Toward a framework for sulfoproteomics: Synthesis and characterization of sulfotyrosine-containing peptides

Biopolymers - Peptide Science Section

Volumn 90, Issue 3, 2008, Pages 459-477

  Seibert, Christoph ^a   Sakmar, Thomas P ^a  

^a ROCKEFELLER UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Mass spectrometry; Peptide synthesis; Protein sulfation; Sulfoproteomics; TPST; Tyrosine O sulfonation; Tyrosine sulfation; Tyrosylprotein sulfotransferase

Indexed keywords

AMINES; BIOCHEMISTRY; COAGULATION; FLOW INTERACTIONS; HEALTH; LIGANDS; PEPTIDES; PROTEINS;

AFFINITY BINDING; ANALYTICAL METHODS; BLOOD COAGULATION; CHEMOKINE LIGANDS; CHEMOKINE RECEPTORS; CHEMOKINES; EXTRA-CELLULAR PROTEINS; HOST CELLS; INFECTIOUS DISEASES; LEUKOCYTE ADHESION; LEUKOCYTE CHEMOTAXIS; MALARIA PARASITES; MASS SPECTROMETRY; P-SELECTIN GLYCOPROTEIN LIGAND-1; PEPTIDE SYNTHESIS; PHYSIOLOGICAL PROCESSING; PLASMODIUM VIVAX; POST-TRANSLATIONAL MODIFICATIONS; PROTEIN FUNCTIONS; PROTEIN SULFATION; SELECTIN; SULFOPROTEOMICS; SYNTHESIS AND CHARACTERIZATION; TPST; TRANS-MEMBRANE PROTEINS; TYROSINE O-SULFONATION; TYROSINE SULFATION; TYROSYLPROTEIN SULFOTRANSFERASE; VON WILLEBRAND FACTOR;

AMINO ACIDS;

BLOOD CLOTTING FACTOR 8; CHEMOKINE RECEPTOR; CHEMOKINE RECEPTOR CCR5; GLYCOPROTEIN; LIGAND; MEMBRANE PROTEIN; PADGEM PROTEIN; PROTEOME; SERINE; THREONINE; TYROSINE; VON WILLEBRAND FACTOR; DRUG DERIVATIVE; PEPTIDE; PROTEIN TYROSINE SULFOTRANSFERASE; PROTEIN-TYROSINE SULFOTRANSFERASE; SULFOTRANSFERASE; TYROSINE O-SULFATE; TYROSINE SULFATE;

ANALYTIC METHOD; BINDING AFFINITY; BLOOD CLOTTING; BLOOD GROUP DUFFY SYSTEM; CELL INVASION; CONCEPTUAL FRAMEWORK; ENZYMOLOGY; ERYTHROCYTE; ESCHERICHIA COLI; EUKARYOTIC CELL; HOST CELL; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; IN VITRO STUDY; INFECTION; LEUKOCYTE ADHERENCE; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; NEUTROPHIL CHEMOTAXIS; NONHUMAN; PEPTIDE SYNTHESIS; PLASMODIUM; PLASMODIUM VIVAX; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN BINDING; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN LOCALIZATION; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN SECRETION; PROTEIN STRUCTURE; PROTEOMICS; REGULATORY MECHANISM; REVIEW; STRUCTURE ANALYSIS; SULFATION; SULFONATION; VIRUS ENTRY; AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; CATALYSIS; CHEMISTRY; HUMAN; INSTRUMENTATION; METABOLISM; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; SYNTHESIS;

HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; PLASMODIUM VIVAX;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; CATALYSIS; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDES; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEOMICS; SULFOTRANSFERASES; TYROSINE;

EID: 46749128220     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.20821     Document Type: Review

References (162)

1. Huttner, W. B. Nature 1982, 299, 273-276.
2. Baeuerle, P. A.; Huttner, W. B. J Biol Chem 1985, 260, 6434-6439.
3. Moore, K. L. J Biol Chem 2003, 278, 24243-24246.
4. Baeuerle, P. A.; Huttner, W. B. J Cell Biol 1987, 105, 2655-2664.
5. Lee, R. W.; Huttner, W. B. J Biol Chem 1983, 258, 11326-11334.
6. Lee, R. W.; Huttner, W. B. Proc Natl Acad Sci USA 1985, 82, 6143-6147.
7. Ouyang, Y. B.; Lane, W. S.; Moore, K. L. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 2896-2901.
8. Ouyang, Y. B.; Moore, K. L. J Biol Chem 1998, 273, 24770-24774.
9. Beisswanger, R.; Corbeil, D.; Vannier, C.; Thiele, C.; Dohrmann, U.; Kellner, R.; Ashman, K.; Niehrs, C.; Huttner, W. B. Proc Natl Acad Sci USA 1998, 95, 11134-11139.
10. Goettsch, S.; Badea, R. A.; Mueller, J. W.; Woulaw, C.; Schoelermann, B.; Schulz, L.; Rabiller, M.; Bayer, P.; Hartmann-Fatu, C. J Mol Biol 2006, 361, 436-449.
11. Seibert, C.; Cadene, M.; Sanfiz, A.; Chait, B. T.; Sakmar, T. P. Proc Natl Acad Sci USA 2002, 99, 11031-11036.
12. Ouyang, Y B.; Crawley, J. T.; Aston, C. E.; Moore, K. L. J Biol Chem 2002, 277, 23781-23787.
13. Borghei, A.; Ouyang, Y. B.; Westmuckett, A. D.; Marcello, M. R.; Landel, C. P.; Evans, J. P.; Moore, K. L. J Biol Chem 2006, 281, 9423-9431.
14. Huttner, W. B.; Baeuerle, P. A. In Modern Cell Biology; Satir, B., Ed.; Alan R. Liss: New York, 1989; pp, 97-140.
15. Kehoe, J. W.; Bertozzi, C. R. Chem Biol 2000, 7, R57-R61.
16. Friederich, E.; Fritz, H. J.; Huttner, W. B. J Cell Biol 1988, 107, 1655-1667.
17. Bundgaard, J. R.; Vuust, J.; Rehfeld, J. F. EMBO J 1995, 14, 3073-3079.
18. Stone, S. R.; Hofsteenge, J. Biochemistry 1986, 25, 4622-4628.
19. Wilkins, P. P.; Moore, K. L.; McEver, R. P.; Cummings, R. D. J Biol Chem 1995, 270, 22677-22680.
20. Leyte, A.; van Schijndel, H. B.; Niehrs, C.; Huttner, W. B.; Verbeet, M. P.; Mertens, K.; van Mourik, J. A. J Biol Chem 1991, 266, 740-746.
21. Farzan, M.; Mirzabekov, T.; Kolchinsky, P.; Wyatt, R.; Cayabyab, M.; Gerard, N. P.; Gerard, C.; Sodroski, I.; Choe, H. Cell 1999, 96, 667-676.
22. Farzan, M.; Vasilieva, N.; Schnitzler, C. E.; Chung, S.; Robinson, J.; Gerard, N. P.; Gerard, C.; Choe, H.; Sodroski, J. J Biol Chem 2000, 275, 33516-33521.
23. Bannert, N.; Craig, S.; Farzan, M.; Sogah, D.; Santo, N. V.; Choe, H.; Sodroski, J. J Exp Med 2001, 194, 1661-1673.
24. Cormier, E. G.; Persuh, M.; Thompson, D. A.; Lin, S. W.; Sakmar, T. P.; Olson, W. C.; Dragic, T. Proc Natl Acad Sci USA 2000, 97, 5762-5767.
25. Choe, H.; Li, W.; Wright, P. L.; Vasilieva, N.; Venturi, M.; Huang, C. C.; Grundner, C.; Dorfman, T.; Zwick, M. B.; Wang, L.; Rosenberg, E. S.; Kwong, P. D.; Burton, D. R.; Robinson, J. E.; Sodroski, J. G.; Farzan, M. Cell 2003, 114, 161-170.
26. Huang, C. C.; Venturi, M.; Majeed, S.; Moore, M. J.; Phogat, S.; Zhang, M. Y.; Dimitrov, D. S.; Hendrickson, W. A.; Robinson, J.; Sodroski, J.; Wyatt, R.; Choe, H.; Farzan, M.; Kwong, P. D. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 2706-2711.
27. Dorfman, T.; Moore, M. J.; Guth, A. C.; Choe, H.; Farzan, M. J Biol Chem 2006, 281, 28529-28535.
28. Farzan, M.; Babcock, G. J.; Vasilieva, N.; Wright, P. L.; Kiprilov, E.; Mirzabekov, T.; Choe, H. J Biol Chem 2002, 277, 29484-29489.
29. Veldkamp, C. T.; Seibert, C.; Peterson, F. C.; Sakmar, T. P.; Volkman, B. F. J Mol Biol 2006, 359, 1400-1409.
30. Preobrazhensky, A. A.; Dragan, S.; Kawano, T.; Gavrilin, M. A.; Gulina, I. V.; Chakravarty, L.; Kolattukudy, P. E. J Immunol 2000, 165, 5295-5303.
31. Fong, A. M.; Alam, S. M.; Imai, T.; Haribabu, B.; Patel, D. D. J Biol Chem 2002, 277, 19418-19423.
32. Gutierrez, J.; Kremer, L.; Zaballos, A.; Goya, L; Martinez-A, C.; Marquez, G. J Biol Chem 2004, 279, 14726-14733.
33. Colvin, R. A.; Campanella, G. S.; Manice, L. A.; Luster, A. D. Mol Cell Biol 2006, 26, 5838-5849.
34. Farzan, M.; Schnitzler, C. E.; Vasilieva, N.; Leung, D.; Kuhn, J.; Gerard, C.; Gerard, N. P.; Choe, H. J Exp Med 2001, 193, 1059-1066.
35. Gao, J.; Choe, H.; Bota, D.; Wright, P. L.; Gerard, C.; Gerard, N. P. J Biol Chem 2003, 278, 37902-37908.
36. Costagliola, S.; Panneels, V.; Bonomi, M.; Koch, J.; Many, M. C.; Smits, G.; Vassart, G. EMBO J 2002, 21, 504-513.
37. Choe, H.; Moore, M. J.; Owens, C. M.; Wright, P. L.; Vasilieva, N.; Li, W.; Singh, A. P.; Shakri, R.; Chitnis, C. E.; Farzan, M. Mol Microbiol 2005, 55, 1413-1422,
38. Gregory, H.; Hardy, P. M.; Jones, D. S.; Kenner, G. W.; Sheppard, R. C. Nature 1964, 204, 931-933.
39. Brand, S. J.; Andersen, B. N.; Rehfeld, J. E Nature 1984, 309, 456-458.
40. Anastasi, A.; Erspamer, V.; Endean, R. Arch Biochem Biophys 1968, 125, 57-68.
41. Johnson, L. R.; Stening, G. F.; Grossman, M. I. Gastroenterology 1970, 58, 208-216.
42. Johnsen, A. H.; Rehfeld, J. F. J Biol Chem 1990, 265, 3054-3058.
43. Nachman, R. J.; Holman, G. M.; Haddon, W. F.; Ling, N. Science 1986, 234, 71-73.
44. Nachman, R. J.; Holman, G. M.; Cook, B. J.; Haddon, W. F.; Ling, N. Biochem Biophys Res Commun 1986, 140, 357-364.
45. Torfs, P.; Baggerman, G.; Meeusen, T.; Nieto, J.; Nachman, R. J.; Calderon, J.; De Loof, A.; Schoofs, L. Biochem Biophys Res Commun 2002, 299, 312-320.
46. Johnsen, A. H.; Duve, H.; Davey, M.; Hall, M.; Thorpe, A. Eur J Biochem 2000, 267, 1153-1160.
47. Nichols, R.; Schneuwly, S. A.; Dixon, J. E. J Biol Chem 1988, 263, 12167-12170.
48. Kubiak, T. M.; Larsen, M. J.; Burton, K. J.; Bannow, C. A.; Martin, R. A.; Zantello, M. R.; Lowery, D. E. Biochem Biophys Res Commun 2002, 291, 313-320.
49. Unsworth, C. D.; Hughes, J.; Morely, J. S. Nature 1982, 295, 519-522.
50. Anastasi, A.; Bertaccini, G.; Erspamer, V. Br J Pharmacol Chemother 1966, 27, 479-485.
51. Loughnan, M.; Bond, T.; Atkins, A.; Cuevas, J.; Adams, D. J.; Broxton, N. M.; Livett, B. G.; Down, J. G.; Jones, A.; Alewood, P. F.; Lewis, R. J. J Biol Chem 1998, 273, 15667-15674.
52. Loughnan, M. L.; Nicke, A.; Jones, A.; Adams, D. J.; Alewood, P. F.; Lewis, R. J. J Med Chem 2004, 47, 1234-1241.
53. Wolfender, J. L.; Chu, F.; Ball, H.; Wolfender, F.; Fainzilber, M.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. J Mass Spectrom 1999, 34, 447-454.
54. Matsubayashi, Y.; Sakagami, Y. Proc Natl Acad Sci USA 1996, 93, 7623-7627.
55. Yang, H.; Matsubayashi, Y.; Nakamura, K.; Sakagami, Y. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 13560-13565.
56. Skrzypczak-Jankun, E.; Carperos, V. E.; Ravichandran, K. G.; Tulinsky, A.; Westbrook, M.; Maraganore, J. M. J Mol Biol 1991, 221, 1379-1393.
57. Priestle, J. P.; Rahuel, J.; Rink, H.; Tones, M.; Grutter, M. G. Prot Sci 1993, 2, 1630-1642.
58. Vijayalakshmi, J.; Padmanabhan, K. R; Mann, K. G.; Tulinsky, A. Prot Sci 1994, 3, 2254-2271.
59. Somers, W. S.; Tang, J.; Shaw, G. D.; Camphausen, R. T. Cell 2000, 103, 467-479.
60. Monigatti, F.; Hekking, B., Steen, H. Biochim Biophys Acta. 2006, 1764, 1904-1913.
61. Hoffhines, A. J.; Damoc, E.; Bridges, K. G.; Leary, J. A.; Moore, K. L. J Biol Chem 2006, 281, 37877-37887.
62. Huttner, W. B. Methods Enzymol 1984, 107, 200-223.
63. Kitagawa, K.; Aida, C.; Fujiwara, H.; Yagami, T.; Futaki, S.; Kogire, M.; Ida, J.; Inoue, K. J Org Chem 2001, 66, 1-10.
64. Moroder, L.; Wilschowitz, L.; Jaeger, E.; Knof, S.; Thamm, P.; Wunsch, E. In Hormone Receptors in Digestion and Nutrition; Rosselin, G.; Fromageot, P.; Bonfils, S., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1979; pp 129-135.
65. Moroder, L.; Wilschowitz, L.; Jaeger, E.; Knof, S.; Thamm, P.; Wunsch, E. Hoppe Seylers Z Physiol Chem 1979, 360, 787-790.
66. Moroder, L.; Wilschowitz, L.; Gemeiner, M.; Gohring, W.; Knof, S.; Scharf, R.; Thamm, P.; Gardner, J. D.; Solomon, T. E.; Wunsch, E. Hoppe-Seylers Z Physiol Chem 1981, 362,929-942.
67. Penke, B.; Toth, G. K.; Zarandy, M.; Nagy, A.; Kovacs, K. In Peptide 1980, Proceedings of the 16th European Peptide Symposium; Brunefeld, K., Ed.; Scriptor: Copenhagen, 1981; pp 253-257.
68. Merrifield, R. B. J Am Chem Soc 1963, 85, 2149-2154.
69. Carpino, L. A.; Han, G. Y. J Org Chem 1972, 37, 3404-3409.
70. Yagami, T.; Shiwa, S.; Futaki, S.; Kitagawa, K. Chem Pharm Bull (Tokyo) 1993, 41, 376-380.
71. Penke, B.; Nyerges, L. Pept Res 1991, 4, 289-295.
72. Kice, J. L.; Anderson, J. M. J Am Chem Soc 1966, 88, 5242-5245.
73. Yagami, T.; Kitagawa, K.; Aida, C.; Fujiwara, H.; Futaki, S. J Pept Res 2000, 56, 239-249.
74. Yagami, T.; Kitagawa, K.; Futaki, S. Rapid Commun Mass Spectrom 1995, 9, 1335-1341.
75. Kitagawa, K.; Futaki, S.; Yagami, T.; Sumi, S.; Inoue, K. Int J Pept Prot Res 1994, 43, 190-200.
76. Leppanen, A.; White, S. P.; Helin, J.; McEver, R. P.; Cummins, R. D. J Biol Chem 2000, 275, 39569-39578.
77. Kitagawa, K.; Aida, C.; Fujiwara, H.; Yagami, T.; Futaki, S. Chem Pharm. Bull (Tokyo) 2001, 49, 958-963.
78. Duma, L.; Haussinger, D.; Rogowski, M.; Lusso, P.; Grzesiek, S. J Mol Biol 2007, 365, 1063-1075.
79. Kitagawa, K.; Aida, C.; Fujiwara, H.; Yagami, T.; Futaki, S. In Peptides-Frontiers of Peptide Science, Proceedings of the 15th American Peptide Symposium; Tam, J. P.; Kaumaya, P. T. P., Eds.; Kluwer: Dordrecht, 1999; pp 295-296.
80. Koeller, K. M.; Smith, M. E.; Wong, C. H. Bioorg Med Chem 2000, 8, 1017-1025.
81. Simpson, L. S.; Widlanski, T. S. J Am Chem Soc 2006, 128, 1605-1610.
82. Marseigne, I.; Roy, P.; Dor, A.; Durieux, C.; Pelaprat, D.; Reibaud, M.; Blanchard, J. C.; Roques, B. P. J Med Chem 1989, 32, 445-449.
83. Hatano, J. Biochem Z 1923, 145, 182-185.
84. Baumgarten, P.; Marggraff, L; Dammann, E. Hoppe-Seylers Z. Physiol Chem 1932, 209, 145-165.
85. Reitz, H. C.; Ferrel, R. E.; Olcott, H. S.; Fraenkel-Conrat, H. J Am Chem Soc 1946, 68, 1031-1035.
86. Bettelheim, F. R. J Am Chem Soc 1954, 76, 2838-2839.
87. Reitz, H. C.; Ferrel, R. E.; Fraenkel-Conrat, H.; Olcott, H. S. J Am Chem Soc 1946, 68, 1024-1031.
88. Dodgson, K. S.; Rose, F. A.; Tudball, N. Biochem J 1959, 71, 10-15.
89. Ondetti, M. A.; Pluscec, J.; Sabo, E. F.; Sheehan, J. T.; Williams, N. J Am Chem Soc 1970, 92, 195-199.
90. Fujii, N.; Futaki, S.; Funakoshi, S.; Akaji, K.; Morimoto, H.; Ikemura, O.; Yajima, H. Chem Pharm Bull (Tokyo) 1988, 36, 3271-3280.
91. Koeller, K. M.; Smith, M. E. B.; Huang, R. F.; Wong, C. H. J Am Chem Soc 2000, 122, 4241-4242.
92. Huang, K. T.; Wu, B. C.; Lin, C. C.; Luo, S. C.; Chen, C.; Wong, C. H.; Lin, C. C. Carbohydr Res 2006, 341, 2151-2155.
93. Futaki, S.; Taike, T.; Yagami, T.; Ogawa, T.; Akita, T.; Kitagawa, K. J Chem Soc Perkin Trans 1990, 1, 1739-1744.
94. Futaki, S.; Taike, T.; Akita, T.; Kitagawa, K. Tetrahedron 1992, 48, 8899-8914.
95. Warner, D. T.; Coleman, L. L. J Org Chem 1958, 23, 1133-1135.
96. Sluyterman, L. A.; Kwestroo-Van Den Bosch, J. M, Biochim Biophys Acta. 1960, 38, 102-113.
97. Penke, B.; Hajnal, F.; Lonovics, J.; Holzinger, G.; Kadar, T.; Telegdy, G.; Rivier, J. J Med Chem 1984, 27, 845-849.
98. Niehrs, C.; Huttner, W. B.; Carvallo, D.; Degryse, E, J Biol Chem 1990, 265, 9314-9318.
99. Leppanen, A.; Mehta, P.; Ouyang, Y. B.; Ju, T.; Helin, J.; Moore, K. L.; van Die, I.; Canfield, W. M.; McEver, R. P.; Cummings, R. D. J Biol Chem 1999, 274, 24838-24848.
100. Kim, D. H.; Konishi, L.; Kobashi, K. Biochim Biophys Acta 1986, 872, 33-41.
101. Kim, B.; Hyun, Y. J.; Lee, K. S.; Kobashi, K.; Kim, D. H. Biol Pharm Bull 2007, 30, 11-14.
102. Kobashi, K.; Kim, D.-H.; Morikawa, T. J Prot Chem 1987, 6, 237-244.
103. Nakano, M.; Wada, K.; Sakamoto, K.; Odake, S.; Okayama, T.; Morikawa, T.; Kim, D.-H.; Kobashi, K. In Peptide Chemistry 1987; Shiba, T.; Sakakibara, S., Eds,; Protein Research Foundation: Osaka, 1988; pp 183-186.
104. Muramatsu, R.; Nukui, E.; Sukesada, A.; Misawa, S.; Komatsu, Y.; Okayama, T.; Wada, K.; Morikawa, T.; Hayashi, H.; Kobashi, K. Eur J Biochem 1994, 223, 243-248.
105. Dukkipati, A.; Vaclavikova, J.; Waghray, D.; Garcia, K. C. Prot Expr Purif 2006, 50, 203-214.
106. Sako, D.; Comess, K. M.; Barone, K. M.; Camphausen, R. T.; Cumming, D. A.; Shaw, G. D. Cell 1995, 83, 323-331.
107. Pouyani, T.; Seed, B. Cell 1995, 83, 333-343.
108. Goetz, D. J,; Greif, D. M.; Ding, H.; Camphausen, R. T.; Howes, S.; Comess, K. M.; Snapp, K. R.; Kansas, G. S.; Luscinskas, F. W. J Cell Biol 1997, 137, 509-519.
109. Hans, D.; Pattnaik, P.; Bhattacharyya, A.; Shakri, A. R.; Yazdani, S. S.; Sharma, M.; Choe, H.; Farzan, M.; Chitnis, C. E. Mol Microbiol 2005, 55, 1423-1434.
110. Hilsted, L.; Rehfeld, J. E J Biol Chem 1987, 262, 16953-16957.
111. Liu, C. C.; Schultz, P. G. Nat Biotechnol 2006, 24, 1436-1440.
112. Hortin, G.; Folz, R.; Gordon, J. I.; Strauss, A. W. Biochem Biophys Res Commun 1986, 141, 326-333.
113. Lin, W. H.; Larsen, K.; Hortin, G. L.; Roth, J. A. J Biol Chem 1992, 267, 2876-2879.
114. Rosenquist, G. L.; Nicholas, H. B. Prot Sci 1993, 2, 215-222.
115. Nicholas, H. B., Jr.; Chan, S. S.; Rosenquist, G. L. Endocrine 1999, 11, 285-292.
116. Bundgaard, J. R.; Vuust, J.; Rehfeld, J. F. J Biol Chem 1997, 272, 21700-21705.
117. Niehrs, C.; Huttner, W. B. EMBO J 1990, 9, 35-42.
118. Niehrs, C.; Kraft, M.; Lee, R. W.; Hutmer, W. B. J Biol Chem 1990, 265, 8525-8532.
119. Yu, K. M.; Liu, J.; Moy, R.; Lin, H. C.; Nicholas, H. B., Jr.; Rosenquist, G. L. Endocrine 2002, 19, 333-337.
120. Lin, H. C.; Tsai, K.; Chang, B. L.; Liu, J.; Young, M.; Hsu, W.; Louie, S.; Nicholas, H. B., Jr.; Rosenquist, G. L. Biochem Biophys Res Commun 2003, 312, 1154-1158.
121. Monigatti, F.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Jung, E. Bioinformatics 2002, 18, 769-770.
122. Onnerfjord, P.; Heathfield, T. F.; Heinegard, D. J Biol Chem 2004, 279, 26-33.
123. Bundgaard, J. R.; Johnsen, A. H.; Rehfeld, J. F. Methods Mol Biol 2002, 194, 223-239.
124. Burkart, M. D.; Wong, C. H. Anal Biochem 1999, 274, 131-137.
125. Rens-Domiano, S.; Hortin, G. L.; Roth, J. A. Mol Pharmacol 1989, 36, 647-653.
126. Zaia, J.; Boynton, R.; Heinegard, D.; Barry, F. Biochemistry 2001, 40, 12983-12991.
127. Snapp, K. R.; Ding, H.; Atkins, K.; Warnke, R.; Luscinskas, F. W.; Kansas, G. S. Blood 1998, 91, 154-164.
128. Kehoe, J. W.; Velappan, N.; Walbolt, M.; Rasmussen, J.; King, D.; Lou, J.; Knopp, K.; Pavlik, P.; Marks, J. D.; Bertozzi, C. R.; Bradbury, A. R. Mol Cell Proteomics 2006, 5, 2350-2363.
129. Medzihradszky, K. E; Darula, Z.; Perlson, E.; Fainzilber, M Chalkley, R. J.; Ball, H.; Greenbaum, D.; Bogyo, M.; Tyson, D. R.; Bradshaw, R. A.; Burlingame, A. L. Mol Cell Proteomics 2004, 3, 429-440.
130. Balsved, D.; Bundgaard, J. R.; Sen, J. W. Anal Biochem 2007, 363, 70-76.
131. Ward, C. M.; Andrews, R. K.; Smith, A. L; Berndt, M. C. Biochemistry 1996, 35, 4929-4938.
132. Yagami, T.; Kitagawa, K.; Futaki, S. Rapid Commun Mass Spectrom 1995, 9, 1335-1341.
133. Medzihradszky, K. F. Methods Enzymol 2005, 402, 209-244.
134. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 12130-12135.
135. Arlandini, E.; Gioia, B.; Perseo, G.; Vigevani, A. Int J Peptide Prot Res 1984, 24, 386-391.
136. Dass, C. Org Mass Spectrom 1990, 25, 559-562.
137. Gibson, B. W.; Falick, A. M.; Burlingame, A. L.; Nadasdi, L.; Nguyen, A. C.; Kenyon, G. L. J Am Chem Soc 1987, 109, 5343-5348.
138. Gibson, B. W.; Cohen, P. Methods Enzymol 1990, 193, 480-501.
139. Gibson, B. W. In Biological Mass Spectrometry; Burlingame, A. L.; McCloskey, J. A., Eds.; Elsevier: Amsterdam, 1990; pp 315-336.
140. Yagami, T.; Kitagawa, K.; Futaki, S. Anal Sci 1995, 11, 1025-1028.
141. Talbo, G.; Roepstorff, P. Rapid Commun Mass Spectrom 1993, 7, 201-204.
142. Talbo, G.; Mann, M. In Techniques in Protein Chemistry V; Crabb, J. W., Ed.; Academic Press: San Diego, 1994; pp 105-113.
143. Woods, A. S.; Wang, H. Y.; Jackson, S. N. J Proteome Res 2007, 6, 1176-1182.
144. Bean, M. F.; Annan, R. S.; Hemling, M. E.; Mentzer, M.; Huddleston, M. J.; Carr, S. A. In Techniques in Protein Chemistry VI; Crabb, J. W., Ed.; Academic Press: San Diego, 1995; pp 107-116.
145. Jedrzejewski, P. T.; Lehmann, W. D. Anal Chem 1997, 69, 294-301.
146. Severs, J. C.; Carnine, M.; Eguizabal, H.; Mock, K. K. Rapid Commun Mass Spectrom 1999, 13, 1016-1023.
147. Rappsilber, J.; Steen, H.; Mann, M. J Mass Spectrom 2001, 36, 832-833.
148. Nemeth-Cawley, J. F.; Karnik, S.; Rouse, J. C. J Mass Spectrom 2001, 36, 1301-1311.
149. Haselmann, K. F.; Budnik, B. A.; Olsen, J. V.; Nielsen, M. L.; Reis, C. A.; Clausen, H.; Johnsen, A. H.; Zubarev, R. A. Anal Chem 2001, 73, 2998-3005.
150. Salek, M.; Costagliola, S.; Lehmann, W. D. Anal Chem 2004, 76, 5136-5142.
151. Amano, Y.; Shinohara, H.; Sakagami, Y.; Matsubayashi, Y. Anal Biochem 2005, 346, 124-131.
152. Cadene, M.; Chait, B. T. Anal Chem 2000, 72, 5655-5658.
153. Syka, J. E.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc Natl Acad Sci USA 2004, 101, 9528-9533.
154. Wang, R.; Chait, B. T. Methods Mol Biol 1996, 61, 161-170.
155. Wang, R.; Chait, B. T. Methods Mol Biol 1997, 64, 175-182.
156. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J Am Chem Soc 1998, 120, 3265-3266.
157. Zubarev, R. A. Mass Spectrom Rev 2003, 22, 57-77.
158. Cooper, H. J.; Hakansson, K.; Marshall, A. G. Mass Spectrom Rev 2005, 243 201-222.
159. Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Olsen, J. V.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Rapid Commun Mass Spectrom 2000, 14, 1793-1800.
160. Kelleher, N. L.; Zubarev, R. A.; Bush, K.; Furie, B.; Furie, B. C.; McLafferty, F. W.; Walsh, C. T. Anal Chem 1999, 71, 4250-4253.
161. Mikesh, L. M.; Ueberheide, B.; Chi, A.; Coon, J. J.; Syka, J. E.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Biochim Biophys Acta 2006, 1764, 1811-1822.
162. Yu, Y.; Hoffhines, A. J.; Moore, K. L.; Leary, J. A. Nat Methods 2007, 4, 583-588.