Mismatch formation in solution and on DNA microarrays: How modified nucleosides can overcome shortcomings of imperfect hybridization caused by oligonucleotide composition and base pairing

Molecular BioSystems

Volumn 4, Issue 3, 2008, Pages 232-245

  Seela, Frank ^b   Budow, Simone ^a  

^a UNIVERSITY OF MÜNSTER   (Germany)

^b UNIVERSITY OF OSNABRÜCK   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 39449116246     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b713259j     Document Type: Review

References (108)

1. M. Schena, Microarray Analysis, John Wiley & Sons, Hobokon, New Jersey, 2003
2. M. Sánchez-Carbayo W. Bornmann C. Cordon-Cardo Curr. Org. Chem. 2000 4 945
3. M. J. Heller Annu. Rev. Biomed. Eng. 2002 4 129
4. M. Schena R. A. Heller T. P. Theriault K. Konrad E. Lachenmeier R. W. Davis Trends Biotechnol. 1998 16 301
5. S. Dubiley E. Kirillov A. Mirzabekov Nucleic Acids Res. 1999 27 e19
6. M. Baum et al. Nucleic Acids Res. 2003 31 e151
7. E. M. Southern Trends Genet. 1996 12 110
8. A. D. Mirzabekov Trends Biotechnol. 1994 12 27
9. M. Schena D. Shalon R. W. Davis P. O. Brown Science 1995 270 467
10. C. Debouck P. N. Goodfellow Nat. Genet. 1999 21 48
11. D. J. Lockhart H. Dong M. C. Byrne M. T. Follettie M. V. Gallo M. S. Chee M. Mittmann C. Wang M. Kobayashi H. Horton E. L. Brown Nat. Biotechnol. 1996 14 1675
12. P. O. Brown D. Botstein Nat. Genet. 1999 21 33
13. T. Vo-Dinh M. Askari Curr. Genomics 2001 2 399
14. A. Schulze J. Downward Nat. Cell Biol. 2001 3 190
15. R. L. Stears T. Martinsky M. Schena Nat. Med. 2003 9 140
16. S. A. Greenberg Neurology 2001 57 755
17. G. Hardiman Pharmacogenomics 2004 5 487
18. C. C. Xiang Y. Chen Biotechnol. Adv. 2000 18 35
19. A. Watson A. Mazumder M. Stewart S. Balasubramanian Curr. Opin. Biotechnol. 1998 9 609
20. C. M. Niemeyer D. Blohm Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 2865
21. J. D. Hoheisel Trends Biotechnol. 1997 15 465
22. L. Wang C. Lofton M. Popp W. Tan Bioconjugate Chem. 2007 18 610
23. A. A. Stomakhin V. A. Vasiliskov E. Timofeev D. Schulga R. J. Cotter A. D. Mirzabekov Nucleic Acids Res. 2000 28 1193
24. P. Liepold H. Wieder H. Hillebrandt A. Friebel G. Hartwich Bioelectrochemistry 2005 67 143
25. K. Kerman Y. Morita Y. Takamura E. Tamiya Electrochem. Commun. 2003 5 887
26. K. Ketomäki H. Hakala O. Kuronen H. Lönnberg Bioconjugate Chem. 2003 14 811
27. A. W. Peterson R. J. Heaton R. M. Georgiadis Nucleic Acids Res. 2001 29 5163
28. H. Dai M. Meyer S. Stepaniants M. Ziman R. Stoughton Nucleic Acids Res. 2002 30 e86
29. J. E. Forman, I. D. Walton, D. Stern, R. P. Rava and M. O. Trulson, in Molecular Modeling of Nucleic Acids, ed., N. B. Leontis, and, J. SantaLucia, Jr, American Chemical Society, Symposium Series, Washington, DC, 1998, vol. 862, ch. 13, pp. 206-228
30. L. Zhang C. Wu R. Carta H. Zhao Nucleic Acids Res. 2007 35 e18
31. H. Urakawa S. El Fantroussi H. Smidt J. C. Smoot E. H. Tribou J. J. Kelly P. A. Noble D. A. Stahl Appl. Environ. Microbiol. 2003 69 2848
32. P. H. Tran D. A. Peiffer Y. Shin L. M. Meek J. P. Brody K. W. Y. Cho Nucleic Acids Res. 2002 30 e54
33. T. C. Kroll S. Wölfl Nucleic Acids Res. 2002 30 e50
34. O. Emanuelsson U. Nagalakshmi D. Zheng J. S. Rozowsky A. E. Urban J. Du Z. Lian V. Stolc S. Weissman M. Snyder M. B. Gerstein Genome Res. 2007 17 886
35. A. S. Ishkanian C. A. Malloff S. K. Watson R. J. deLeeuw B. Chi B. P. Coe A. Snijders D. G. Albertson D. Pinkel M. A. Marra V. Ling C. MacAulay W. L. Lam Nat. Genet. 2004 36 299
36. H.-K. Nguyen E. M. Southern Nucleic Acids Res. 2000 28 3904
37. S. Liu Y. Li X. Fu M. Qiu B. Jiang H. Wu R. Li Y. Mao Y. Xie Exp. Mol. Med. 2005 37 71
38. E. Timofeev A. Mirzabekov Nucleic Acids Res. 2001 29 2626
39. J. C. Williams S. C. Case-Green K. U. Mir E. M. Southern Nucleic Acids Res. 1994 22 1365
40. J. T. Davis Angew. Chem., Int. Ed. 2004 43 668
41. T. Simonsson Biol. Chem. 2001 382 621
42. M. Guéron J.-L. Leroy Curr. Opin. Struct. Biol. 2000 10 326
43. K. Gehring J.-L. Leroy M. Guéron Nature 1993 363 561
44. C. H. Kang I. Berger C. Lockshin R. Ratliff R. Moyzis A. Rich Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1994 91 11636
45. C. H. Kang I. Berger C. Lockshin R. Ratliff R. Moyzis A. Rich Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 3874
46. L. Chen L. Cai X. Zhang A. Rich Biochemistry 1994 33 13540
47. S. Mizusawa S. Nishimura F. Seela Nucleic Acids Res. 1986 14 1319
48. F. Seela K. Mersmann Helv. Chim. Acta 1993 76 1435
49. F. Seela S. Lampe Helv. Chim. Acta 1994 77 1003
50. F. Seela H. Driller Nucleic Acids Res. 1989 17 901
51. S.-H. Chou L. Zhu B. R. Reid J. Mol. Biol. 1997 267 1055
52. S.-H. Chou K.-H. Chin A. H.-J. Wang Nucleic Acids Res. 2003 31 2461
53. H. Rosemeyer V. Mokrosch A. Jawalekar E.-M. Becker F. Seela Helv. Chim. Acta 2004 87 536
54. I. Hirao Y. Nishimura Y. Tagawa K. Watanabe K. Miura Nucleic Acids Res. 1992 20 3891
55. I. V. Kutyavin S. G. Lokhov I. A. Afonina R. Dempcy A. A. Gall V. V. Gorn E. Lukhtanov M. Metcalf A. Mills M. W. Reed S. Sanders I. Shishkina N. M. J. Vermeulen Nucleic Acids Res. 2002 30 4952
56. F. Seela Q.-H. Tran-Thi D. Franzen Biochemistry 1982 21 4338
57. J. M. Darlow D. R. F. Leach J. Mol. Biol. 1998 275 3
58. X. Chen S. V. S. Mariappan P. Catasti R. Ratliff R. K. Moyzis A. Laayoun S. S. Smith E. M. Bradbury G. Gupta Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 5199
59. M. Vorlícková I. Kejnovská J. Kovanda J. Kypr Nucleic Acids Res. 1999 27 581
60. L. A. Marky K. S. Blumenfeld S. Kozlowski K. J. Breslauer Biopolymers 1983 22 1247
61. F. Seela A. Kehne Biochemistry 1987 26 2232
62. N. Peyret P. A. Seneviratne H. T. Allawi J. SantaLucia, Jr Biochemistry 1999 38 3468
63. J. SantaLucia, Jr D. Hicks Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004 33 415
64. T. Brown G. A. Leonard E. D. Booth G. Kneale J. Mol. Biol. 1990 212 437
65. X. Peng H. Li F. Seela Nucleic Acids Res. 2006 34 5987
66. W. N. Hunter T. Brown N. N. Anand O. Kennard Nature 1986 320 552
67. Y. Boulard J. A. H. Cognet J. Gabarro-Arpa M. Le Bret L. C. Sowers G. V. Fazakerley Nucleic Acids Res. 1992 20 1933
68. Y. Boulard J. A. H. Cognet G. V. Fazakerley J. Mol. Biol. 1997 268 331
69. P. Catasti G. Gupta A. E. Garcia R. Ratliff L. Hong P. Yau R. K. Moyzis E. M. Bradbury Biochemistry 1994 33 3819
70. J. A. H. Cognet J. Gabarro-Arpa M. Le Bret G. A. van der Marel J. H. van Boom G. V. Fazakerley Nucleic Acids Res. 1991 19 6771
71. J. V. Skelly K. J. Edwards T. C. Jenkins S. Neidle Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1993 90 804
72. G. Kneale T. Brown O. Kennard D. Rabinovich J. Mol. Biol. 1985 186 805
73. T. Brown O. Kennard G. Kneale D. Rabinovich Nature 1985 315 604
74. O. Kennard J. Biomol. Struct. Dyn. 1985 3 205
75. F. Seela S. Budow K. I. Shaikh A. M. Jawalekar Org. Biomol. Chem. 2005 3 4221
76. M. Ortiz-Lombardía A. Cortés D. Huertas R. Eritja F. Azorín J. Mol. Biol. 1998 277 757
77. A. Lane S. Ebel T. Brown Eur. J. Biochem. 1994 220 717
78. K. L. Greene R. L. Jones Y. Li H. Robinson A. H.-J. Wang G. Zon W. D. Wilson Biochemistry 1994 33 1053
79. Y. Li G. Zon W. D. Wilson Biochemistry 1991 30 7566
80. Y. Li G. Zon W. D. Wilson Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1991 88 26
81. G. G. Privé U. Heinemann S. Chandrasegaran L.-S. Kan M. L. Kopka R. E. Dickerson Science 1987 238 498
82. T. Brown W. N. Hunter G. A. Leonard Chem. Br. 1993 29 484
83. T. Brown W. N. Hunter G. Kneale O. Kennard Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1986 83 2402
84. G. A. Leonard E. D. Booth T. Brown Nucleic Acids Res. 1990 18 5617
85. S. Ebel A. N. Lane T. Brown Biochemistry 1992 31 12083
86. X. Gao D. J. Patel J. Am. Chem. Soc. 1988 110 5178
87. H. T. Allawi J. SantaLucia, Jr Biochemistry 1998 37 2170
88. G. D. Webster M. R. Sanderson J. V. Skelly S. Neidle P. F. Swann B. F. Li I. J. Tickle Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1990 87 6693
89. A. R. Morgan Trends Biochem. Sci. 18 160
90. D. Shugar and A. Psoda, in Biophysics of Nucleic Acids, ed., W. Saenger, Landoldt-Boernstein, New Series, Springer-Verlag, Heidelberg, 1990, vol. 7, ch. 4.12, pp. 308-3110
91. P. Modrich Annu. Rev. Biochem. 1987 56 435
92. S.-H. Jun T. G. Kim C. Ban FEBS J. 2006 273 1609
93. K. M. Guckian B. A. Schweitzer R. X.-F. Ren C. J. Sheils P. L. Paris D. C. Tahmassebi E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 1996 118 8182
94. S. Bommarito N. Peyret J. SantaLucia Jr Nucleic Acids Res. 2000 28 1929
95. K. M. Guckian B. A. Schweitzer R. X.-F. Ren C. J. Sheils D. C. Tahmassebi E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2000 122 2213
96. H. Rosemeyer F. Seela J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 2002 746
97. F. Seela H. Debelak Nucleic Acids Res. 2000 28 3224
98. F. Seela G. Becher Nucleic Acids Res. 2001 29 2069
99. J. He G. Becher S. Budow F. Seela Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2003 22 573
100. F. Seela, S. Budow and K. Xu, 2007, unpublished results
101. B. L. Gaffney L. A. Marky R. A. Jones Tetrahedron 1984 40 3
102. C. Cheong I. Tinoco, Jr A. Chollet Nucleic Acids Res. 1988 16 5115
103. J. Sági E. Szakonyi M. Vorlícková J. Kypr J. Biomol. Struct. Dyn. 1996 13 1035
104. C. Bailly M. J. Waring Nucleic Acids Res. 1998 26 4309
105. M. Senior R. A. Jones K. J. Breslauer Biochemistry 1988 27 3879
106. S. Parinov V. Barsky G. Yershov E. Kirillov E. Timofeev A. Belgovskiy A. Mirzabekov Nucleic Acids Res. 1996 24 2998
107. A. V. Fotin A. L. Drobyshev D. Y. Proudnikov A. N. Perov A. D. Mirzabekov Nucleic Acids Res. 1998 26 1515
108. E. H. Chang Z. Yu K. Shinozuki G. Zon W. D. Wilson A. Strekowka Anti-Cancer Drug Des. 1989 4 221