Antigen retrieval for proteomic characterization of formalin-fixed and paraffin-embedded tissues

Journal of Proteome Research

Volumn 7, Issue 3, 2008, Pages 1098-1108

  Xu, Haifeng ^a   Yang, Li ^a   Wang, Weijie ^a   Shi, Shan Rong ^b   Liu, Cheng ^b   Liu, Ying ^b   Fang, Xueping ^c   Taylor, Clive R ^b   Lee, Cheng S ^c   Balgley, Brian M ^a,d  

^a Calibrant Biosystems Inc   (United States)

^b UNIVERSITY OF SOUTHERN CALIFORNIA   (United States)

^c Bldg 142   (United States)

^d Biosystems   (United States)

Author keywords

Antigen retrieval; Archival tissue; Capillary isotachophoresis; Immunohistochemistry; Mass spectrometry

Indexed keywords

CD45 ANTIGEN; CD74 ANTIGEN; FORMALDEHYDE; LYMPHOCYTE SURFACE MARKER; PARAFFIN; STEM CELL FACTOR RECEPTOR; UNCLASSIFIED DRUG; ANTIGEN;

ACCURACY; ANTIGEN RETRIEVAL; ARTICLE; CAPILLARY ISOELECTRIC FOCUSING; CONTROLLED STUDY; HUMAN; HUMAN TISSUE; IMMUNOHISTOCHEMISTRY; ISOTACHOPHORESIS; LIVER; MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; QUANTITATIVE ANALYSIS; SPECTROSCOPY; SWISS-PROT; TISSUE FIXATION; CAPILLARY ELECTROPHORESIS; ISOLATION AND PURIFICATION;

ANTIGENS; ELECTROPHORESIS, CAPILLARY; FORMALDEHYDE; HUMANS; PARAFFIN EMBEDDING; PROTEOMICS;

EID: 44449101783     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr7006768     Document Type: Article

References (59)

1. Bachoo, R. M; Maher, E. A.; Ligon, K. L.; Sharpless, N. E.; Chan, S. S.; You, M. J.; Tang, Y.; DeFrances, J.; Stover, E.; Weissleder, R.; Rowitch, D. H.; Louis, D. N.; DePinho, R. A. Cancer Cell 2002, 1, 269-277.
2. Buckner, J. C. Semin. Oncol. 2003, 30, 10-14.
3. Godard, S.; Getz, G.; Delorenzi, M.; Farmer, P.; Kobayashi, H.; Desbaillets, I.; Nozakl, M.; Diserens, A.-C.; Hamou, M.-F.; Dietrich, P.-Y.; Regli, L.; Janzer, R. C; Bucher, P.; Stupp, R.; de Tribolet, N.; Domany, E.; Hegi, M. E. Cancer Res. 2003, 63, 6613-6625.
4. Mischel, P. S.; Shai, R.; Shi, T.; Horvath, S.; Lu, K. V.; Choe, G.; Seligson, D.; Kremen, T. J.; Palotie, A.; Liau, L. M.; Cloughesy, T. F.; Nelson, S. F. Oncogene 2003, 22, 2361-2373.
5. Freije, W. A.; Castro-Vargas, F. E.; Fang, Z.; Horvath, S.; Cloughesy, T.; Liau, L. M.; Mischel, P. S.; Nelson, S. F. Cancer Res. 2004, 64, 6503-6510.
6. Bredel, M.; Bredel, C; Juric, D.; Harsh, G. R.; Vogel, H.; Recht, L. D.; Sikic, B. I. Cancer Res. 2005, 65, 8679-8689.
7. Liang, Y.; Diehn, M; Watson, N.; Bollen, A. W.; Aldape, K. D.; Nicholas, M. K.; Lamborn, K. R.; Berger, M. S.; Botstein, D.; Brown, P. O.; Israel, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 5814- 5819.
8. Nigro, J. M.; Misra, A.; Zhang, L.; Smirnov, I.; Colman, H.; Griffin, C; Ozburn, N.; Chen, M.; Pan, E.; Koul, D.; Yung, W. K. A.; Feuerstein, B. G.; Aldape, K. D. Cancer Res. 2005, 65, 1678-1686.
9. Sanai, N.; Alvarez-Buylla, A.; Berger, M. S. N. Engl. J. Med. 2005, 353, 811-822.
10. Rich, J. N.; Hans, C; Jones, B.; Iversen, E. S.; McLendon, R. E.; Rasheed, B. K. A.; Dobra, A.; Dressman, H. K.; Bigner, D. D.; Nevins, J. R.; West, M. Cancer Res. 2005, 65, 4051-4058.
11. Phillips, H. S.; Kharbanda, S.; Chen, R.; Forrest, W. F.; Soriano, R. H.; Wu, T. D.; Misra, A.; Nigro, J. M.; Colman, H.; Soroceanu, L.; Williams, P. M.; Modrusan, Z.; Feuerstein, B. G.; Aldape, K. Cancer Cell 2006, 9, 157-173.
12. Maher, E. A.; Brennan, C; Wen, P. Y.; Durso, L.; Ligon, K. L.; Richardson, A.; Khatry, D.; Feng, B.; Sinha, R.; Louis, D. N.; Quackenbush, J.; Black, P. M.; Chin, L.; DePinho, R. A. Cancer Res. 2006, 66, 11502-11513.
13. Thomas, R. K.; Baker, A. C; Debiasi, R. M.; Winckler, W.; Laframboise, T.; Lin, W. M.; Wang, M; Feng, W.; Zander, T.; MacConaill, L.; Macconnaill, L. E.; Lee, J. C; Nicoletti, R.; Hatton, C; Goyette, M.; Girard, L.; Majmudar, K.; Ziaugra, L.; Wong, K.-K.; Gabriel, S.; Beroukhim, R.; Peyton, M.; Barretina, J.; Dutt, A.; Emery, C; Greulich, H.; Shah, K.; Sasaki, H.; Gazdar, A.; Minna, J.; Armstrong, S. A; Mellinghoff, I. K.; Hodi, F. S.; Dranoff, G.; Mischel, P. S.; Cloughesy, T. F.; Nelson, S. F.; Liau, L. M.; Mertz, K.; Rubin, M. A.; Moch, H.; Loda, M.; Catalona, W.; Fletcher, J.; Signoretti, S.; Kaye, F.; Anderson, K. C; Demetri, G. D.; Dummer, R.; Wagner, S.; Herlyn, M.; Sellers, W. R.; Meyerson, M.; Garraway, L. A. Nat. Genet. 2007, 39, 347-351.
14. Taylor, C. R. J. Histochem. Cytochem. 1979, 27, 1189-1191.
15. Taylor, C. R. J. Histochem. Cytochem. 1980, 28, 777-787.
16. Leong, A. S.; Milios, J.; Duncis, C. G. J. Pathol. 1988, 156, 275-282.
17. Shi, S. R.; Cote, R. J.; Taylor, C. R. J. Histochem. Cytochem. 2001, 49, 931-937.
18. Shi, S. R.; Key, M. E.; Kalra, K. L. J. Histochem. Cytochem. 1991, 39, 741-748.
19. Shi, S. R.; Cote, R. J.; Taylor, C. R. J. Histochem. Cytochem. 1997, 45, 327-343.
20. Gown, A. M. Am. J. Clin. Pathol. 2004, 121, 172-174.
21. Ikeda, K.; Monden, T.; Kanoh, T.; Tsujie, M.; Izawa, H.; Haba, A.; Ohnishi, T.; Sekimoto, M.; Tomita, N.; Shiozaki, H.; Monden, M. J. Histochem. Cytochem. 1998, 46, 397-403.
22. Yamashita, S.; Okada, Y. J. Histochem. Cytochem. 2005, 53, 1421- 1432.
23. Prieto, D. A.; Hood, B. L.; Darfler, M. M.; Guiel, T. G.; Lucas, D. A.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Krizman, D. B. BioTechniques 2005, Suppl, 32-35.
24. Jiang, X.; Jiang, X.; Feng, S.; Tian, R.; Ye, M.; Zou, H. J. Proteome. Res. 2007, 6, 1038-1047.
25. Hwang, S. I.; Thumar, J.; Lundgren, D. H.; Rezaul, K.; Mayya, V.; Wu, L.; Eng, J.; Wright, M. E.; Han, D. K. Oncogene 2007, 26, 65- 76.
26. Bagnato, C; Thumar, J.; Mayya, V.; Hwang, S.-L; Zebroski, H.; Claffey, K. P.; Haudenschild, C; Eng, J. K.; Lundgren, D. H.; Han, D. K. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1088-1102.
27. Hood, B. L.; Darfler, M. M.; Guiel, T. G.; Furusato, B.; Lucas, D. A.; Ringeisen, B. R.; Sesterhenn, I. A.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Krizman, D. B. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1741-1753.
28. Crockett, D. K.; Lin, Z.; Vaughn, C. P.; Lim, M. S.; Elenitoba- Johnson, K. S. J. Lab. Invest. 2005, 85, 1405-1415.
29. Palmer-Toy, D. E.; Krastins, B.; Sarracino, D. A.; Nadol, J. B.; Merchant, S. N. J. Proteome Res. 2005, 4, 2404-2411.
30. Rahimi, F.; Shepherd, C. E.; Halliday, G. M.; Geczy, C. L.; Raftery, M. J. Anal. Chem. 2006, 78, 7216-7221.
31. Shi, S.-R.; Liu, C; Balgley, B. M.; Lee, C; Taylor, C. R. J. Histochem. Cytochem. 2006, 54, 739-743.
32. Guo, T.; Wang, W.; Rudnick, P. A.; Song, T.; Li, J.; Zhuang, Z.; Weil, R. J.; DeVoe, D. L.; Lee, C. S.; Balgley, B. M. J. Histochem. Cytochem. 2007, 55, 763-772.
33. An, Y.; Cooper, J. W.; Balgley, B. M.; Lee, C. S. Electrophoresis 2006, 27, 3599-3608.
34. Fang, X.; Yang, L.; Wang, W.; Song, T.; Lee, C; Devoe, D.; Balgley, B. Anal. Chem. 2007, 79, 5785-5792.
35. Tang, W.; Harrata, A. K.; Lee, C. S. Anal. Chem. 1997, 69, 3177- 3182.
36. Yang, L.; Lee, C. S.; Hofstadler, S. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1998, 70, 4945-4950.
37. Geer, L. Y.; Markey, S. P.; Kowalak, J. A.; Wagner, L.; Xu, M.; Maynard, D. M.; Yang, X.; Shi, W.; Bryant, S. H. J. Proteome Res. 2004, 3, 958-964.
38. Elias, J. E.; Haas, W.; Faherty, B. K.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2005, 2, 667-675.
39. Balgley, B. M.; Laudeman, T.; Yang, L.; Song, T.; Lee, C. S. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1599-1608.
40. Shi, S.-R.; Liu, C; Perez, J.; Taylor, C. R. J. Histochem. Cytochem. 2005, 53, 1167-1170.
41. Munakata, S.; Hendricks, J. B. J. Histochem. Cytochem. 1993, 41, 1241-1246.
42. Fowler, C. B.; Cunningham, R. E.; O'Leary, T. J.; Mason, J. T. Lab. Invest. 2007, 87, 836-846.
43. Guo, T.; Wang, W.; Rudnick, P. A.; Song, T.; Li, J.; Zhuang, Z.; Weil, R. J.; Devoe, D. L.; Lee, C. S.; Balgley, B. M. J. Histochem. Cytochem. 2007, 55, 763-772.
44. Liu, H.; Sadygov, R. G.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2004, 76, 4193- 4201.
45. Rappsilber, J.; Ryder, U.; Lamond, A. I.; Mann, M. Genome Res. 2002, 12, 1231-1245.
46. Ishihama, Y.; Oda, Y.; Tabata, T.; Sato, T.; Nagasu, T.; Rappsilber, J.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1265-1272.
47. Lu, P.; Vogel, C; Wang, R.; Yao, X.; Marcotte, E. M. Nat. Biotechnol. 2007, 25, 117-124.
48. Rait, V. K.; O'Leary, T. J.; Mason, J. T. Lab. Invest. 2004, 84, 292- 299.
49. Rait, V. K.; Xu, L.; O'Leary, T. J.; Mason, J. T. Lab. Invest. 2004, 84, 300-306.
50. Craig, R.; Cortens, J. P.; Beavis, R. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 1844-1850.
51. Kuster, B.; Schirle, M.; Mallick, P.; Aebersold, R. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2005, 6, 577-583.
52. Anderson, L.; Hunter, C. L. Mol Cell. Proteomics 2006, 5, 573- 588.
53. Balgley, B. M.; Laudeman, T.; Yang, L.; Song, T.; Lee, C. S. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 1599-1608.
54. Chen, J.; Balgley, B. M.; DeVoe, D. L.; Lee, C. S. Anal. Chem. 2003, 75, 3145-3152.
55. Wang, Y.; Rudnick, P. A.; Evans, E. L.; Li, J.; Zhuang, Z.; Devoe, D. L.; Lee, C. S.; Balgley, B. M. Anal. Chem. 2005, 77, 6549-6556.
56. Wang, Y.; Balgley, B. M.; Lee, C. S. Expert Rev. Proteomics 2005, 2, 659-667.
57. Guo, T.; Lee, C. S.; Wang, W.; DeVoe, D. L.; Balgley, B. M. Electrophoresis 2006, 27, 3523-3532.
58. Wang, W.; Guo, T.; Rudnick, P. A.; Song, T.; Li, J.; Zhuang, Z.; Zheng, W.; Devoe, D. L; Lee, C. S.; Balgley, B. M. Anal. Chem. 2007, 79, 1002-1009.
59. Elias, I. E.; Gygi, S. P. Nat. Methods 2007, 4, 207-214.