Density functional theory study on hydrogen-bonded complexes of adenine with polyformamide molecules

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 108, Issue 7, 2008, Pages 1287-1293

  Tang, K E ^a   Sun, Haitao ^a   Zhou, Zhengyu ^a,b   Wang, Zhizhong ^a  

^a QUFU NORMAL UNIVERSITY   (China)

^b SHANDONG UNIVERSITY   (China)

Author keywords

Adenine; Complexes; Formamide; Hydrogen bonding

Indexed keywords

AMIDES; COMPLEXATION; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN BONDS; NITROGEN;

ADENINE; FORMAMIDE; NATURAL BOND ORBITAL ANALYSIS; PROTON DONOR;

NUCLEOTIDES;

EID: 41849091136     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21626     Document Type: Article

References (61)

1. Thomas, J. Biochem Soc Trans 2001, 395, 401.
2. Sandman, K.; Pereira, S.; Reeve, J. Cell Mol Life Sci 1998, 64, 1350.
3. Spiegelman, B.; Heinrich, R. Cell 2004, 67, 157.
4. Beamer, L. J.; Pabo, C. O. J Mol Biol 1992, 177, 19.
5. Iftode, C.; Daniely, Y.; Borowiec, J. Crit Rev Biochem Mol Biol 1999, 34, 141.
6. Stivers, J. T.; Jiang, Y. L. Chem Rev 2003, 103, 2729.
7. Brejc, K.; Sixma, T. K.; Kitts, P. A.; Kain, S. R.; Tsien, R. Y.; Ormo, M.; Remington, S. J. Proc Natl Acad Sci USA 1997, 94, 2306.
8. Fromme, J. C.; Bruner, S. D.; Yang, W.; Karplus, M.; Verdine, G. L. Nat Struct Biol 2003, 10, 204.
9. Norman, D. P. G.; Chung, S. J.; Verdine, G. L. Biochemistry 2003, 42, 1564.
10. Chitester, B. J.; Walz, F. G., Jr. Arch Biochem Biophys 2002, 406, 73.
11. Walz, F. G., Jr.; Osterman, H. L.; Libertin, C. Arch Biochem Biophys 1979, 195, 95.
12. Kumar, K.; Walz, F. G., Jr. Biochemistry 2001, 40, 3748.
13. Loverix, S.; Doumen, J.; Steyaert, J. J. Biol Chem 1997, 272, 9635.
14. Walz, F. G., Jr. Biochim Biophys Acta 1997, 1350, 183.
15. Cheng, A. C.; Frankel, A. D. J Am Chem Soc 2004, 126, 434.
16. Wetmore, S. D.; Boyd, R. J.; Eriksson, L. A. Chem Phys Lett 2000, 322, 129.
17. Wesolowski, S. S.; Leininger, M. L.; Pentchev, P. N.; Schaefer, H. F., III. J Am Chem Soc 2001, 123, 4023.
18. Cadet, J.; Douki, T.; Pouget, J. P.; Ravanat, J. L.; Sauvaigo, S. Curr Prob Dermat 2001, 29, 62.
19. Jalbout, A. F.; Adamowicz, L. J Phys Chem A 2001, 105, 1071.
20. Breen, A. P.; Murphy, J. A. Free Radical Biol Med 1995, 18, 1033.
21. Colson, A. O.; Sevilla, M. D. Int J Radiat Biol 1995, 67, 627.
22. Frenkel, K. Pharmac Ther 1992, 53, 127.
23. Cheng, K. C.; Cahill, D. S.; Kasai, H.; Nishimura, S.; Loeb, L. A. J Biol Chem 1992, 166, 267.
24. Smith, S. A.; Engelward, B. P. Nucleic Acids Res 2000, 28, 3294.
25. Parthasarathi, R.; Subramaman, V. Chem Phys Lett 2006, 418, 530.
26. Ogawa, T.; Kurita, N.; Sekino, H.; Kitao, O.; Tanaka, S. Chem Phys Lett 2003, 374, 271.
27. Matsuda, S.; Leconte, A. M.; Romesberg, F. E. J Am Chem Soc 2007, 129, 5551.
28. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Baerends, E. J. Cryst Growth Des 2002, 2, 239.
29. Chunga, G.; Ohbc, H.; Leeb, D. J Mol Struct (Theochem) 2005, 730, 241.
30. Menga, F.; Xua, W.; Liua, C. J Mol Struct (Theochem) 2004, 677, 85.
31. Sukhanov, O. S.; Shishkin, O. V.; Gorb, L. J.; Podolyan, Y.; Leszczynski, J. J Phys Chem B 2003, 107, 2846.
32. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Uchimaru, T.; Zeegers-Huyskens, T. J Phys Chem A 1999, 103, 8853.
33. Gu, J.; Leszczynski, J. J Phys Chem A 1999, 103, 2744.
34. Cheng, A. C.; Chen, W. W.; Fuhrmann, C. N.; Frankel, A. D. J Mol Biol 2003, 327, 781.
35. Lovas, F. J.; Suenram, R. D.; Fraser, G. T. J Chem Phys 1988, 88, 722.
36. Hinton, J. F.; Harpool, R. D. J Am Chem Soc 1997, 99, 349.
37. Besley, N. A.; Hirst, J. D. J Am Chem Soc 1999, 121, 8559.
38. Fu, A. P.; Du, D. M.; Zhou, Z. Y. Chem Phys Lett 2003, 377, 537.
39. Fu, A. P.; Du, D. M.; Zhou, Z. Y. J Mol Struct (Theochem) 2003, 623, 315.
40. Sun, H. T.; Tang, K.; Wang, Z. Z.; Zhou, Z. Y. Indian J Chem Sec A (in press).
41. Becke, A. D. J Chem Phys 1993, 98, 5648.
42. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys Rev B 1988, 37, 785.
43. Mienlich, B.; Savin, A.; Preuss, H. Chem Phys Lett 1995, 157, 200.
44. Hall, R. J.; Hillier, I. H.; Vincent, M. A. Chem Phys Lett 2000, 320, 139.
45. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol Phys 1970, 19, 553.
46. Meumier, A.; Levy, B.; Berthier, G. Theor Chim Acta 1973, 29, 49.
47. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J Chem Phys 1985, 85, 735.
48. Reed, A. E.; Weinhold, F. J Chem Phys 1985, 85, 1736.
49. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem Rev 1988, 88, 899.
50. Reed, A. E.; Schleyer, P. R. J Am Chem Soc 1990, 112, 1434.
51. Cleland, W. W.; Kreevoy, M. M. Science (Washington, D.C.) 1994, 264, 1887.
52. Addalsteinsson, H.; Maulitz, A. H.; Bruice, T. C. J Am Chem Soc 1996, 118, 7689.
53. Kříž, J.; Dybal, J. J Phys Chem B 2005, 109, 13436.
54. Kříž, J.; Dybal, J.; Brus, J. J Phys Chem B 2006, 110, 18338.
55. Kříž, J.; Dybal, J. J Phys Chem B 2007, 111, 6118.
56. Kříž, J.; Dybal, J.; Kurková, D. J Phys Chem B 2003, 107, 12165.
57. Grabowski, J. S. J Phys Chem A 2007, 111, 3387.
58. Gu, J.; Wang, J.; Leszczynski, J. J Phys Chem B 2006, 110, 13590.
59. Scheiner, S. Hydrogen Bonding: A Theoretical Perspective; Oxford University Press: New York, 1997.
60. Liu, Y.; Liu, W. Q.; Li, H. Y.; Liu, J. G.; Yang, Y. J Phys Chem A 2006, 110, 11760.
61. Beckmannand, J.; Grabowsky, S. J Phys Chem A 2011, 2007, 111.