F.; Lefsrud, M. G.; Wexler, M.; Shah, M.; Zhang, B.; Hettich, R. L.; Bond, P. L.; Verberkmoes, N. C.; Banfield, J. F. Isme J. In press.
29. Powell, M. J.; Sutton, J. N.; Del Castillo, C. E.; Timperman, A. T. Mar. Chem. 2005, 95, 183-198.
30. Washburn, M. P.; Wolters, D. A.; Yates, J. R., III. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
31. Gill, S. R.; Pop, M.; Deboy, R. T.; Eckburg, P. B.; Turnbaugh, P. J.; Samuel, B. S.; Gordon, J. I.; Relman, D. A.; Fraser-Liggett, C. M.; Nelson, K. E. Science 2006, 312, 1355-1359.
32. Ram, R. J.; VerBerkmoes, N. C.; Thelen, M. P.; Tyson, G. W.; Baker, B. J.; Blake II, R. C.; Shah, M.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. Science 2005, 308, 1915-1920.
33. Lo, I.; Denef, V. J.; Verberkmoes, N. C.; Shah, M. B.; Goltsman, D.; DiBartolo, G.; Tyson, G. W.; Allen, E. E.; Ram, R. J.; Detter, J. C.; Richardson, P.; Thelen, M. P.; Hettich, R. L.; Banfield, J. F. Nature 2007, 446, 537-541.
34. Chourey, K.; Ramani, S.; Apte, S. K. J. Plant Physiol. 2003, 10, 1165-1174.
35. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R., III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
36. Tabb, D. L.; Narasimhan, C.; Strader, M. B.; Hettich, R. L. Anal. Chem. 2005, 77, 2464-2474.
37. Tyson, G. W.; Chapman, J.; Hugenholtz, P.; Allen, E. E.; Ram, R. J.; Richardson, P. M.; Solovyev, V. V.; Rubin, E. M.; Rokhsar, D. S.; Banfield, J. F. Nature 2004, 428, 37-43.
38. Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Yates, J. R., III. J. Proteome Res. 2002, 1, 21-26.
39. Narasimhan, C.; Tabb, D. L.; VerBerkmoes, N. C.; Thompson, M. R.; Hettich, R. L.; Uberbacher, E. C. Anal. Chem. 2005, 77, 7581-7593.
40. VerBerkmoes, N. C.; Shah, M. B.; Lankford, P. K.; Pelletier, D. A.; Strader, M. B.; Tabb, D. L.; McDonald, W. H.; Barton, J. W.; Hurst, G. B.; Hauser, L.; Davison, B. H.; Beatty, J. T.; Harwood, C. S.; Tabita, F. R.; Hettich, R. L.; Larimer, F. W. J. Proteome Res. 2006, 5, 287-298.
41. Savidor, A.; Donahoo, R. S.; Hurtado-Gonzales, O.; Verberkmoes, N. C.; Shah, M. B.; Lamour, K. H.; McDonald, W. H. J. Proteome Res. 2006, 5, 3048-3058.
42. Varga, A. R.; Staehelin, L. A. J. Bacteriol. 1983, 154, 1414-1430.
43. Chourey, K.; Thompson, M. R.; Morrell-Falvey, J.; Verberkmoes, N. C.; Brown, S. D.; Shah, M.; Hettich, R. L.; Zhou, J.; Doktycz, M.; Thompson, D. K. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72, 6331-6344.
44. Blackler, A. R.; Klammer, A. A.; MacCoss, M. J.; Wu, C. C. Anal. Chem. 2006, 78, 1337-1344.
45. Riter, L. S.; Gooding, K. M.; Hodge, B. D., Jr. Proteomics 2006, 6, 1735-1740.
46. Xie, H.; Griffin, T. J. J. Proteome Res. 2006, 5, 1003-1009.
47. Deshusses, J. M.; Burgess, J. A.; Scherl, A.; Wenger, Y.; Walter, N.; Converset, V.; Paesano, S.; Corthals, G. L.; Hochstrasser, D. F.; Sanchez, J. C. Proteomics 2003, 3, 1418-1424.