Modeling competitive interactions in proteins: Vibrational spectroscopy of M+(n-methylacetamide)1(H2O)n=0-3, M = Na and K, in the 3 μm region

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 49, 2007, Pages 12409-12416

  Miller, Dorothy J ^a   Lisy, James M ^a  

^a UNIVERSITY OF ILLINOIS AT URBANA CHAMPAIGN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AB INITIO CALCULATIONS; STRUCTURAL ISOMERS;

COMPUTATION THEORY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS;

MOLECULAR INTERACTIONS;

ACETAMIDE DERIVATIVE; N METHYLACETAMIDE; N-METHYLACETAMIDE; PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; HYDROGEN BOND; METHODOLOGY; SPECTROSCOPY;

ACETAMIDES; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; PROTEINS; SPECTRUM ANALYSIS;

EID: 38049132752     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp073521i     Document Type: Article

References (68)

1. Ataka, S.; Takeuchi, H.; Tasumi, M. J. Mol. Struct. 1984, 113, 147.
2. Czarnecki, M. A.; Haufa, K. Z. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 1015.
3. Herrebout, W. A.; Clou, K.; Desseyn, H. O. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 4865.
4. Jones, R. L. J. Mol. Spectrosc. 1963, 11, 411.
5. Klassen, J. S.; Anderson, S. G.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14218.
6. Koddermann, T.; Ludwig, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 1867.
7. Mayne, L.; Hudson, B. J. Phys. Chem. 1991, 95, 2962.
8. Radzicka, A.; Pedersen, L.; Wolfenden, R. Biochemistry 1988, 27, 4538.
9. Rubtsov, I. V.; Wang, J.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 3384.
10. Russell, R. A.; Thompson, H. W. Spectrochim. Acta 1956, 8, 138.
11. Tsang, Y.; Siu, F. M.; Ho, C. S.; Ma, N. L.; Tsang, C. W. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 345.
12. Zhang, R.; Li, H.; Lei, Y.; Han, S. J. Mol. Struct. 2004, 693, 17.
13. Bour, P.; Keiderline, T. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11253.
14. Dannenberg, J. J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 5798.
15. Dixon, D. A.; Dobbs, K. D.; Valentini, J. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 13435.
16. Gregurick, S. K.; Chaban, G. M.; Gerber, R. B. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8696.
17. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 7273.
18. Han, W.-G.; Suhai, S. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3942.
19. Jorgensen, W. L.; Gao, J. J. Am. Chem. Soc 1988, 110, 4212.
20. Kubelka, J.; Keiderline, T. A. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
21. Langley, C. H.; Allinger, N. L. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5208.
22. Schmidt, J. R.; Corcelli, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8887
23. Torii, H. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 7272.
24. Yang, Z.-Z.; Qian, P. J. Chem. Phys. 2006, 125, 064311.
25. Carney, J. R.; Dian, B. C.; Florio, G. M.; Zwier, T. S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5596.
26. Florio, G. M.; Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 974.
27. Guo, H.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1994, 98, 7104.
28. Liu, D.; Wyttenbach, T.; Barran, P. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8458.
29. Liu, D.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2004, 236, 81.
30. Robertson, E.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 1.
31. Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 2130.
32. Zwier, T. S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8827.
33. Cerda, B. A.; Wesdemiotis, C. Analyst 2000, 125, 657.
34. Dunbar, R. C. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 8067.
35. Feng, W. Y.; Gronert, S.; Lebrilla, C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 405.
36. Jockush, R. A.; Lemoff, A. S.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12255.
37. Kish, M.; Ohanessian, G.; Wesdemiotis, C. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 227, 509.
38. Remko, M.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1960.
39. Wyttenbach, T.; Witt, M.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3458.
40. Overman, R. R.; Davis, A. K. J. Biol. Chem. 1947, 168, 641.
41. Kamariotis, A.; Boyarkin, O. V.; Mercier, S. R.; Beck, R. D.; Bush, M. F.; Williams, E. R.; Rizzo, T. R. J. Am. Chem. Soc. 2005, 128, 905.
42. Lemoff, A. S.; Bush, M. F.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13576.
43. Lemoff, A. S.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1014.
44. Miller, D. J.; Lisy, J. M. J. Chem. Phys. 2006, 124, 184301.
45. Rogalewicz, F.; Hoppilliard, Y.; Ohanessian, G. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 227, 439.
46. Vaden, T. D.; Weinheimer, C. J.; Lisy, J. M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 3102.
47. Paul, J. B.; Provencal, R. A.; Chapo, C.; Roth, K.; Casaes, R.; Saykally, R. J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 2972.
48. Huisken, F.; Kaloudis, M.; Kulcke, A. J. Chem. Phys. 1995, 104, 17.
49. Jeffrey, G. A. An Introduction to Hydrogen Bonding; Oxford University Press: New York, 1997.
50. Xantheas, S. S.; Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1993, 99, 8774.
51. Draves, J. A.; Luthey-Schulten, Z.; Liu, W.-L.; Lisy, J. M. J. Chem. Phys. 1990, 93, 4589.
52. Weinheimer, C. J.; Lisy, J. M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 15305.
53. Weinheimer, C. J.; Lisy, J. M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Process. 1996, 159, 197.
54. Cabarcos, O. M.; Weinheimer, C. J.; Lisy, J. M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 8777.
55. Klots, C. E. J. Chem. Phys. 1985, 83, 5854.
56. Klots, C. E. Lett. Nat. 1987, 327, 222.
57. Kong, J.; White, C. A.; Krylov, A. I.; Sherrill, C. D.; Adamson, R. D.; Furlani, T. R.; Lee, M. S.; Lee, A. M.; Gwaltney, S. R.; Adams, T. R.; Ochsenfeld, C.; Maslen, A. T. B.; Dombroski, J. P.; Dashel, H.; Zhang, W.; Korambath, P. P.; Baker, J.; Byrd, E. F. C.; Voorhis, T. V.; Oumi, M.; Hirata, S.; Hsu, C.-P.; Ishikawa, N.; Florian, J.; Warshel, A.; Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Head-Gordon, M.; Pople, J. A. SPARTAN'02; Wavefunction, Inc: Irvine, CA, 2002.
58. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, B.04 ed.; Gaussian, Inc.: Pittsburg, PA, 2003.
59. Gorelsky, S. I. SWizardprogram, 4.1 ed.; York University, Toronto, Canada, 2005; http://www.sg-chem.net/.
60. Sinha, P.; Boesch, S. E.; Gu, C.; Wheeler, R. A.; Wilson, A. K. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 9213.
61. Irikura, K. K. THERMO.PL; National Institute of Standards and Technology, Gaithersburg, MD, 2002.
62. Bieske, E. J.; Dopfer, O. Chem. Rev. 2000, 100, 3963.
63. Duncan, M. A. Int. Rev. Phys. Chem. 2003, 22, 407.
64. Robertson, W. H.; Johnson, M. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2003, 54, 173.
65. Fraley, P. E.; Rao, K. N. J. Mol. Spectrosc. 1969, 29, 312.
66. Weinheimer, C. J.; Lisy, J. M. J. Chem. Phys. 1996, 105, 2938.
67. Verdes, D.; Linnartz, H. Chem. Phys. Lett. 2002, 355, 538.
68. Miller, D. J.; Lisy, J. M. J. Chem. Phys. 2006, 124, 024319.