Role of GTPases in ribosome assembly

Biopolymers

Volumn 87, Issue 1, 2007, Pages 1-11

  Karbstein, Katrin ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

GTPase; Ribosome; Ribosome assembly

Indexed keywords

CYTOSKELETON; REGULATORY PROTEINS; RIBOSOME ASSEMBLY; RIBOSOMES;

BACTERIA; CELLS; GENE EXPRESSION; MOLECULAR BIOLOGY; MOLECULAR STRUCTURE;

ENZYMES;

GUANOSINE TRIPHOSPHATASE; NUCLEOTIDE; PROTEIN; PROTEIN BMS1; PROTEIN LSG1; RNA BINDING PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG;

CASE STUDY; ENERGY; HYDROLYSIS; NONHUMAN; PROTEIN BINDING; REVIEW; RIBOSOME;

ANIMALS; BACTERIA; BACTERIAL PROTEINS; BIOLOGICAL TRANSPORT, ACTIVE; CYTOSKELETON; EUKARYOTIC CELLS; GTP PHOSPHOHYDROLASES; PROTEIN BIOSYNTHESIS; RIBOSOMES; SIGNAL TRANSDUCTION;

EUKARYOTA;

EID: 34548606694     PISSN: 00063525     EISSN: 10970282     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/bip.20762     Document Type: Review

References (81)

1. Comartin, D. J.; Brown, E. D. Curr Opin Pharmacol 2006, 6, 453-458.
2. Mankin, A. Drugs 2000, 3, 1429-1430.
3. Schuwirth, B. S.; Borovinskaya, M. A.; Hau, C. W.; Zhang, W.; Vila-Sanjurjo, A.; Holton, J. M.; Cate, J. H. Science 2005, 310, 827-834.
4. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 289, 905-920.
5. Wimberly, B. T.; Brodersen, D. E.; demons, W. M., Jr.; Morgan-Warren, R. J.; Carter, A. P.; Vonrhein, C.; Hartsch, T.; Ramakrishnan, V. Nature 2000, 407, 327-339.
6. Held, W. A.; Ballou, B.; Mizushima, S.; Nomura, M. J Biol Chem 1974, 249, 3103-3111.
7. Herold, M.; Nierhaus, K. H. J Biol Chem 1987, 262, 8826-8833.
8. Mizushima, S.; Nomura, M. Nature 1970, 226, 1214-1218.
9. Rohl, R.; Nierhaus, K. H. Proc Natl Acad Sci USA 1982, 79, 729-733.
10. Traub, P.; Nomura, M. Proc Natl Acad Sci USA 1968, 59, 777-784.
11. Nierhaus, K. H.; Dohme, F. Proc Natl Acad Sci USA 1974, 71, 4713-4717.
12. Green, R.; Noller, H. F. Biochemistry 1999, 38, 1772-1779.
13. Culver, G. M.; Noller, H. F. Methods Enzymol 2000, 318, 446-460.
14. Hage, A. E.; Tollervey, D. RNA Biol 2004, 1, 10-15.
15. Guthrie, C.; Nashimoto, H.; Nomura, M. Proc Natl Acad Sci USA 1969, 63, 384-391.
16. Dammel, C. S.; Noller, H. F. Genes Dev 1993, 7, 660-670.
17. Mori, H.; Dammel, C.; Becker, E.; Triman, K.; Noller, H. F. Biochim Biophys Acta 1990, 1050, 323-327.
18. Dammel, C. S.; Noller, H. F. Genes Dev 1995, 9, 626-637.
19. Fuller-Pace, F. V.; Nicol, S. M.; Reid, A. D.; Lane, D. P. EMBO J 1993, 12, 3619-3626.
20. Fromont-Racine, M.; Senger, B.; Saveanu, C.; Fasiolo, F. Gene 2003, 313, 17-42.
21. Maki, J. A.; Schnobrich, D. J.; Culver, G. M. Mol Cell 2002, 10, 129-138.
22. Morimoto, T.; Loh, P. C.; Hirai, T.; Asai, K.; Kobayashi, K.; Moriya, S.; Ogasawara, N. Microbiology 2002, 148, 3539-3552.
23. Iost, I.; Dreyfus, M. Nucleic Acids Res 2006, 34, 4189-4197.
24. Gelperin, D.; Horton, L.; Beckman, J.; Hensold, J.; Lemmon, S. K. RNA 2001, 7, 1268-1283.
25. Wegierski, T.; Billy, E.; Nasr, F.; Filipowicz, W. RNA 2001, 7, 1254-1267.
26. Karbstein, K.; Jonas, S.; Doudna, J. A. Mol Cell 2005, 20, 633-643.
27. Karbstein, K.; Doudna, J. A. J Mol Biol 2006, 356, 432-443.
28. Kallstrom, G.; Hedges, J.; Johnson, A. Mol Cell Biol 2003, 23, 4344-4355.
29. Hedges, J.; West, M.; Johnson, A. W. EMBO J 2005, 24, 567-579.
30. West, M.; Hedges, J. B.; Chen, A.; Johnson, A. W. Mol Cell Biol 2005, 25, 3802-3813.
31. Senger, B.; Lafontaine, D. L.; Graindorge, J. S.; Gadal, O.; Camasses, A.; Sanni, A.; Garnier, J. M.; Breitenbach, M.; Hurt, E.; Fasiolo, F. Mol Cell 2001, 8, 1363-1373.
32. Rodnina, M. V.; Savelsbergh, A.; Katunin, V. I.; Wintermeyer, W. Nature 1997, 385, 37-41.
33. Spirin, A. S. Dokl Akad Nauk SSSR 1968, 179, 1467-1470.
34. Leipe, D. D.; Wolf, Y. I.; Koonin, E. V.; Aravind, L. J Mol Biol 2002, 317, 41-72.
35. Bourne, H. R.; Sanders, D. A.; McCormick, F. Nature 1991, 349, 117-127.
36. Sayed, A.; Matsuyama, S.; Inouye, M. Biochem Biophys Res Commun 1999, 264, 51-54.
37. Inoue, K.; Alsina, J.; Chen, J.; Inouye, M. Mol Microbiol 2003, 48, 1005-1016.
38. Himeno, H.; Hanawa-Suetsugu, K.; Kimura, T.; Takagi, K.; Sugiyama, W.; Shirata, S.; Mikami, T.; Odagiri, F.; Osanai, Y.; Watanabe, D.; Goto, S.; Kalachnyuk, L.; Ushida, C.; Muto, A. Nucleic Acids Res 2004, 32, 5303-5309.
39. Uicker, W. C.; Schaefer, L.; Koenigsknecht, M.; Britton, R. A. J Bact 2007, 189, 2926-2929.
40. Campbell, T. L.; Daigle, D. M.; Brown, E. D. Biochem J 2005, 389, 843-852.
41. Jensen, B. C.; Wang, Q.; Kifer, C. T.; Parsons, M. J. Biol Chem 2003, 278, 32204-32211.
42. Becam, A. M.; Nasr, F.; Racki, W. J.; Zagulski, M.; Herbert, C. J. Mol Genet Genomics 2001, 266, 454-462.
43. Saveanu, C.; Bienvenu, D.; Namane, A.; Gleizes, P. E.; Gas, N.; Jacquier, A.; Fromont-Racine, M. EMBO J 2001, 20, 6475-6484.
44. Bassler, J.; Grandi, P.; Gadal, O.; Lessmann, T.; Petfalski, E.; Tollervey, D.; Lechner, J.; Hurt, E. Mol Cell Biol 2001, 8, 517-529.
45. Honma, Y.; Kitamura, A.; Shioda, R.; Maruyama, H.; Ozaki, K.; Oda, Y.; Mini, T.; Jeno, P.; Maki, Y.; Yonezawa, K.; Hurt, E.; Ueno, M.; Uritani, M.; Hall, M. N.; Ushimaru, T. EMBO J 2006, 25, 3832-3842.
46. Schaefer, L.; Uicker, W. C.; Wicker-Planquart, C.; Foucher, A. E.; Jault, J. M.; Britton, R. A. J Bacteriol 2006, 188, 8252-8258.
47. Matsuo, Y.; Morimoto, T.; Kuwano, M.; Loh, P. C.; Oshima, T.; Ogasawara, N. J Biol Chem 2006, 281, 8110-8117.
48. Uicker, W. C.; Schaefer, L.; Britton, R. A. Mol Microbiol 2006, 59, 528-540.
49. Jiang, M.; Datta, K.; Walker, A.; Strahler, J.; Bagamasbad, P.; Andrews, P. C.; Maddock, J. R. J Bacteriol 2006, 188, 6757-6770.
50. Bharat, A.; Jiang, M.; Sullivan, S. M.; Maddock, J. R.; Brown, E. D. J Bacteriol 2006, 188, 7992-7996.
51. Robinson, V. L.; Hwang, J.; Fox, E.; Inouye, M.; Stock, A. M. Structure 2002, 10, 1649-1658.
52. Levdikov, V. M.; Blagova, E. V.; Brannigan, J. A.; Cladiere, L.; Antson, A. A.; Isupov, M. N.; Seror, S. J.; Wilkinson, A. J. J Mol Biol 2004, 340, 767-782.
53. Laity, J. H.; Lee, B. M.; Wright, P. E. Curr Opin Struct Biol 2001, 11, 39-46.
54. Buglino, J.; Shen, V.; Hakimian, P.; Lima, C. D. Structure 2002, 10, 1581-1592.
55. Sato, A.; Kobayashi, G.; Hayashi, H.; Yoshida, H.; Wada, A.; Maeda, M.; Hiraga, S.; Takeyasu, K.7; Wada, C. Genes Cells 2005, 10, 393-408.
56. Hang, J. Q.; Zhao, G. Eur J Biochem 2003, 270, 4164-4172.
57. Bassler, J.; Kallas, M.; Hurt, E. J Biol Chem 2006, 281, 24737-24744.
58. Sullivan, S. M.; Mishra, R.; Neubig, R. R.; Maddock, J. R. J Bacteriol 2000, 182, 3460-3466.
59. Lin, B.; Covalle, K. L.; Maddock, J. R. J Bacteriol 1999, 181, 5825-5832.
60. Daigle, D. M.; Brown, E. D. J Bacteriol 2004, 186, 1381-1387.
61. Daigle, D. M.; Rossi, L.; Berghuis, A. M.; Aravind, L.; Koonin, E. V.; Brown, E. D. Biochemistry 2002, 41, 11109-11117.
62. Bourne, H. R.; Sanders, D. A.; McCormick, F. Nature 1990, 348, 125-132.
63. Zhang, S.; Haldenwang, W. G. Biochem Biophys Res Commun 2004, 322, 565-569.
64. Bernstein, K. A.; Baserga, S. J. Mol Biol Cell 2004, 15, 5038-5046.
65. Bernstein, K. A.; Bleichert, F.; Bean, J.; Cross, F.; Baserga, S. J. Mol Biol Cell 2007, 18, 953-964.
66. Du, Y. C.; Stillman, B. Cell 2002, 109, 835-848.
67. Gasch, A. P.; Spellman, P. T.; Kao, C. M.; Carmel-Harel, O.; Eisen, M. B.; Storz, G.; Botstein, D.; Brown, P. O. Mol Biol Cell 2000, 11, 4241-4257.
68. Juhnke, H.; Charizanis, C.; Latifi, F.; Krems, B.; Entian, K. D. Mol Microbiol 2000, 35, 936-948.
69. Swaminathan, S.; Masek, T.; Molin, C.; Pospisek, M.; Sunnerhagen, P. Mol Biol Cell 2006, 17, 1472-1482.
70. Powers, T.; Walter, P. Mol Biol Cell 1999, 10, 987-1000.
71. Loar, J. W.; Seiser, R. M.; Sundberg, A. E.; Sagerson, H. J.; Ilias, N.; Zobel-Thropp, P.; Craig, E. A.; Lycan, D. E. Genetics 2004, 168, 1877-1889.
72. Britton, R. A.; Powell, B. S.; Court, D. L.; Lupski, J. R. J Bacteriol 1997, 179, 4575-4582.
73. Gohda, J.; Nomura, Y.; Suzuki, H.; Arai, H.; Akiyama, T.; Inoue, J. Oncogene 2003, 22, 1340-1348.
74. Foti, J. J.; Schienda, J.; Sutera, V. A., Jr.; Lovett, S. T. Mol Cell 2005, 17, 549-560.
75. Scott, J. M.; Haldenwang, W. G. J Bacteriol 1999, 181, 4653-4660.
76. Wout, P.; Pu, K.; Sullivan, S. M.; Reese, V.; Zhou, S.; Lin, B.; Maddock, J. R. J Bacteriol 2004, 186, 5249-5257.
77. Okamoto, S.; Ochi, K. Mol Microbiol 1998, 30, 107-119.
78. Jensen, B. C.; Kifer, C. T.; Brekken, D. L.; Randall, A. C.; Wang, Q.; Drees, B. L.; Parsons, M. Mol Biochem Parasitol 2007, 151, 28-40.
79. Treiber, D. K.; Rook, M. S.; Zarrinkar, P. P.; Williamson, J. R. Science 1998, 279, 1943-1946.
80. Zhang, S.; Haldenwang, W. G. J Bacteriol 2005, 187, 7554-7560.
81. Ochi, K.; Kandala, J.; Freese, E. J Bacteriol 1982, 151, 1062-1065.