Molecular dynamics simulation study on stabilities and reactivities of NADH cytochrome B5 reductase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 18, 2008, Pages 5718-5727

  Asada, Toshio ^a   Nagase, Shigeru ^b   Nishimoto, Kichisuke ^a   Koseki, Shiro ^a  

^a Osaka Prefecture University   (Japan)

^b INSTITUTE FOR MOLECULAR SCIENCE   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; COENZYMES; COMPUTER SIMULATION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS;

BINDING FREE ENERGIES; ELECTRON ACCEPTORS;

ENZYME KINETICS;

EID: 43949144599     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp7101513     Document Type: Article

References (33)

1. Hildebrandt, A.; Estabrook, R. W. Arch. Biochem. Biophys. 1971, 143, 66.
2. Nishimoto, K.; Higashimura, K.; Asada, T. Theor. Chem. Acc. 1999, 102, 355.
3. Spatz, L.; Strittmatter, P. J. Biol. Chem. 1973, 248, 793.
4. Iyanagi, T.; Watanabe, S.; Anan, K. F. Biochemistry 1984, 23, 1418.
5. Karplus, P. A.; Daniels, M. J.; Herriott, J. R. Science 1991, 251, 60.
6. Correll, C. C.; Batie, C. J.; Ballow, D. P.; Ludwig, M. L. Science 1992, 258, 1604.
7. Nishida, H.; Inaka, K.; Yamanaka, M.; Kaida, S.; Kobayashi, K.; Miki, K. Biochemistry 1995, 34, 2763.
8. Bewley, M. C.; Marohnic, C. C.; Barber, M. J. Biochemistry 2001, 40, 13574.
9. Strittmatter, P. J. Biol. Chem. 1962, 237, 3250.
10. Strittmatter, P. J. Biol. Chem. 1963, 238, 2213.
11. Strittmatter, P. J. Biol. Chem. 1965, 240, 4481.
12. Nicholls, A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435.
13. Massova, I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8133.
14. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, W. J., III; Thomas, E.; Ross, W. S.; Simmerling, C.; Darden, T.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. Amber-7; University of California at San Francisco: San Francisco, 2002.
15. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
16. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
17. Kimura, S.; Nishida, H.; Iyanagi, T. J. Biochem. 2001, 130, 481.
18. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
19. Guenot, J.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 295.
20. Massova, I.; Kollman, P. A. Perpect. Drug Discovery Des. 2000, 18, 113.
21. Srinivasan, J.; Miller, J.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 671.
22. Sitkoff, D.; Sharpe, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978.
23. Kuhn, B.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3909.
24. Asada, T.; Gouda, H.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12535.
25. Sanner, M. F.; Olson, A. J.; Spehner, J. C. Biopolymers 1996, 38, 305-320.
26. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J. Gaussian 03; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
27. Novotny, J.; Bruccoleri, R. E.; Davis, M.; Sharp, K. A. J. Mol. Biol. 1997, 268, 401.
28. Misra, V. K.; Sharp, K. A.; Friedman, R. A.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1994, 238, 245.
29. Misra, V. K.; Hecht, J. L.; Sharp, K. A.; Friedman, R. A.; Honig, B. J. Mol. Biol. 1994, 238, 264.
30. Sharp, K. A. Biophys. Chem. 1996, 61, 37.
31. Bruccoleri, R. E.; Novotny, J.; Davis, M. E. J. Comput. Chem. 1997, 18, 268.
32. Kimura, S.; Kawamura, M.; Iyanagi, T. J. Biol. Chem. 2003, 278, 3580.
33. Swart, M.; Groenhof, A. R.; Ehlers, A. W.; Lammertsma, K. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5479.