Folding studies of a linear pentamer peptide adopting a reverse turn conformation in aqueous solution through molecular dynamics simulation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 33, 2000, Pages 8023-8034

  Wu, Xiongwu ^a   Wang, Shaomeng ^a  

^a GEORGETOWN UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; SOLVENTS;

CLUSTER ANALYSIS; PEPTIDE; SELF-GUIDED MOLECULAR DYNAMICS (SGMD) SIMULATION;

AMINO ACIDS;

EID: 0034710426     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp000529i     Document Type: Article

References (49)

1. Dyson, H. J.; Ranee, M.; Houghten, R. A.; Lemer, R. A.; Wright, P. E. J. Mol. Biol. 1988, 201, 161.
2. Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Herranz, J.; Rico, M.; Santoro, J.; Nieto, J. L.J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 5887.
3. Blanco, F. J.; Jiménez, M. A.; Pineda, A.; Rico; M.; Santoro, J.; Nieto, J. L. Biochemistry 1994, 33, 6004.
4. Munoz, V.; Eaton, A.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1998, 390, 196.
5. Tobias, D. J.; Mertz, J. E.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1991, 30, 6054.
6. Tobias, D. J.; Sńeddon, S. F.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 1992, 227, 1244.
7. Tirado-Rives, J.; Maxwell, D. S.; Jorgesen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11590.
8. Daggett, V.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1992, 223, 1121.
9. Smythe, M. L.; Huston, S. E.; Marshall, G. R. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 11594-11595.
10. DiCapua, F. M.; Swaminathan, S.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1990, 113, 6145-6155.
11. Sung, S. S.; Wu, X. W. Proteins 1996, 25, 202-214.
12. Sung, S. S.; Wu, X. W. Biopolymers 1997, 42, 633-644.
13. Wu, Xi W.; Sung, S. S. Proteins 1999, 34, 295-302.
14. Hirst, J. D.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1995, 34, 7614-7621.
15. Sheinerman,- F. B.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10098-10103.
16. Young, W. S.; Brooks, C. L., III. J. Mol. Biol. 1996, 259, 558.
17. Shirley, W. A.; Brooks, C. L., III. Proteins 1997, 28, 59.
18. Daura, X.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunstem.W. F.; Mark, A. E. J. Mol. Biol. 1998, 280, 925-932.
19. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740-744.
20. Karplus, M.; Petsko, G. A. Nature 1990, 347, 631.
21. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fisher, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 702, 3586.
22. MacKerell, A. D., Jr.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946.
23. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106 (6), 765.
24. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
25. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
26. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
27. Lewis, P. N.; Momany, F. A.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1971, 68, 2293.
28. Zimmerman, S. S.; Scherasa, H. A. Proc. Natl. Acad. Sei. U.S.A. 1977, 74, 4126.
29. Wu, X. W.; Wang, S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 7238.
30. Wu, X. W.; Wang, S. J. Chem. Pliys. 1999, 110, 9401.
31. Hockney, R. W. Methods Comput. Phys. 1970, 9, 136.
32. Potter, D. Computational Physics; Wiley: New York, 1972; Chapter 5.
33. Benrendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Di Nola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
34. Levitt, M. J. Mol. Biol. 1983, 168, 621.
35. McKelvey, D. R.; Brooks, C. L., III.; Mokotoff, M. J. Protein Chem. 1991, 10, 265.
36. Polinsky, A.; Goodman, M.; Willians, K. A.; Deber, C. M. Biopolymers 1992, 32, 399.
37. Rooman, M. J.; Rodriguez, J.; Wodak, S. J. J. Mol. Biol. 1990, 275, 327.
38. Unser, R.; Harel, D.; Wherland, S.; Sussman, J. L. Proteins 1989, 5, 355.
39. Karpen, M. E.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 412.
40. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.;.Jaun, B.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
41. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
42. Hawkins, G. D.; Lynch, G. C.; Giesen, D. J.; Rossi, I.; Storer, J. W.; Liotard, D. A.; Cramer, C. J.; Trular, D. G. QCPE Bull. 1996, 16, 11.
43. Cramer, C. J.; Trular, D. G. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 8305.
44. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3401.
45. Kopple, K. D.; Go, A.; Pilipauskas, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 6830.
46. MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1991, 218, 397.
47. Yun, R. H.; Anderson, A. G.; Hermans, J. Proteins: Struct., Funct., and Genet. 1991, 10, 219.
48. Polinsky, A.; Goodman, M.; Willians, K. A.; Deber, C. M. Biopolymers 1992, 32, 399.
49. Hendsch, Z. S.; Sindelar, C. V.; Tidor, B. J. Pliys. Chem. B 1998, 102, 4404.