Application of peptide LC retention time information in a discriminant function for peptide identification by tandem mass spectrometry

Journal of Proteome Research

Volumn 3, Issue 4, 2004, Pages 760-769

  Strittmatter, Eric F ^a   Kangas, Lars J ^a   Petritis, Konstantinos ^a   Mottaz, Heather M ^a   Anderson, Gordon A ^a   Shen, Yufeng ^a   Jacobs, Jon M ^a   Camp II, David G ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

Accurate mass and time tag; Algorithm; Bioinformatics; Capillary liquid chromatography; FTICR; Multivariate statistics; Proteome; Retention time

Indexed keywords

PLASMA PROTEIN; PROTEOME;

ARTICLE; DATA BASE; DROSOPHILA MELANOGASTER; ELUTION; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; RAT; REPRODUCIBILITY; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ANIMALS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; DROSOPHILA PROTEINS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEOME; RATS; SOFTWARE;

DROSOPHILA MELANOGASTER; MELANOGASTER; RATTUS; RATTUS NORVEGICUS;

EID: 4444350538     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049965y     Document Type: Article

References (44)

1. http://wit.integratedgenomics.com/GOLD/.
2. Pasa-Tolic', L.; Lipton, M. S.; Masselon, C.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Tolic, N., Smith, R. D. J. Mass Spectrom. 2002, 37.
3. Shen, Y.; Tolic, N.; Zhao, R.; Pasa-Tolic, L.; Li, L.; Berger, S. J.; Harkewicz, R.; Anderson, G. A.; Belov, M. E.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 3011-3021.
4. Strittmatter, E. F.; Ferguson, P. L.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 980-991.
5. Boguski, M. S.; McIntosh, M. W. Nature 2003, 422, 233-237.
6. Hanash, S. Nature 2003, 422, 226-232.
7. Smith, R. D. Comparative and Functional Genomics 2002, 3, 143-150.
8. Corbin, R. W.; Paliy, P.; Yang, F.; Shabanowitz, J.; Platt, M.; Lyons, C.; Root, K.; McAuliffe, J.; Jordan, M. I.; Kustu, S.; Soupene, E.; Hunt, D. F. P. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 9232-9237.
9. Bader, G. D.; Heilbut, A.; Andrews, B.; Tyers, M.; Hughes, T.; Boone, C. Trends Cell Biol. 2003, 13, 344-356.
10. Kislinger, T.; Emili, A. Curr. Opin. Mol. Therapeut. 2003, 5, 285-293.
11. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845-867.
12. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269-295.
13. Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, J. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson K. K.; Kostandarithes, H.; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R.; Romine, M. F.; Shen, Y.; Srittmatter, E.; Tolic, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran, A.; Wong, K. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci., U.S.A. 2002, 99, 11049-11054.
14. Washburn, M. P.; Ulaszek, R.; Deciu, C.; Schieltz, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2002, 74, 1650-1657.
15. Jacobs, J. M.; Mottaz, H. M.; Yu, L. R.; Anderson, D. J.; Moore, R. J.; Chen, W. U.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E. F.; Monroe, M. E.; Thrall, B. D.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2003.
16. Link, A. J.; Hays, L. G.; Carmack, E. B.; Yates, J. R. Electrophoresis 1997, 18, 1314-1334.
17. Quach, T. T.; Li, N.; Richards, D. P.; Zheng, J.; Keller, B. O.; Li, L. J. Proteome Res. 2003, 2, 543-552.
18. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
19. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
20. Perkins, D.; Pappin, D.; Creasy, D. London U. Electrophoresis 1999, 20, 3551-67.
21. Peng, J.; Elias J.; Thoreen, C.; Licklider, L.; Gygi, S. J. Proteome Res. 2003, 2, 43-50.
22. Florens, L.; Washburn, M. P.; Raine, J. D.; Anthony, R. M.; Grainger, M.; Hayness, J. D.; Moch, J. K.; Muster, N.; Sacci, J. B.; Tabb, D. L.; Witney, A. A.; Wolters, D.; Wu, Y.; Gardner, M. J.; Holder, A. A.; Sinden, R. E.; Yates, J.; Carucci, D. J. Nature 2002, 419, 520-526.
23. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
24. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242-247.
25. Moore, R. E.; Young, M. K.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 378-386.
26. Craig, R.; Beavis, R. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2310-2316.
27. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646-4658.
28. Petritis, K.; Kangas, L. J.; Ferguson, P. L.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic', L.; Lipton, M. S.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 1039-1048.
29. Palmblad, M.; Ramstrom, M.; Markides, K.; Hakansson, P.; Bergquist, J. Anal. Chem. 2002, 74, 5826-5830.
30. Palmblad, M.; Ramstrom, M.; Bailey, C.; McCutchen-Maloney, S. L.; Bergquist, J.; Zeller, L. C. J. Chromatogr. B 2004, 803, 131-135.
31. Strittmatter, E.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 460-468.
32. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349-3354.
33. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Masselon, C.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y.; Udseth, H. R. OMICS 2002, 6, 61-90.
34. Pasa-Tolic, L.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Tolic, N.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7949-7950.
35. Belov, M. E.; Anderson, G. A.; Wingerd, M. A.; Udseth, H. R.; Tang, K.; Prior, D. C.; Swanson, K. R.; Buschbach, M. A.; Strittmatter, E. F.; Moore, R. J.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 212-232.
36. Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Fang, R.; Moore, R. J.; Smith, R. D.; Xiao, W.; Davis, R. W.; Tompkins, R. J. Anal. Chem. 2004, 76, 1134-1144.
37. Shen, Y.; Zhao, R.; Berger, S. J.; Anderson, G. A.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2002, 74, 4235-4249.
38. Shen, Y.; Zhao, R.; Belov, M. E.; Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Tang, K.; Pasa-Tolic, L.; Veenstra, T. D.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 1766-1775.
39. MatLab, 6.5; MathWorks Inc.: 2002.
40. Krzanowski, W. J. Principles of Multivariate Analysis; Oxford University Press: New York, 1988; 563.
41. The NAG C Library Manual, Mark 7. The Numerical Algorithms Group Ltd: Oxford UK, 2002.
42. Boggs, P. T.; Donaldson, J. R.; Byrd, R. H.; Schnabel, R. B. ACM Transactions on Mathematical Software (TOMS) 1989, 15, 348-364.
43. Stanford Yeast Genome. http://www.yeastgenome.org/.
44. International Protein Index. ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/IPI/ current/.