Effect of membrane environment on proton permeation through gramicidin a channels

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 33, 2007, Pages 9931-9939

  Qin, Zhen ^a   Tepper, Harald L ^b   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

^b FOM INSTITUTE AMOLF   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTER SIMULATION; ENERGY BARRIERS; FREE ENERGY; LIPID BILAYERS; PROTONS; VALENCE BANDS;

GRAMICIDIN A; INTERFACIAL WATER; PROTON PERMEATION; VALENCE BOND SIMULATIONS;

ANTIBIOTICS;

EID: 34548575167     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0708998     Document Type: Article

References (54)

1. Urry, D. W. Proc Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1971, 68, 672.
2. Wallace, B. J. Struct. Biol. 1998, 121, 123.
3. Grotthuss, C. J. T. d. Ann. Chim. 1806, 58, 54.
4. Agmon, N. Chem. Phys. Lett. 1995, 244, 456.
5. Decoursey, T. E. Physiol. Rev. 2003, 83, 475.
6. Pomès, R.; Roux, B. Biophys. J. 1996, 71, 19.
7. Pomès, R.; Yu, C.-H. Front Biosci. 2003, 8, 1288.
8. Pomès, R.; Roux, B. Biophys. J. 2002, 82, 2304.
9. Braun-Sand, S.; Burykin, A.; Chu, Z. T.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 583.
10. Chou, T. Biophys. J. 2004, 86, 2827.
11. Bingham, N. C.; Smith, N. E. C.; Cross, T. A.; Busath, D. D. Biopolymers 2003, 71, 593.
12. Yu, C-H.; Cukierman, S.; Pomes, R. Biophys. J. 2003, 2003, 816.
13. Cukierman, S.; Quigley, E.; Crumrine, D. Biophys. J. 1997, 73, 2489.
14. Quigley, E. P.; Quigley, P.; Crumrine, D. S.; Cukierman, S. Biophys. J. 1999, 77, 2479.
15. Chernyshev, A.; Cukierman, S. Biophys. J. 2002, 82, 182.
16. Chernyshev, A.; Armstrong, K. M.; Cukierman, S. Biophys. J. 2003, 84, 238.
17. Chernyshev, A.; Cukierman, S. Biophys. J. 2006, 91, 580.
18. Voth, G. A. Acc Chem. Res. 2006, 39, 143.
19. Schmitt, U. W.; Voth., G. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 5547?551.
20. Schmitt, U. W.; Voth., G. A. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9361?381.
21. Day, T. J. F.; Soudackov, A. V.; Cuma, M.; Schmitt, U. W.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2002, 117, 5839.
22. Swanson, J. M. J.; Maupin, C. M.; Chen, H.; Petersen, M. K.; Xu, J.; Wu, Y.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4300.
23. Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
24. Smondyrev, A. M.; Berkowitz, M. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 531.
25. Smith, W.; Forester, R. T. DL_POLY, 2nd ed.; Daresbury Lab.: Daresbury, Warrington, U.K., 1996.
26. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
27. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
28. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
29. Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268.
30. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695-1697.
31. Ketchem, R. R.; Lee, K. C.; Huo, S.; Cross, T. A. J. Biomol. NMR 1996, 8, 1.
32. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
33. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
34. Tepper, H. L.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 21327.
35. Smondyrev, A. M.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 82, 1460.
36. Smondyrev, A. M.; Voth, G. A. Biophys. J. 2002, 82, 1460.
37. Tepper, H. L.; Voth, G. A. Biophys. J. 2005, 88, 3095-3108.
38. Haines, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 160.
39. Petersen, M. K.; Iyengar, S. S.; Day, T. J. F.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 14804.
40. Husslein, T.; Newns, D. M.; Pattnaik, P. C.; Zhong, Q.; Moore, P. B.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1998, 109, 2826.
41. Pezron, I.; Pezron, E.; Bergenstaahl, B.; Claesson, P. M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8255.
42. Shinoda, W.; Namiki, N.; Okazaki, S. J. Chem. Phys. 1997, 106, 5731.
43. Wilson, M. A.; Pohorille, A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 1490.
44. Armstrong, K. M.; Cukierman, S. Biophys. J. 2002, 82, 1329.
45. Chiu, S.-W.; Subramaniam, S.; Jakobsson, E. Biophys. J. 1999, 76, 1929.
46. Chiu, S.-W.; Subramaniam, S.; Jakobsson, E. Biophys. J. 1999, 76, 1939.
47. Wu, Y.; Voth, G. A. FEBS Lett. 2003, 552, 23.
48. Andersen, O. S.; Roger, E.; Koeppe, I.; Roux, B. IEEE Trans. Nanobioscience 2005, 4, 10.
49. Kato, M.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 19516.
50. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339.
51. de Godoy, C. M. G.; Cukierman, S. Biophys. J. 2001, 81.
52. Flewelling, R. F.; Hubbell, W. L. Biophys. J. 1986, 49, 531.
53. Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291.
54. Humphrey, W.; Dalke, A. and Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.