Brownian dynamics simulations of binding mRNA cap analogues to eIF4E protein

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 45, 2007, Pages 13107-13115

  Błachut Okrasińska, Elzbieta ^a   Antosiewicz, Jan M ^a  

^a UNIVERSITY OF WARSAW   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING SITES; COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; HYDRODYNAMICS; PROTEINS; RNA;

BIMOLECULAR ASSOCIATION RATE CONSTANTS; HYDRODYNAMIC PROPERTIES; HYDRODYNAMICS SIMULATION; ROTATIONAL DIFFUSION TENSORS;

BROWNIAN MOVEMENT;

EID: 36649027420     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0758521     Document Type: Article

References (46)

1. Pestova, T. V.; Kolupaeva, V. G.; Lomakin, I. B.; Pilipenko, E. V.; Shatsky, I. N.; Agol, V. I.; Hellen, C. U. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 7029-7036.
2. Sonenberg, N. In Translation Control; Hershey, J., Mathews, M. B., Sonenberg, N., Eds.; Cold Spring Harbor Laboratory Press: New York, 1996; p 245-269.
3. Shatkin, A. J. Cell 1976, 9, 645-653.
4. Marcotrigiano, J.; Gingras, A.; Sonenberg, N.; Burley, S. K. Cell 1997, 89, 951-961.
5. Niedźwiecka, A.; Marcotrigiano, J.; Stȩpinski, J.; Jankowska-Anyszka, M.; Wysłouch-Cieszyńska, A.; Dadlez, M.; Gingras, A.; Mak, P.; Darzynkiewicz, E.; Sonenberg, N.; Burley, S. K.; Stolarski, R. J. Mol. Biol. 2002, 319, 615-635.
6. Tomoo, K.; Shen, X.; Okabe, K.; Nozoe, Y.; Fukuhara, S.; Morino, S.; Sasahi, M.; Taniguchi, T.; Miygawa, H.; Kitamura, K.; Miura, K.; Ishida, T. J. Mol. Biol. 2003, 328, 365-383.
7. Matsuo, H.; Li, H.; McGuire, A. M.; Fletcher, C. M.; Gingras, A.; Sonenberg, N.; Wagner, G. Nature Struct. Biol. 1997, 4, 717-724.
8. Volpon, L.; Osborne, M. J.; Topisirovic, I.; Siddiqui, N.; Borden, K. L. B. EMBO J. 2006, 25, 5138-5149.
9. Carberry, S. E.; Rhoads, R. E.; Goss, D. J. Biochemistry 1989, 28, 8078-8082.
10. Cai, A.; Jankowska-Anyszka, M.; Centers, A.; Chlebicka, L.; Stepinski, J.; Stolarski, R.; Darzynkiewicz, E.; Rhoads, R. E. Biochemistry 1999, 38, 8538-8547.
11. Sha, M.; Wang, Y.; Xiang, T.; van Heerdens, A.; Browning, K. S.; Goss, D. J. J. Biol. Chem. 1995, 270, 29904-29909.
12. Błachut-Okrasińska, E.; Bojarska, E.; Niedźwiecka, A.; Chlebicka, L.; Darzynkiewicz, E.; Stolarski, R.; Stȩpinski, J.; Antosiewicz, J. M. Eur. Biophys. J. 2000, 29, 487-498.
13. Długosz, M.; Błachut-Okrasińska, E.; Bojarska, E.; Darzynkiewicz, E.; Antosiewicz, J. M. Eur. Biophys. J. 2003, 31, 608-616.
14. Khan, M. A.; Goss, D. J. Biochemistry 2005, 44, 4510-4516.
15. Slepenkov, S. V.; Darzynkiewicz, E.; Rhoads, R. E. J. Biol. Chem. 2006, 281, 14927-14938.
16. Błachut-Okrasińska E.; Bojarska E.; Stȩpinski, J.; Antosiewicz J. M. Biophys. Chem. 2007, 129, 289-297.
17. Kuzmic, P. Anal. Biochem. 1996, 237, 260-273.
18. Gabdoulline R. R.; Wade, R. C. Biophys. J. 1997, 72, 1917-1929.
19. Gabdoulline R. R.; Wade, R. C. Biophys. J. 2001, 306, 1139-1155.
20. Bernstein, F. C.; Koettzle, T. F.; Williams, G. J. B.; Meyer, E. F.; Brice, M. D.; Rodgers, J. R.; Kennard, O.; Shimanouchi, T.; Tasumi, M. J. J. Mol. Biol. 1977, 123, 557-594.
21. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
22. Pettersen, E. F.; Goddard, T. D.; Huang, C. C.; Couch, G. S.; Greenblatt, D. M.; Meng, E. C.; Ferrin, T. E. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605-1612.
23. Yamakawa, H. J. Chem. Phys. 1970, 53, 436-443.
24. Garcia de la Torre, J.; Bloomfield, V. A. Q. Rev. Biophys. 1981, 14, 81-139.
25. Antosiewicz, J.; Porschke, D. J. Phys. Chem. 1989 93, 5301-5305.
26. Antosiewicz, J. Biophys. J. 1995, 69, 1344-1354.
27. Hubley, M. J.; Locke, B. R.; Moerland, T. S. Biochim. Biophys. Acta 1996, 1291, 115-121.
28. de Graaf, R. A.; van Kranenburg, A.; Nicolay, K. Biophys. J. 2000, 78, 1657-1664.
29. Deutch, J. M.; Felderhof, B. U. J. Chem. Phys. 1973, 59, 1669-1671.
30. Friedman, H. L. J. Phys. Chem. 1966, 70, 3931-3933.
31. Antosiewicz, J.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1995, 69, 57-65.
32. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus. M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
33. Foloppe, N.; MacKerell, A. D.. Jr. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104.
34. Antosiewicz, J.; Briggs, J. M.; Elcock, A. E.; Gilson, M. K.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1633-1644.
35. Briggs, J. M.; Antosiewicz, J. Rev. Comput. Chem. 1999, 13, 249-311.
36. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1991, 62, 187-197.
37. Madura, J. D.; Briggs, J. M.; Wade, R. C.; Davis, M. E.; Luty, B. A.; Ilin, A.; Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; Bagheri, B.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 57-95.
38. Gilson, M. K. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993, 15, 266-282.
39. Kramers, H. A. Physica 1940, 7, 284-304.
40. Ermak, D. L.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1978, 69, 1352-1360.
41. Northrup, S. H.; Allison, S. A.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1984, 80, 1517-1524.
42. Gabdoulline R. R.; Wade, R. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3868-3878.
43. Davis, M. E.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 401-409.
44. Elcock, A. H.; Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C.; McCammon, J. A. J. Mol. Biol. 1999, 291, 149-162.
45. Richards, F. M. Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 151-176.
46. Gilson, M. K.; Sharp, K. A.; Honig, B. H. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327-335.