Mass spectrometric analysis of cross-linking sites for the structure of proteins and protein complexes

Molecular BioSystems

Volumn 4, Issue 8, 2008, Pages 816-823

  Jin Lee, Young ^a,b  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b IOWA STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CROSS LINKING REAGENT; MULTIPROTEIN COMPLEX; PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; CHEMISTRY; HUMAN; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN CONFORMATION; REVIEW;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CROSS-LINKING REAGENTS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MULTIPROTEIN COMPLEXES; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEINS;

EID: 47549096059     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b801810c     Document Type: Review

References (64)

1. H. Steen M. Mann Nat. Rev. 2004 5 699
2. E. C. McCusker S. E. Bane M. A. O'Malley A. S. Robinson Biotechnol. Prog. 2007 23 540 547
3. A. Sali Structure 2003 11 1043 1047
4. A. Yee K. Pardee D. Christendat A. Savchemko A. M. Edwards C. H. Arrowsmith Acc. Chem. Res. 2003 36 183 189
5. B. Qian S. Raman R. Das P. Bradley A. J. McCoy R. J. Read D. Baker Nature 2007 450 259 264
6. A. Sinz Mass Spectrom. Rev. 2006 25 663 682
7. M. A. Trakselis S. C. Alley F. T. Ishmael Bioconjugate Chem. 2005 16 741
8. P. Friedhoff Anal. Bioanal. Chem. 2005 381 78 80
9. A. D. J. van Dijk R. Boelens A. M. J. J. Bonvin FEBS J. 2005 272 293 312
10. K. Melcher Curr. Protein Pept. Sci. 2004 5 287 96
11. R. Kluger A. Alagic Bioorg. Chem. 2004 32 451 472
12. P. Novak A. E. Giannakopulos Eur. J. Mass Spectrom. 2007 13 105 113
13. J. W. Back L. de Jong A. O. Muijsers C. G. Koster J. Mol. Biol. 2003 331 303 313
14. O. N. Jensen D. F. Barofsky M. C. Young P. H. von Hippel S. Swenson S. E. Seifried Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993 7 496 501
15. J. L. P. Benesch B. T. Ruotolo D. A. Simmons C. V. Robinson Chem. Rev. 2007 107 3544 3567
16. S. S. Wong, Chemistry of Protein Conjugation and Cross-Linking, CRC Press, Boca Raton, FL, 1991
17. www.piercenet.com/xlink95d
18. M. Trester-Zedlitz K. Kamada S. K. Burley D. Fenyoe B. T. Chait T. W. Muir J. Am. Chem. Soc. 2003 125 2416 2425
19. J. Toews, P. Schubert, B. W. Sutherland and J. Kast, June 4, 41 Proceedings of the 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Indianapolis, WA, June 3-7, 2007
20. R. B. Jacobsen K. L. Sale M. J. Ayson P. Novak J. Hong P. Lane N. L. Wood G. H. Kruppa M. M. Young J. S. Schoeniger Protein Sci. 2006 15 1303 1317
21. M. Suchanek A. Radzikowska C. Thiele Nat. Methods 2005 2 261 7
22. M. Vila-Perello M. R. Pratt F. Tulin T. W. Muir J. Am. Chem. Soc. 2007 129 8068 8069
23. E. J. Soderblom M. B. Goshe Anal. Chem. 2006 78 8059 8068
24. X. Tang G. R. Munske W. F. Siems J. E. Bruce Anal. Chem. 2005 77 311 318
25. P. T. Kasper J. W. Back M. Vitale A. F. Hartog W. Roseboom L. J. Koning J. H. Maarseveen A. O. Muijsers C. G. Koster L. de Jong ChemBioChem 2007 8 1281 1292
26. X. Guo P. Bandyopadhyay B. Schilling M. M. Young N. Fujii T. Aynechi R. K. Guy I. D. Kuntz B. W. Gibson Anal. Chem. 2008 80 951 960
27. B. Schilling R. H. Row B. W. Gibson X. Guo M. M. Young J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003 14 834 850
28. G. H. Dihazi A. Sinz Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003 17 2005 2014
29. D. R. Goodlett, L. Malmstrom, C. Hughes, P. Singh, C. Zhao, A. Scherl, J. Liu, S. Shaffer and J. Langridge, June 4, 42, Proceedings of the 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Indianapolis, WA. June 3-7, 2007
30. Y. J. Lee L. L. Lackner J. M. Nunnari B. S. Phinney J. Proteome Res. 2007 6 3908 3917
31. M. M. Young N. Tang J. C. Hempel C. M. Oshiro E. W. Taylor I. D. Kuntz B. W. Gibson G. Dollinger Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 5802 5806
32. K. L. Bennett M. Kussmann P. Björk M. Godzwon M. Mikkelsen P. Sørensen P. Roepstoref Protein Sci. 2000 9 1503 1518
33. F. X. Chu S. O. Shan D. T. Moustakas F. Alber P. F. Egea R. M. Stroud P. Walter A. L. Burlingame Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 16454 16459
34. Y. Tang Y. Chen C. F. Lichti R. A. Hall K. D. Raney S. F. Jennings BMC Bioinf. 2005 6 S9
35. L. J. Koning P. T. Kasper J. W. Back M. A. Nessen F. Vanrobaeys J. Beeumen E. Gherardi C. G. Koster L. de Jong FEBS Journal 2006 273 281 291
36. J. W. Back V. Notenboom L. J. Koning A. O. Muijsers T. K. Sixma C. G Koster L. Z. de Jong Anal. Chem. 2002 74 4417 4422
37. T. Taverner N. E. Hall R. A. J. O'Hair R. J. Simpson J. Biol. Chem. 2002 277 46487 46492
38. B. Schilling R. H. Row B. W. Gibson X. Guo M. M. Young J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003 14 834 850
39. V. Schnaible S. Wefing A. Resemann D. Suckau A. Bücker S. Wolf-Kümmeth D. Hoffmann Anal. Chem. 2002 74 4980 4988
40. Q. X. Gao S. Xue C. E. Doneanu S. A. Shaffer D. R. Goodlett S. D. Nelson Anal. Chem. 2006 78 2145 2149
41. J. Seebacher P. Mallick N. Zhang J. S. Eddes R. Aebersold M. H. Gelb J. Proteome Res. 2006 5 2270 2282
42. G. A. Anderson N. Tolic X. Tang C. Zheng J. E. Bruce J. Proteome Res. 2007 6 3412 3421
43. Y. J. Lee L. L. Lackner J. M. Nunnari B. S. Phinney J. Proteome Res. 2007 6 3908 3917
44. J. K. Eng A. L. McCormack J. R. Yates III J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994 5 976 989
45. D. N. Perkins D. J. C. Pappin D. M. Creasy J. S. Cottrell Electrophoresis 1999 20 3551 3567
46. D. Fenyö R. C. Beavis Anal. Chem. 2003 75 768 774
47. L. Y. Geer S. P. Markey J. A. Kowalak L. Wagner M. Xu D. M. Maynard X. Yang W. Shi S. H. Bryant J. Proteome Res. 2004 3 958 964
48. Young Jin Lee, in preparation
49. A. Maiolica D. Cittaro D. Borsotti L. Sennels C. Ciferri C. Tarricone A. Musacchio J. Rappsilber Mol. Cell. Proteomics 2007 6 2200 2211
50. O. Rinner J. Seebacher T. Walzthoeni L. Mueller M. Beck A. Schmidt M. Mueller R. Aebersold Nature Method 2008 5 315 318
51. T. Taverner N. E. Hall R. A. J. O'Hair R. J. Simpson J. Biol. Chem. 2002 277 46487 46492
52. J. R. Auclair K. M. Green S. Shandilya J. E. Evans M. Somasundaran C. A. Schiffer Proteins 2007 69 270 284
53. R. Nechifor K. S. Wilson J. Mol. Biol. 2007 368 1412 1425
54. A. Nyarko K. Mosbahi A. J. Rowe A. Leech M. Boter K. Shirasu C. Kleanthous Biochemistry 2007 46 11331 11341
55. C. Kitatsuji M. Kurogochi S.-I. Nishimura K. Ishimori K. Wakasugi J. Mol. Biol. 2007 368 150 160
56. B. X. Huang H.-Y. Kim Mol. Cell. Proteomics 2006 5 1045 1053
57. O. W. Nadeau D. W. Anderson Q. Yang A. Artigues J. E. Paschall G. J. Wyckoff J. L. McClintock G. M. Carlson J. Mol. Biol. 2007 365 1429 1445
58. J. K. Forwood A. S. Thakur G. Guncar M. Marfori D. Mouradov W. Meng J. Robinson T. Huber S. Kellie J. L. Martin D. A. Hume B. Kobe Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 10382 10387
59. R. A. Gangani D. Silva L. A. Schneeweis S. C. Krishnan X. Zhang P. H. Axelsen W. S. Davidson J. Biol. Chem. 2007 282 9713 9721
60. R. B. Jacobsen K. L. Sale M. J. Ayson P. Novak J. Hong P. Lane N. L. Wood G. H. Kruppa M. M. Young J. S. Schoeniger Protein Sci. 2006 15 1303 1317
61. J. Schoeniger, R. Jacobsen and K. Sale, June 6, 159, Proceedings of the 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics, Indianapolis, WA, June 3-7, 2007
62. E. Kühn-Hö lsken O. Dybkov B. Sander R. Lührmann H. Urlaub Nucleic Acids Res. 2007 35 e95
63. C. Lenz E. Kühn-Hölsken H. Urlaub J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2007 18 869 881
64. S. P. Gaucher M. Z. Hadi M. M. Young J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006 17 395 405