Parametrization of Reversible Digitally Filtered Molecular Dynamics simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 1, Issue 1, 2005, Pages 24-35

  Wiley, Adrian P ^a   Swain, Martin T ^a   Phillips, Stephen C ^a   Essex, Jonathan W ^a   Edge, Colin M ^b  

^a UNIVERSITY OF SOUTHAMPTON   (United Kingdom)

^b GLAXOSMITHKLINE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 58149099114     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct049970t     Document Type: Article

References (36)

1. Phillips, S. C.; Essex, J. W.; Edge, C. M. J. Chem. Phys. 2000, 112, 2586.
2. Phillips, S. C.; Swain, M. T.; Wiley, A. P.; Essex, J. W.; Edge, C. M. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 2098.
3. Karplus, M.; McCammon, J. A. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 646.
4. Tai, K. Biophys. Chem. 2004, 107, 213.
5. Mitsutake, A.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Biopolymers 2001, 60, 96.
6. Lyubartsev, A. P.; Martsinovski, A. A.; Shevkunov, S. V.; Vorontsovvelyaminov, P. N. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1776.
7. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Lett. B 1991, 267, 249.
8. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
9. Wu, X. W.; Wang, S. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7238.
10. Wu, X. W.; Brooks, B. R. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 512.
11. de Groot, B. L.; van Aalten, D. M. F.; Scheek, R. M.; Amadei, A.; Vriend, G.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1997, 29, 240.
12. MATLAB 6.1.0; The MathWorks Inc., Natick, MA, 2001.
13. Tobias, D. J.; Mertz, J. E.; Brooks, C. L. Biochemistry 1991, 30, 6054.
14. Karpen, M. E.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L. Biochemistry 1993, 32, 412.
15. Wu, X. W.; Wang, S. M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 8023.
16. Dyson, H. J.; Rance, M.; Houghten, R. A.; Lerner, R. A.; Wright, P. E. J. Mol. Biol. 1988, 201, 161.
17. Jorgensen, W. L. MCPRO 1.4, Yale University, New Haven, CT, 1996.
18. Kale, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 283.
19. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.
20. Ryckaert, J. P.; Ciccoti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
21. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
22. Paterlini, M. G.; Ferguson, D. M. Chem. Phys. 1998, 236
23. Feller, S. E.; Zhang, Y. H.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613.
24. Huang, N. E.; Shen, Z.; Long, S. R.; Wu, M. L. C.; Shih, H. H.; Zheng, Q. N.; Yen, N. C.; Tung, C. C.; Liu, H. H. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1998, 454, 903.
25. Bendat, J. S. The Hilbert Transform; Brüel & Kjær: Nærum, Denmark.
26. Phillips, S. C.; Gledhill, R. J.; Essex, J. W.; Edge, C. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 4869.
27. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
28. Wiley, A. P.; Gledhill, R. J.; Phillips, S. C.; Swain, M. T.; Edge, C. M.; Essex, J. W. Hilbert-Huang Transform Engineering: The analysis of molecular dynamics simulations by the Hilbert-Huang transform; Marcel Dekker: New York, in press.
29. Rod, T. H.; Brooks, C. L. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8718.
30. Li, L. Y.; Falzone, C. J.; Wright, P. E.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1992, 31, 7826.
31. Falzone, C. J.; Wright, P. E.; Benkovic, S. J. Biochemistry 1994, 33, 439.
32. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235.
33. Sawaya, M. R.; Kraut, J. Biochemistry 1997, 36, 586.
34. Sham, Y. Y.; Ma, B. Y.; Tsai, C. J.; Nussinov, R. Proteins: Struct. Funct. Genet. 2002, 46, 308.
35. Pearlman, D. A.; Case, D. A.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Cheatham, T. E.; Debolt, S.; Ferguson, D.; Seibel, G.; Kollman, P. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 1.
36. Vriend, G. J. Mol. Graphics 1990, 8, 52.