Fluorescence coincidence spectroscopy for single-molecule fluorescence resonance energy-transfer measurements

Analytical Chemistry

Volumn 80, Issue 22, 2008, Pages 8389-8397

  Orte, Angel ^a   Clarke, Richard W ^a   Klenerman, David ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL SYSTEMS; BIOMOLECULES; CONFORMATIONS; ENERGY TRANSFER; FLUOROPHORES; LIGHT EMISSION; LUMINESCENCE; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULES; NUCLEIC ACIDS; ORGANIC ACIDS; RESONANCE;

ALTERNATIVE METHODS; CHALLENGING TASKS; COINCIDENCE SPECTROSCOPIES; COLOR EXCITATIONS; CONFORMATIONAL DYNAMICS; DIRECT EXCITATIONS; DNA SAMPLES; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFERS; FLUORESCENCE RESONANCES; OPTIMAL RANGES; TRANSFER MEASUREMENTS;

FLUORESCENCE;

DOUBLE STRANDED DNA;

ACCURACY; ARTICLE; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; PHOTON; SPECTROSCOPY;

COLOR; COLORING AGENTS; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 56449105983     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac8009092     Document Type: Article

References (38)

1. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676-1683.
2. Neuweiler, H.; Sauer, M. Anal. Chem. 2005, 77, 178A-185A.
3. Pappas, D.; Burrows, S. M.; Reif, R. D. TrAC, Trends Anal. Chem. 2007, 26, 884-894.
4. Selvin, P. R. Nat. Struct. Mol. Biol. 2000, 7, 730-734.
5. Rasnik, I.; McKinney, S. A.; Ha, T. Acc. Chem. Res. 2005, 38, 542-548.
6. Deniz, A. A.; Dahan, M.; Grunwell, J. R.; Ha, T. J.; Faulhaber, A. E.; Chemla, D. S.; Weiss, S.; Schultz, P. G Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 3670-3675.
7. Iqbal, A.; Arslan, S.; Okumus, B.; Wilson, T. J.; Giraud, G.; Norman, D. G.; Ha, T.; Lilley, D. M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 11176-11181.
8. Zhuang, X.; Bartley, L. E.; Babcock, H. P.; Russell, R.; Ha, T.; Herschlag, D.; Chu, S. Science 2000, 288, 2048-2051.
9. Kobitski, A. Y.; Nierth, A.; Helm, M.; Jaschke, A.; Nienhaus, G. U. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 2047-2059.
10. Ha, T. J.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad Sci. U. S. A. 1999, 96, 893-898.
11. Zhuang, X. W.; Kim, H.; Pereira, M. J. B.; Babcock, H. P.; Walter, N. G.; Chu, S. Science 2002, 296, 1473-1476.
12. Jia, Y.; Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Lu, H. S. M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69-83.
13. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2002, 419, 743-747.
14. Schuler, B.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 16-26.
15. Ying, L. M.; Wallace, M. I.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 5171-5178.
16. Gell, C.; Brockwell, D.; Smith, A. Handbook of single molecule fluorescence; Oxford University Press: Oxford, 2006.
17. Shirude, P. S.; Okumus, B.; Ying, L.; Ha, T.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7484-7485.
18. Pons, T.; Medintz, I. L.; Wang, X.; English, D. S.; Mattoussi, H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15324-15331.
19. Li, H.; Ying, L.; Green, J. J.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Anal. Chem. 2003, 75, 1664-1670.
20. Orte, A.; Clarke, R.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Anal. Chem. 2006, 78, 7707-7715.
21. Li, H.; Zhou, D.; Browne, H.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Anal. Chem. 2004, 76, 4446-4451.
22. Ren, X.; Li, H.; Clarke, R. W.; Alves, D. A.; Ying, L.; Klenerman, D.; Balasubramanian, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4992-5000.
23. Clarke, R. W.; Monnier, N.; Li, H.; Zhou, D.; Browne, H.; Klenerman, D. Biophys. J. 2007, 93, 1329-1337.
24. Alves, D.; Li, H.; Codrington, R.; Orte, A.; Ren, X.; Klenerman, D.; Balasubramanian, S. Nat. Chem. Biol. 2008, 4, 287-289.
25. Clarke, R. W., University of Cambridge, Ph.D. Thesis, 2007.
26. Clarke, R. W.; Orte, A.; Klenerman, D. Anal. Chem. 2007, 79, 2771-2777.
27. Clegg, R. M.; Murchie, A. I. H.; Zechel, A.; Lilley, D. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993, 90, 2994-2998.
28. Dietrich, A.; Buschmann, V.; Muller, C.; Sauer, M. Rev. Mol. Biotechnol. 2002, 82, 211-231.
29. Marras, S. A. E.; Kramer, F. R.; Tyagi, S. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e122.
30. Johansson, M. K.; Cook, R. M. Chem. Eur. J. 2003, 9, 3466-3471.
31. James, J. R.; White, S. S.; Clarke, R. W.; Johansen, A. M.; Dunne, P. D.; Sleep, D. L.; Fitzgerald, W. J.; Davis, S. J.; Klenerman, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 17662-17667.
32. Orte, A.; Craggs, T. D.; White, S. S.; Jackson, S. E.; Klenerman, D. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 7898-7907.
33. Heilemann, M.; Margeat, E.; Kasper, R.; Sauer, M.; Tinnefeid, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3801-3806.
34. White, S. S.; Li, H.; Marsh, R. J.; Piper, J. D.; Leonczek, N. D.; Nicolaou, N.; Bain, A. J.; Ying, L.; Klenerman, D. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 11423-11432.
35. Kong, X.; Nir, E.; Hamadani, K.; Weiss, S. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 4643-4654.
36. Antonik, M.; Felekyan, S.; Gaiduk, A.; Seidel, C. A. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6970-6978.
37. Nir, E.; Michalet, X.; Hamadani, K. M.; Laurence, T. A.; Neuhauser, D.; Kovchegov, Y.; Weiss, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22103-22124.
38. Lee, N. K.; Kapanidis, A. N.; Wang, Y.; Michalet, X.; Mukhopadhyay, J.; Ebright, R. H.; Weiss, S. Biophys. J. 2005, 88, 2939-2953.