P53-induced DNA bending: The interplay between p53-DNA and p53-p53 interactions

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 21, 2008, Pages 6716-6724

  Pan, Yongping ^a   Nussinov, Ruth ^a,b  

^a SAIC FREDERICK INC   (United States)

^b TEL AVIV UNIVERSITY   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BENDING (DEFORMATION); DYNAMICS; FLOW INTERACTIONS; GENES; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEIC ACIDS; ORGANIC ACIDS; QUANTUM CHEMISTRY; STRUCTURAL ANALYSIS; TRAJECTORIES;

BASE PAIRINGS; BASE PAIRS; DIMER-DIMER INTERACTIONS; DNA BENDING; DNA COMPLEXES; DNA INTERACTIONS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; RESPONSE ELEMENTS; SPECIFIC INTERACTIONS; TETRAMER; TRANSCRIPTION ACTIVATION;

DNA;

DNA; PROTEIN P53;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CONFORMATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION;

BASE SEQUENCE; DNA; MODELS, MOLECULAR; NUCLEIC ACID CONFORMATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN CONFORMATION; TUMOR SUPPRESSOR PROTEIN P53;

EID: 49149090309     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp800680w     Document Type: Article

References (53)

1. Kasan, M. B.; Onyekwere, O.; Sidransky, D.; Vogelstein, B.; Craig, R. W. Cancer Res. 1991, 51, 6304.
2. Vousden, K. H. Biochim. Biophys. Acta 2002, 1602, 47.
3. Vousden, K. H.; Lu, X. Nat. Rev. Cancer 2002, 2, 594.
4. el-Deiry, W. S. Semin. Cancer Biol. 1998, 8, 345.
5. Bargonetti, J.; Friedman, P. N.; Kern, S. E.; Vogelstein, B.; Prives, C. Cell 1991, 65, 1083.
6. Balagurumoorthy, P.; Sakamoto, H.; Lewis, M. S.; Zambrano, N.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Appella, E.; Harrington, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 1995, 92, 8591
7. el-Deiry, W. S.; Kern, S. E.; Pietenpol, J. A.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B. Nat. Genet. 1992, 7, 45.
8. Balagurumoorthy, P.; Lindsay, S. M.; Harrington, R. E. Biophys. Chem. 2002, 101-102611.
9. Funk, W. D.; Pak, D. T.; Karas, R. H.; Wright, W. E.; Shay, J. W. Mol. Cell. Biol. 1992, 12, 2866.
10. Fields, S.; Jang, S. K. Science 1990, 249, 1046.
11. Cho, Y.; Gorina, S.; Jeffrey, P. D.; Pavletich, N. P. Science 1994, 265, 346.
12. Clore, G. M.; Omichinski, J. G.; Sakaguchi, K.; Zambrano, N.; Sakamoto, H.; Appella, E.; Gronenborn, A. M. Science 1994, 265, 386.
13. Nagaich, A. K.; Appella, E.; Harrington, R. E. J. Biol. Chem. 1997, 272, 14842.
14. Nagaich, A. K.; Zhurkin, V. B.;.; Durell, S. R.; Jernigan, R. L.;.; Appella, E.; Harrington, R. E. Proc. Natl. Acad. ScL U.S.A. 1999, 96,1875.
15. Cherny, D. I.; Striker, G.; Subramaniam, V.; Jett, S. D.; Paleèek, E.; Jovin, T. M. J. Mol. Biol. 1999, 294, 1015.
16. Ceskova, P.; Chichger, H.; Wallace, M.; Vojtesek, B.; Hupp, T. R. J. Mol. Biol. 2006, 357, 442.
17. Weinberg, R. L.; Veprintsev, D. B.; Bycroft, M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2005, 345, 589.
18. Rippin, T. M.; Freund, S. M.; Veprintsev, D. B.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2002, 319, 351.
19. Ho, W. G; Fitzgerald, M. X.; Marmorstein, R. J. Biol. Chem. 2006, 281, 20494.
20. Kitayner, M.; Rozenberg, H.; Kessler, N.; Rabinovich, D.; Shaulov, L.; Haran, T. E.; Shakked, Z. Mol. Cell 2006, 22, 741.
21. Waterman, J. L.; Shenk, J. L.; Halazonetis, T. D. Embo J. 1995, 14, 512.
22. Wang, S.; Kool, E. T. Biochemistry 1995, 34, 4125.
23. McLure, K. G.; Lee, P. W. Embo J. 1998, 17, 3342.
24. Nagaich, A. K.; Zhurkin, V. B.; Sakamoto, H.; Gorin, A. A.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Appella, E.; Harrington, R. E. J. Biol. Chem. 1997, 272, 14830.
25. Klein, C.Planker, E.; Diercks, T.; Kessler, H.; Kunkele, K. P.; Lang, K.; Hansen, S.; Schwaiger, M. J. Biol. Chem. 2001, 276, 49020.
26. Sun, X. Z.; Vinci, C. Makmura, L.; Han, S.; Tran, D.; Nguyen, J.; Hamann, M.; Grazziani, S.; Sheppard, S.; Gutova, M.; Zhou, F.; Thomas, J.; Momand, J. Antioxid Redox Signal 2003, 5, 655.
27. Dehner, A.; Klein, C. Hansen, S.; Muller, L.; Buchner, J.; Schwaiger, M.; Kessler, H. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 2005, 44, 5247.
28. Pan, Y.; Nussinov, R. J. Biol. Chem. 2007, 282, 691.
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
30. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
31. MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C. State, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
32. Phillips, J. C. Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C. Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.
33. Beck, D. A.; Armen, R. S.; Daggett, V. Biochemistry 2005, 544, 609.
34. Norberg, J.; Nilsson, L. Biophys. J. 2000, 79, 1537.
35. Swaminathan, S.; Ravishanker, G.; Beveridge, D. L.; Lavery, R.; Etchebest, G; Sklenar, H. Proteins 1990, 8, 179.
36. Ravishanker, G.; Swaminathan, S.; Beveridge, D. L.; Lavery, R.; Sklenar, H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 6, 669.
37. Wei, C. L.; Wu, Q.; Vega, V. B.; Chiu, K. P.; Ng, P.; Zhang, T.; Shahab, A.; Yong, H. C, Fu, Y.; Weng, Z.; Liu, J.; Zhao, X. D.; Chew, J. L.; Lee, Y. L.; Kuznetsov, V. A.; Sung, W. K.; Miller, L. D.; Lim, B.; Liu, E. T.; Yu, Q.; Ng, H. H.; Ruan, Y. Cell 2006, 124, 207.
38. el Hassan, M. A.; Calladine, C. R. J. Mol. Biol. 1995, 251 648.
39. Chen, X.; McDowell, J. A.; Kierzek, R.; Krugh, T. R.; Turner, D. H. Biochemistry 2000, 39, 8970.
40. Pan, Y.; Priyakumar, U. D.; MacKerell, A. D. Biochemistry 2005, 44, 1433.
41. Range, K.; Mayaan, E.; Maher, L. J.; York, D. M. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 1257.
42. Manning, G. S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15087.
43. de Souza, O. N.; Ornstein, R. L. Biopolymers 1998, 46, 403.
44. Strahs, D.; Schlick, T. J. Mol. Biol. 2000, 301 643.
45. Davis, N. A.; Majee, S. S.; Kahn, J. D. J. Mol. Biol. 1999, 291, 249.
46. Fujii, S.; Kono, H.; Takenaka, S.; Go, N.; Sarai, A. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 6063.
47. Faiger, H.; Ivanchenko, M.; Haran, T. E. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 4409.
48. Heddi, B.; Foloppe, N.; Hantz, E.; Hartmann, B. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1403.
49. Zhou, H.; Zhang, Y.; Ou-Yang, Z.; Lindsay, S. M.; Feng, X. Z.; Balagurumoorthy, P.; Harrington, R. E. Mol. Biol 2001, 306, 227.
50. McKinney, K.; Mama, M.; Gottifredi, V.; Prives, C. Mol. Cell 2004, 16, 413.
51. McKinney, K.; Prives, C. Mol. Cell. Biol. 2802, 22, 6797.
52. Inga, A.; Storici, F.; Darden, T. A.; Resnick, M. A. Mol. Cell. Biol. 2002, 22, 8612.
53. Okorokov, A. L.; Sherman, M. B.; Plisson, C.; Grinkevich, V.; Sigmundsson, K.; Selivanova, G.; Milner, J.; Orlova, E. V. Embo J. 2066, 25, 5191.