Molecular dynamics study of a lipid bilayer: Convergence, structure, and long-time dynamics

Journal of Chemical Physics

Volumn 106, Issue 13, 1997, Pages 5731-5743

  Shinoda, Wataru ^a   Namiki, Nobuo ^a   Okazaki, Susumu ^a  

^a TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 5244259760     PISSN: 00219606     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1063/1.473592     Document Type: Article

References (52)

1. R. M. Venable, Y. Zhang, B. J. Hardy, and R. W. Pastor, Science 262, 223 (1993).
2. K. V. Damodaran, K. M. Merz, Jr., and B. P. Gaber, Biochemistry 31, 7656 (1992).
3. T. R. Stouch, Mol. Simul. 10, 335 (1993).
4. H. Heller, M. Schaefer, and K. Schulten, J. Phys. Chem. 97, 8343 (1993).
5. J. W. Essex, M. M. Hann, and W. G. Richards, Philos. Trans. R. Soc. London Ser. B 344, 239 (1994).
6. A. J. Robinson, W. G. Richards, P. J. Thomas, and M. M. Hann, Biophys. J. 67, 2345 (1994).
7. F. Zhou and K. Schulten, J. Phys. Chem. 99 2194 (1995).
8. W. Shinoda, T. Fukada, S. Okazaki, and I. Okada, Chem. Phys. Lett. 232, 308 (1995).
9. E. Egberts, S.-J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, Eur. Biophys. J. 22, 423 (1994); P. Huang, J. J. Perez, and G. H. Loew, J. Biomol. Struct. Dynam. 11, 927 (1994); S.-W. Chiu, M. Clark, V. Balaji, S. Subramaniam, H. L. Scott, and E. Jakobsson, Biophys. J. 69, 1230 (1995); J. J. L. Cascales, J. G. De la Torre, S. J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, J. Chem. Phys. 104 2713 (1996).
10. E. Egberts, S.-J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, Eur. Biophys. J. 22, 423 (1994); P. Huang, J. J. Perez, and G. H. Loew, J. Biomol. Struct. Dynam. 11, 927 (1994); S.-W. Chiu, M. Clark, V. Balaji, S. Subramaniam, H. L. Scott, and E. Jakobsson, Biophys. J. 69, 1230 (1995); J. J. L. Cascales, J. G. De la Torre, S. J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, J. Chem. Phys. 104 2713 (1996).
11. E. Egberts, S.-J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, Eur. Biophys. J. 22, 423 (1994); P. Huang, J. J. Perez, and G. H. Loew, J. Biomol. Struct. Dynam. 11, 927 (1994); S.-W. Chiu, M. Clark, V. Balaji, S. Subramaniam, H. L. Scott, and E. Jakobsson, Biophys. J. 69, 1230 (1995); J. J. L. Cascales, J. G. De la Torre, S. J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, J. Chem. Phys. 104 2713 (1996).
12. E. Egberts, S.-J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, Eur. Biophys. J. 22, 423 (1994); P. Huang, J. J. Perez, and G. H. Loew, J. Biomol. Struct. Dynam. 11, 927 (1994); S.-W. Chiu, M. Clark, V. Balaji, S. Subramaniam, H. L. Scott, and E. Jakobsson, Biophys. J. 69, 1230 (1995); J. J. L. Cascales, J. G. De la Torre, S. J. Marrink, and H. J. C. Berendsen, J. Chem. Phys. 104 2713 (1996).
13. K. Tu, D. J. Tobias, and M. L. Klein, Biophys. J. 69, 2558 (1995).
14. G. Cevc and D. Marsh, Phospholipid Bilayers (Wiley-Interscience, New York, 1987).
15. R. Kwok and E. Evans, Biophys. J. 35, 637 (1981).
16. S. E. Feller, Y. Zhang, and R. W. Pastor, J. Chem. Phys. 103, 10 267 (1995).
17. E. Evans and D. Needham, J. Phys. Chem. 91, 4219 (1987).
18. M. Parrinello and A. Rahman, J. Appl. Phys. 52, 7182 (1981).
19. M. F. Brown, J. Seelig, and U. Häberlen, J. Chem. Phys. 70, 5045 (1979).
20. E. J. Dufourc, C. Mayer, J. Stohrer, G. Althoff, and G. Kothe, Biophys. J. 61, 42 (1992).
21. M. Sundaralingam, Ann. NY Acad. Sci. USA 195, 324 (1972).
22. S. Nosé and M. L. Klein, Mol.Phys. 50, 1055 (1983).
23. S. Nosé, Mol. Phys, 52, 255 (1984); J. Chem. Phys. 81, 511 (1984).
24. S. Nosé, Mol. Phys, 52, 255 (1984); J. Chem. Phys. 81, 511 (1984).
25. T. R. Stouch, K. B. Ward, A. Altieri, and A. T. Hagler, J. Comput. Chem. 12, 1033 (1991).
26. K. Tu, D. J. Tobias, and M. L. Klein, J. Phys. Chem. 99, 10 035 (1995).
27. W. L. Jorgensen and J. Tirado-Rives, J. Am. Chem. Soc. 110, 1657 (1988).
28. L. J. Lis, M. McAlister, N. Fuller, R. P. Rand, and V. A. Parsegian, Biophys. J. 37, 657 (1982).
29. R. H. Pearson and I. Pascher, Nature 281, 499 (1979).
30. S. J. Weiner, P. A. Kollman, D. A. Case, U. C. Singh, C. Ghio, G. Alagona, S. Profeta, Jr., and P. Weiner, J. Am. Chem. Soc. 106, 765 (1984).
31. C. W. Gear, ANL Report, No. ANL-7126, 1966.
32. M. Ferrario and J. P. Ryckaert, Mol. Phys. 54, 587 (1985).
33. R. Mendelsohn, M. A. Davies, J. W. Brauner, H. F. Schuster, and R. A. Dluhy, Biochemistry 28, 8934 (1989).
34. D. A. Pink, T. J. Green, and D. Chapman, Biochemistry 19, 349 (1980).
35. J. Seelig and A. Seelig, Q. Rev. Biophys. 13, 19 (1980).
36. H. Schindler and J. Seelig, Biochemistry 14, 2283 (1975).
37. G. Büldt, H. U. Gally, A. Seelig, J. Seelig, Nature 271, 182 (1978).
38. J. F. Nagle, R. Zhang, S. Tristram-Nagle, W. Sun, H. I. Petrache, and R. M. Suter, Biophys. J. 70, 1419 (1996).
39. J. Seelig, H. -U. Gally, and R. Wohlgemuth, Biochim. Biophys. Acta 467, 109 (1977).
40. H. U. Gally, G. Pluschke, P. Overath, and J. Seelig, Biochemistry 20, 1826 (1981).
41. H. Hauser, I. Pascher, and S. Sundell, Biochemistry 27, 9166 (1988).
42. J. P. Hansen and I. R. McDonald, Theory of Simple Liquids, 2nd ed. (Academic, New York, 1986).
43. S. Mitaku, A. Ikegami, and A. Sakanishi, Biophys. Chem. 8, 295 (1978).
44. L. D. Landau and E. Lifshitz, Theory of Elasticity (Pergamon, Oxford, 1959).
45. M. Parrinello and A. Rahman, J. Chem. Phys. 76, 2662 (1982).
46. J. R. Ray, Comput. Phys. Rep. 8, 109 (1988).
47. O. Alvarez and R. Latorre, Biophys. J. 21, 1 (1978).
48. P. van der Ploeg and H. J. C. Berendsen, J. Chem. Phys. 76, 3271 (1982).
49. H.-U. Gally, W. Niederberger, and J. Seelig, Biochemistry 14, 3647 (1975).
50. R. W. Pastor, R. M. Venable, M. Karplus, and A. Szabo, J. Chem. Phys. 89, 1128 (1988).
51. D. M. Small, The Physical Chemistry of Lipids (Plenum, New York, 1989).
52. H. De Loof, S. C. Harbey, J. P. Segrest, and R. W. Pastor, Biochemistry 30, 2099 (1991).