Application of the accurate mass and time tag approach to the proteome analysis of sub-cellular fractions obtained from Rhodobacter sphaeroides 2.4.1. aerobic and photosynthetic cell cultures

Journal of Proteome Research

Volumn 5, Issue 8, 2006, Pages 1940-1947

  Callister, Stephen J ^a   Dominguez, Miguel A ^b   Nicora, Carrie D ^a   Zeng, Xiaohua ^c   Tavano, Christine L ^b   Kaplan, Samuel ^c   Donohue, Timothy J ^b   Smith, Richard D ^a   Lipton, Mary S ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

^c UNIVERSITY OF TEXAS MEDICAL SCHOOL   (United States)

Author keywords

Comparative proteomics; Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (FTICR MS); Localization; Rhodobacter sphaeroides

Indexed keywords

AEROBIC CELL CULTURE; ARTICLE; BACTERIAL GENOME; BACTERIAL MEMBRANE; BACTERIAL OUTER MEMBRANE; BACTERIUM CULTURE; CELL CULTURE; CELL FRACTIONATION; COMPUTER MODEL; CULTURE MEDIUM; CYTOPLASM; ION CYCLOTRON RESONANCE MASS SPECTROMETRY; MASS; NONHUMAN; PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHETIC CELL CULTURE; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN LOCALIZATION; PROTEOMICS; RHODOBACTER SPHAEROIDES; STATISTICAL ANALYSIS; TIME;

AEROBIOSIS; ALGORITHMS; BACTERIAL PROTEINS; CELL FRACTIONATION; CELLS, CULTURED; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; GENOME, BACTERIAL; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PHOTOSYNTHESIS; PROTEOME; RHODOBACTER SPHAEROIDES; SUBCELLULAR FRACTIONS;

BACTERIA (MICROORGANISMS); RHODOBACTER SPHAEROIDES 2.4.1;

EID: 33747172505     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr060050o     Document Type: Article

References (36)

1. Woese, C. R. Microbiol. Rev. 1987, 51, 221-271.
2. Woese, C. R.; Weisburg, W. G.; Paster, B. J.; Hahn, C. M.; Tanner, R. S.; Krieg, N. R.; Koops, H. P.; Harms, H.; Stackebrandt, E. Syst. Appl. Microbiol. 1984, 5, 327-336.
3. Fang, H. H. P.; Liu, H.; Zhang, T. Int. J. Hydrogen Energ. 2005, 30, 785-793.
4. Martinezluque, M.; Dobao, M. M.; Castillo, F. FEMS Microbiol. Lett. 1991, 83, 329-334.
5. Nepple, B. B.; Kessi, J.; Bachofen, R. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 2000, 25, 198-203.
6. Joshi, H. M.; Tabita, F. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14515-14520.
7. O'Rourke, N. A.; Meyer, T.; Chandy, G. Curr. Opin. Chem. Biol. 2005, 9, 82-87.
8. Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, K. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H.; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R. J.; Romine, M. F.; Shen, Y. F.; Stritmatter, E.; Tolic, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran, A.; Wong, L. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.
9. Romine, M. F.; Elias, D. A.; Monroe, M. E.; Auberry, K.; Fang, R. H.; Fredrickson, J. K.; Anderson, G. A.; Smith, R. D.; Lipton, M. S. OMICS 2004, 8, 239-254.
10. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y. F.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513-523.
11. Cohen-Bazire, G.; Sistrom, W. R.; Stanier, R. Y. J. Cell. Comput. Physiol. 1957, 49, 25-68.
12. Weiss, R. L. J. Bacteriol. 1976, 128, 668-670.
13. Tai, S. P.; Kaplan, S. J. Bacteriol. 1985, 164, 181-186.
14. Barber, R. D.; Rott, M. A.; Donohue, T. J. J. Bacteriol. 1996, 178, 1386-1393.
15. Jackson, J. B. J. Bioenerg. Biomembr. 1991, 23, 715-741.
16. Flory, J. E.; Donohue, T. J. J. Bacteriol. 1995, 177, 4311-4320.
17. Deal, C. D.; Kaplan, S. J. Bacteriol. 1983, 154, 1015-1020.
18. Pasa-Tolic, L.; Masselon, C.; Barry, R. C.; Shen, Y. F.; Smith, R. D. Biotechniques 2004, 37, 621.
19. Callister, S. J.; Goddard, C. D.; Zeng, X.; Roh, J. H.; Dominguez, M. A.; Tavano, C. L.; Kaplan, S.; Donohue, T. J.; Smith, R. D.; Lipton, M. S. J. Microbiol. Methods, in press.
20. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
21. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
22. Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Wingerd, M. A.; Udseth, H. R.; Tang, K. Q.; Prior, D. C.; Swanson, K. R.; Buschbach, M. A.; Strittmatter, E. F.; Moore, R. J.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 212-232.
23. Strittmatter, E. F.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Mottaz, H. M.; Anderson, G. A.; Shen, Y. F.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 760-769.
24. Anderson, K. K.; Monroe, M. E.; Daly, D. S. Proc. Intern. Conf. METMBS 2004, 151-156.
25. Norbeck, A. D.; Monroe, M. E.; Adkins, J. N.; Andersen, K. K.; Daly, D. S.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1239-1249.
26. Adkins, J. N.; Monroe, M. E.; Auberry, K. J.; Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; II.; Moore, R. J.; Rodland, K. D.; Smith, R. D.; Pounds, J. G. Proteomics 2005, 5, 3454-3466.
27. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
28. Qian, W. J.; Liu, T.; Monroe, M. E.; Strittmatter, E. F.; Jacobs, J. M.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 53-62.
29. Roh, J. H.; Smith, W. E.; Kaplan, S. J. Biol. Chem. 2004, 279, 9146-9155.
30. Pappas, C. T.; Sram, J.; Moskvin, O. V.; Ivanov, P. S.; Mackenzie, R. C.; Choudhary, M.; Land, M. L.; Larimer, F. W.; Kaplan, S.; Gomelsky, M. J. Bacteriol. 2004, 186, 4748-4758.
31. Chory, J.; Donohue, T. J.; Varga, A. R.; Staehelin, L. A.; Kaplan, S. J. Bacteriol. 1984, 159, 540-554.
32. Gardy, J. L.; Spencer, C.; Wang, K.; Ester, M.; Tusnady, G. E.; Simon, I.; Hua, S.; deFays, K.; Lambert, C.; Nakai, K.; Brinkman, F. S. L. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3613-3617.
33. Tatusov, R. L.; Galperin, M. Y.; Natale, D. A.; Koonin, E. V. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 33-36.
34. Berks, B. C.; Palmer, T.; Sargent, F. Curr. Opin. Microbiol. 2005, 8, 174-181.
35. Schneider, G.; Fechner, U. Proteomics 2004, 4, 1571-1580.
36. Rott, M. A.; Witthuhn, V. C.; Schilke, B. A.; Soranno, M.; Ali, A.; Donohue, T. J. J. Bacteriol. 1993, 175, 358-366.