Alteration of imidazole dimer on oxidation or water ligation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 36, 2004, Pages 13874-13881

  Yan, Shihai ^a   Bu, Yuxiang ^a,b  

^a SHANDONG UNIVERSITY   (China)

^b QUFU NORMAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEXATION; DNA; ENZYMES; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; OPTIMIZATION; OXIDATION;

INTERMOLECULAR FORCE; PROTEIN STRUCTURES; PROTON TRANSFER;

DIMERS;

EID: 4544376129     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp047828i     Document Type: Article

References (54)

1. Jalbout, A. F.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A. 2001, 105, 1071.
2. Berger, I.; Egli, M.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 12116.
3. Brandl, M.; Lindauer, K.; Meyer, M. Suhnel, J. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 103.
4. Steiner, T.; Saenger, W. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10146.
5. Takahara, P. M.; Frederick, C. A.; Lippard, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12309.
6. Ash, E. L.; Sudmeier, J. L.; Day, R. M.; Vincent, M.; Torchilin, E. V.; Haddad, K. C.; Bradshaw, E. M.; Sanford, D. G.; Bachovchin, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10371.
7. Musah, R. A.; Jensen, G. M.; Rosenfeld, R. J.; McRee, D. E.; Goodin, D. B.; Bunte, S. W. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9083.
8. Jeffrey, G. A.; Saenger, W. Hydrogen Bonding in Biological Structures; Springer-Verlag: New York, 1994.
9. Wahl, M. C.; Sundaralingam, M. Trends Biochem. Sci. 1997, 22, 97.
10. Brédas, J. L.; Poskin, M. P.; Delhalle, J.; André, J. M.; Chojnacki, H. J. Phys. Chem. 1984, 88, 5882.
11. Bender, M. L.; Bergeron, R. J.; Komiyama, M. The Bioorganic Chemistry of Enzymatic Catalysis; Wiley-Interscience: New York, 1984; p 312.
12. Stewart, P. The Proton: Applications to Organic Chemistry; Academic Press: Orlando, FL, 1985; Vol. 46, p 313.
13. Bachovchin, W. W. Biochemistry 1986, 25, 7751.
14. Noguchi, T.; Inoue, Y.; Tang, X. S. Biochemistry 1999, 38, 399.
15. Sorlie, M.; Christiansen, J.; Lemon, B. J.; Peters, J. W.; Dean, D. R.; Hales, B. J. Biochemistry 2001, 40, 1540.
16. Kawada, A.; McGhie, A. R.; Labes, M. M. J. Chem. Phys. 1970, 52, 3121.
17. Perchard, C.; Novak, A. J. Chem. Phys. 1968, 48, 3079.
18. Colombo, L.; Bleckmann, P.; Schrader, B.; Schneider, R.; Plesser, Th. J. Chem. Phys. 1974, 61, 3270.
19. Christen, D.; Griffiths, J. Z. Naturforsch. 1982, 37a, 1378.
20. Loeffen, P. W.; Pettifer, R. F.; Filiaux, F.; Kearley, G. J. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8444.
21. Su, C. C.; Chang, H. C.; Jiang, J. C.; Wei, P. Y.; Lu, L. C.; Lin, S. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 10753.
22. Basch, H.; Krauss, M.; Stevens, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7267.
23. O'Malley, P. J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11732.
24. Machado, F. B. C.; Davidson, E. R. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1881.
25. Scheiner, S.; Yi, M. Y. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9235.
26. Tatara, W.; Wójcik, M. J.; Lindgren, J.; Probst, M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 7827.
27. Chojnacki, H.; Lipinski, J. Adv. Mol. Relax. Interact. Processes 1980, 18, 149.
28. Yan, S. H.; Bu, Y. X.; Cao, Z. H.; Li, P. J. Phys. Chem. A, in press.
29. Schumm, S.; Prévost, M.; García-Fresnadillo, D.; Lentzen, O.; Moucheron, C.; Kirsch-De Mesmaeker, A. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2763.
30. (a) Pogozelski, W. K.; Tullius, T. D. Chem. Rev. 1998, 95, 1089.
31. (b) Burrows, J. C.; Muller, J. G. Chem. Rev. 1998, 98, 1109.
32. (c) Armitage, B. Chem. Rev. 1998, 98, 1171.
33. (a) Saito, I.; Takayama, M.; Sugiyama, H.; Nakatami, K. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 6406.
34. (b) Sugiyama, H.; Saito, I. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7063.
35. (c) Hutter, M.; Clark, T. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 7574.
36. (d) Steenken, S.; Jovanovic, S. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6617.
37. (e) Prat, F.; Houk, K. N.; Foote, C. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 845.
38. (f) Kim, N. S.; Zhu, Q.; LeBreton, P. R. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11516.
39. (g) Russo, N.; Toscano, M.; Grand, A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1243.
40. (h) Saito, I.; Nakamura, T.; Nakatami, K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3001.
41. Wu, Q.; Balakrishnan, G.; Pevsner, A.; Spiro, T. G. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 8047.
42. Van Bael, M. K.; Smets, J.; Schoone, K.; Houben, L.; McCarthy, W.; Adamowicz, L.; Nowak, M. J.; Maes, G. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 2397.
43. Chen, E. S. D.; Chen, E. S. M.; Sane, N.; Shulze, S. Bioelectrochem. Bioenerg. 1999, 48, 69.
44. Periquet, V.; Moreau, A.; Carles, S.; Schermann, J. P.; Desfruncois, C. J. Electron. Spectrosc. Relat. Phenom. 2000, 106, 141.
45. (a) O'Malley, P. J.; Collins, S. J. Chem. Phvs. Lett. 1996, 259, 296.
46. O'Malley, P. J. Chem. Phys. Lett. 1996, 262, 797.
47. (b) O'Malley, P. J. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 6334; 1997, 101, 9813; 1998, 102, 248.
48. (b) O'Malley, P. J. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 6334; 1997, 101, 9813; 1998, 102, 248.
49. (b) O'Malley, P. J. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 6334; 1997, 101, 9813; 1998, 102, 248.
50. (c) Adamo, C.; Barone, V. In Recent Development in Density Functional Methods; Chong, D. P., Ed.; World Scientific Publishing: Singapore, 1997; Part II.
51. (d) Himo, F.; Graslund, A.; Eriksson, L. E. Biophys. J. 1997, 72, 1556.
52. (e) Qin, Y.; Wheeler, R. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 1689.
53. O'Malley, P. J.; Collins, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11042.
54. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A.; Stratmann, R. E., Jr.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.