Effect of metal ions (Li+, Na+, K+, Mg2+, Ca2+, Ni2+, Cu2+, and Zn 2+) and water coordination on the structure of glycine and zwitterionic glycine

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 5, 2006, Pages 1960-1967

  Remko, Milan ^a   Rode, Bernd Michael ^b  

^a Faculty of Natural Sciences   (Slovakia)

^b UNIVERSITY OF INNSBRUCK   (Austria)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

GLYCINE; METAL IONS; POTASSIUM CATION;

AMINO ACIDS; CORRELATION METHODS; ENTHALPY; GIBBS FREE ENERGY; IONS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

LITHIUM;

CATION; GLYCINE; METAL; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; THERMODYNAMICS;

CATIONS; GLYCINE; METALS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; THERMODYNAMICS; WATER;

EID: 33644786178     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp054119b     Document Type: Article

References (61)

1. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry, 2nd ed.; J. Wiley & Sons: New York, 1995.
2. Suenram, R. D.; Lovas, F. J. J. Mol. Spectrosc. 1978, 72, 372.
3. Iijima, K.; Tanaka, K.; Onuma, S. J. Mol. Struct. 1991, 246, 257.
4. Godfrey, P. D.; Brown, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2019.
5. Chapo, C. J.; Paul, J. B.; Provencal, R. A.; Roth, K.; Saykally, R. J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 720, 12956.
6. Stepanian, S. G.; Reva, I. D.; Radchenko, E. D.; Rosado, M. T. S.; Duarte, M. L. T. S.; Fausto, R.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1041.
7. Barone, V.; Adamo, C.; Lelj, F. J. Chem. Phys. 1995, 702, 364.
8. Kaschner, R.; Hohl, D. J. Phys. Chem. 1998, A102, 5111.
9. Hoyau, S.; Pelicier, J. P.; Rogalewicz, F.; Hoppilliard, Y.; Ohanessian, G. Eur. J. Mass. Spectrom. 2001, 7, 303.
10. Jockusch, R, A.; Lemoff, A.; Williams, E. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12255
11. Wang, W.; Pu, X.; Zheng, W.; Wong, N. B.; Tian, A. Chem. Phys. Lett. 2003, 370, 147.
12. Jensen, F. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9533.
13. Hoyau, S.; Ohanesian, G. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2016.
14. Hoyau, S.; Ohanesian, G. Chem.-Eur. J. 1998, 4, 1561.
15. Bertrán, J.; Rodríguez-Santiago, L.; Sodupe, M. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2310.
16. Rogalewicz, F.; Ohanessian, G.; Gresh, H. J Comput. Chem. 2000, 21, 963.
17. Marino, T.; Russo, M.; Toscane, M. J. Inorg. Biochem. 2000, 79, 179.
18. Pullkinen, S.; Noguera, M.; Rodríguez-Santiago, L.; Sodupe, M.; Bertran, J. Chem. - Eur. J. 2000, 6, 4393.
19. Strittmatter, E. F.; Lemoff, A. S.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 9793.
20. Remko, M.; Rode, B. M. Chem. Phys. Lett. 2000, 316, 489.
21. Remko, M.; Rode, B. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 4667.
22. Ai, H.; Bu, Y.; Chen, Z. J. Chem. Phys. 2003, 118, 1761.
23. Ai, H.; Bu, Y.; Han, K. J Chem. Phys. 2003, 118, 10973.
24. Liu, H.; Sun, J.; Yang, S. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 5681.
25. Li, P.; Bu, Y.; Ai, H. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6419.
26. Remko, M.; Rode, B. M. Struct. Chem. 2004, 15, 223.
27. Jockusch, R, A.; Lemoff, A.; Williams, E. R. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10929.
28. Snoek, L. C.; Kroemer, R. T.; Simons, J. P. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 2130.
29. Jensen, J. H.; Gordon, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 777, 8159.
30. Gutowski, M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 722, 10159.
31. Kassab, E.; Langlet, J.; Evleth, E.; Akacem, Y. THEOCHEM 2000, 557, 267.
32. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.11.4; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
33. Becke, A. D. Phys. Rev. 1988, A38, 3098.
34. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
35. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. 1988, B37, 785.
36. Parr, R. G.; Wang, W. Density-Functional Theory of Atoms and Molecules; Oxford University Press: New York, 1994.
37. Neumann, R.; Nobes, R. H.; Handy, N. C. Mol. Phys. 1996, 87, 1.
38. Wachters, A. J. H. J. Chem. Phys. 1970, 52, 1033.
39. Hay, P. J. J. Chem. Phys. 1977, 66, 4377.
40. Montgomery, J. A., Jr.; Frisch, M. J.; Ochterski, J. W.; Peterson, G. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 2822.
41. Shoeib, T.; Rodriguez, Ch. F.; Siu, K. W. M.; Hopkinson, A. C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 853.
42. Yamada, S.; Terashima, S.; Wagatsuma, M. Tetrahedron Lett. 1970, 1501.
43. Siegel, H.; Martin, R. B. Chem. Rev. 1982, 82, 385.
44. Freeman, H. C. Adv. Protein Chem. 1967, 22, 257.
45. Rodrigues-Santiago, L.; Sodupe, M.; Trojata, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5340.
46. Ai, H. Q.; Bu, Y. X.; Li, Z. Q.; Hu, X. Q.; Chen, Z. D. J. Phys. Org. Chem. 2005, 18, 26.
47. Carrell, C. J.; Carrell, H. L.; Erlebacher, J.; Glusker, J. P. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 8651.
48. Glusker, J. P. Acta Crystallogr., Sect. D 1995, 51, 418.
49. Fraústo da Silva, J. J. R.; Williams, R. J. P. The Biological Chemistry of the Elements; Claredon Press: Oxford 1991.
50. Harvey, K. B.; Porter, G. B. Introduction to Physical Inorganic Chemistry; Addison-Wesley: London, 1963.
51. Feng, W. Y.; Gronert, S.; Lebrilla, C. J. Phys. Chem. A 2003, 707, 405.
52. Hoyau, S.; Norrman, K.; McMahon, T. B.; Ohanessian, G. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8864.
53. Kish, M. M.; Ohanessian, G.; Wesdemiotis, Ch. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 227, 509.
54. Remko, M.; Rode, B. M. THEOCHEM 2000, 505, 269.
55. Pearson, R. G. Inorg. Chem. 1988, 27, 734.
56. Klassen, J. S.; Anderson, S. G.; Blades, A. T.; Kebarle, P. J. Phys. Chem. 1996, 700, 14218.
57. Bojesen, G.; Breindhal, T.; Andersen, U. Org. Mass Spectrom. 1993, 28, 1448.
58. Marino, T.; Russo, N.; Toscano, M. J. Inorg. Biochem. 2000, 79, 179.
59. Remko, M.; Liedl, K. R.; Rode, B. M. J. Phys. Chem. A 1998, 702, 771.
60. Bérces, A.; Nukada, T.; Margl, P.; Ziegler, T J. Phys. Chem. A 1999, 103, 9693.
61. Wright, R. R.; Walker, N. R.; Firth, S.; Stace, A. J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 54.